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OPENSEQ.org
HnQO
Genes: A B A+B
Length: 267 788 1035
Sequences: 5859 156 138
Seq/Len: 21.94 0.2 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.12
2 0.01 0.00 0.13
5 0.01 0.01 0.13
10 0.01 0.02 0.13
20 0.03 0.04 0.13
100 0.05 0.06 0.13
∞ 0.16 0.16 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
108_I 728_Q 1.82 0.39 0.00
56_K 644_I 1.80 0.38 0.00
203_I 537_R 1.57 0.27 0.00
38_L 566_A 1.52 0.25 0.00
225_V 44_E 1.49 0.24 0.00
56_K 532_A 1.48 0.23 0.00
59_R 530_E 1.48 0.23 0.00
192_V 608_N 1.39 0.20 0.00
62_I 670_L 1.39 0.20 0.00
223_L 400_F 1.39 0.20 0.00
26_Y 65_S 1.38 0.20 0.00
36_M 528_L 1.38 0.20 0.00
235_V 748_T 1.36 0.19 0.00
190_A 568_I 1.35 0.19 0.00
223_L 365_S 1.34 0.18 0.00
192_V 21_E 1.34 0.18 0.00
196_T 539_K 1.33 0.18 0.00
207_A 181_P 1.32 0.18 0.00
235_V 66_A 1.32 0.18 0.00
47_S 783_Y 1.31 0.17 0.00
258_A 81_L 1.30 0.17 0.00
204_A 680_G 1.28 0.17 0.00
219_L 613_T 1.28 0.17 0.00
223_L 504_E 1.27 0.16 0.00
146_I 60_I 1.27 0.16 0.00
228_G 562_V 1.27 0.16 0.00
59_R 98_A 1.27 0.16 0.00
225_V 104_A 1.26 0.16 0.00
172_L 686_M 1.26 0.16 0.00
172_L 50_K 1.25 0.16 0.00
259_L 693_A 1.24 0.15 0.00
128_V 394_Q 1.24 0.15 0.00
38_L 607_T 1.24 0.15 0.00
20_Q 666_A 1.23 0.15 0.00
156_S 619_T 1.22 0.15 0.00
263_V 337_P 1.22 0.15 0.00
235_V 348_L 1.22 0.15 0.00
108_I 446_Q 1.22 0.15 0.00
187_S 730_T 1.21 0.15 0.00
255_M 625_R 1.20 0.14 0.00
132_E 590_I 1.20 0.14 0.00
202_Q 783_Y 1.19 0.14 0.00
52_H 183_S 1.19 0.14 0.00
211_K 756_Y 1.19 0.14 0.00
228_G 50_K 1.19 0.14 0.00
203_I 752_R 1.19 0.14 0.00
116_I 289_D 1.18 0.14 0.00
25_L 538_L 1.17 0.14 0.00
138_V 301_V 1.17 0.13 0.00
166_K 537_R 1.17 0.13 0.00
223_L 626_E 1.17 0.13 0.00
228_G 677_G 1.16 0.13 0.00
223_L 104_A 1.16 0.13 0.00
138_V 495_P 1.16 0.13 0.00
267_F 646_G 1.15 0.13 0.00
36_M 504_E 1.15 0.13 0.00
223_L 545_L 1.15 0.13 0.00
181_I 343_F 1.15 0.13 0.00
205_Q 70_T 1.15 0.13 0.00
79_Y 3_P 1.15 0.13 0.00
235_V 62_F 1.15 0.13 0.00
139_E 785_S 1.14 0.13 0.00
89_Q 299_A 1.14 0.13 0.00
193_D 34_F 1.14 0.13 0.00
47_S 585_G 1.13 0.13 0.00
10_V 280_S 1.13 0.13 0.00
228_G 389_L 1.13 0.12 0.00
228_G 560_D 1.12 0.12 0.00
101_A 494_Y 1.12 0.12 0.00
26_Y 755_D 1.12 0.12 0.00
81_L 304_L 1.12 0.12 0.00
138_V 62_F 1.12 0.12 0.00
71_T 302_E 1.12 0.12 0.00
56_K 778_K 1.12 0.12 0.00
85_G 761_F 1.12 0.12 0.00
223_L 130_K 1.11 0.12 0.00
258_A 104_A 1.11 0.12 0.00
139_E 530_E 1.11 0.12 0.00
9_R 65_S 1.11 0.12 0.00
225_V 174_A 1.11 0.12 0.00
228_G 366_R 1.11 0.12 0.00
264_K 681_Q 1.11 0.12 0.00
258_A 656_E 1.11 0.12 0.00
204_A 139_L 1.10 0.12 0.00
258_A 63_I 1.10 0.12 0.00
55_W 595_L 1.10 0.12 0.00
179_P 632_G 1.10 0.12 0.00
209_N 302_E 1.10 0.12 0.00
79_Y 189_R 1.09 0.12 0.00
223_L 376_L 1.09 0.12 0.00
12_K 778_K 1.09 0.12 0.00
173_D 533_P 1.09 0.12 0.00
56_K 672_K 1.09 0.12 0.00
132_E 667_F 1.09 0.12 0.00
138_V 47_S 1.09 0.12 0.00
190_A 586_I 1.09 0.12 0.00
58_N 31_S 1.08 0.12 0.00
192_V 638_I 1.08 0.11 0.00
65_A 653_S 1.08 0.11 0.00
47_S 725_Y 1.08 0.11 0.00
36_M 763_P 1.08 0.11 0.00
65_A 105_P 1.08 0.11 0.00
97_A 172_Q 1.07 0.11 0.00
205_Q 202_R 1.07 0.11 0.00
62_I 115_E 1.07 0.11 0.00
32_A 19_I 1.07 0.11 0.00
235_V 711_T 1.07 0.11 0.00
202_Q 308_D 1.07 0.11 0.00
132_E 383_R 1.06 0.11 0.00
186_V 778_K 1.06 0.11 0.00
264_K 366_R 1.06 0.11 0.00
210_L 242_P 1.06 0.11 0.00
56_K 384_E 1.06 0.11 0.00
55_W 742_I 1.06 0.11 0.00
188_H 32_R 1.06 0.11 0.00
47_S 512_M 1.06 0.11 0.00
235_V 50_K 1.05 0.11 0.00
181_I 679_T 1.05 0.11 0.00
132_E 725_Y 1.05 0.11 0.00
177_P 663_F 1.05 0.11 0.00
257_D 648_D 1.04 0.11 0.00
236_D 370_K 1.04 0.11 0.00
79_Y 490_S 1.04 0.11 0.00
143_D 264_A 1.04 0.10 0.00
207_A 57_E 1.04 0.10 0.00
228_G 534_M 1.04 0.10 0.00
158_M 219_P 1.03 0.10 0.00
65_A 54_R 1.03 0.10 0.00
258_A 783_Y 1.03 0.10 0.00
228_G 558_D 1.03 0.10 0.00
206_K 113_E 1.03 0.10 0.00
36_M 60_I 1.03 0.10 0.00
73_S 243_D 1.03 0.10 0.00
21_D 365_S 1.03 0.10 0.00
244_T 87_K 1.02 0.10 0.00
62_I 679_T 1.02 0.10 0.00
27_R 29_E 1.02 0.10 0.00
177_P 207_L 1.02 0.10 0.00
36_M 633_D 1.02 0.10 0.00
38_L 618_K 1.02 0.10 0.00
38_L 299_A 1.02 0.10 0.00
13_E 616_E 1.02 0.10 0.00
205_Q 117_F 1.01 0.10 0.00
263_V 710_L 1.01 0.10 0.00
95_V 49_L 1.01 0.10 0.00
258_A 585_G 1.01 0.10 0.00
171_A 236_E 1.01 0.10 0.00
62_I 489_A 1.00 0.10 0.00
138_V 769_L 1.00 0.10 0.00
20_Q 27_W 1.00 0.10 0.00
205_Q 81_L 1.00 0.10 0.00
266_F 539_K 1.00 0.10 0.00
223_L 783_Y 1.00 0.10 0.00
257_D 751_P 1.00 0.10 0.00
231_I 108_V 1.00 0.10 0.00
71_T 299_A 1.00 0.10 0.00
241_C 53_G 1.00 0.10 0.00
156_S 474_D 1.00 0.10 0.00
101_A 692_H 0.99 0.10 0.00
235_V 618_K 0.99 0.10 0.00
225_V 783_Y 0.99 0.10 0.00
223_L 390_A 0.99 0.10 0.00
132_E 736_E 0.99 0.10 0.00
203_I 239_I 0.99 0.10 0.00
178_K 371_A 0.99 0.10 0.00
59_R 203_L 0.99 0.10 0.00
83_K 320_N 0.99 0.10 0.00
20_Q 68_P 0.99 0.10 0.00
10_V 486_P 0.99 0.10 0.00
68_E 655_V 0.99 0.10 0.00
67_N 695_H 0.99 0.10 0.00
34_I 659_R 0.98 0.10 0.00
225_V 385_L 0.98 0.10 0.00
132_E 660_F 0.98 0.10 0.00
135_G 157_W 0.98 0.09 0.00
65_A 246_D 0.98 0.09 0.00
228_G 291_A 0.98 0.09 0.00
79_Y 395_Q 0.98 0.09 0.00
20_Q 41_A 0.98 0.09 0.00
52_H 378_D 0.98 0.09 0.00
249_I 177_S 0.98 0.09 0.00
36_M 56_D 0.98 0.09 0.00
190_A 95_E 0.98 0.09 0.00
238_R 668_D 0.97 0.09 0.00
171_A 280_S 0.97 0.09 0.00
121_P 111_L 0.97 0.09 0.00
121_P 637_R 0.97 0.09 0.00
47_S 51_A 0.97 0.09 0.00
97_A 232_P 0.97 0.09 0.00
59_R 184_R 0.97 0.09 0.00
53_M 663_F 0.97 0.09 0.00
223_L 409_S 0.97 0.09 0.00
87_R 569_G 0.97 0.09 0.00
138_V 85_V 0.97 0.09 0.00
203_I 169_F 0.97 0.09 0.00
180_D 670_L 0.97 0.09 0.00
258_A 745_F 0.97 0.09 0.00
18_A 353_E 0.96 0.09 0.00
258_A 27_W 0.96 0.09 0.00
62_I 448_L 0.96 0.09 0.00
180_D 40_K 0.96 0.09 0.00
31_E 49_L 0.96 0.09 0.00
225_V 626_E 0.96 0.09 0.00
134_K 139_L 0.96 0.09 0.00
203_I 306_M 0.96 0.09 0.00
138_V 4_A 0.96 0.09 0.00
18_A 636_N 0.96 0.09 0.00
190_A 658_F 0.96 0.09 0.00
227_A 643_A 0.95 0.09 0.00
132_E 364_W 0.95 0.09 0.00
9_R 11_L 0.95 0.09 0.00
15_Y 12_F 0.95 0.09 0.00
186_V 594_D 0.95 0.09 0.00
50_V 167_T 0.95 0.09 0.00
195_D 540_Y 0.95 0.09 0.00
7_Q 635_L 0.95 0.09 0.00
79_Y 534_M 0.95 0.09 0.00
82_D 359_H 0.95 0.09 0.00
141_H 414_D 0.95 0.09 0.00
79_Y 101_F 0.95 0.09 0.00
223_L 91_K 0.95 0.09 0.00
62_I 664_D 0.95 0.09 0.00
55_W 719_D 0.95 0.09 0.00
72_A 268_H 0.95 0.09 0.00
20_Q 226_S 0.95 0.09 0.00
65_A 78_V 0.95 0.09 0.00
15_Y 540_Y 0.94 0.09 0.00
254_D 162_I 0.94 0.09 0.00
12_K 752_R 0.94 0.09 0.00
50_V 679_T 0.94 0.09 0.00
194_K 529_F 0.94 0.09 0.00
223_L 135_L 0.94 0.09 0.00
131_L 726_L 0.94 0.09 0.00
132_E 448_L 0.94 0.09 0.00
20_Q 37_M 0.94 0.09 0.00
223_L 27_W 0.94 0.09 0.00
267_F 754_D 0.94 0.09 0.00
180_D 436_Q 0.94 0.09 0.00
190_A 492_R 0.94 0.09 0.00
47_S 365_S 0.94 0.09 0.00
132_E 358_T 0.94 0.09 0.00
223_L 117_F 0.93 0.09 0.00
231_I 457_T 0.93 0.09 0.00
204_A 73_I 0.93 0.09 0.00
204_A 630_L 0.93 0.09 0.00
226_Y 787_T 0.93 0.09 0.00
235_V 241_L 0.93 0.09 0.00
163_Q 539_K 0.93 0.09 0.00
242_T 78_V 0.93 0.09 0.00
256_R 289_D 0.93 0.09 0.00
62_I 358_T 0.93 0.09 0.00
190_A 526_N 0.93 0.09 0.00
130_P 343_F 0.93 0.09 0.00
183_A 385_L 0.93 0.09 0.00
24_E 338_T 0.93 0.09 0.00
10_V 388_A 0.93 0.08 0.00
73_S 540_Y 0.93 0.08 0.00
225_V 742_I 0.93 0.08 0.00
247_N 29_E 0.93 0.08 0.00
108_I 159_T 0.92 0.08 0.00
135_G 626_E 0.92 0.08 0.00
62_I 744_T 0.92 0.08 0.00
26_Y 663_F 0.92 0.08 0.00
211_K 54_R 0.92 0.08 0.00
125_H 585_G 0.92 0.08 0.00
228_G 344_D 0.92 0.08 0.00
55_W 668_D 0.92 0.08 0.00
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101_A 428_N 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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