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OPENSEQ.org
PopN - PscQ
Genes: A B A+B
Length: 288 309 562
Sequences: 124 242 105
Seq/Len: 0.43 0.78 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.01
5 0.01 0.01 0.04
10 0.01 0.01 0.12
20 0.01 0.01 0.15
100 0.01 0.01 0.16
∞ 0.02 0.05 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
193_R 238_L 1.73 0.44 0.00
51_T 267_L 1.68 0.41 0.00
239_S 242_V 1.64 0.38 0.00
236_D 259_L 1.55 0.34 0.00
49_E 73_L 1.49 0.30 0.00
160_M 294_D 1.45 0.28 0.00
60_K 243_S 1.42 0.27 0.00
233_L 262_G 1.39 0.26 0.00
192_L 149_R 1.38 0.25 0.00
233_L 294_D 1.35 0.24 0.00
180_E 300_V 1.35 0.24 0.00
113_A 33_A 1.33 0.23 0.00
249_L 182_D 1.32 0.23 0.00
100_L 285_G 1.32 0.22 0.00
200_V 293_Q 1.31 0.22 0.00
69_D 72_W 1.31 0.22 0.00
256_M 287_G 1.30 0.22 0.00
249_L 297_G 1.30 0.22 0.00
124_S 115_R 1.29 0.22 0.00
239_S 251_L 1.29 0.22 0.00
256_M 277_I 1.29 0.21 0.00
262_L 100_V 1.29 0.21 0.00
46_A 161_L 1.28 0.21 0.00
133_L 247_G 1.26 0.20 0.00
233_L 273_G 1.25 0.20 0.00
156_A 267_L 1.25 0.20 0.00
65_R 297_G 1.25 0.20 0.00
171_G 259_L 1.25 0.20 0.00
262_L 22_L 1.24 0.20 0.00
231_K 149_R 1.23 0.19 0.00
116_S 115_R 1.22 0.19 0.00
193_R 296_L 1.22 0.19 0.00
196_Y 100_V 1.22 0.19 0.00
196_Y 297_G 1.21 0.18 0.00
255_D 23_A 1.20 0.18 0.00
218_A 135_L 1.20 0.18 0.00
214_Q 252_D 1.20 0.18 0.00
226_V 194_A 1.18 0.17 0.00
130_F 86_P 1.17 0.17 0.00
274_Q 15_E 1.17 0.17 0.00
89_P 249_R 1.17 0.17 0.00
264_G 56_D 1.17 0.17 0.00
149_M 157_I 1.17 0.17 0.00
56_E 8_L 1.17 0.17 0.00
178_A 89_L 1.16 0.17 0.00
196_Y 289_L 1.16 0.17 0.00
196_Y 182_D 1.16 0.17 0.00
239_S 165_W 1.14 0.16 0.00
133_L 289_L 1.14 0.16 0.00
160_M 98_G 1.14 0.16 0.00
165_G 143_L 1.13 0.16 0.00
252_V 298_V 1.13 0.16 0.00
175_E 287_G 1.13 0.16 0.00
44_A 74_A 1.12 0.15 0.00
250_E 300_V 1.12 0.15 0.00
165_G 290_V 1.12 0.15 0.00
168_I 297_G 1.11 0.15 0.00
65_R 238_L 1.11 0.15 0.00
278_T 3_G 1.11 0.15 0.00
233_L 259_L 1.11 0.15 0.00
178_A 279_A 1.11 0.15 0.00
253_M 91_L 1.11 0.15 0.00
177_L 242_V 1.10 0.15 0.00
171_G 235_L 1.10 0.15 0.00
147_R 144_A 1.10 0.15 0.00
278_T 2_N 1.10 0.15 0.00
84_Y 91_L 1.10 0.15 0.00
249_L 290_V 1.10 0.15 0.00
136_A 174_E 1.10 0.15 0.00
227_A 263_S 1.09 0.15 0.00
232_A 273_G 1.09 0.14 0.00
48_E 73_L 1.09 0.14 0.00
27_G 275_V 1.09 0.14 0.00
153_V 23_A 1.08 0.14 0.00
229_L 192_P 1.08 0.14 0.00
165_G 297_G 1.07 0.14 0.00
269_V 198_G 1.07 0.14 0.00
184_A 51_L 1.07 0.14 0.00
217_F 142_L 1.07 0.14 0.00
252_V 257_S 1.07 0.14 0.00
141_A 2_N 1.07 0.14 0.00
45_D 303_L 1.06 0.14 0.00
213_I 183_L 1.06 0.14 0.00
152_L 142_L 1.06 0.14 0.00
195_T 186_L 1.06 0.14 0.00
118_Y 277_I 1.06 0.14 0.00
178_A 246_V 1.06 0.14 0.00
213_I 290_V 1.05 0.13 0.00
31_G 158_P 1.05 0.13 0.00
252_V 208_C 1.05 0.13 0.00
129_R 239_P 1.04 0.13 0.00
100_L 73_L 1.04 0.13 0.00
161_A 166_P 1.04 0.13 0.00
233_L 300_V 1.04 0.13 0.00
157_L 152_A 1.04 0.13 0.00
168_I 62_F 1.04 0.13 0.00
244_L 93_L 1.04 0.13 0.00
60_K 112_A 1.04 0.13 0.00
259_L 86_P 1.04 0.13 0.00
222_L 290_V 1.03 0.13 0.00
105_G 163_L 1.03 0.13 0.00
155_Q 174_E 1.03 0.13 0.00
147_R 211_H 1.03 0.13 0.00
213_I 107_Y 1.03 0.13 0.00
122_F 277_I 1.03 0.13 0.00
218_A 284_L 1.03 0.13 0.00
192_L 261_P 1.03 0.13 0.00
51_T 91_L 1.02 0.13 0.00
225_V 263_S 1.02 0.13 0.00
62_L 22_L 1.02 0.13 0.00
66_R 92_A 1.02 0.13 0.00
233_L 289_L 1.02 0.12 0.00
144_P 120_L 1.02 0.12 0.00
213_I 69_L 1.01 0.12 0.00
114_Q 122_L 1.01 0.12 0.00
26_G 6_L 1.01 0.12 0.00
177_L 194_A 1.01 0.12 0.00
60_K 288_E 1.01 0.12 0.00
196_Y 238_L 1.01 0.12 0.00
90_D 125_E 1.01 0.12 0.00
256_M 194_A 1.01 0.12 0.00
78_Q 285_G 1.01 0.12 0.00
45_D 73_L 1.01 0.12 0.00
51_T 186_L 1.01 0.12 0.00
136_A 220_M 1.00 0.12 0.00
217_F 141_T 1.00 0.12 0.00
249_L 289_L 1.00 0.12 0.00
64_K 199_V 1.00 0.12 0.00
56_E 158_P 1.00 0.12 0.00
242_S 120_L 1.00 0.12 0.00
136_A 12_S 0.99 0.12 0.00
136_A 17_D 0.99 0.12 0.00
242_S 284_L 0.99 0.12 0.00
56_E 192_P 0.99 0.12 0.00
230_Q 273_G 0.99 0.12 0.00
277_V 300_V 0.99 0.12 0.00
178_A 77_L 0.98 0.12 0.00
158_L 113_Q 0.98 0.12 0.00
98_E 101_F 0.98 0.12 0.00
174_I 64_C 0.98 0.12 0.00
248_K 186_L 0.98 0.12 0.00
238_D 16_L 0.98 0.12 0.00
131_L 300_V 0.98 0.12 0.00
70_A 236_D 0.98 0.12 0.00
238_D 273_G 0.98 0.12 0.00
181_A 132_A 0.98 0.12 0.00
276_L 264_L 0.98 0.12 0.00
111_S 209_Q 0.98 0.11 0.00
49_E 259_L 0.98 0.11 0.00
200_V 290_V 0.98 0.11 0.00
205_G 208_C 0.98 0.11 0.00
138_D 173_S 0.98 0.11 0.00
192_L 100_V 0.97 0.11 0.00
102_A 177_T 0.97 0.11 0.00
58_A 300_V 0.97 0.11 0.00
160_M 166_P 0.97 0.11 0.00
102_A 165_W 0.97 0.11 0.00
124_S 189_G 0.97 0.11 0.00
189_I 271_L 0.97 0.11 0.00
270_G 171_D 0.97 0.11 0.00
213_I 296_L 0.96 0.11 0.00
118_Y 174_E 0.96 0.11 0.00
48_E 300_V 0.96 0.11 0.00
57_R 163_L 0.96 0.11 0.00
213_I 122_L 0.96 0.11 0.00
84_Y 107_Y 0.96 0.11 0.00
239_S 254_H 0.96 0.11 0.00
173_R 98_G 0.96 0.11 0.00
47_A 214_Q 0.96 0.11 0.00
132_A 285_G 0.96 0.11 0.00
161_A 104_L 0.95 0.11 0.00
62_L 267_L 0.95 0.11 0.00
100_L 281_Q 0.95 0.11 0.00
196_Y 262_G 0.95 0.11 0.00
216_R 139_P 0.95 0.11 0.00
30_Q 194_A 0.95 0.11 0.00
202_D 220_M 0.95 0.11 0.00
262_L 40_I 0.95 0.11 0.00
266_A 236_D 0.95 0.11 0.00
134_S 123_S 0.95 0.11 0.00
250_E 168_L 0.95 0.11 0.00
196_Y 251_L 0.95 0.11 0.00
134_S 144_A 0.94 0.11 0.00
85_W 81_A 0.94 0.11 0.00
232_A 47_V 0.94 0.11 0.00
192_L 56_D 0.94 0.11 0.00
65_R 253_L 0.94 0.11 0.00
45_D 158_P 0.94 0.11 0.00
171_G 251_L 0.94 0.11 0.00
187_G 242_V 0.94 0.11 0.00
236_D 98_G 0.94 0.11 0.00
100_L 234_E 0.94 0.10 0.00
209_A 265_L 0.94 0.10 0.00
197_R 275_V 0.94 0.10 0.00
115_L 195_A 0.94 0.10 0.00
101_I 235_L 0.94 0.10 0.00
52_F 193_D 0.93 0.10 0.00
269_V 62_F 0.93 0.10 0.00
232_A 253_L 0.93 0.10 0.00
226_V 78_Q 0.93 0.10 0.00
48_E 289_L 0.93 0.10 0.00
74_L 282_R 0.93 0.10 0.00
168_I 182_D 0.93 0.10 0.00
50_L 166_P 0.93 0.10 0.00
114_Q 171_D 0.93 0.10 0.00
170_L 255_T 0.93 0.10 0.00
133_L 262_G 0.93 0.10 0.00
165_G 240_I 0.92 0.10 0.00
168_I 235_L 0.92 0.10 0.00
172_L 99_N 0.92 0.10 0.00
52_F 14_A 0.92 0.10 0.00
170_L 175_L 0.92 0.10 0.00
217_F 216_E 0.92 0.10 0.00
115_L 213_T 0.92 0.10 0.00
196_Y 287_G 0.92 0.10 0.00
44_A 61_R 0.92 0.10 0.00
236_D 262_G 0.92 0.10 0.00
259_L 89_L 0.92 0.10 0.00
238_D 247_G 0.92 0.10 0.00
244_L 84_S 0.92 0.10 0.00
267_E 267_L 0.92 0.10 0.00
95_Q 300_V 0.92 0.10 0.00
234_S 91_L 0.92 0.10 0.00
218_A 159_L 0.92 0.10 0.00
269_V 31_G 0.92 0.10 0.00
69_D 18_L 0.92 0.10 0.00
211_Q 145_R 0.91 0.10 0.00
133_L 182_D 0.91 0.10 0.00
131_L 100_V 0.91 0.10 0.00
104_L 198_G 0.91 0.10 0.00
157_L 112_A 0.91 0.10 0.00
239_S 183_L 0.91 0.10 0.00
271_A 35_Q 0.90 0.10 0.00
278_T 1_M 0.90 0.10 0.00
193_R 210_L 0.90 0.10 0.00
125_E 255_T 0.90 0.10 0.00
63_A 156_A 0.90 0.10 0.00
27_G 267_L 0.90 0.10 0.00
137_R 293_Q 0.90 0.10 0.00
68_S 190_H 0.90 0.10 0.00
62_L 170_L 0.90 0.10 0.00
110_S 59_P 0.90 0.10 0.00
233_L 295_R 0.90 0.10 0.00
206_L 295_R 0.90 0.10 0.00
133_L 290_V 0.90 0.10 0.00
259_L 146_L 0.90 0.10 0.00
65_R 290_V 0.90 0.10 0.00
237_L 91_L 0.89 0.10 0.00
51_T 202_G 0.89 0.10 0.00
120_E 141_T 0.89 0.10 0.00
65_R 262_G 0.89 0.10 0.00
46_A 146_L 0.89 0.10 0.00
47_A 95_E 0.89 0.10 0.00
161_A 293_Q 0.89 0.10 0.00
157_L 76_N 0.89 0.10 0.00
136_A 292_L 0.89 0.10 0.00
179_A 175_L 0.89 0.10 0.00
44_A 202_G 0.89 0.09 0.00
101_I 56_D 0.89 0.09 0.00
205_G 280_N 0.89 0.09 0.00
160_M 230_E 0.89 0.09 0.00
32_E 277_I 0.89 0.09 0.00
95_Q 180_P 0.89 0.09 0.00
48_E 268_D 0.89 0.09 0.00
276_L 120_L 0.89 0.09 0.00
159_R 11_A 0.89 0.09 0.00
49_E 186_L 0.89 0.09 0.00
162_D 190_H 0.89 0.09 0.00
186_V 77_L 0.89 0.09 0.00
204_R 111_P 0.89 0.09 0.00
218_A 212_S 0.89 0.09 0.00
157_L 37_R 0.88 0.09 0.00
138_D 16_L 0.88 0.09 0.00
127_S 131_L 0.88 0.09 0.00
142_G 3_G 0.88 0.09 0.00
256_M 201_E 0.88 0.09 0.00
179_A 303_L 0.88 0.09 0.00
62_L 238_L 0.88 0.09 0.00
178_A 245_E 0.88 0.09 0.00
200_V 202_G 0.88 0.09 0.00
222_L 48_D 0.88 0.09 0.00
131_L 131_L 0.88 0.09 0.00
241_S 69_L 0.88 0.09 0.00
247_V 171_D 0.88 0.09 0.00
233_L 98_G 0.88 0.09 0.00
249_L 178_L 0.88 0.09 0.00
62_L 120_L 0.88 0.09 0.00
65_R 103_G 0.88 0.09 0.00
144_P 139_P 0.88 0.09 0.00
91_L 16_L 0.88 0.09 0.00
82_Q 214_Q 0.87 0.09 0.00
50_L 143_L 0.87 0.09 0.00
134_S 164_Q 0.87 0.09 0.00
100_L 280_N 0.87 0.09 0.00
272_L 265_L 0.87 0.09 0.00
115_L 86_P 0.87 0.09 0.00
213_I 94_L 0.87 0.09 0.00
137_R 2_N 0.87 0.09 0.00
255_D 142_L 0.87 0.09 0.00
239_S 185_L 0.87 0.09 0.00
89_P 265_L 0.87 0.09 0.00
216_R 202_G 0.87 0.09 0.00
171_G 262_G 0.87 0.09 0.00
272_L 253_L 0.87 0.09 0.00
133_L 238_L 0.87 0.09 0.00
242_S 9_P 0.87 0.09 0.00
184_A 47_V 0.86 0.09 0.00
141_A 13_R 0.86 0.09 0.00
41_Q 209_Q 0.86 0.09 0.00
152_L 81_A 0.86 0.09 0.00
164_Q 158_P 0.86 0.09 0.00
255_D 267_L 0.86 0.09 0.00
215_A 234_E 0.86 0.09 0.00
196_Y 256_L 0.86 0.09 0.00
50_L 261_P 0.86 0.09 0.00
248_K 178_L 0.86 0.09 0.00
190_Q 287_G 0.86 0.09 0.00
129_R 96_R 0.86 0.09 0.00
175_E 299_R 0.86 0.09 0.00
213_I 181_G 0.86 0.09 0.00
257_H 284_L 0.86 0.09 0.00
192_L 39_D 0.86 0.09 0.00
106_S 277_I 0.86 0.09 0.00
123_S 278_L 0.86 0.09 0.00
237_L 281_Q 0.86 0.09 0.00
44_A 135_L 0.86 0.09 0.00
134_S 286_I 0.86 0.09 0.00
130_F 114_P 0.86 0.09 0.00
88_I 180_P 0.86 0.09 0.00
115_L 169_P 0.86 0.09 0.00
243_R 175_L 0.86 0.09 0.00
278_T 176_R 0.86 0.09 0.00
193_R 262_G 0.86 0.09 0.00
277_V 112_A 0.86 0.09 0.00
37_V 111_P 0.86 0.09 0.00
233_L 206_A 0.85 0.09 0.00
133_L 259_L 0.85 0.09 0.00
76_E 41_A 0.85 0.09 0.00
177_L 299_R 0.85 0.09 0.00
64_K 105_V 0.85 0.09 0.00
125_E 205_W 0.85 0.09 0.00
29_F 205_W 0.85 0.09 0.00
51_T 27_R 0.85 0.09 0.00
231_K 139_P 0.85 0.09 0.00
79_A 40_I 0.85 0.09 0.00
167_E 34_L 0.85 0.09 0.00
146_A 102_P 0.85 0.09 0.00
119_L 251_L 0.85 0.09 0.00
266_A 122_L 0.85 0.09 0.00
32_E 49_L 0.85 0.09 0.00
119_L 247_G 0.85 0.09 0.00
243_R 297_G 0.85 0.09 0.00
62_L 215_L 0.85 0.09 0.00
79_A 75_P 0.84 0.09 0.00
218_A 92_A 0.84 0.09 0.00
190_Q 33_A 0.84 0.09 0.00
81_L 133_L 0.84 0.09 0.00
220_T 76_N 0.84 0.09 0.00
193_R 93_L 0.84 0.09 0.00
262_L 213_T 0.84 0.09 0.00
273_W 10_L 0.84 0.09 0.00
183_A 284_L 0.84 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9188 0.18 PopN - PscQ Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9182 0.19 PopN - PscQ Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9156 0.14 PopN - PscQ Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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