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OPENSEQ.org
Mouse ATP synthase subunit beta P56480 - ATP synthase subunit alpha Q03265
Genes: A B A+B
Length: 529 553 837
Sequences: 4311 3490 283
Seq/Len: 8.15 6.31 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.97
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.10 0.26
2 0.37 0.51 0.26
5 0.38 0.52 0.26
10 0.39 0.53 0.26
20 0.39 0.54 0.26
100 0.41 0.55 0.27
∞ 0.44 0.57 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
469_Q 508_E 1.87 0.69 0.01
65_A 108_N 1.83 0.67 0.01
219_L 287_Y 1.71 0.59 0.01
439_A 447_A 1.69 0.58 0.01
99_V 114_V 1.66 0.56 0.01
455_S 120_G 1.65 0.55 0.01
85_A 449_F 1.59 0.51 0.01
320_A 325_S 1.59 0.51 0.01
355_T 249_I 1.51 0.46 0.01
289_V 307_A 1.44 0.41 0.00
376_F 343_Y 1.43 0.40 0.00
166_I 181_P 1.42 0.39 0.00
455_S 249_I 1.39 0.37 0.00
226_A 278_T 1.38 0.37 0.00
117_E 93_E 1.37 0.36 0.00
391_E 105_M 1.36 0.35 0.00
339_M 487_V 1.35 0.35 0.00
202_I 152_D 1.34 0.34 0.00
273_N 104_G 1.34 0.34 0.00
357_V 162_G 1.33 0.34 0.00
327_S 254_S 1.32 0.33 0.00
439_A 142_V 1.31 0.33 0.00
214_V 268_A 1.31 0.33 0.00
234_A 187_E 1.30 0.32 0.00
482_V 97_E 1.29 0.31 0.00
189_V 166_S 1.28 0.31 0.00
85_A 129_D 1.26 0.30 0.00
315_G 151_V 1.26 0.30 0.00
422_R 396_E 1.26 0.30 0.00
357_V 199_L 1.24 0.29 0.00
315_G 456_A 1.24 0.28 0.00
367_L 470_L 1.24 0.28 0.00
107_T 258_Q 1.24 0.28 0.00
469_Q 249_I 1.24 0.28 0.00
248_H 186_R 1.24 0.28 0.00
258_L 358_S 1.23 0.28 0.00
392_L 438_A 1.23 0.28 0.00
376_F 335_E 1.23 0.28 0.00
73_V 116_V 1.23 0.28 0.00
66_V 129_D 1.23 0.28 0.00
70_V 253_R 1.22 0.27 0.00
341_T 116_V 1.21 0.27 0.00
349_T 460_L 1.21 0.27 0.00
395_Y 343_Y 1.21 0.27 0.00
430_D 458_Q 1.20 0.26 0.00
408_M 116_V 1.20 0.26 0.00
459_K 430_A 1.20 0.26 0.00
320_A 87_L 1.20 0.26 0.00
190_V 445_A 1.20 0.26 0.00
230_Y 111_P 1.20 0.26 0.00
140_T 307_A 1.20 0.26 0.00
226_A 120_G 1.20 0.26 0.00
96_V 90_V 1.19 0.26 0.00
327_S 203_G 1.19 0.26 0.00
94_R 358_S 1.17 0.25 0.00
110_T 171_R 1.17 0.25 0.00
331_Y 251_Q 1.17 0.25 0.00
249_E 289_A 1.16 0.24 0.00
160_T 347_R 1.16 0.24 0.00
190_V 118_V 1.16 0.24 0.00
454_V 198_S 1.16 0.24 0.00
248_H 408_I 1.16 0.24 0.00
303_L 228_N 1.15 0.24 0.00
327_S 450_G 1.15 0.23 0.00
193_L 424_R 1.15 0.23 0.00
231_S 162_G 1.15 0.23 0.00
481_L 395_L 1.14 0.23 0.00
86_L 142_V 1.14 0.23 0.00
320_A 89_N 1.14 0.23 0.00
327_S 252_K 1.14 0.23 0.00
214_V 227_I 1.14 0.23 0.00
468_F 399_L 1.13 0.23 0.00
441_L 255_T 1.13 0.23 0.00
493_Q 176_A 1.13 0.23 0.00
73_V 329_R 1.13 0.23 0.00
467_P 125_I 1.13 0.23 0.00
219_L 402_K 1.12 0.22 0.00
57_G 436_E 1.12 0.22 0.00
387_R 227_I 1.12 0.22 0.00
395_Y 440_Y 1.12 0.22 0.00
245_D 102_L 1.12 0.22 0.00
86_L 198_S 1.12 0.22 0.00
249_E 168_T 1.12 0.22 0.00
363_P 131_V 1.12 0.22 0.00
460_I 304_G 1.11 0.22 0.00
251_I 131_V 1.11 0.22 0.00
395_Y 255_T 1.11 0.22 0.00
483_P 162_G 1.11 0.22 0.00
234_A 163_P 1.11 0.22 0.00
166_I 251_Q 1.11 0.22 0.00
398_V 316_K 1.11 0.22 0.00
142_G 364_L 1.11 0.22 0.00
217_M 184_S 1.11 0.22 0.00
451_K 171_R 1.11 0.22 0.00
447_S 418_G 1.11 0.21 0.00
62_R 238_E 1.10 0.21 0.00
318_V 394_F 1.10 0.21 0.00
395_Y 108_N 1.10 0.21 0.00
384_V 451_S 1.10 0.21 0.00
492_Q 231_R 1.10 0.21 0.00
384_V 403_G 1.10 0.21 0.00
414_G 304_G 1.10 0.21 0.00
412_I 451_S 1.10 0.21 0.00
373_A 366_A 1.10 0.21 0.00
261_A 291_Y 1.09 0.21 0.00
262_T 279_A 1.09 0.21 0.00
354_I 304_G 1.09 0.21 0.00
392_L 439_Q 1.09 0.21 0.00
214_V 335_E 1.09 0.21 0.00
318_V 461_L 1.09 0.20 0.00
245_D 131_V 1.08 0.20 0.00
441_L 396_E 1.08 0.20 0.00
273_N 118_V 1.08 0.20 0.00
320_A 323_Q 1.08 0.20 0.00
318_V 441_R 1.08 0.20 0.00
247_Y 422_Q 1.08 0.20 0.00
339_M 346_S 1.08 0.20 0.00
157_P 156_N 1.07 0.20 0.00
120_V 404_I 1.07 0.20 0.00
219_L 291_Y 1.07 0.20 0.00
453_T 318_A 1.07 0.20 0.00
99_V 151_V 1.07 0.20 0.00
318_V 470_L 1.06 0.20 0.00
327_S 343_Y 1.06 0.20 0.00
340_G 258_Q 1.06 0.19 0.00
193_L 172_V 1.06 0.19 0.00
459_K 163_P 1.06 0.19 0.00
108_V 420_A 1.06 0.19 0.00
376_F 452_D 1.05 0.19 0.00
70_V 445_A 1.05 0.19 0.00
483_P 451_S 1.05 0.19 0.00
166_I 364_L 1.05 0.19 0.00
144_I 180_I 1.05 0.19 0.00
397_A 140_V 1.05 0.19 0.00
397_A 177_P 1.05 0.19 0.00
462_R 203_G 1.05 0.19 0.00
259_K 132_K 1.05 0.19 0.00
372_P 121_N 1.05 0.19 0.00
192_L 431_G 1.04 0.19 0.00
193_L 364_L 1.03 0.18 0.00
74_Q 111_P 1.03 0.18 0.00
167_H 228_N 1.03 0.18 0.00
395_Y 335_E 1.03 0.18 0.00
322_L 277_A 1.03 0.18 0.00
451_K 325_S 1.03 0.18 0.00
445_E 162_G 1.03 0.18 0.00
127_D 109_L 1.03 0.18 0.00
196_Y 280_S 1.03 0.18 0.00
67_I 142_V 1.02 0.18 0.00
245_D 288_L 1.02 0.18 0.00
447_S 394_F 1.02 0.18 0.00
102_H 126_K 1.02 0.18 0.00
65_A 329_R 1.02 0.17 0.00
315_G 184_S 1.02 0.17 0.00
443_M 102_L 1.02 0.17 0.00
441_L 131_V 1.01 0.17 0.00
273_N 221_I 1.01 0.17 0.00
99_V 138_V 1.01 0.17 0.00
357_V 168_T 1.01 0.17 0.00
355_T 138_V 1.01 0.17 0.00
64_V 150_V 1.01 0.17 0.00
467_P 409_N 1.01 0.17 0.00
327_S 107_L 1.01 0.17 0.00
463_F 409_N 1.00 0.17 0.00
166_I 131_V 1.00 0.17 0.00
115_G 83_R 1.00 0.17 0.00
273_N 366_A 1.00 0.17 0.00
381_A 161_K 1.00 0.17 0.00
331_Y 131_V 1.00 0.17 0.00
101_Q 419_S 1.00 0.17 0.00
190_V 447_A 1.00 0.17 0.00
65_A 505_T 1.00 0.17 0.00
395_Y 254_S 1.00 0.17 0.00
320_A 129_D 1.00 0.17 0.00
327_S 335_E 1.00 0.17 0.00
59_A 125_I 1.00 0.17 0.00
189_V 287_Y 0.99 0.17 0.00
246_L 289_A 0.99 0.17 0.00
427_I 412_L 0.99 0.17 0.00
397_A 176_A 0.99 0.17 0.00
281_R 277_A 0.99 0.17 0.00
451_K 508_E 0.99 0.17 0.00
445_E 203_G 0.99 0.17 0.00
131_P 482_E 0.99 0.17 0.00
423_G 311_Y 0.99 0.17 0.00
228_G 344_L 0.99 0.17 0.00
390_A 291_Y 0.99 0.16 0.00
469_Q 120_G 0.99 0.16 0.00
441_L 105_M 0.99 0.16 0.00
72_D 409_N 0.99 0.16 0.00
67_I 335_E 0.99 0.16 0.00
159_K 402_K 0.99 0.16 0.00
71_V 92_A 0.99 0.16 0.00
387_R 268_A 0.98 0.16 0.00
447_S 451_S 0.98 0.16 0.00
485_K 100_S 0.98 0.16 0.00
115_G 108_N 0.98 0.16 0.00
417_H 508_E 0.98 0.16 0.00
327_S 331_P 0.98 0.16 0.00
174_I 358_S 0.98 0.16 0.00
176_M 335_E 0.98 0.16 0.00
380_D 412_L 0.98 0.16 0.00
391_E 109_L 0.98 0.16 0.00
450_D 142_V 0.98 0.16 0.00
401_L 135_G 0.98 0.16 0.00
214_V 505_T 0.98 0.16 0.00
467_P 427_K 0.98 0.16 0.00
144_I 261_K 0.98 0.16 0.00
315_G 439_Q 0.98 0.16 0.00
217_M 431_G 0.97 0.16 0.00
433_S 438_A 0.97 0.16 0.00
273_N 96_V 0.97 0.16 0.00
342_M 344_L 0.97 0.16 0.00
83_L 311_Y 0.96 0.15 0.00
140_T 449_F 0.96 0.15 0.00
424_V 403_G 0.96 0.15 0.00
355_T 255_T 0.96 0.15 0.00
214_V 452_D 0.96 0.15 0.00
445_E 187_E 0.96 0.15 0.00
127_D 176_A 0.96 0.15 0.00
491_F 327_L 0.96 0.15 0.00
159_K 443_V 0.95 0.15 0.00
176_M 343_Y 0.95 0.15 0.00
462_R 505_T 0.95 0.15 0.00
447_S 450_G 0.95 0.15 0.00
96_V 114_V 0.95 0.15 0.00
103_L 280_S 0.95 0.15 0.00
163_F 141_P 0.95 0.15 0.00
368_T 309_I 0.95 0.15 0.00
438_I 259_L 0.95 0.15 0.00
470_V 508_E 0.95 0.15 0.00
387_R 440_Y 0.95 0.15 0.00
443_M 438_A 0.95 0.15 0.00
381_A 448_Q 0.95 0.15 0.00
450_D 114_V 0.95 0.15 0.00
67_I 283_A 0.95 0.15 0.00
132_I 328_L 0.94 0.15 0.00
214_V 343_Y 0.94 0.15 0.00
331_Y 107_L 0.94 0.15 0.00
341_T 127_E 0.94 0.15 0.00
259_K 399_L 0.94 0.15 0.00
96_V 102_L 0.94 0.15 0.00
408_M 102_L 0.94 0.15 0.00
108_V 461_L 0.94 0.15 0.00
207_G 307_A 0.94 0.15 0.00
193_L 348_L 0.94 0.15 0.00
214_V 440_Y 0.94 0.15 0.00
85_A 262_R 0.94 0.15 0.00
94_R 90_V 0.94 0.14 0.00
374_T 364_L 0.94 0.14 0.00
162_Q 310_I 0.93 0.14 0.00
381_A 107_L 0.93 0.14 0.00
451_K 412_L 0.93 0.14 0.00
130_A 498_K 0.93 0.14 0.00
102_H 435_L 0.93 0.14 0.00
340_G 239_K 0.93 0.14 0.00
145_M 401_Y 0.93 0.14 0.00
387_R 452_D 0.93 0.14 0.00
339_M 145_E 0.93 0.14 0.00
173_F 354_K 0.93 0.14 0.00
207_G 374_A 0.93 0.14 0.00
66_V 91_Q 0.93 0.14 0.00
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77_E 304_G 0.81 0.11 0.00
484_L 168_T 0.81 0.11 0.00
117_E 239_K 0.81 0.11 0.00
119_L 304_G 0.81 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.54 > 0.4) of paralogs.
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