May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Guillaume
Genes: A B A+B
Length: 228 280 497
Sequences: 312 959 53
Seq/Len: 1.37 3.42 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.09
2 0.01 0.03 0.09
5 0.03 0.04 0.10
10 0.03 0.06 0.10
20 0.03 0.07 0.10
100 0.04 0.09 0.11
∞ 0.16 0.15 0.17
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
82_C 42_E 1.84 0.36 0.00
217_S 172_Q 1.59 0.25 0.00
35_D 190_G 1.55 0.23 0.00
117_I 19_Q 1.48 0.21 0.00
35_D 29_T 1.46 0.20 0.00
15_D 107_G 1.46 0.20 0.00
1_K 41_I 1.38 0.18 0.00
186_Q 29_T 1.36 0.17 0.00
111_V 88_V 1.35 0.17 0.00
36_I 173_D 1.35 0.17 0.00
160_A 6_K 1.34 0.17 0.00
8_H 93_I 1.34 0.17 0.00
50_E 70_A 1.33 0.16 0.00
5_G 141_S 1.32 0.16 0.00
199_L 155_E 1.32 0.16 0.00
203_R 81_V 1.31 0.16 0.00
224_I 265_E 1.30 0.15 0.00
128_P 42_E 1.30 0.15 0.00
193_T 94_E 1.29 0.15 0.00
170_V 69_A 1.29 0.15 0.00
190_L 238_F 1.24 0.14 0.00
5_G 40_I 1.23 0.14 0.00
49_P 124_K 1.23 0.14 0.00
15_D 98_T 1.23 0.14 0.00
24_D 145_F 1.22 0.13 0.00
199_L 178_L 1.22 0.13 0.00
161_C 210_G 1.21 0.13 0.00
143_N 18_I 1.21 0.13 0.00
184_A 84_L 1.21 0.13 0.00
129_S 180_L 1.21 0.13 0.00
36_I 264_A 1.21 0.13 0.00
81_V 19_Q 1.20 0.13 0.00
17_M 149_K 1.20 0.13 0.00
126_C 191_C 1.20 0.13 0.00
190_L 129_V 1.20 0.13 0.00
94_T 97_G 1.19 0.13 0.00
68_L 129_V 1.18 0.12 0.00
169_V 157_V 1.18 0.12 0.00
96_Y 39_G 1.17 0.12 0.00
203_R 111_M 1.17 0.12 0.00
116_L 78_S 1.16 0.12 0.00
56_V 234_E 1.16 0.12 0.00
91_G 191_C 1.15 0.12 0.00
43_V 192_K 1.15 0.12 0.00
57_E 58_P 1.14 0.12 0.00
170_V 182_E 1.14 0.12 0.00
18_S 222_T 1.14 0.12 0.00
21_E 107_G 1.12 0.11 0.00
169_V 162_I 1.12 0.11 0.00
35_D 67_L 1.11 0.11 0.00
203_R 21_L 1.11 0.11 0.00
220_P 261_K 1.11 0.11 0.00
35_D 262_E 1.11 0.11 0.00
1_K 35_A 1.11 0.11 0.00
21_E 145_F 1.11 0.11 0.00
141_L 220_T 1.10 0.11 0.00
194_N 267_N 1.10 0.11 0.00
193_T 158_E 1.09 0.11 0.00
53_L 111_M 1.08 0.10 0.00
143_N 257_A 1.08 0.10 0.00
60_V 74_K 1.08 0.10 0.00
220_P 268_I 1.07 0.10 0.00
36_I 111_M 1.07 0.10 0.00
173_G 76_T 1.07 0.10 0.00
80_L 37_D 1.07 0.10 0.00
199_L 204_V 1.07 0.10 0.00
68_L 154_M 1.07 0.10 0.00
2_P 167_F 1.06 0.10 0.00
128_P 117_G 1.06 0.10 0.00
5_G 112_Q 1.05 0.10 0.00
19_L 80_N 1.05 0.10 0.00
131_E 120_F 1.05 0.10 0.00
156_G 37_D 1.05 0.10 0.00
1_K 112_Q 1.05 0.10 0.00
202_D 153_S 1.05 0.10 0.00
90_T 261_K 1.05 0.10 0.00
190_L 107_G 1.05 0.10 0.00
6_Y 54_W 1.05 0.10 0.00
199_L 226_D 1.04 0.10 0.00
78_A 65_D 1.04 0.10 0.00
220_P 200_E 1.04 0.10 0.00
176_I 213_D 1.03 0.10 0.00
96_Y 96_L 1.03 0.10 0.00
165_L 142_L 1.03 0.10 0.00
176_I 60_V 1.03 0.10 0.00
82_C 93_I 1.03 0.09 0.00
118_D 2_L 1.02 0.09 0.00
113_I 50_G 1.02 0.09 0.00
65_E 233_V 1.02 0.09 0.00
150_P 184_H 1.02 0.09 0.00
101_Q 221_R 1.01 0.09 0.00
59_S 97_G 1.01 0.09 0.00
168_K 60_V 1.01 0.09 0.00
168_K 152_V 1.01 0.09 0.00
64_D 184_H 1.01 0.09 0.00
120_D 207_G 1.01 0.09 0.00
102_Q 2_L 1.01 0.09 0.00
34_V 71_A 1.01 0.09 0.00
50_E 4_T 1.01 0.09 0.00
92_C 113_T 1.01 0.09 0.00
81_V 14_T 1.01 0.09 0.00
27_A 147_C 1.00 0.09 0.00
3_R 4_T 1.00 0.09 0.00
145_M 108_I 1.00 0.09 0.00
1_K 232_A 1.00 0.09 0.00
113_I 93_I 1.00 0.09 0.00
53_L 253_L 1.00 0.09 0.00
25_I 177_T 1.00 0.09 0.00
36_I 220_T 0.99 0.09 0.00
61_C 221_R 0.99 0.09 0.00
164_D 221_R 0.99 0.09 0.00
174_L 63_S 0.99 0.09 0.00
158_T 171_T 0.99 0.09 0.00
133_I 183_T 0.99 0.09 0.00
193_T 156_L 0.99 0.09 0.00
36_I 32_L 0.99 0.09 0.00
104_Q 41_I 0.98 0.09 0.00
21_E 42_E 0.98 0.09 0.00
173_G 17_E 0.98 0.09 0.00
223_Q 32_L 0.98 0.09 0.00
140_L 231_Q 0.98 0.09 0.00
42_L 58_P 0.98 0.09 0.00
179_G 260_K 0.98 0.09 0.00
113_I 129_V 0.98 0.09 0.00
162_G 99_V 0.98 0.09 0.00
144_D 261_K 0.98 0.09 0.00
74_L 63_S 0.98 0.09 0.00
170_V 148_E 0.98 0.09 0.00
195_G 165_G 0.98 0.09 0.00
55_L 180_L 0.97 0.09 0.00
205_I 252_L 0.97 0.09 0.00
78_A 122_A 0.97 0.09 0.00
160_A 84_L 0.97 0.09 0.00
173_G 83_M 0.97 0.08 0.00
123_L 238_F 0.96 0.08 0.00
60_V 162_I 0.96 0.08 0.00
194_N 69_A 0.96 0.08 0.00
1_K 32_L 0.96 0.08 0.00
102_Q 158_E 0.96 0.08 0.00
1_K 190_G 0.96 0.08 0.00
192_M 131_I 0.95 0.08 0.00
108_E 112_Q 0.95 0.08 0.00
190_L 174_D 0.95 0.08 0.00
169_V 201_L 0.95 0.08 0.00
224_I 269_A 0.95 0.08 0.00
113_I 220_T 0.95 0.08 0.00
225_K 4_T 0.95 0.08 0.00
32_N 211_S 0.95 0.08 0.00
63_Q 227_S 0.95 0.08 0.00
192_M 116_F 0.94 0.08 0.00
81_V 81_V 0.94 0.08 0.00
154_L 248_P 0.94 0.08 0.00
88_A 191_C 0.94 0.08 0.00
80_L 21_L 0.94 0.08 0.00
15_D 223_D 0.94 0.08 0.00
95_R 197_Y 0.94 0.08 0.00
158_T 8_I 0.94 0.08 0.00
163_C 114_Y 0.94 0.08 0.00
202_D 198_V 0.94 0.08 0.00
202_D 140_T 0.94 0.08 0.00
26_L 163_G 0.94 0.08 0.00
30_L 184_H 0.94 0.08 0.00
211_Y 172_Q 0.94 0.08 0.00
141_L 246_V 0.93 0.08 0.00
190_L 13_S 0.93 0.08 0.00
68_L 234_E 0.93 0.08 0.00
97_S 253_L 0.93 0.08 0.00
53_L 40_I 0.93 0.08 0.00
194_N 83_M 0.93 0.08 0.00
125_G 17_E 0.93 0.08 0.00
165_L 84_L 0.93 0.08 0.00
183_M 192_K 0.93 0.08 0.00
140_L 228_I 0.93 0.08 0.00
78_A 16_R 0.93 0.08 0.00
38_Y 221_R 0.93 0.08 0.00
162_G 8_I 0.93 0.08 0.00
108_E 54_W 0.93 0.08 0.00
1_K 67_L 0.93 0.08 0.00
196_R 229_F 0.93 0.08 0.00
38_Y 85_K 0.92 0.08 0.00
180_T 213_D 0.92 0.08 0.00
96_Y 61_A 0.92 0.08 0.00
165_L 76_T 0.92 0.08 0.00
78_A 105_T 0.92 0.08 0.00
82_C 19_Q 0.92 0.08 0.00
1_K 59_M 0.92 0.08 0.00
2_P 21_L 0.92 0.08 0.00
117_I 169_V 0.92 0.08 0.00
47_E 268_I 0.92 0.08 0.00
166_Q 38_E 0.92 0.08 0.00
81_V 28_V 0.92 0.08 0.00
219_W 7_E 0.91 0.08 0.00
139_A 200_E 0.91 0.08 0.00
113_I 44_A 0.91 0.08 0.00
144_D 200_E 0.91 0.08 0.00
173_G 172_Q 0.91 0.08 0.00
30_L 58_P 0.91 0.08 0.00
133_I 73_T 0.91 0.08 0.00
203_R 160_M 0.91 0.08 0.00
79_K 251_G 0.91 0.08 0.00
155_A 27_I 0.91 0.07 0.00
24_D 150_L 0.91 0.07 0.00
30_L 130_G 0.91 0.07 0.00
172_Q 2_L 0.91 0.07 0.00
55_L 14_T 0.90 0.07 0.00
96_Y 226_D 0.90 0.07 0.00
118_D 13_S 0.90 0.07 0.00
20_T 169_V 0.90 0.07 0.00
90_T 200_E 0.90 0.07 0.00
20_T 149_K 0.90 0.07 0.00
79_K 21_L 0.90 0.07 0.00
203_R 108_I 0.90 0.07 0.00
170_V 268_I 0.90 0.07 0.00
6_Y 21_L 0.90 0.07 0.00
19_L 163_G 0.90 0.07 0.00
194_N 6_K 0.90 0.07 0.00
198_E 224_A 0.90 0.07 0.00
116_L 44_A 0.90 0.07 0.00
37_V 266_K 0.90 0.07 0.00
23_Y 197_Y 0.90 0.07 0.00
127_P 144_T 0.89 0.07 0.00
21_E 192_K 0.89 0.07 0.00
92_C 268_I 0.89 0.07 0.00
211_Y 1_V 0.89 0.07 0.00
170_V 229_F 0.89 0.07 0.00
155_A 209_V 0.89 0.07 0.00
10_S 46_V 0.89 0.07 0.00
44_D 210_G 0.89 0.07 0.00
13_T 93_I 0.89 0.07 0.00
57_E 184_H 0.89 0.07 0.00
194_N 153_S 0.89 0.07 0.00
160_A 226_D 0.89 0.07 0.00
90_T 94_E 0.89 0.07 0.00
171_N 264_A 0.89 0.07 0.00
120_D 102_P 0.89 0.07 0.00
13_T 73_T 0.89 0.07 0.00
202_D 56_P 0.89 0.07 0.00
113_I 31_L 0.89 0.07 0.00
127_P 241_K 0.88 0.07 0.00
212_V 98_T 0.88 0.07 0.00
8_H 78_S 0.88 0.07 0.00
166_Q 53_F 0.88 0.07 0.00
18_S 202_A 0.88 0.07 0.00
29_L 71_A 0.88 0.07 0.00
115_D 78_S 0.88 0.07 0.00
55_L 97_G 0.88 0.07 0.00
81_V 237_L 0.88 0.07 0.00
143_N 254_E 0.88 0.07 0.00
77_K 20_K 0.88 0.07 0.00
93_F 120_F 0.88 0.07 0.00
46_W 173_D 0.88 0.07 0.00
8_H 41_I 0.88 0.07 0.00
121_L 76_T 0.87 0.07 0.00
72_K 30_G 0.87 0.07 0.00
196_R 150_L 0.87 0.07 0.00
69_H 17_E 0.87 0.07 0.00
20_T 231_Q 0.87 0.07 0.00
50_E 20_K 0.87 0.07 0.00
212_V 148_E 0.87 0.07 0.00
213_Q 42_E 0.87 0.07 0.00
154_L 171_T 0.87 0.07 0.00
36_I 169_V 0.87 0.07 0.00
225_K 60_V 0.87 0.07 0.00
78_A 233_V 0.87 0.07 0.00
103_A 185_G 0.87 0.07 0.00
141_L 111_M 0.87 0.07 0.00
113_I 29_T 0.87 0.07 0.00
170_V 234_E 0.86 0.07 0.00
141_L 169_V 0.86 0.07 0.00
139_A 268_I 0.86 0.07 0.00
11_G 47_A 0.86 0.07 0.00
149_Q 6_K 0.86 0.07 0.00
43_V 226_D 0.86 0.07 0.00
192_M 164_K 0.86 0.07 0.00
209_I 258_A 0.86 0.07 0.00
206_K 119_R 0.86 0.07 0.00
206_K 89_R 0.86 0.07 0.00
141_L 173_D 0.86 0.07 0.00
46_W 157_V 0.86 0.07 0.00
203_R 264_A 0.86 0.07 0.00
105_P 221_R 0.86 0.07 0.00
110_F 199_A 0.85 0.07 0.00
173_G 120_F 0.85 0.07 0.00
81_V 228_I 0.85 0.07 0.00
79_K 237_L 0.85 0.07 0.00
133_I 187_E 0.85 0.07 0.00
78_A 91_Y 0.85 0.07 0.00
92_C 118_V 0.85 0.07 0.00
169_V 91_Y 0.85 0.07 0.00
144_D 61_A 0.85 0.07 0.00
19_L 199_A 0.85 0.07 0.00
144_D 90_Q 0.85 0.07 0.00
4_I 116_F 0.85 0.07 0.00
98_R 96_L 0.85 0.07 0.00
169_V 18_I 0.85 0.07 0.00
71_L 98_T 0.85 0.07 0.00
142_N 38_E 0.85 0.07 0.00
178_C 85_K 0.85 0.07 0.00
119_V 232_A 0.85 0.07 0.00
21_E 113_T 0.85 0.07 0.00
217_S 168_W 0.85 0.07 0.00
136_T 219_I 0.85 0.07 0.00
24_D 62_M 0.85 0.07 0.00
26_L 37_D 0.85 0.07 0.00
100_G 50_G 0.85 0.07 0.00
127_P 140_T 0.84 0.07 0.00
71_L 179_P 0.84 0.07 0.00
205_I 197_Y 0.84 0.07 0.00
127_P 224_A 0.84 0.07 0.00
140_L 126_K 0.84 0.07 0.00
104_Q 93_I 0.84 0.07 0.00
53_L 42_E 0.84 0.07 0.00
57_E 130_G 0.84 0.07 0.00
60_V 183_T 0.84 0.07 0.00
198_E 173_D 0.84 0.07 0.00
82_C 82_M 0.84 0.07 0.00
30_L 95_K 0.84 0.07 0.00
166_Q 226_D 0.84 0.07 0.00
154_L 246_V 0.84 0.07 0.00
51_M 171_T 0.84 0.07 0.00
49_P 37_D 0.84 0.07 0.00
76_E 9_V 0.84 0.07 0.00
196_R 144_T 0.84 0.07 0.00
123_L 259_Q 0.83 0.07 0.00
31_T 268_I 0.83 0.07 0.00
11_G 179_P 0.83 0.07 0.00
20_T 94_E 0.83 0.07 0.00
23_Y 170_Y 0.83 0.07 0.00
159_E 80_N 0.83 0.07 0.00
15_D 204_V 0.83 0.07 0.00
90_T 245_E 0.83 0.07 0.00
56_V 13_S 0.83 0.07 0.00
156_G 18_I 0.83 0.07 0.00
9_L 65_D 0.83 0.07 0.00
116_L 160_M 0.83 0.07 0.00
93_F 223_D 0.83 0.07 0.00
72_K 60_V 0.83 0.07 0.00
138_V 14_T 0.83 0.07 0.00
96_Y 132_Y 0.83 0.07 0.00
55_L 225_G 0.83 0.07 0.00
141_L 264_A 0.83 0.07 0.00
113_I 96_L 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8216 0.11 Guillaume Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 4) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6241 0.11 4CI0_BC Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6237 0.1 4CI0_BC Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0793 seconds.