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OPENSEQ.org
shloyme coevolution pilm and piln
Genes: A B A+B
Length: 369 269 623
Sequences: 2738 100 73
Seq/Len: 7.42 0.37 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.11
2 0.00 0.00 0.11
5 0.00 0.00 0.11
10 0.00 0.00 0.11
20 0.00 0.00 0.11
100 0.01 0.00 0.11
∞ 0.11 0.00 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
27_A 260_L 1.98 0.45 0.00
97_S 132_V 1.66 0.29 0.00
23_R 198_S 1.60 0.27 0.00
74_R 118_E 1.56 0.25 0.00
8_F 98_E 1.54 0.24 0.00
61_A 72_D 1.48 0.22 0.00
135_V 261_R 1.40 0.19 0.00
243_R 4_L 1.39 0.19 0.00
64_E 11_D 1.36 0.18 0.00
211_V 74_Q 1.34 0.18 0.00
9_S 61_I 1.32 0.17 0.00
277_A 173_N 1.32 0.17 0.00
64_E 8_F 1.30 0.16 0.00
282_I 91_Q 1.29 0.16 0.00
174_T 222_E 1.29 0.16 0.00
26_L 172_F 1.27 0.15 0.00
309_L 37_L 1.26 0.15 0.00
19_L 171_S 1.25 0.15 0.00
366_L 76_A 1.25 0.15 0.00
261_V 61_I 1.24 0.15 0.00
324_F 6_I 1.24 0.15 0.00
63_A 85_I 1.24 0.15 0.00
185_D 119_L 1.23 0.14 0.00
7_L 237_P 1.22 0.14 0.00
89_I 103_V 1.21 0.14 0.00
321_L 198_S 1.21 0.14 0.00
190_F 225_V 1.21 0.14 0.00
154_V 135_T 1.21 0.14 0.00
62_V 137_G 1.20 0.14 0.00
185_D 222_E 1.18 0.13 0.00
324_F 122_R 1.18 0.13 0.00
347_A 72_D 1.18 0.13 0.00
295_D 172_F 1.17 0.13 0.00
339_V 136_A 1.17 0.13 0.00
287_S 209_V 1.17 0.13 0.00
290_L 11_D 1.17 0.13 0.00
97_S 32_S 1.15 0.12 0.00
256_T 56_L 1.15 0.12 0.00
20_T 164_E 1.14 0.12 0.00
89_I 190_A 1.13 0.12 0.00
13_Q 188_L 1.13 0.12 0.00
89_I 221_P 1.13 0.12 0.00
8_F 232_N 1.13 0.12 0.00
7_L 98_E 1.12 0.12 0.00
88_A 126_R 1.12 0.12 0.00
95_V 137_G 1.12 0.12 0.00
339_V 76_A 1.12 0.12 0.00
201_I 243_D 1.11 0.12 0.00
307_A 101_A 1.11 0.12 0.00
294_I 42_V 1.11 0.12 0.00
368_E 3_G 1.10 0.11 0.00
231_G 103_V 1.10 0.11 0.00
336_V 160_T 1.10 0.11 0.00
33_G 46_A 1.10 0.11 0.00
50_A 70_E 1.09 0.11 0.00
8_F 38_I 1.09 0.11 0.00
165_A 177_D 1.09 0.11 0.00
167_I 227_F 1.09 0.11 0.00
279_M 10_K 1.09 0.11 0.00
171_V 261_R 1.09 0.11 0.00
28_R 193_V 1.08 0.11 0.00
15_V 6_I 1.08 0.11 0.00
309_L 123_T 1.08 0.11 0.00
260_T 132_V 1.07 0.11 0.00
212_V 163_V 1.07 0.11 0.00
244_N 59_Q 1.07 0.11 0.00
52_Q 30_A 1.07 0.11 0.00
309_L 74_Q 1.07 0.11 0.00
119_F 10_K 1.06 0.10 0.00
208_I 174_D 1.06 0.10 0.00
231_G 209_V 1.06 0.10 0.00
107_M 11_D 1.06 0.10 0.00
124_A 82_L 1.06 0.10 0.00
19_L 58_Q 1.06 0.10 0.00
314_S 193_V 1.05 0.10 0.00
90_T 130_V 1.05 0.10 0.00
52_Q 263_S 1.05 0.10 0.00
137_E 44_V 1.05 0.10 0.00
178_A 90_Q 1.05 0.10 0.00
316_A 117_K 1.04 0.10 0.00
247_L 172_F 1.04 0.10 0.00
46_L 109_I 1.04 0.10 0.00
346_L 163_V 1.04 0.10 0.00
175_S 74_Q 1.04 0.10 0.00
343_S 227_F 1.04 0.10 0.00
295_D 50_V 1.03 0.10 0.00
227_F 91_Q 1.03 0.10 0.00
278_A 98_E 1.03 0.10 0.00
213_D 75_I 1.03 0.10 0.00
238_N 193_V 1.03 0.10 0.00
318_I 37_L 1.03 0.10 0.00
277_A 243_D 1.02 0.10 0.00
244_N 137_G 1.02 0.10 0.00
273_N 98_E 1.02 0.10 0.00
37_K 109_I 1.02 0.10 0.00
45_E 56_L 1.01 0.10 0.00
72_D 50_V 1.01 0.10 0.00
107_M 174_D 1.01 0.10 0.00
142_K 105_V 1.01 0.10 0.00
43_S 97_A 1.00 0.09 0.00
241_P 141_P 1.00 0.09 0.00
175_S 36_L 1.00 0.09 0.00
280_L 6_I 1.00 0.09 0.00
365_G 98_E 0.99 0.09 0.00
39_E 197_E 0.99 0.09 0.00
153_E 81_Q 0.99 0.09 0.00
137_E 255_T 0.99 0.09 0.00
9_S 34_T 0.99 0.09 0.00
114_S 188_L 0.99 0.09 0.00
336_V 221_P 0.99 0.09 0.00
276_T 10_K 0.99 0.09 0.00
360_T 17_V 0.98 0.09 0.00
336_V 258_R 0.98 0.09 0.00
106_E 141_P 0.98 0.09 0.00
274_P 265_V 0.98 0.09 0.00
208_I 222_E 0.98 0.09 0.00
8_F 13_E 0.98 0.09 0.00
239_L 111_P 0.97 0.09 0.00
240_P 111_P 0.97 0.09 0.00
320_Q 249_G 0.97 0.09 0.00
299_N 36_L 0.97 0.09 0.00
4_I 198_S 0.97 0.09 0.00
316_A 45_A 0.97 0.09 0.00
198_I 156_P 0.97 0.09 0.00
309_L 130_V 0.97 0.09 0.00
360_T 250_A 0.97 0.09 0.00
19_L 165_I 0.97 0.09 0.00
201_I 95_V 0.97 0.09 0.00
34_Q 112_W 0.97 0.09 0.00
361_V 173_N 0.97 0.09 0.00
318_I 219_N 0.96 0.09 0.00
355_R 187_L 0.96 0.09 0.00
169_L 21_A 0.96 0.09 0.00
106_E 68_E 0.96 0.09 0.00
294_I 87_T 0.96 0.09 0.00
26_L 23_T 0.96 0.09 0.00
360_T 32_S 0.96 0.09 0.00
280_L 140_L 0.96 0.09 0.00
169_L 73_Q 0.96 0.09 0.00
126_V 64_L 0.96 0.09 0.00
152_K 133_S 0.95 0.09 0.00
41_R 244_V 0.95 0.09 0.00
360_T 10_K 0.95 0.09 0.00
345_E 52_G 0.95 0.09 0.00
131_L 39_G 0.95 0.09 0.00
111_Q 222_E 0.95 0.09 0.00
159_V 6_I 0.95 0.09 0.00
83_A 163_V 0.95 0.09 0.00
83_A 193_V 0.95 0.09 0.00
246_D 51_G 0.95 0.09 0.00
169_L 45_A 0.95 0.09 0.00
169_L 247_R 0.95 0.09 0.00
318_I 108_Q 0.95 0.09 0.00
8_F 48_G 0.95 0.09 0.00
33_G 221_P 0.95 0.09 0.00
36_L 131_S 0.95 0.09 0.00
360_T 82_L 0.95 0.09 0.00
41_R 118_E 0.95 0.09 0.00
301_A 104_N 0.94 0.08 0.00
27_A 266_I 0.94 0.08 0.00
74_R 78_I 0.94 0.08 0.00
361_V 43_A 0.94 0.08 0.00
55_Q 115_F 0.94 0.08 0.00
321_L 135_T 0.94 0.08 0.00
297_Y 134_Q 0.94 0.08 0.00
318_I 101_A 0.94 0.08 0.00
352_E 73_Q 0.94 0.08 0.00
213_D 123_T 0.94 0.08 0.00
179_L 101_A 0.94 0.08 0.00
84_I 222_E 0.94 0.08 0.00
290_L 8_F 0.94 0.08 0.00
349_E 43_A 0.94 0.08 0.00
10_S 243_D 0.94 0.08 0.00
86_G 234_T 0.94 0.08 0.00
356_P 260_L 0.94 0.08 0.00
242_S 262_D 0.93 0.08 0.00
326_A 223_I 0.93 0.08 0.00
46_L 85_I 0.93 0.08 0.00
95_V 197_E 0.93 0.08 0.00
227_F 135_T 0.93 0.08 0.00
92_V 137_G 0.93 0.08 0.00
321_L 191_S 0.93 0.08 0.00
114_S 34_T 0.93 0.08 0.00
306_V 251_V 0.93 0.08 0.00
6_S 221_P 0.93 0.08 0.00
197_A 78_I 0.92 0.08 0.00
175_S 141_P 0.92 0.08 0.00
63_A 257_I 0.92 0.08 0.00
212_V 46_A 0.92 0.08 0.00
67_Q 118_E 0.92 0.08 0.00
229_I 44_V 0.92 0.08 0.00
163_Q 72_D 0.92 0.08 0.00
46_L 115_F 0.92 0.08 0.00
92_V 218_P 0.92 0.08 0.00
114_S 243_D 0.92 0.08 0.00
295_D 64_L 0.92 0.08 0.00
287_S 100_Q 0.91 0.08 0.00
353_E 41_L 0.91 0.08 0.00
339_V 262_D 0.91 0.08 0.00
300_Q 264_G 0.91 0.08 0.00
255_T 175_V 0.91 0.08 0.00
50_A 87_T 0.91 0.08 0.00
154_V 191_S 0.91 0.08 0.00
351_E 226_D 0.91 0.08 0.00
166_G 108_Q 0.91 0.08 0.00
335_Q 261_R 0.91 0.08 0.00
309_L 226_D 0.91 0.08 0.00
105_R 120_R 0.90 0.08 0.00
316_A 195_I 0.90 0.08 0.00
223_P 134_Q 0.90 0.08 0.00
95_V 88_V 0.90 0.08 0.00
100_D 183_Q 0.90 0.08 0.00
318_I 126_R 0.90 0.08 0.00
205_S 81_Q 0.90 0.08 0.00
62_V 161_G 0.90 0.08 0.00
83_A 139_T 0.90 0.08 0.00
163_Q 239_E 0.90 0.08 0.00
169_L 127_I 0.90 0.08 0.00
46_L 41_L 0.90 0.08 0.00
294_I 99_N 0.90 0.08 0.00
226_T 78_I 0.90 0.08 0.00
59_S 118_E 0.90 0.08 0.00
141_E 264_G 0.90 0.08 0.00
152_K 52_G 0.90 0.08 0.00
163_Q 133_S 0.90 0.08 0.00
208_I 99_N 0.90 0.08 0.00
306_V 141_P 0.90 0.08 0.00
285_E 105_V 0.90 0.08 0.00
36_L 119_L 0.90 0.08 0.00
11_K 192_S 0.90 0.08 0.00
287_S 188_L 0.90 0.08 0.00
172_L 98_E 0.89 0.08 0.00
246_D 38_I 0.89 0.08 0.00
77_V 151_E 0.89 0.08 0.00
16_G 8_F 0.89 0.08 0.00
31_K 24_A 0.89 0.08 0.00
251_M 166_A 0.89 0.08 0.00
324_F 175_V 0.89 0.08 0.00
17_I 96_E 0.89 0.08 0.00
149_A 8_F 0.89 0.08 0.00
318_I 67_R 0.89 0.08 0.00
366_L 164_E 0.89 0.07 0.00
334_S 141_P 0.89 0.07 0.00
212_V 183_Q 0.89 0.07 0.00
33_G 207_P 0.89 0.07 0.00
227_F 196_D 0.88 0.07 0.00
126_V 68_E 0.88 0.07 0.00
178_A 73_Q 0.88 0.07 0.00
35_K 257_I 0.88 0.07 0.00
83_A 260_L 0.88 0.07 0.00
43_S 162_G 0.88 0.07 0.00
310_L 90_Q 0.88 0.07 0.00
250_G 85_I 0.88 0.07 0.00
332_P 105_V 0.88 0.07 0.00
123_E 124_P 0.88 0.07 0.00
159_V 95_V 0.88 0.07 0.00
89_I 47_L 0.88 0.07 0.00
119_F 115_F 0.88 0.07 0.00
27_A 15_R 0.88 0.07 0.00
167_I 3_G 0.88 0.07 0.00
335_Q 189_N 0.88 0.07 0.00
25_N 264_G 0.88 0.07 0.00
77_V 179_L 0.88 0.07 0.00
79_Y 196_D 0.88 0.07 0.00
4_I 69_A 0.87 0.07 0.00
119_F 228_T 0.87 0.07 0.00
319_G 260_L 0.87 0.07 0.00
252_T 110_R 0.87 0.07 0.00
215_I 70_E 0.87 0.07 0.00
245_T 242_L 0.87 0.07 0.00
75_I 143_P 0.87 0.07 0.00
191_T 53_Y 0.87 0.07 0.00
303_D 236_V 0.87 0.07 0.00
278_A 183_Q 0.87 0.07 0.00
219_S 8_F 0.87 0.07 0.00
22_E 188_L 0.87 0.07 0.00
45_E 104_N 0.87 0.07 0.00
74_R 57_L 0.87 0.07 0.00
169_L 107_N 0.87 0.07 0.00
333_A 198_S 0.87 0.07 0.00
171_V 27_A 0.87 0.07 0.00
321_L 74_Q 0.86 0.07 0.00
180_I 92_I 0.86 0.07 0.00
89_I 6_I 0.86 0.07 0.00
24_V 103_V 0.86 0.07 0.00
228_Q 4_L 0.86 0.07 0.00
339_V 242_L 0.86 0.07 0.00
88_A 162_G 0.86 0.07 0.00
86_G 194_T 0.86 0.07 0.00
215_I 157_P 0.86 0.07 0.00
114_S 240_D 0.86 0.07 0.00
89_I 195_I 0.86 0.07 0.00
19_L 266_I 0.86 0.07 0.00
93_I 172_F 0.86 0.07 0.00
100_D 47_L 0.86 0.07 0.00
198_I 227_F 0.86 0.07 0.00
73_S 258_R 0.86 0.07 0.00
182_T 105_V 0.86 0.07 0.00
322_D 98_E 0.86 0.07 0.00
26_L 64_L 0.86 0.07 0.00
229_I 67_R 0.86 0.07 0.00
331_L 98_E 0.86 0.07 0.00
229_I 98_E 0.85 0.07 0.00
273_N 134_Q 0.85 0.07 0.00
33_G 226_D 0.85 0.07 0.00
208_I 243_D 0.85 0.07 0.00
145_V 109_I 0.85 0.07 0.00
345_E 41_L 0.85 0.07 0.00
361_V 254_A 0.85 0.07 0.00
98_E 128_Q 0.85 0.07 0.00
57_I 158_P 0.85 0.07 0.00
95_V 72_D 0.85 0.07 0.00
190_F 90_Q 0.85 0.07 0.00
21_P 174_D 0.85 0.07 0.00
190_F 42_V 0.85 0.07 0.00
15_V 98_E 0.85 0.07 0.00
231_G 101_A 0.85 0.07 0.00
24_V 187_L 0.85 0.07 0.00
234_S 251_V 0.85 0.07 0.00
80_A 245_L 0.84 0.07 0.00
106_E 20_S 0.84 0.07 0.00
90_T 123_T 0.84 0.07 0.00
191_T 121_D 0.84 0.07 0.00
83_A 76_A 0.84 0.07 0.00
19_L 14_I 0.84 0.07 0.00
357_G 255_T 0.84 0.07 0.00
169_L 132_V 0.84 0.07 0.00
304_M 104_N 0.84 0.07 0.00
154_V 44_V 0.84 0.07 0.00
346_L 173_N 0.84 0.07 0.00
318_I 71_L 0.84 0.07 0.00
168_N 46_A 0.84 0.07 0.00
204_E 234_T 0.84 0.07 0.00
366_L 131_S 0.84 0.07 0.00
30_R 58_Q 0.84 0.07 0.00
354_E 242_L 0.84 0.07 0.00
83_A 126_R 0.84 0.07 0.00
336_V 206_D 0.84 0.07 0.00
152_K 128_Q 0.84 0.07 0.00
65_A 4_L 0.83 0.07 0.00
114_S 215_N 0.83 0.07 0.00
344_L 238_S 0.83 0.07 0.00
64_E 263_S 0.83 0.07 0.00
93_I 165_I 0.83 0.07 0.00
7_L 166_A 0.83 0.07 0.00
31_K 204_L 0.83 0.07 0.00
258_M 84_Q 0.83 0.07 0.00
278_A 265_V 0.83 0.07 0.00
77_V 203_E 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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