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OPENSEQ.org
weather1
Genes: A B A+B
Length: 1000 224 1204
Sequences: 135 147 123
Seq/Len: 0.14 0.66 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.00
2 0.02 0.01 0.01
5 0.02 0.01 0.10
10 0.02 0.01 0.10
20 0.02 0.01 0.10
100 0.02 0.01 0.10
∞ 0.02 0.01 0.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
310_L 199_L 1.71 0.28 0.00
938_I 185_L 1.66 0.26 0.00
674_I 96_E 1.66 0.26 0.00
216_L 199_L 1.56 0.23 0.00
633_R 185_L 1.49 0.20 0.00
824_R 197_L 1.44 0.18 0.00
165_M 72_F 1.43 0.18 0.00
960_I 7_L 1.42 0.18 0.00
998_G 28_D 1.40 0.17 0.00
133_H 128_I 1.40 0.17 0.00
448_L 121_L 1.38 0.17 0.00
652_M 66_V 1.37 0.17 0.00
96_K 196_V 1.37 0.16 0.00
423_L 6_N 1.34 0.16 0.00
824_R 199_L 1.34 0.16 0.00
819_Y 130_I 1.29 0.14 0.00
848_Q 6_N 1.27 0.14 0.00
83_I 182_V 1.26 0.14 0.00
938_I 78_T 1.25 0.13 0.00
567_Q 130_I 1.23 0.13 0.00
444_I 194_L 1.23 0.13 0.00
728_I 12_L 1.23 0.13 0.00
321_L 199_L 1.22 0.13 0.00
80_K 169_I 1.19 0.12 0.00
848_Q 72_F 1.18 0.12 0.00
162_L 96_E 1.17 0.12 0.00
330_D 6_N 1.16 0.12 0.00
891_L 125_Y 1.16 0.11 0.00
895_L 158_I 1.15 0.11 0.00
522_F 156_L 1.15 0.11 0.00
486_V 170_F 1.14 0.11 0.00
852_K 24_L 1.13 0.11 0.00
158_I 199_L 1.13 0.11 0.00
35_K 28_D 1.12 0.11 0.00
248_L 111_L 1.12 0.11 0.00
921_I 185_L 1.12 0.11 0.00
292_D 83_I 1.11 0.10 0.00
896_I 156_L 1.10 0.10 0.00
813_E 176_F 1.09 0.10 0.00
751_L 7_L 1.09 0.10 0.00
152_K 35_I 1.09 0.10 0.00
344_R 66_V 1.09 0.10 0.00
430_Q 217_F 1.09 0.10 0.00
499_M 198_F 1.08 0.10 0.00
166_I 13_D 1.08 0.10 0.00
132_Y 51_F 1.08 0.10 0.00
891_L 83_I 1.07 0.10 0.00
524_V 60_E 1.07 0.10 0.00
748_V 80_L 1.07 0.10 0.00
670_L 150_E 1.07 0.10 0.00
854_D 44_E 1.06 0.10 0.00
367_I 140_K 1.06 0.10 0.00
943_M 46_S 1.05 0.10 0.00
384_L 156_L 1.05 0.09 0.00
229_L 50_F 1.05 0.09 0.00
309_I 193_N 1.05 0.09 0.00
327_K 169_I 1.05 0.09 0.00
195_T 7_L 1.05 0.09 0.00
651_V 68_D 1.04 0.09 0.00
689_S 139_V 1.04 0.09 0.00
395_V 26_L 1.04 0.09 0.00
335_D 170_F 1.04 0.09 0.00
623_I 169_I 1.04 0.09 0.00
256_F 117_L 1.04 0.09 0.00
493_Q 39_C 1.03 0.09 0.00
644_A 16_I 1.03 0.09 0.00
825_D 152_C 1.03 0.09 0.00
520_E 187_E 1.03 0.09 0.00
658_R 216_Y 1.02 0.09 0.00
134_E 16_I 1.02 0.09 0.00
396_K 72_F 1.02 0.09 0.00
406_Q 185_L 1.02 0.09 0.00
738_K 176_F 1.02 0.09 0.00
499_M 189_I 1.02 0.09 0.00
618_D 178_T 1.01 0.09 0.00
747_V 187_E 1.01 0.09 0.00
80_K 161_Y 1.01 0.09 0.00
215_I 16_I 1.01 0.09 0.00
503_D 155_I 1.01 0.09 0.00
959_V 19_R 1.01 0.09 0.00
55_L 116_C 1.01 0.09 0.00
533_Y 196_V 1.01 0.09 0.00
406_Q 127_E 1.01 0.09 0.00
85_Y 129_T 1.01 0.09 0.00
728_I 108_I 1.01 0.09 0.00
175_E 80_L 1.00 0.09 0.00
749_D 16_I 1.00 0.09 0.00
126_I 158_I 0.99 0.08 0.00
184_D 134_I 0.99 0.08 0.00
751_L 175_A 0.99 0.08 0.00
729_A 183_A 0.99 0.08 0.00
895_L 92_N 0.99 0.08 0.00
344_R 83_I 0.98 0.08 0.00
684_L 129_T 0.98 0.08 0.00
810_L 127_E 0.98 0.08 0.00
166_I 87_L 0.98 0.08 0.00
604_I 68_D 0.98 0.08 0.00
168_F 121_L 0.98 0.08 0.00
509_E 185_L 0.98 0.08 0.00
544_L 9_F 0.98 0.08 0.00
982_I 89_S 0.98 0.08 0.00
862_T 61_S 0.98 0.08 0.00
611_L 138_G 0.97 0.08 0.00
765_I 185_L 0.97 0.08 0.00
734_S 5_M 0.97 0.08 0.00
309_I 189_I 0.97 0.08 0.00
765_I 70_L 0.97 0.08 0.00
630_F 168_L 0.97 0.08 0.00
106_E 79_I 0.97 0.08 0.00
689_S 176_F 0.97 0.08 0.00
824_R 30_C 0.97 0.08 0.00
862_T 18_L 0.97 0.08 0.00
521_Y 149_F 0.97 0.08 0.00
534_V 156_L 0.97 0.08 0.00
747_V 122_D 0.96 0.08 0.00
126_I 141_V 0.96 0.08 0.00
64_E 32_F 0.96 0.08 0.00
165_M 210_Y 0.96 0.08 0.00
261_D 83_I 0.95 0.08 0.00
430_Q 150_E 0.95 0.08 0.00
812_N 7_L 0.95 0.08 0.00
414_I 32_F 0.94 0.08 0.00
324_S 158_I 0.94 0.08 0.00
93_E 196_V 0.94 0.08 0.00
704_D 39_C 0.94 0.08 0.00
276_D 73_D 0.94 0.08 0.00
856_I 89_S 0.94 0.08 0.00
781_S 155_I 0.94 0.08 0.00
486_V 182_V 0.94 0.08 0.00
568_L 53_H 0.94 0.08 0.00
99_D 199_L 0.94 0.08 0.00
119_R 16_I 0.94 0.08 0.00
300_L 109_T 0.94 0.08 0.00
652_M 196_V 0.93 0.08 0.00
849_S 180_D 0.93 0.07 0.00
46_S 35_I 0.93 0.07 0.00
380_I 191_L 0.93 0.07 0.00
832_L 168_L 0.93 0.07 0.00
276_D 179_K 0.93 0.07 0.00
361_N 197_L 0.93 0.07 0.00
630_F 167_L 0.92 0.07 0.00
23_A 7_L 0.92 0.07 0.00
18_N 197_L 0.92 0.07 0.00
919_G 7_L 0.92 0.07 0.00
884_K 169_I 0.92 0.07 0.00
412_G 172_N 0.92 0.07 0.00
272_K 200_E 0.92 0.07 0.00
324_S 214_E 0.92 0.07 0.00
402_L 39_C 0.92 0.07 0.00
300_L 210_Y 0.92 0.07 0.00
768_A 8_N 0.92 0.07 0.00
414_I 185_L 0.92 0.07 0.00
514_K 75_N 0.91 0.07 0.00
407_R 162_L 0.91 0.07 0.00
544_L 121_L 0.91 0.07 0.00
674_I 134_I 0.91 0.07 0.00
521_Y 197_L 0.91 0.07 0.00
447_I 178_T 0.91 0.07 0.00
522_F 91_F 0.91 0.07 0.00
745_V 183_A 0.91 0.07 0.00
486_V 34_K 0.91 0.07 0.00
149_S 26_L 0.91 0.07 0.00
570_E 197_L 0.90 0.07 0.00
525_Y 129_T 0.90 0.07 0.00
503_D 217_F 0.90 0.07 0.00
998_G 11_L 0.90 0.07 0.00
217_S 85_A 0.90 0.07 0.00
713_Q 214_E 0.90 0.07 0.00
482_F 139_V 0.90 0.07 0.00
618_D 196_V 0.90 0.07 0.00
730_N 195_T 0.90 0.07 0.00
134_E 185_L 0.90 0.07 0.00
55_L 152_C 0.90 0.07 0.00
91_S 177_L 0.90 0.07 0.00
446_K 13_D 0.90 0.07 0.00
149_S 32_F 0.90 0.07 0.00
408_T 156_L 0.90 0.07 0.00
232_Q 189_I 0.90 0.07 0.00
585_S 167_L 0.90 0.07 0.00
486_V 173_S 0.89 0.07 0.00
404_R 61_S 0.89 0.07 0.00
601_L 84_H 0.89 0.07 0.00
133_H 205_Y 0.89 0.07 0.00
649_D 214_E 0.89 0.07 0.00
976_F 93_E 0.89 0.07 0.00
61_E 18_L 0.89 0.07 0.00
136_Y 124_E 0.89 0.07 0.00
929_R 162_L 0.89 0.07 0.00
375_E 186_Q 0.89 0.07 0.00
413_S 113_V 0.89 0.07 0.00
624_V 180_D 0.88 0.07 0.00
833_D 181_E 0.88 0.07 0.00
709_K 34_K 0.88 0.07 0.00
134_E 146_D 0.88 0.07 0.00
222_K 16_I 0.88 0.07 0.00
486_V 68_D 0.88 0.07 0.00
59_S 68_D 0.88 0.07 0.00
344_R 199_L 0.88 0.07 0.00
860_V 215_D 0.88 0.07 0.00
284_A 134_I 0.88 0.07 0.00
521_Y 22_T 0.88 0.07 0.00
897_T 51_F 0.88 0.07 0.00
543_F 120_E 0.88 0.07 0.00
553_V 56_K 0.88 0.07 0.00
433_F 58_I 0.88 0.07 0.00
556_L 178_T 0.88 0.07 0.00
132_Y 73_D 0.88 0.07 0.00
218_A 136_S 0.87 0.07 0.00
132_Y 39_C 0.87 0.07 0.00
914_E 76_S 0.87 0.07 0.00
768_A 162_L 0.87 0.07 0.00
982_I 157_Q 0.87 0.07 0.00
80_K 53_H 0.87 0.07 0.00
601_L 187_E 0.87 0.07 0.00
568_L 87_L 0.87 0.07 0.00
431_E 186_Q 0.87 0.07 0.00
888_R 147_T 0.87 0.07 0.00
969_D 178_T 0.87 0.07 0.00
952_K 50_F 0.87 0.07 0.00
66_T 18_L 0.87 0.07 0.00
597_T 176_F 0.87 0.07 0.00
176_G 162_L 0.87 0.07 0.00
625_L 24_L 0.87 0.07 0.00
925_L 176_F 0.86 0.07 0.00
670_L 219_I 0.86 0.07 0.00
439_D 210_Y 0.86 0.07 0.00
852_K 28_D 0.86 0.07 0.00
498_R 136_S 0.86 0.07 0.00
961_T 120_E 0.86 0.07 0.00
498_R 177_L 0.86 0.07 0.00
135_K 185_L 0.86 0.07 0.00
280_D 63_I 0.86 0.07 0.00
356_F 93_E 0.86 0.07 0.00
504_K 7_L 0.86 0.07 0.00
187_K 194_L 0.86 0.07 0.00
750_E 12_L 0.86 0.07 0.00
935_V 17_P 0.86 0.07 0.00
407_R 121_L 0.86 0.07 0.00
204_P 66_V 0.86 0.07 0.00
814_K 21_G 0.86 0.07 0.00
741_I 83_I 0.86 0.07 0.00
630_F 191_L 0.86 0.07 0.00
233_L 56_K 0.86 0.07 0.00
136_Y 190_S 0.86 0.07 0.00
119_R 109_T 0.86 0.07 0.00
477_I 177_L 0.86 0.07 0.00
477_I 19_R 0.85 0.07 0.00
857_D 120_E 0.85 0.07 0.00
327_K 133_L 0.85 0.07 0.00
824_R 53_H 0.85 0.07 0.00
328_R 108_I 0.85 0.07 0.00
477_I 68_D 0.85 0.07 0.00
898_Q 196_V 0.85 0.07 0.00
11_I 63_I 0.85 0.07 0.00
327_K 178_T 0.85 0.07 0.00
921_I 198_F 0.85 0.07 0.00
494_S 195_T 0.85 0.07 0.00
286_I 176_F 0.85 0.07 0.00
431_E 21_G 0.85 0.06 0.00
770_E 133_L 0.85 0.06 0.00
755_M 81_K 0.84 0.06 0.00
512_L 133_L 0.84 0.06 0.00
442_E 218_L 0.84 0.06 0.00
648_D 66_V 0.84 0.06 0.00
648_D 178_T 0.84 0.06 0.00
761_E 46_S 0.84 0.06 0.00
11_I 118_E 0.84 0.06 0.00
227_E 127_E 0.84 0.06 0.00
484_E 59_K 0.84 0.06 0.00
222_K 50_F 0.84 0.06 0.00
223_S 187_E 0.84 0.06 0.00
898_Q 20_G 0.84 0.06 0.00
367_I 162_L 0.84 0.06 0.00
503_D 149_F 0.84 0.06 0.00
239_N 104_L 0.84 0.06 0.00
425_A 23_I 0.84 0.06 0.00
133_H 87_L 0.84 0.06 0.00
854_D 206_D 0.84 0.06 0.00
759_K 169_I 0.84 0.06 0.00
434_Y 172_N 0.84 0.06 0.00
34_K 199_L 0.84 0.06 0.00
372_S 185_L 0.84 0.06 0.00
288_D 176_F 0.84 0.06 0.00
403_L 87_L 0.84 0.06 0.00
919_G 130_I 0.84 0.06 0.00
553_V 68_D 0.84 0.06 0.00
963_K 70_L 0.84 0.06 0.00
23_A 195_T 0.83 0.06 0.00
648_D 177_L 0.83 0.06 0.00
886_Y 6_N 0.83 0.06 0.00
792_I 91_F 0.83 0.06 0.00
368_D 104_L 0.83 0.06 0.00
300_L 84_H 0.83 0.06 0.00
589_D 196_V 0.83 0.06 0.00
547_E 123_L 0.83 0.06 0.00
567_Q 170_F 0.83 0.06 0.00
992_Y 83_I 0.83 0.06 0.00
11_I 80_L 0.83 0.06 0.00
33_S 9_F 0.83 0.06 0.00
555_L 118_E 0.83 0.06 0.00
148_D 72_F 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8373 0.1 weather1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8370 0.1 weather1 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8367 0.07 weather1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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