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OPENSEQ.org
bama_fadL_gonor
Genes: A B A+B
Length: 792 427 1153
Sequences: 1555 2311 632
Seq/Len: 1.96 5.41 0.55
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.53
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.05 0.00
2 0.02 0.05 0.00
5 0.02 0.05 0.00
10 0.02 0.05 0.03
20 0.02 0.06 0.04
100 0.02 0.07 0.09
∞ 0.04 0.13 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
365_V 246_A 1.16 0.33 0.00
74_V 56_V 1.15 0.32 0.00
136_L 343_T 1.14 0.32 0.00
394_Y 293_L 1.14 0.31 0.00
365_V 343_T 1.09 0.29 0.00
259_V 341_F 1.09 0.28 0.00
645_I 323_D 1.08 0.28 0.00
259_V 269_L 1.08 0.28 0.00
621_L 356_N 1.07 0.27 0.00
308_I 355_Q 1.07 0.27 0.00
145_K 215_Y 1.07 0.27 0.00
608_Y 287_W 1.05 0.26 0.00
259_V 270_N 1.05 0.26 0.00
264_R 57_N 1.05 0.26 0.00
172_K 343_T 1.04 0.25 0.00
94_G 371_A 1.04 0.25 0.00
96_L 352_V 1.03 0.25 0.00
259_V 343_T 1.03 0.25 0.00
341_I 145_G 1.03 0.24 0.00
291_K 225_L 1.02 0.24 0.00
754_G 240_S 1.02 0.24 0.00
432_W 49_A 1.01 0.24 0.00
79_A 219_K 1.01 0.24 0.00
181_F 215_Y 1.00 0.23 0.00
264_R 14_G 1.00 0.23 0.00
177_T 329_L 0.99 0.23 0.00
651_F 387_V 0.99 0.23 0.00
651_F 333_Y 0.99 0.22 0.00
288_L 383_V 0.99 0.22 0.00
662_Y 269_L 0.99 0.22 0.00
295_W 386_G 0.98 0.22 0.00
621_L 370_S 0.98 0.22 0.00
47_V 331_T 0.98 0.22 0.00
185_Q 323_D 0.98 0.22 0.00
507_K 129_N 0.98 0.22 0.00
255_I 55_D 0.98 0.22 0.00
239_I 383_V 0.98 0.22 0.00
247_N 14_G 0.97 0.21 0.00
352_I 47_A 0.97 0.21 0.00
531_L 223_Y 0.97 0.21 0.00
301_M 133_A 0.97 0.21 0.00
164_I 230_E 0.96 0.21 0.00
168_I 378_N 0.96 0.21 0.00
608_Y 49_A 0.95 0.20 0.00
25_I 76_T 0.95 0.20 0.00
25_I 26_D 0.95 0.20 0.00
225_V 142_F 0.95 0.20 0.00
572_G 142_F 0.94 0.20 0.00
484_S 299_S 0.94 0.20 0.00
472_S 329_L 0.94 0.20 0.00
625_F 223_Y 0.94 0.20 0.00
600_A 298_W 0.93 0.20 0.00
239_I 97_S 0.93 0.20 0.00
384_R 51_Y 0.93 0.19 0.00
284_L 273_E 0.93 0.19 0.00
106_N 339_W 0.93 0.19 0.00
595_V 111_T 0.92 0.19 0.00
414_L 345_I 0.91 0.18 0.00
667_L 61_T 0.91 0.18 0.00
285_E 289_I 0.91 0.18 0.00
610_S 118_G 0.91 0.18 0.00
168_I 142_F 0.91 0.18 0.00
394_Y 337_D 0.90 0.18 0.00
255_I 136_L 0.90 0.18 0.00
192_L 2_G 0.89 0.18 0.00
74_V 236_K 0.89 0.17 0.00
85_L 277_V 0.89 0.17 0.00
765_M 386_G 0.89 0.17 0.00
668_G 14_G 0.89 0.17 0.00
216_Q 264_S 0.89 0.17 0.00
88_I 209_W 0.89 0.17 0.00
590_G 372_G 0.88 0.17 0.00
229_Y 375_Y 0.88 0.17 0.00
54_N 321_F 0.88 0.17 0.00
608_Y 289_I 0.88 0.17 0.00
621_L 236_K 0.88 0.17 0.00
382_L 387_V 0.88 0.17 0.00
30_V 370_S 0.87 0.17 0.00
418_L 96_A 0.87 0.17 0.00
352_I 373_T 0.87 0.17 0.00
416_M 57_N 0.87 0.17 0.00
259_V 306_A 0.87 0.16 0.00
682_G 95_G 0.87 0.16 0.00
626_T 111_T 0.87 0.16 0.00
365_V 329_L 0.86 0.16 0.00
61_I 369_L 0.86 0.16 0.00
306_G 219_K 0.86 0.16 0.00
652_Y 377_F 0.86 0.16 0.00
394_Y 213_I 0.86 0.16 0.00
255_I 277_V 0.86 0.16 0.00
283_E 293_L 0.86 0.16 0.00
30_V 365_D 0.85 0.16 0.00
715_G 135_R 0.85 0.16 0.00
380_S 140_W 0.85 0.16 0.00
253_Q 292_S 0.85 0.16 0.00
47_V 134_Y 0.85 0.16 0.00
513_G 37_I 0.85 0.16 0.00
234_Y 268_T 0.85 0.16 0.00
408_T 133_A 0.85 0.16 0.00
189_D 225_L 0.85 0.16 0.00
369_L 389_Y 0.85 0.16 0.00
414_L 220_N 0.85 0.15 0.00
743_T 14_G 0.85 0.15 0.00
770_A 221_N 0.85 0.15 0.00
684_N 287_W 0.85 0.15 0.00
691_A 277_V 0.85 0.15 0.00
322_I 16_A 0.85 0.15 0.00
96_L 277_V 0.84 0.15 0.00
30_V 234_D 0.84 0.15 0.00
754_G 331_T 0.84 0.15 0.00
516_R 331_T 0.84 0.15 0.00
96_L 9_S 0.83 0.15 0.00
691_A 88_I 0.83 0.15 0.00
460_A 231_V 0.83 0.15 0.00
111_K 336_D 0.83 0.15 0.00
29_R 339_W 0.83 0.15 0.00
751_S 144_L 0.83 0.15 0.00
150_I 392_G 0.83 0.15 0.00
430_A 289_I 0.83 0.15 0.00
475_D 204_Q 0.83 0.15 0.00
412_V 142_F 0.83 0.15 0.00
196_M 381_A 0.83 0.15 0.00
269_K 394_S 0.83 0.15 0.00
399_Q 371_A 0.83 0.15 0.00
517_M 94_W 0.82 0.15 0.00
341_I 286_Q 0.82 0.15 0.00
471_L 244_N 0.82 0.14 0.00
493_A 225_L 0.82 0.14 0.00
669_P 275_W 0.82 0.14 0.00
148_I 287_W 0.82 0.14 0.00
346_K 328_A 0.82 0.14 0.00
136_L 77_A 0.82 0.14 0.00
610_S 18_S 0.82 0.14 0.00
390_E 15_R 0.82 0.14 0.00
595_V 369_L 0.82 0.14 0.00
440_M 415_T 0.82 0.14 0.00
485_L 221_N 0.82 0.14 0.00
349_V 386_G 0.81 0.14 0.00
341_I 99_T 0.81 0.14 0.00
770_A 211_A 0.81 0.14 0.00
27_D 94_W 0.81 0.14 0.00
308_I 358_S 0.81 0.14 0.00
489_I 218_D 0.81 0.14 0.00
164_I 10_S 0.81 0.14 0.00
74_V 159_A 0.81 0.14 0.00
85_L 415_T 0.81 0.14 0.00
60_A 225_L 0.81 0.14 0.00
155_T 225_L 0.81 0.14 0.00
136_L 236_K 0.81 0.14 0.00
309_Q 339_W 0.81 0.14 0.00
667_L 42_R 0.81 0.14 0.00
308_I 268_T 0.80 0.14 0.00
662_Y 389_Y 0.80 0.14 0.00
587_P 92_F 0.80 0.14 0.00
494_F 133_A 0.80 0.14 0.00
714_A 335_Y 0.80 0.14 0.00
74_V 270_N 0.80 0.14 0.00
51_D 210_N 0.80 0.14 0.00
191_K 393_Q 0.80 0.14 0.00
98_I 343_T 0.80 0.14 0.00
771_Y 279_G 0.80 0.14 0.00
150_I 414_G 0.80 0.14 0.00
250_K 37_I 0.80 0.14 0.00
416_M 347_F 0.80 0.14 0.00
33_L 336_D 0.80 0.14 0.00
164_I 56_V 0.80 0.14 0.00
621_L 10_S 0.80 0.14 0.00
109_I 337_D 0.80 0.14 0.00
449_L 341_F 0.80 0.14 0.00
643_K 236_K 0.79 0.13 0.00
177_T 131_S 0.79 0.13 0.00
239_I 57_N 0.79 0.13 0.00
705_T 347_F 0.79 0.13 0.00
576_W 291_Y 0.79 0.13 0.00
429_S 129_N 0.79 0.13 0.00
489_I 415_T 0.79 0.13 0.00
787_Q 92_F 0.79 0.13 0.00
359_K 340_T 0.79 0.13 0.00
93_I 374_T 0.79 0.13 0.00
687_A 79_V 0.78 0.13 0.00
347_I 327_I 0.78 0.13 0.00
74_V 336_D 0.78 0.13 0.00
611_A 68_L 0.78 0.13 0.00
98_I 31_S 0.78 0.13 0.00
239_I 144_L 0.78 0.13 0.00
467_L 323_D 0.78 0.13 0.00
418_L 220_N 0.78 0.13 0.00
378_D 206_G 0.78 0.13 0.00
651_F 93_G 0.78 0.13 0.00
75_R 138_N 0.78 0.13 0.00
575_G 148_A 0.78 0.13 0.00
251_T 110_D 0.78 0.13 0.00
358_N 142_F 0.78 0.13 0.00
394_Y 42_R 0.78 0.13 0.00
317_Y 384_D 0.77 0.13 0.00
515_V 154_K 0.77 0.13 0.00
164_I 98_I 0.77 0.13 0.00
677_E 219_K 0.77 0.13 0.00
697_M 45_F 0.77 0.13 0.00
266_R 350_S 0.77 0.13 0.00
341_I 37_I 0.77 0.12 0.00
667_L 10_S 0.77 0.12 0.00
431_G 342_R 0.77 0.12 0.00
296_Y 76_T 0.77 0.12 0.00
649_E 289_I 0.77 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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