May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
test
Genes: A B A+B
Length: 557 190 746
Sequences: 625 773 627
Seq/Len: 1.12 4.07 0.84
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.04
2 0.00 0.00 0.76
5 0.00 0.00 0.84
10 0.00 0.00 0.84
20 0.00 0.00 0.84
100 0.00 0.00 0.84
∞ 0.01 0.01 0.84
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
190_I 30_G 4.09 1.00 1.00
448_P 91_N 3.10 1.00 1.00
249_A 175_V 2.77 1.00 0.99
186_A 26_T 2.59 0.99 0.98
183_L 26_T 2.09 0.95 0.92
198_F 24_L 1.98 0.93 0.88
249_A 167_L 1.92 0.92 0.86
244_F 55_I 1.90 0.91 0.85
204_V 49_V 1.68 0.83 0.71
11_T 170_Y 1.64 0.81 0.69
238_A 83_G 1.35 0.60 0.41
520_L 92_P 1.33 0.58 0.39
130_M 23_P 1.32 0.57 0.37
171_L 14_L 1.31 0.57 0.37
455_E 88_A 1.29 0.55 0.35
135_V 15_L 1.26 0.52 0.32
248_T 167_L 1.25 0.52 0.31
350_M 84_G 1.25 0.51 0.30
237_N 84_G 1.23 0.50 0.29
196_Q 27_T 1.22 0.49 0.28
238_A 84_G 1.22 0.49 0.28
448_P 92_P 1.21 0.48 0.27
46_L 13_F 1.19 0.46 0.26
135_V 11_F 1.19 0.46 0.26
183_L 25_L 1.16 0.43 0.23
57_M 34_F 1.12 0.40 0.20
208_E 59_F 1.12 0.40 0.20
426_T 43_I 1.11 0.39 0.19
187_L 30_G 1.10 0.39 0.19
520_L 66_H 1.09 0.38 0.18
183_L 20_G 1.08 0.37 0.17
184_L 8_L 1.08 0.37 0.17
183_L 29_L 1.05 0.34 0.15
373_F 120_L 1.04 0.34 0.15
8_L 166_P 1.03 0.33 0.14
447_N 91_N 1.02 0.32 0.14
187_L 29_L 1.02 0.32 0.13
77_L 11_F 1.01 0.31 0.13
431_G 101_R 1.00 0.31 0.13
8_L 173_Q 1.00 0.30 0.12
461_S 43_I 0.98 0.29 0.11
242_H 128_L 0.97 0.28 0.11
534_T 88_A 0.97 0.28 0.11
170_L 14_L 0.97 0.28 0.11
204_V 42_L 0.96 0.27 0.10
268_F 166_P 0.94 0.26 0.10
386_F 120_L 0.94 0.26 0.09
136_Q 11_F 0.93 0.25 0.09
212_Q 70_S 0.93 0.25 0.09
446_L 87_L 0.91 0.24 0.08
207_V 179_V 0.91 0.24 0.08
363_M 37_Q 0.91 0.24 0.08
11_T 144_V 0.90 0.24 0.08
50_L 9_S 0.90 0.23 0.08
212_Q 20_G 0.90 0.23 0.08
43_E 185_L 0.90 0.23 0.08
42_V 37_Q 0.90 0.23 0.08
325_S 134_P 0.90 0.23 0.08
96_G 168_V 0.89 0.23 0.08
50_L 13_F 0.89 0.23 0.08
205_N 48_T 0.89 0.23 0.07
552_V 26_T 0.89 0.22 0.07
191_Q 34_F 0.88 0.22 0.07
119_S 81_A 0.88 0.22 0.07
453_F 72_T 0.88 0.22 0.07
50_L 10_T 0.88 0.22 0.07
197_N 43_I 0.88 0.22 0.07
372_V 120_L 0.88 0.22 0.07
313_G 102_V 0.88 0.22 0.07
249_A 166_P 0.88 0.22 0.07
474_L 84_G 0.88 0.22 0.07
77_L 15_L 0.87 0.22 0.07
76_V 121_V 0.87 0.21 0.07
152_I 166_P 0.87 0.21 0.07
325_S 175_V 0.87 0.21 0.07
187_L 27_T 0.87 0.21 0.07
139_L 10_T 0.86 0.21 0.07
358_G 56_G 0.86 0.21 0.07
320_M 118_V 0.86 0.21 0.07
482_N 57_Q 0.86 0.21 0.06
553_A 90_S 0.85 0.21 0.06
453_F 76_P 0.85 0.20 0.06
360_M 163_S 0.85 0.20 0.06
389_L 121_V 0.85 0.20 0.06
353_S 85_S 0.84 0.20 0.06
544_I 84_G 0.84 0.20 0.06
546_A 95_D 0.84 0.20 0.06
373_F 136_A 0.84 0.20 0.06
117_S 84_G 0.83 0.19 0.06
386_F 136_A 0.81 0.18 0.05
124_L 89_V 0.81 0.18 0.05
163_L 183_L 0.81 0.18 0.05
52_V 14_L 0.81 0.18 0.05
190_I 26_T 0.81 0.18 0.05
215_P 80_Q 0.81 0.18 0.05
357_L 125_A 0.80 0.18 0.05
8_L 165_Q 0.80 0.18 0.05
93_Q 180_E 0.80 0.17 0.05
283_L 100_A 0.79 0.17 0.05
67_L 8_L 0.79 0.17 0.05
107_V 8_L 0.79 0.17 0.05
367_Q 4_L 0.79 0.17 0.05
486_A 25_L 0.79 0.17 0.05
356_A 125_A 0.79 0.17 0.04
154_A 167_L 0.79 0.17 0.04
333_S 100_A 0.79 0.17 0.04
390_A 91_N 0.79 0.17 0.04
517_S 144_V 0.79 0.17 0.04
475_S 83_G 0.79 0.17 0.04
136_Q 15_L 0.79 0.17 0.04
370_E 15_L 0.78 0.17 0.04
308_H 90_S 0.78 0.17 0.04
76_V 11_F 0.78 0.17 0.04
456_V 90_S 0.78 0.17 0.04
184_L 152_V 0.78 0.17 0.04
289_V 43_I 0.77 0.16 0.04
487_F 8_L 0.77 0.16 0.04
273_V 173_Q 0.77 0.16 0.04
500_V 15_L 0.77 0.16 0.04
401_T 144_V 0.77 0.16 0.04
62_Y 52_S 0.77 0.16 0.04
453_F 118_V 0.77 0.16 0.04
43_E 143_R 0.76 0.16 0.04
215_P 79_P 0.76 0.16 0.04
274_M 28_V 0.76 0.15 0.04
196_Q 38_A 0.76 0.15 0.04
455_E 90_S 0.75 0.15 0.04
269_A 166_P 0.75 0.15 0.04
186_A 49_V 0.75 0.15 0.04
137_N 15_L 0.75 0.15 0.04
393_I 183_L 0.75 0.15 0.04
293_I 156_T 0.75 0.15 0.04
248_T 175_V 0.74 0.15 0.04
434_L 123_A 0.74 0.15 0.04
244_F 31_Q 0.74 0.15 0.04
95_P 135_Q 0.74 0.15 0.04
325_S 119_E 0.74 0.15 0.04
214_L 42_L 0.74 0.15 0.04
131_A 20_G 0.74 0.15 0.04
73_G 11_F 0.74 0.15 0.04
58_N 9_S 0.74 0.15 0.04
187_L 33_W 0.74 0.15 0.04
265_A 77_Y 0.74 0.15 0.04
479_P 108_A 0.74 0.15 0.04
281_R 65_F 0.74 0.15 0.03
356_A 98_I 0.74 0.15 0.03
264_T 120_L 0.73 0.14 0.03
56_E 142_P 0.73 0.14 0.03
384_M 143_R 0.73 0.14 0.03
9_I 97_L 0.73 0.14 0.03
433_A 25_L 0.73 0.14 0.03
207_V 183_L 0.73 0.14 0.03
261_L 125_A 0.73 0.14 0.03
268_F 170_Y 0.73 0.14 0.03
331_V 166_P 0.72 0.14 0.03
418_A 67_G 0.72 0.14 0.03
208_E 114_A 0.72 0.14 0.03
236_F 55_I 0.72 0.14 0.03
74_L 30_G 0.72 0.14 0.03
242_H 55_I 0.72 0.14 0.03
197_N 55_I 0.72 0.14 0.03
151_L 11_F 0.72 0.14 0.03
169_D 52_S 0.72 0.14 0.03
430_M 49_V 0.72 0.14 0.03
45_V 144_V 0.71 0.14 0.03
171_L 158_L 0.71 0.14 0.03
157_R 65_F 0.71 0.13 0.03
538_V 160_A 0.71 0.13 0.03
341_A 136_A 0.71 0.13 0.03
442_R 171_I 0.71 0.13 0.03
555_Y 10_T 0.71 0.13 0.03
99_W 93_E 0.70 0.13 0.03
258_A 34_F 0.70 0.13 0.03
273_V 119_E 0.70 0.13 0.03
269_A 131_N 0.70 0.13 0.03
44_R 157_Q 0.70 0.13 0.03
419_L 147_A 0.70 0.13 0.03
198_F 21_V 0.70 0.13 0.03
123_T 18_T 0.70 0.13 0.03
200_P 16_L 0.70 0.13 0.03
299_M 101_R 0.69 0.13 0.03
306_N 91_N 0.69 0.13 0.03
69_L 15_L 0.69 0.13 0.03
427_L 14_L 0.69 0.13 0.03
325_S 131_N 0.69 0.13 0.03
536_L 17_I 0.69 0.13 0.03
119_S 164_Q 0.69 0.13 0.03
273_V 13_F 0.69 0.13 0.03
179_V 63_G 0.69 0.13 0.03
222_Q 15_L 0.69 0.13 0.03
248_T 168_V 0.69 0.13 0.03
428_V 73_A 0.69 0.13 0.03
188_F 96_K 0.69 0.13 0.03
248_T 21_V 0.69 0.12 0.03
445_M 88_A 0.69 0.12 0.03
465_N 97_L 0.69 0.12 0.03
313_G 98_I 0.68 0.12 0.03
366_M 116_V 0.68 0.12 0.03
520_L 61_G 0.68 0.12 0.03
524_G 69_P 0.68 0.12 0.03
360_M 83_G 0.68 0.12 0.03
42_V 55_I 0.68 0.12 0.03
474_L 56_G 0.68 0.12 0.03
516_S 155_L 0.68 0.12 0.03
354_F 63_G 0.68 0.12 0.03
30_L 165_Q 0.68 0.12 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1092 seconds.