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OPENSEQ.org
RodA-Pbp2a
Genes: A B A+B
Length: 400 668 877
Sequences: 3382 1317 132
Seq/Len: 8.46 1.97 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.11
2 0.01 0.00 0.12
5 0.01 0.00 0.12
10 0.01 0.00 0.12
20 0.01 0.00 0.12
100 0.04 0.00 0.17
∞ 0.13 0.05 0.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
334_F 642_A 2.23 0.65 0.11
296_L 470_V 1.73 0.37 0.03
255_H 223_Y 1.63 0.33 0.02
59_L 466_F 1.60 0.31 0.02
289_F 230_K 1.54 0.28 0.02
203_I 133_I 1.53 0.28 0.02
274_N 283_L 1.53 0.28 0.02
182_L 604_K 1.52 0.27 0.02
244_D 582_T 1.50 0.27 0.02
242_W 170_E 1.49 0.26 0.01
135_R 598_S 1.45 0.24 0.01
255_H 230_K 1.44 0.24 0.01
261_K 172_G 1.44 0.24 0.01
326_F 427_I 1.43 0.24 0.01
293_G 653_Y 1.41 0.23 0.01
185_I 202_D 1.39 0.22 0.01
131_L 410_A 1.36 0.21 0.01
252_D 526_I 1.34 0.20 0.01
87_C 626_N 1.34 0.20 0.01
326_F 361_V 1.33 0.20 0.01
242_W 246_G 1.32 0.19 0.01
388_P 652_V 1.32 0.19 0.01
217_G 503_I 1.31 0.19 0.01
261_K 230_K 1.31 0.19 0.01
376_G 315_E 1.31 0.19 0.01
296_L 238_T 1.31 0.19 0.01
182_L 606_K 1.29 0.18 0.01
321_K 190_L 1.26 0.17 0.01
362_F 433_Q 1.26 0.17 0.01
54_I 302_V 1.26 0.17 0.01
254_Y 172_G 1.26 0.17 0.01
326_F 148_K 1.25 0.17 0.01
255_H 172_G 1.25 0.17 0.01
289_F 172_G 1.25 0.17 0.01
35_L 225_S 1.24 0.17 0.01
299_I 471_A 1.24 0.17 0.01
182_L 498_F 1.24 0.17 0.01
192_V 263_E 1.23 0.16 0.01
261_K 494_S 1.22 0.16 0.01
289_F 223_Y 1.22 0.16 0.01
236_M 434_K 1.22 0.16 0.01
72_P 534_I 1.21 0.16 0.01
125_M 216_T 1.21 0.16 0.01
131_L 619_S 1.21 0.16 0.01
71_S 494_S 1.20 0.16 0.01
350_I 166_G 1.20 0.16 0.01
53_Q 531_I 1.20 0.16 0.01
324_D 360_L 1.20 0.15 0.01
327_N 350_I 1.20 0.15 0.01
190_M 606_K 1.20 0.15 0.01
383_I 553_T 1.19 0.15 0.01
184_A 620_Y 1.19 0.15 0.01
171_L 518_G 1.19 0.15 0.01
276_G 568_I 1.18 0.15 0.01
78_Y 324_I 1.18 0.15 0.01
216_L 257_G 1.18 0.15 0.01
87_C 523_E 1.18 0.15 0.01
289_F 514_L 1.18 0.15 0.01
342_I 216_T 1.17 0.15 0.01
261_K 514_L 1.17 0.15 0.01
387_E 353_Q 1.17 0.15 0.01
89_L 183_Y 1.16 0.14 0.01
254_Y 230_K 1.16 0.14 0.01
337_L 216_T 1.15 0.14 0.01
169_L 601_A 1.15 0.14 0.01
79_T 192_I 1.15 0.14 0.01
388_P 479_F 1.14 0.14 0.01
326_F 341_K 1.14 0.14 0.01
334_F 636_V 1.14 0.14 0.01
54_I 412_I 1.14 0.14 0.01
230_G 366_Y 1.14 0.14 0.01
105_I 516_D 1.13 0.14 0.01
261_K 493_P 1.13 0.14 0.01
61_A 387_K 1.13 0.14 0.01
352_L 299_V 1.12 0.14 0.01
54_I 283_L 1.12 0.13 0.01
195_I 304_D 1.12 0.13 0.01
184_A 537_A 1.12 0.13 0.00
91_I 328_I 1.11 0.13 0.00
89_L 565_K 1.11 0.13 0.00
127_I 184_K 1.11 0.13 0.00
116_P 253_L 1.11 0.13 0.00
261_K 499_Y 1.11 0.13 0.00
169_L 189_E 1.11 0.13 0.00
129_L 409_T 1.10 0.13 0.00
72_P 488_V 1.10 0.13 0.00
75_I 402_G 1.10 0.13 0.00
232_Q 228_A 1.10 0.13 0.00
261_K 223_Y 1.10 0.13 0.00
124_F 218_K 1.09 0.12 0.00
244_D 376_S 1.09 0.12 0.00
311_L 548_H 1.08 0.12 0.00
362_F 437_S 1.08 0.12 0.00
41_G 351_H 1.07 0.12 0.00
289_F 210_T 1.07 0.12 0.00
133_L 221_D 1.07 0.12 0.00
179_T 147_L 1.07 0.12 0.00
292_I 425_Y 1.06 0.12 0.00
182_L 224_L 1.06 0.12 0.00
7_Q 357_L 1.06 0.12 0.00
290_S 280_K 1.06 0.12 0.00
327_N 574_G 1.06 0.12 0.00
255_H 594_L 1.06 0.12 0.00
374_M 190_L 1.06 0.12 0.00
247_T 352_P 1.06 0.12 0.00
199_I 524_I 1.06 0.12 0.00
376_G 447_E 1.06 0.12 0.00
363_I 432_W 1.06 0.12 0.00
135_R 574_G 1.06 0.12 0.00
85_L 455_L 1.05 0.12 0.00
369_A 340_M 1.05 0.12 0.00
71_S 457_Q 1.05 0.12 0.00
331_I 308_T 1.05 0.12 0.00
170_I 264_L 1.05 0.12 0.00
190_M 607_Q 1.05 0.12 0.00
40_M 465_I 1.05 0.12 0.00
296_L 506_K 1.05 0.12 0.00
352_L 623_D 1.04 0.12 0.00
311_L 169_Y 1.04 0.12 0.00
127_I 298_R 1.04 0.12 0.00
59_L 564_S 1.04 0.11 0.00
54_I 454_D 1.04 0.11 0.00
255_H 514_L 1.04 0.11 0.00
191_L 135_G 1.04 0.11 0.00
274_N 211_F 1.03 0.11 0.00
117_I 571_L 1.03 0.11 0.00
133_L 185_A 1.03 0.11 0.00
63_F 567_N 1.02 0.11 0.00
233_L 454_D 1.02 0.11 0.00
89_L 228_A 1.02 0.11 0.00
329_I 258_P 1.02 0.11 0.00
32_S 529_V 1.02 0.11 0.00
342_I 267_K 1.02 0.11 0.00
385_Y 356_E 1.02 0.11 0.00
255_H 222_E 1.02 0.11 0.00
267_Q 369_Y 1.02 0.11 0.00
386_H 534_I 1.02 0.11 0.00
75_I 227_F 1.02 0.11 0.00
52_R 328_I 1.01 0.11 0.00
198_R 509_D 1.01 0.11 0.00
275_H 657_Y 1.01 0.11 0.00
75_I 384_T 1.01 0.11 0.00
268_L 338_N 1.01 0.11 0.00
387_E 513_L 1.01 0.11 0.00
32_S 161_E 1.01 0.11 0.00
50_G 516_D 1.01 0.11 0.00
182_L 419_L 1.01 0.11 0.00
242_W 474_L 1.01 0.11 0.00
296_L 646_A 1.01 0.11 0.00
388_P 266_Q 1.01 0.11 0.00
189_V 630_A 1.01 0.11 0.00
34_L 312_T 1.01 0.11 0.00
80_Y 361_V 1.01 0.11 0.00
306_L 417_K 1.01 0.11 0.00
331_I 237_E 1.01 0.11 0.00
244_D 476_S 1.00 0.11 0.00
180_L 320_D 1.00 0.11 0.00
335_V 145_E 1.00 0.11 0.00
109_K 437_S 1.00 0.11 0.00
346_I 217_V 1.00 0.10 0.00
269_L 430_K 1.00 0.10 0.00
333_G 174_V 1.00 0.10 0.00
127_I 161_E 0.99 0.10 0.00
188_G 654_D 0.99 0.10 0.00
83_Y 330_A 0.99 0.10 0.00
149_F 249_T 0.99 0.10 0.00
103_P 607_Q 0.99 0.10 0.00
182_L 461_S 0.99 0.10 0.00
352_L 213_P 0.99 0.10 0.00
185_I 351_H 0.99 0.10 0.00
191_L 401_P 0.99 0.10 0.00
255_H 210_T 0.99 0.10 0.00
11_K 620_Y 0.99 0.10 0.00
124_F 424_S 0.99 0.10 0.00
103_P 474_L 0.99 0.10 0.00
131_L 192_I 0.99 0.10 0.00
23_A 385_E 0.99 0.10 0.00
301_S 173_I 0.99 0.10 0.00
261_K 210_T 0.99 0.10 0.00
180_L 567_N 0.99 0.10 0.00
293_G 628_M 0.98 0.10 0.00
244_D 184_K 0.98 0.10 0.00
201_A 481_K 0.98 0.10 0.00
356_T 512_I 0.98 0.10 0.00
183_A 216_T 0.98 0.10 0.00
196_T 210_T 0.98 0.10 0.00
311_L 170_E 0.98 0.10 0.00
191_L 476_S 0.98 0.10 0.00
42_G 347_G 0.98 0.10 0.00
113_T 493_P 0.98 0.10 0.00
184_A 465_I 0.98 0.10 0.00
363_I 510_N 0.98 0.10 0.00
328_K 361_V 0.97 0.10 0.00
331_I 250_S 0.97 0.10 0.00
333_G 290_K 0.97 0.10 0.00
89_L 187_A 0.97 0.10 0.00
169_L 368_V 0.97 0.10 0.00
206_T 526_I 0.97 0.10 0.00
329_I 598_S 0.97 0.10 0.00
273_Y 519_Y 0.97 0.10 0.00
131_L 459_I 0.97 0.10 0.00
100_P 537_A 0.97 0.10 0.00
205_I 508_L 0.97 0.10 0.00
35_L 235_T 0.97 0.10 0.00
341_H 303_D 0.97 0.10 0.00
84_F 392_L 0.97 0.10 0.00
362_F 450_N 0.96 0.10 0.00
275_H 658_E 0.96 0.10 0.00
160_I 515_A 0.96 0.10 0.00
311_L 543_N 0.96 0.10 0.00
104_I 211_F 0.96 0.10 0.00
51_I 302_V 0.96 0.10 0.00
302_V 346_S 0.96 0.10 0.00
113_T 336_I 0.96 0.10 0.00
307_I 147_L 0.96 0.10 0.00
221_A 515_A 0.96 0.10 0.00
289_F 222_E 0.96 0.10 0.00
384_Y 434_K 0.95 0.10 0.00
190_M 194_E 0.95 0.10 0.00
94_L 457_Q 0.95 0.10 0.00
362_F 182_D 0.95 0.10 0.00
237_G 286_L 0.95 0.10 0.00
30_I 194_E 0.95 0.10 0.00
27_V 219_K 0.95 0.10 0.00
127_I 253_L 0.95 0.10 0.00
83_Y 571_L 0.95 0.10 0.00
129_L 571_L 0.95 0.10 0.00
204_F 294_E 0.95 0.09 0.00
353_L 621_D 0.94 0.09 0.00
113_T 642_A 0.94 0.09 0.00
289_F 493_P 0.94 0.09 0.00
277_E 366_Y 0.94 0.09 0.00
37_N 239_E 0.94 0.09 0.00
370_L 353_Q 0.94 0.09 0.00
386_H 575_M 0.94 0.09 0.00
83_Y 264_L 0.94 0.09 0.00
135_R 219_K 0.94 0.09 0.00
271_K 459_I 0.94 0.09 0.00
363_I 134_P 0.94 0.09 0.00
326_F 498_F 0.94 0.09 0.00
324_D 389_E 0.94 0.09 0.00
254_Y 516_D 0.94 0.09 0.00
41_G 418_T 0.93 0.09 0.00
89_L 410_A 0.93 0.09 0.00
189_V 465_I 0.93 0.09 0.00
336_T 363_T 0.93 0.09 0.00
165_V 563_I 0.93 0.09 0.00
319_A 235_T 0.93 0.09 0.00
131_L 264_L 0.93 0.09 0.00
216_L 384_T 0.93 0.09 0.00
37_N 218_K 0.93 0.09 0.00
192_V 476_S 0.93 0.09 0.00
276_G 654_D 0.93 0.09 0.00
363_I 412_I 0.93 0.09 0.00
109_K 133_I 0.93 0.09 0.00
377_I 176_K 0.93 0.09 0.00
254_Y 493_P 0.93 0.09 0.00
324_D 537_A 0.93 0.09 0.00
292_I 177_N 0.93 0.09 0.00
183_A 431_G 0.93 0.09 0.00
196_T 618_I 0.93 0.09 0.00
379_I 366_Y 0.93 0.09 0.00
86_I 649_S 0.93 0.09 0.00
284_H 540_N 0.93 0.09 0.00
352_L 577_Q 0.93 0.09 0.00
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350_I 300_T 0.85 0.08 0.00
323_E 507_N 0.85 0.08 0.00
158_K 324_I 0.85 0.08 0.00
109_K 380_Y 0.85 0.08 0.00
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91_I 181_K 0.85 0.08 0.00
29_A 396_Q 0.85 0.08 0.00
86_I 196_Y 0.85 0.08 0.00
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261_K 309_I 0.85 0.08 0.00
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368_S 188_K 0.85 0.08 0.00
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32_S 534_I 0.85 0.08 0.00
254_Y 427_I 0.85 0.08 0.00
109_K 463_D 0.85 0.08 0.00
100_P 657_Y 0.85 0.08 0.00
247_T 445_R 0.85 0.08 0.00
20_V 360_L 0.84 0.08 0.00
352_L 258_P 0.84 0.08 0.00
87_C 619_S 0.84 0.08 0.00
185_I 347_G 0.84 0.08 0.00
370_L 649_S 0.84 0.08 0.00
142_Q 153_K 0.84 0.08 0.00
158_K 445_R 0.84 0.08 0.00
370_L 222_E 0.84 0.08 0.00
76_K 413_G 0.84 0.08 0.00
55_F 392_L 0.84 0.08 0.00
182_L 497_P 0.84 0.08 0.00
148_S 408_L 0.84 0.08 0.00
289_F 175_P 0.84 0.08 0.00
250_S 568_I 0.84 0.08 0.00
86_I 295_D 0.84 0.08 0.00
34_L 320_D 0.84 0.08 0.00
283_N 386_D 0.84 0.08 0.00
165_V 367_D 0.84 0.08 0.00
191_L 519_Y 0.84 0.08 0.00
259_S 183_Y 0.84 0.08 0.00
75_I 504_S 0.84 0.08 0.00
388_P 265_K 0.84 0.07 0.00
33_V 389_E 0.84 0.07 0.00
78_Y 181_K 0.83 0.07 0.00
204_F 582_T 0.83 0.07 0.00
319_A 200_Q 0.83 0.07 0.00
243_L 574_G 0.83 0.07 0.00
333_G 469_R 0.83 0.07 0.00
312_I 393_N 0.83 0.07 0.00
139_R 338_N 0.83 0.07 0.00
167_S 270_K 0.83 0.07 0.00
236_M 192_I 0.83 0.07 0.00
335_V 320_D 0.83 0.07 0.00
336_T 189_E 0.83 0.07 0.00
352_L 295_D 0.83 0.07 0.00
219_L 503_I 0.83 0.07 0.00
244_D 351_H 0.83 0.07 0.00
157_F 263_E 0.83 0.07 0.00
57_Y 342_N 0.83 0.07 0.00
242_W 606_K 0.83 0.07 0.00
385_Y 518_G 0.83 0.07 0.00
91_I 651_K 0.83 0.07 0.00
388_P 409_T 0.83 0.07 0.00
73_K 324_I 0.83 0.07 0.00
219_L 480_E 0.83 0.07 0.00
85_L 377_N 0.83 0.07 0.00
141_N 425_Y 0.83 0.07 0.00
246_Y 378_E 0.83 0.07 0.00
109_K 450_N 0.83 0.07 0.00
77_H 354_T 0.83 0.07 0.00
254_Y 514_L 0.83 0.07 0.00
26_A 297_Y 0.83 0.07 0.00
325_Q 467_F 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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