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OPENSEQ.org
2OZA
Genes: A B A+B
Length: 356 366 637
Sequences: 2849 5719 72
Seq/Len: 8 15.63 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.22
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.05 0.01
2 0.02 0.05 0.01
5 0.03 0.06 0.03
10 0.03 0.07 0.05
20 0.04 0.08 0.10
100 0.06 0.18 0.35
∞ 0.14 0.26 0.70
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
138_I 269_A 1.34 0.17 0.00
196_Y 144_L 1.33 0.16 0.00
71_P 290_L 1.25 0.14 0.00
256_M 289_D 1.23 0.14 0.00
181_Y 214_S 1.20 0.13 0.00
161_L 85_K 1.20 0.13 0.00
210_Y 178_A 1.19 0.13 0.00
73_I 314_F 1.18 0.12 0.00
93_V 304_T 1.16 0.12 0.00
208_I 108_V 1.16 0.12 0.00
143_V 222_L 1.16 0.12 0.00
116_E 56_V 1.15 0.12 0.00
126_I 199_I 1.13 0.11 0.00
15_I 244_L 1.12 0.11 0.00
270_M 285_P 1.12 0.11 0.00
102_L 311_H 1.12 0.11 0.00
106_I 128_L 1.12 0.11 0.00
26_L 304_T 1.11 0.11 0.00
254_V 123_V 1.11 0.11 0.00
196_Y 31_Q 1.11 0.11 0.00
176_L 297_L 1.11 0.11 0.00
255_K 170_L 1.10 0.11 0.00
251_S 56_V 1.09 0.11 0.00
98_D 152_I 1.08 0.10 0.00
70_C 178_A 1.08 0.10 0.00
40_K 219_M 1.07 0.10 0.00
185_Y 309_L 1.07 0.10 0.00
130_I 191_T 1.06 0.10 0.00
235_I 81_L 1.05 0.10 0.00
25_V 199_I 1.05 0.10 0.00
215_G 206_Y 1.05 0.10 0.00
138_I 276_F 1.04 0.10 0.00
133_L 42_G 1.03 0.10 0.00
94_M 209_T 1.03 0.10 0.00
138_I 304_T 1.03 0.10 0.00
61_V 265_I 1.02 0.09 0.00
260_N 247_T 1.02 0.09 0.00
115_T 291_L 1.02 0.09 0.00
260_N 26_V 1.01 0.09 0.00
185_Y 314_F 1.01 0.09 0.00
29_G 197_P 1.01 0.09 0.00
159_L 63_R 1.00 0.09 0.00
196_Y 162_L 1.00 0.09 0.00
186_V 240_L 1.00 0.09 0.00
32_G 295_L 1.00 0.09 0.00
223_H 207_N 1.00 0.09 0.00
122_I 275_N 0.99 0.09 0.00
47_A 58_V 0.99 0.09 0.00
73_I 90_I 0.99 0.09 0.00
114_F 220_A 0.98 0.09 0.00
42_T 93_L 0.98 0.09 0.00
138_I 81_L 0.98 0.09 0.00
106_I 78_L 0.98 0.09 0.00
118_E 305_A 0.98 0.09 0.00
22_T 304_T 0.97 0.09 0.00
64_H 82_K 0.97 0.08 0.00
90_L 42_G 0.96 0.08 0.00
149_L 245_V 0.96 0.08 0.00
163_D 198_E 0.94 0.08 0.00
129_A 209_T 0.94 0.08 0.00
160_K 175_F 0.94 0.08 0.00
32_G 144_L 0.94 0.08 0.00
271_T 143_G 0.94 0.08 0.00
162_T 128_L 0.93 0.08 0.00
161_L 137_I 0.93 0.08 0.00
39_N 31_Q 0.93 0.08 0.00
47_A 113_H 0.93 0.08 0.00
262_L 44_V 0.92 0.08 0.00
269_R 246_G 0.92 0.08 0.00
129_A 294_M 0.92 0.08 0.00
260_N 207_N 0.92 0.08 0.00
26_L 298_D 0.92 0.08 0.00
101_E 90_I 0.92 0.08 0.00
218_P 59_K 0.92 0.08 0.00
218_P 174_D 0.92 0.08 0.00
142_D 197_P 0.91 0.08 0.00
251_S 47_A 0.91 0.08 0.00
48_L 58_V 0.91 0.07 0.00
45_K 313_Y 0.91 0.07 0.00
190_V 134_Q 0.91 0.07 0.00
197_D 305_A 0.91 0.07 0.00
71_P 294_M 0.90 0.07 0.00
219_F 44_V 0.90 0.07 0.00
134_H 57_A 0.90 0.07 0.00
71_P 140_I 0.90 0.07 0.00
105_R 244_L 0.89 0.07 0.00
219_F 144_L 0.89 0.07 0.00
42_T 249_G 0.89 0.07 0.00
193_P 58_V 0.89 0.07 0.00
188_P 77_E 0.89 0.07 0.00
188_P 158_K 0.89 0.07 0.00
188_P 161_N 0.89 0.07 0.00
188_P 176_G 0.89 0.07 0.00
188_P 211_D 0.89 0.07 0.00
188_P 213_W 0.89 0.07 0.00
189_E 77_E 0.89 0.07 0.00
189_E 158_K 0.89 0.07 0.00
189_E 161_N 0.89 0.07 0.00
189_E 176_G 0.89 0.07 0.00
189_E 211_D 0.89 0.07 0.00
189_E 213_W 0.89 0.07 0.00
201_D 77_E 0.89 0.07 0.00
201_D 158_K 0.89 0.07 0.00
201_D 161_N 0.89 0.07 0.00
201_D 176_G 0.89 0.07 0.00
201_D 211_D 0.89 0.07 0.00
201_D 213_W 0.89 0.07 0.00
206_G 77_E 0.89 0.07 0.00
206_G 158_K 0.89 0.07 0.00
206_G 161_N 0.89 0.07 0.00
206_G 176_G 0.89 0.07 0.00
206_G 211_D 0.89 0.07 0.00
206_G 213_W 0.89 0.07 0.00
96_C 58_V 0.89 0.07 0.00
129_A 30_Y 0.89 0.07 0.00
252_E 196_A 0.88 0.07 0.00
106_I 191_T 0.88 0.07 0.00
231_M 312_A 0.88 0.07 0.00
147_N 299_S 0.88 0.07 0.00
280_W 245_V 0.88 0.07 0.00
57_A 78_L 0.88 0.07 0.00
79_V 164_V 0.87 0.07 0.00
261_L 170_L 0.87 0.07 0.00
268_Q 219_M 0.87 0.07 0.00
239_Q 157_L 0.87 0.07 0.00
234_R 113_H 0.86 0.07 0.00
240_Y 224_T 0.86 0.07 0.00
117_R 222_L 0.86 0.07 0.00
29_G 216_G 0.86 0.07 0.00
143_V 276_F 0.86 0.07 0.00
180_C 297_L 0.86 0.07 0.00
162_T 42_G 0.86 0.07 0.00
129_A 314_F 0.85 0.07 0.00
260_N 128_L 0.85 0.07 0.00
176_L 309_L 0.85 0.07 0.00
76_I 196_A 0.85 0.07 0.00
260_N 89_V 0.85 0.07 0.00
251_S 49_D 0.85 0.07 0.00
167_A 313_Y 0.85 0.07 0.00
38_F 210_V 0.85 0.07 0.00
176_L 108_V 0.85 0.07 0.00
130_I 96_F 0.85 0.07 0.00
70_C 155_R 0.85 0.07 0.00
167_A 96_F 0.85 0.07 0.00
213_L 266_Q 0.84 0.07 0.00
134_H 175_F 0.84 0.07 0.00
161_L 295_L 0.84 0.07 0.00
91_L 61_L 0.84 0.07 0.00
32_G 303_I 0.84 0.07 0.00
147_N 198_E 0.84 0.07 0.00
130_I 280_F 0.84 0.07 0.00
197_D 190_A 0.84 0.07 0.00
130_I 234_H 0.84 0.07 0.00
264_T 308_A 0.84 0.07 0.00
165_G 197_P 0.83 0.07 0.00
278_H 140_I 0.83 0.07 0.00
137_N 138_Y 0.83 0.07 0.00
283_Q 115_M 0.83 0.07 0.00
243_P 285_P 0.83 0.07 0.00
126_I 200_M 0.83 0.07 0.00
185_Y 304_T 0.83 0.07 0.00
117_R 225_G 0.83 0.07 0.00
102_L 208_Q 0.83 0.06 0.00
251_S 219_M 0.83 0.06 0.00
88_K 222_L 0.83 0.06 0.00
255_K 40_A 0.83 0.06 0.00
196_Y 94_D 0.82 0.06 0.00
256_M 164_V 0.82 0.06 0.00
137_N 85_K 0.82 0.06 0.00
49_K 77_E 0.82 0.06 0.00
49_K 158_K 0.82 0.06 0.00
49_K 161_N 0.82 0.06 0.00
49_K 176_G 0.82 0.06 0.00
49_K 211_D 0.82 0.06 0.00
49_K 213_W 0.82 0.06 0.00
191_L 56_V 0.82 0.06 0.00
62_E 191_T 0.82 0.06 0.00
265_E 204_M 0.82 0.06 0.00
268_Q 137_I 0.82 0.06 0.00
210_Y 32_N 0.82 0.06 0.00
60_E 201_L 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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