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OPENSEQ.org
weather1
Genes: A B A+B
Length: 1000 224 1211
Sequences: 135 100 82
Seq/Len: 0.14 0.45 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.00
5 0.02 0.02 0.07
10 0.02 0.02 0.07
20 0.02 0.02 0.07
100 0.02 0.02 0.07
∞ 0.02 0.02 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
921_I 185_L 1.66 0.21 0.00
674_I 96_E 1.54 0.17 0.00
554_D 70_L 1.54 0.17 0.00
998_G 28_D 1.53 0.17 0.00
848_Q 6_N 1.52 0.17 0.00
960_I 7_L 1.47 0.15 0.00
327_K 169_I 1.46 0.15 0.00
23_A 5_M 1.39 0.14 0.00
216_L 199_L 1.37 0.13 0.00
652_M 66_V 1.36 0.13 0.00
852_K 24_L 1.31 0.12 0.00
848_Q 72_F 1.30 0.12 0.00
442_E 39_C 1.30 0.12 0.00
414_I 32_F 1.29 0.12 0.00
486_V 170_F 1.27 0.11 0.00
520_E 187_E 1.25 0.11 0.00
653_K 177_L 1.24 0.11 0.00
938_I 185_L 1.22 0.10 0.00
765_I 70_L 1.22 0.10 0.00
136_Y 124_E 1.20 0.10 0.00
477_I 177_L 1.20 0.10 0.00
31_V 134_I 1.19 0.10 0.00
165_M 72_F 1.19 0.10 0.00
751_L 7_L 1.18 0.10 0.00
552_I 96_E 1.18 0.10 0.00
765_I 214_E 1.18 0.10 0.00
447_I 186_Q 1.17 0.10 0.00
423_L 6_N 1.16 0.10 0.00
175_E 80_L 1.16 0.10 0.00
747_V 187_E 1.15 0.09 0.00
133_H 128_I 1.13 0.09 0.00
80_K 169_I 1.13 0.09 0.00
824_R 170_F 1.13 0.09 0.00
52_I 116_C 1.13 0.09 0.00
407_R 162_L 1.13 0.09 0.00
136_Y 190_S 1.13 0.09 0.00
367_I 140_K 1.12 0.09 0.00
509_E 171_V 1.12 0.09 0.00
892_N 177_L 1.12 0.09 0.00
310_L 199_L 1.12 0.09 0.00
765_I 195_T 1.11 0.09 0.00
362_G 61_S 1.11 0.09 0.00
55_L 116_C 1.11 0.09 0.00
816_Y 47_E 1.11 0.09 0.00
944_N 173_S 1.11 0.09 0.00
767_M 123_L 1.11 0.09 0.00
438_K 185_L 1.10 0.09 0.00
133_H 108_I 1.10 0.09 0.00
714_K 70_L 1.08 0.08 0.00
46_S 35_I 1.08 0.08 0.00
493_Q 39_C 1.08 0.08 0.00
66_T 18_L 1.08 0.08 0.00
891_L 70_L 1.07 0.08 0.00
277_D 18_L 1.07 0.08 0.00
574_K 54_K 1.07 0.08 0.00
765_I 203_E 1.07 0.08 0.00
925_L 181_E 1.06 0.08 0.00
110_L 24_L 1.06 0.08 0.00
343_V 26_L 1.06 0.08 0.00
447_I 178_T 1.06 0.08 0.00
982_I 130_I 1.06 0.08 0.00
609_D 18_L 1.05 0.08 0.00
434_Y 172_N 1.05 0.08 0.00
215_I 16_I 1.05 0.08 0.00
96_K 196_V 1.05 0.08 0.00
745_V 183_A 1.05 0.08 0.00
553_V 68_D 1.05 0.08 0.00
571_D 60_E 1.04 0.08 0.00
59_S 68_D 1.04 0.08 0.00
824_R 96_E 1.04 0.08 0.00
96_K 156_L 1.04 0.08 0.00
896_I 156_L 1.04 0.08 0.00
796_G 130_I 1.04 0.08 0.00
52_I 152_C 1.04 0.08 0.00
166_I 13_D 1.04 0.08 0.00
660_Y 129_T 1.03 0.08 0.00
191_Q 182_V 1.03 0.08 0.00
897_T 39_C 1.03 0.08 0.00
484_E 19_R 1.03 0.08 0.00
137_P 197_L 1.02 0.07 0.00
448_L 121_L 1.02 0.07 0.00
670_L 207_F 1.02 0.07 0.00
517_L 80_L 1.02 0.07 0.00
652_M 149_F 1.02 0.07 0.00
274_T 26_L 1.01 0.07 0.00
852_K 28_D 1.01 0.07 0.00
136_Y 57_T 1.01 0.07 0.00
684_L 129_T 1.01 0.07 0.00
276_D 176_F 1.01 0.07 0.00
929_R 164_K 1.01 0.07 0.00
602_L 185_L 1.01 0.07 0.00
792_I 211_I 1.01 0.07 0.00
91_S 66_V 1.00 0.07 0.00
633_R 185_L 1.00 0.07 0.00
704_D 39_C 1.00 0.07 0.00
832_L 168_L 1.00 0.07 0.00
492_A 193_N 1.00 0.07 0.00
779_K 19_R 1.00 0.07 0.00
722_D 134_I 1.00 0.07 0.00
828_V 123_L 1.00 0.07 0.00
506_L 170_F 1.00 0.07 0.00
168_F 121_L 0.99 0.07 0.00
584_I 178_T 0.99 0.07 0.00
372_S 177_L 0.99 0.07 0.00
763_I 107_T 0.99 0.07 0.00
300_L 109_T 0.99 0.07 0.00
768_A 164_K 0.99 0.07 0.00
465_R 33_S 0.99 0.07 0.00
324_S 214_E 0.99 0.07 0.00
143_R 200_E 0.99 0.07 0.00
83_I 17_P 0.99 0.07 0.00
402_L 39_C 0.99 0.07 0.00
305_L 69_I 0.98 0.07 0.00
486_V 34_K 0.98 0.07 0.00
467_A 104_L 0.98 0.07 0.00
673_G 13_D 0.98 0.07 0.00
477_I 19_R 0.98 0.07 0.00
854_D 44_E 0.97 0.07 0.00
976_F 199_L 0.97 0.07 0.00
55_L 152_C 0.97 0.07 0.00
748_V 80_L 0.97 0.07 0.00
412_G 172_N 0.97 0.07 0.00
446_K 13_D 0.97 0.07 0.00
58_D 51_F 0.97 0.07 0.00
264_E 171_V 0.97 0.07 0.00
512_L 133_L 0.97 0.07 0.00
491_S 18_L 0.96 0.07 0.00
276_D 73_D 0.96 0.07 0.00
792_I 91_F 0.96 0.07 0.00
375_E 187_E 0.96 0.07 0.00
630_F 167_L 0.96 0.07 0.00
490_A 120_E 0.96 0.07 0.00
897_T 181_E 0.96 0.07 0.00
343_V 148_I 0.96 0.07 0.00
377_Y 75_N 0.95 0.07 0.00
494_S 45_D 0.95 0.07 0.00
425_A 23_I 0.95 0.07 0.00
842_V 50_F 0.95 0.07 0.00
412_G 32_F 0.95 0.07 0.00
32_P 134_I 0.95 0.07 0.00
396_K 72_F 0.95 0.07 0.00
682_T 162_L 0.95 0.07 0.00
824_R 174_G 0.95 0.07 0.00
134_E 185_L 0.95 0.07 0.00
895_L 96_E 0.95 0.07 0.00
134_E 39_C 0.95 0.07 0.00
522_F 171_V 0.95 0.07 0.00
384_L 26_L 0.94 0.07 0.00
546_G 155_I 0.94 0.07 0.00
276_D 133_L 0.94 0.07 0.00
39_L 113_V 0.94 0.07 0.00
659_R 111_L 0.94 0.07 0.00
248_L 147_T 0.94 0.07 0.00
486_V 182_V 0.94 0.07 0.00
876_S 197_L 0.94 0.07 0.00
467_A 128_I 0.94 0.07 0.00
80_K 185_L 0.94 0.07 0.00
451_R 171_V 0.94 0.07 0.00
325_M 188_Y 0.94 0.07 0.00
689_S 176_F 0.94 0.07 0.00
854_D 54_K 0.93 0.06 0.00
229_L 50_F 0.93 0.06 0.00
746_K 118_E 0.93 0.06 0.00
857_D 8_N 0.93 0.06 0.00
862_T 208_P 0.93 0.06 0.00
781_S 155_I 0.93 0.06 0.00
605_I 6_N 0.93 0.06 0.00
466_F 12_L 0.93 0.06 0.00
969_D 56_K 0.93 0.06 0.00
524_V 60_E 0.93 0.06 0.00
43_D 65_L 0.92 0.06 0.00
916_D 61_S 0.92 0.06 0.00
361_N 158_I 0.92 0.06 0.00
938_I 214_E 0.92 0.06 0.00
316_I 56_K 0.92 0.06 0.00
644_A 16_I 0.92 0.06 0.00
106_E 91_F 0.92 0.06 0.00
905_T 106_A 0.92 0.06 0.00
344_R 199_L 0.92 0.06 0.00
442_E 179_K 0.92 0.06 0.00
959_V 19_R 0.92 0.06 0.00
7_K 83_I 0.92 0.06 0.00
211_D 169_I 0.92 0.06 0.00
567_Q 170_F 0.92 0.06 0.00
897_T 80_L 0.92 0.06 0.00
630_F 32_F 0.92 0.06 0.00
427_L 165_K 0.92 0.06 0.00
651_V 68_D 0.92 0.06 0.00
810_L 127_E 0.91 0.06 0.00
134_E 153_L 0.91 0.06 0.00
553_V 56_K 0.91 0.06 0.00
152_K 35_I 0.91 0.06 0.00
521_Y 149_F 0.91 0.06 0.00
513_P 27_E 0.91 0.06 0.00
914_E 173_S 0.91 0.06 0.00
380_I 191_L 0.91 0.06 0.00
713_Q 185_L 0.91 0.06 0.00
442_E 70_L 0.91 0.06 0.00
790_E 53_H 0.91 0.06 0.00
51_L 105_V 0.91 0.06 0.00
158_I 199_L 0.91 0.06 0.00
914_E 182_V 0.91 0.06 0.00
555_L 118_E 0.91 0.06 0.00
486_V 173_S 0.91 0.06 0.00
486_V 198_F 0.90 0.06 0.00
477_I 178_T 0.90 0.06 0.00
914_E 79_I 0.90 0.06 0.00
24_V 166_K 0.90 0.06 0.00
51_L 170_F 0.90 0.06 0.00
862_T 37_Q 0.90 0.06 0.00
712_I 73_D 0.90 0.06 0.00
66_T 33_S 0.90 0.06 0.00
763_I 97_V 0.90 0.06 0.00
276_D 179_K 0.90 0.06 0.00
83_I 182_V 0.90 0.06 0.00
789_E 72_F 0.90 0.06 0.00
164_H 140_K 0.90 0.06 0.00
430_Q 12_L 0.90 0.06 0.00
668_R 169_I 0.90 0.06 0.00
756_G 108_I 0.90 0.06 0.00
140_Y 178_T 0.90 0.06 0.00
848_Q 210_Y 0.90 0.06 0.00
133_H 122_D 0.90 0.06 0.00
848_Q 140_K 0.90 0.06 0.00
751_L 175_A 0.90 0.06 0.00
754_V 52_D 0.90 0.06 0.00
288_D 59_K 0.90 0.06 0.00
812_N 7_L 0.89 0.06 0.00
532_K 134_I 0.89 0.06 0.00
852_K 134_I 0.89 0.06 0.00
110_L 199_L 0.89 0.06 0.00
184_D 55_M 0.89 0.06 0.00
882_K 66_V 0.89 0.06 0.00
125_N 177_L 0.89 0.06 0.00
447_I 119_N 0.89 0.06 0.00
31_V 119_N 0.89 0.06 0.00
88_E 7_L 0.89 0.06 0.00
492_A 200_E 0.89 0.06 0.00
514_K 75_N 0.89 0.06 0.00
981_E 197_L 0.89 0.06 0.00
321_L 201_P 0.89 0.06 0.00
573_F 134_I 0.89 0.06 0.00
166_I 121_L 0.89 0.06 0.00
300_L 119_N 0.89 0.06 0.00
547_E 75_N 0.89 0.06 0.00
605_I 141_V 0.88 0.06 0.00
661_T 199_L 0.88 0.06 0.00
919_G 130_I 0.88 0.06 0.00
30_K 149_F 0.88 0.06 0.00
945_T 26_L 0.88 0.06 0.00
680_G 194_L 0.88 0.06 0.00
854_D 121_L 0.88 0.06 0.00
46_S 153_L 0.88 0.06 0.00
998_G 11_L 0.88 0.06 0.00
903_N 217_F 0.88 0.06 0.00
796_G 79_I 0.88 0.06 0.00
767_M 139_V 0.88 0.06 0.00
553_V 155_I 0.88 0.06 0.00
393_L 18_L 0.87 0.06 0.00
184_D 134_I 0.87 0.06 0.00
429_R 95_P 0.87 0.06 0.00
546_G 83_I 0.87 0.06 0.00
487_D 135_K 0.87 0.06 0.00
914_E 76_S 0.87 0.06 0.00
214_A 70_L 0.87 0.06 0.00
276_D 130_I 0.87 0.06 0.00
872_D 200_E 0.87 0.06 0.00
544_L 78_T 0.87 0.06 0.00
68_L 56_K 0.87 0.06 0.00
666_L 126_D 0.87 0.06 0.00
379_F 186_Q 0.87 0.06 0.00
469_M 171_V 0.87 0.06 0.00
448_L 13_D 0.87 0.06 0.00
173_L 172_N 0.86 0.06 0.00
548_Q 155_I 0.86 0.06 0.00
135_K 89_S 0.86 0.06 0.00
504_K 116_C 0.86 0.06 0.00
632_D 111_L 0.86 0.06 0.00
575_K 8_N 0.86 0.06 0.00
420_L 33_S 0.86 0.06 0.00
640_L 169_I 0.86 0.06 0.00
706_L 137_L 0.86 0.06 0.00
622_D 66_V 0.86 0.06 0.00
897_T 92_N 0.86 0.06 0.00
102_F 104_L 0.86 0.06 0.00
510_K 147_T 0.86 0.06 0.00
375_E 89_S 0.86 0.06 0.00
490_A 110_E 0.86 0.06 0.00
985_Y 146_D 0.85 0.06 0.00
587_V 152_C 0.85 0.06 0.00
477_I 26_L 0.85 0.06 0.00
728_I 12_L 0.85 0.06 0.00
293_L 156_L 0.85 0.06 0.00
884_K 202_R 0.85 0.06 0.00
683_I 32_F 0.85 0.06 0.00
444_I 194_L 0.85 0.06 0.00
430_Q 122_D 0.85 0.06 0.00
882_K 35_I 0.85 0.06 0.00
106_E 45_D 0.85 0.06 0.00
708_F 101_I 0.85 0.06 0.00
97_V 50_F 0.85 0.06 0.00
218_A 136_S 0.85 0.06 0.00
826_M 165_K 0.85 0.06 0.00
164_H 200_E 0.85 0.06 0.00
333_H 96_E 0.85 0.06 0.00
15_I 42_Y 0.85 0.06 0.00
509_E 185_L 0.85 0.06 0.00
330_D 6_N 0.85 0.06 0.00
576_I 42_Y 0.85 0.06 0.00
395_V 26_L 0.84 0.06 0.00
52_I 134_I 0.84 0.06 0.00
80_K 33_S 0.84 0.06 0.00
914_E 177_L 0.84 0.06 0.00
932_T 155_I 0.84 0.06 0.00
583_E 182_V 0.84 0.06 0.00
125_N 173_S 0.84 0.06 0.00
321_L 167_L 0.84 0.06 0.00
640_L 137_L 0.84 0.06 0.00
819_Y 130_I 0.84 0.06 0.00
246_I 123_L 0.84 0.06 0.00
300_L 84_H 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8373 0.1 weather1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8370 0.1 weather1 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8367 0.07 weather1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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