May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
RodA-Pbp3
Genes: A B A+B
Length: 400 691 944
Sequences: 3382 3158 612
Seq/Len: 8.46 4.57 0.65
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.05 0.13
2 0.01 0.06 0.15
5 0.01 0.06 0.50
10 0.01 0.06 0.54
20 0.01 0.07 0.56
100 0.04 0.08 0.73
∞ 0.13 0.16 1.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
302_V 37_V 1.93 0.88 0.25
298_F 45_I 1.60 0.72 0.11
352_L 36_L 1.50 0.65 0.08
311_L 242_F 1.44 0.59 0.07
301_S 40_L 1.39 0.55 0.06
54_I 45_I 1.37 0.54 0.06
289_F 40_L 1.35 0.52 0.05
310_F 457_A 1.32 0.50 0.05
346_I 36_L 1.32 0.50 0.05
244_D 222_V 1.28 0.47 0.04
298_F 41_G 1.27 0.46 0.04
110_S 374_G 1.27 0.46 0.04
79_T 207_K 1.26 0.45 0.04
52_R 320_I 1.25 0.44 0.04
285_T 376_M 1.25 0.44 0.04
356_T 449_S 1.23 0.42 0.04
180_L 312_R 1.18 0.39 0.03
75_I 644_D 1.18 0.38 0.03
268_L 45_I 1.16 0.37 0.03
276_G 43_L 1.15 0.36 0.03
37_N 579_V 1.13 0.34 0.02
110_S 293_Y 1.13 0.34 0.02
65_G 651_I 1.12 0.34 0.02
37_N 42_Y 1.12 0.34 0.02
258_E 58_D 1.11 0.33 0.02
41_G 280_Y 1.11 0.33 0.02
52_R 644_D 1.10 0.33 0.02
374_M 473_S 1.10 0.32 0.02
384_Y 457_A 1.09 0.32 0.02
112_Y 521_S 1.09 0.32 0.02
359_P 522_I 1.08 0.31 0.02
368_S 650_S 1.07 0.30 0.02
177_G 505_G 1.07 0.30 0.02
298_F 601_D 1.07 0.30 0.02
32_S 24_F 1.06 0.30 0.02
356_T 429_S 1.06 0.30 0.02
194_G 21_R 1.06 0.29 0.02
273_Y 610_D 1.05 0.29 0.02
351_Q 505_G 1.05 0.29 0.02
242_W 491_L 1.05 0.29 0.02
122_S 372_K 1.05 0.29 0.02
359_P 525_Y 1.04 0.28 0.02
192_V 219_L 1.04 0.28 0.02
306_L 362_I 1.04 0.28 0.02
122_S 289_K 1.03 0.28 0.02
347_G 637_I 1.03 0.28 0.02
131_L 336_I 1.03 0.27 0.02
305_I 638_G 1.03 0.27 0.02
264_G 456_T 1.02 0.27 0.02
119_I 51_Y 1.01 0.27 0.02
331_I 332_L 1.01 0.27 0.02
124_F 326_K 1.01 0.26 0.02
265_S 524_Q 1.01 0.26 0.02
298_F 48_G 1.00 0.26 0.01
340_F 406_K 1.00 0.26 0.01
368_S 482_L 1.00 0.26 0.01
153_L 637_I 1.00 0.25 0.01
280_I 651_I 0.99 0.25 0.01
243_L 309_P 0.99 0.25 0.01
77_H 428_R 0.99 0.25 0.01
195_I 330_A 0.98 0.24 0.01
327_N 496_G 0.98 0.24 0.01
339_V 521_S 0.98 0.24 0.01
84_F 46_A 0.98 0.24 0.01
191_L 362_I 0.98 0.24 0.01
70_I 557_E 0.97 0.24 0.01
375_T 521_S 0.97 0.24 0.01
360_L 489_V 0.97 0.24 0.01
256_L 526_D 0.97 0.24 0.01
48_N 276_L 0.96 0.23 0.01
139_R 403_Y 0.96 0.23 0.01
59_L 567_L 0.96 0.23 0.01
352_L 35_V 0.96 0.23 0.01
31_F 38_L 0.96 0.23 0.01
177_G 376_M 0.95 0.23 0.01
177_G 449_S 0.95 0.23 0.01
285_T 533_L 0.95 0.22 0.01
289_F 496_G 0.95 0.22 0.01
39_A 316_L 0.94 0.22 0.01
159_I 646_K 0.94 0.22 0.01
121_P 622_A 0.94 0.22 0.01
130_I 589_I 0.94 0.22 0.01
287_F 44_Q 0.94 0.22 0.01
26_A 403_Y 0.94 0.22 0.01
293_G 439_I 0.94 0.22 0.01
128_I 312_R 0.94 0.22 0.01
381_L 381_I 0.94 0.22 0.01
283_N 458_L 0.94 0.22 0.01
285_T 648_A 0.93 0.22 0.01
126_K 286_G 0.93 0.21 0.01
327_N 355_Q 0.93 0.21 0.01
347_G 36_L 0.93 0.21 0.01
170_I 595_M 0.92 0.21 0.01
180_L 51_Y 0.92 0.21 0.01
355_I 505_G 0.92 0.21 0.01
331_I 39_R 0.92 0.21 0.01
164_L 97_T 0.92 0.21 0.01
309_L 384_F 0.92 0.21 0.01
305_I 36_L 0.92 0.21 0.01
165_V 587_K 0.92 0.21 0.01
290_S 383_T 0.92 0.21 0.01
128_I 552_G 0.92 0.21 0.01
17_V 65_E 0.92 0.21 0.01
314_H 408_I 0.92 0.21 0.01
358_I 482_L 0.92 0.21 0.01
255_H 450_N 0.91 0.21 0.01
362_F 450_N 0.91 0.20 0.01
119_I 633_N 0.91 0.20 0.01
380_V 231_K 0.91 0.20 0.01
368_S 533_L 0.91 0.20 0.01
92_G 672_V 0.91 0.20 0.01
334_F 315_D 0.90 0.20 0.01
28_L 233_P 0.90 0.20 0.01
280_I 530_P 0.90 0.20 0.01
124_F 413_T 0.90 0.20 0.01
276_G 438_T 0.90 0.20 0.01
383_I 365_L 0.90 0.20 0.01
174_N 93_R 0.90 0.20 0.01
290_S 443_Q 0.90 0.20 0.01
39_A 209_Y 0.89 0.20 0.01
379_I 322_I 0.89 0.20 0.01
377_I 294_T 0.89 0.19 0.01
319_A 280_Y 0.89 0.19 0.01
335_V 333_D 0.89 0.19 0.01
304_L 670_R 0.88 0.19 0.01
356_T 453_M 0.88 0.19 0.01
131_L 276_L 0.88 0.19 0.01
255_H 615_T 0.88 0.19 0.01
296_L 509_P 0.88 0.19 0.01
175_D 87_M 0.88 0.19 0.01
313_F 503_T 0.88 0.19 0.01
31_F 331_L 0.88 0.19 0.01
292_I 298_S 0.88 0.18 0.01
169_L 44_Q 0.87 0.18 0.01
299_I 33_F 0.87 0.18 0.01
174_N 533_L 0.87 0.18 0.01
329_I 509_P 0.87 0.18 0.01
112_Y 396_G 0.87 0.18 0.01
177_G 492_G 0.87 0.18 0.01
368_S 404_Q 0.87 0.18 0.01
263_I 43_L 0.87 0.18 0.01
74_K 365_L 0.87 0.18 0.01
92_G 316_L 0.87 0.18 0.01
164_L 36_L 0.86 0.18 0.01
110_S 382_G 0.86 0.18 0.01
284_H 513_N 0.86 0.18 0.01
129_L 38_L 0.86 0.18 0.01
342_I 402_G 0.86 0.18 0.01
276_G 522_I 0.86 0.18 0.01
64_A 524_Q 0.86 0.18 0.01
230_G 371_N 0.86 0.18 0.01
55_F 443_Q 0.86 0.18 0.01
194_G 44_Q 0.86 0.18 0.01
243_L 406_K 0.85 0.18 0.01
298_F 331_L 0.85 0.17 0.01
253_G 505_G 0.85 0.17 0.01
110_S 634_S 0.85 0.17 0.01
177_G 512_N 0.85 0.17 0.01
169_L 286_G 0.85 0.17 0.01
312_I 211_A 0.85 0.17 0.01
108_A 622_A 0.85 0.17 0.01
261_K 219_L 0.85 0.17 0.01
177_G 87_M 0.85 0.17 0.01
169_L 353_V 0.85 0.17 0.01
114_F 615_T 0.85 0.17 0.01
299_I 37_V 0.85 0.17 0.01
288_I 406_K 0.85 0.17 0.01
355_I 430_Y 0.85 0.17 0.01
268_L 212_V 0.85 0.17 0.01
362_F 329_E 0.85 0.17 0.01
284_H 516_N 0.85 0.17 0.01
109_K 435_G 0.85 0.17 0.01
353_L 350_A 0.85 0.17 0.01
21_L 300_K 0.84 0.17 0.01
244_D 611_T 0.84 0.17 0.01
368_S 335_Q 0.84 0.17 0.01
383_I 555_I 0.84 0.17 0.01
383_I 644_D 0.84 0.17 0.01
255_H 227_D 0.84 0.17 0.01
200_L 239_R 0.84 0.17 0.01
339_V 29_I 0.84 0.17 0.01
133_L 208_E 0.84 0.17 0.01
209_V 643_D 0.84 0.17 0.01
157_F 362_I 0.84 0.17 0.01
334_F 302_T 0.84 0.17 0.01
278_V 353_V 0.84 0.17 0.01
174_N 332_L 0.84 0.17 0.01
136_V 236_D 0.83 0.17 0.01
35_L 229_D 0.83 0.17 0.01
39_A 382_G 0.83 0.17 0.01
173_Q 373_S 0.83 0.17 0.01
267_Q 549_P 0.83 0.17 0.01
21_L 81_V 0.83 0.17 0.01
288_I 371_N 0.83 0.16 0.01
90_L 222_V 0.83 0.16 0.01
166_P 540_I 0.83 0.16 0.01
175_D 376_M 0.83 0.16 0.01
146_N 204_V 0.83 0.16 0.01
330_F 601_D 0.83 0.16 0.01
339_V 393_S 0.83 0.16 0.01
110_S 652_V 0.82 0.16 0.01
122_S 437_V 0.82 0.16 0.01
200_L 548_Q 0.82 0.16 0.01
110_S 386_S 0.82 0.16 0.01
318_L 204_V 0.82 0.16 0.01
359_P 294_T 0.82 0.16 0.01
100_P 668_L 0.82 0.16 0.01
337_L 416_D 0.82 0.16 0.01
385_Y 80_L 0.82 0.16 0.01
352_L 507_I 0.82 0.16 0.01
334_F 271_V 0.82 0.16 0.01
338_L 208_E 0.82 0.16 0.01
91_I 197_Q 0.82 0.16 0.01
247_T 589_I 0.82 0.16 0.01
347_G 111_K 0.82 0.16 0.01
176_L 222_V 0.81 0.16 0.01
353_L 274_S 0.81 0.16 0.01
330_F 65_E 0.81 0.16 0.01
346_I 551_I 0.81 0.16 0.01
371_W 129_W 0.81 0.16 0.01
318_L 276_L 0.81 0.16 0.01
171_L 403_Y 0.81 0.16 0.01
370_L 318_L 0.81 0.16 0.01
112_Y 540_I 0.81 0.15 0.01
311_L 550_H 0.81 0.15 0.01
25_I 359_N 0.81 0.15 0.01
128_I 538_S 0.81 0.15 0.01
273_Y 22_I 0.81 0.15 0.01
243_L 665_G 0.81 0.15 0.01
310_F 29_I 0.81 0.15 0.01
265_S 436_H 0.81 0.15 0.01
384_Y 551_I 0.81 0.15 0.01
206_T 36_L 0.80 0.15 0.01
61_A 362_I 0.80 0.15 0.01
119_I 597_F 0.80 0.15 0.01
165_V 559_T 0.80 0.15 0.01
204_F 569_K 0.80 0.15 0.01
355_I 492_G 0.80 0.15 0.01
304_L 211_A 0.80 0.15 0.01
34_L 96_K 0.80 0.15 0.01
261_K 633_N 0.80 0.15 0.01
306_L 574_T 0.80 0.15 0.01
197_W 365_L 0.80 0.15 0.01
156_F 593_F 0.80 0.15 0.01
204_F 591_E 0.80 0.15 0.01
87_C 406_K 0.80 0.15 0.01
193_S 588_Q 0.80 0.15 0.01
126_K 313_G 0.80 0.15 0.01
331_I 651_I 0.80 0.15 0.01
70_I 350_A 0.80 0.15 0.01
198_R 616_A 0.80 0.15 0.01
112_Y 642_I 0.80 0.15 0.01
306_L 30_V 0.79 0.15 0.01
181_V 640_A 0.79 0.15 0.01
196_T 106_A 0.79 0.15 0.01
340_F 538_S 0.79 0.15 0.01
92_G 576_L 0.79 0.15 0.01
235_Q 452_Y 0.79 0.15 0.01
207_G 350_A 0.79 0.15 0.01
379_I 534_S 0.79 0.15 0.01
375_T 514_P 0.79 0.15 0.01
330_F 43_L 0.79 0.15 0.01
205_I 199_I 0.79 0.15 0.01
47_A 604_G 0.79 0.15 0.01
343_L 32_I 0.79 0.15 0.01
23_A 384_F 0.79 0.15 0.01
176_L 622_A 0.79 0.15 0.01
246_Y 367_G 0.79 0.15 0.01
185_I 25_I 0.79 0.15 0.01
77_H 446_M 0.79 0.15 0.01
110_S 83_N 0.79 0.15 0.01
129_L 482_L 0.79 0.15 0.01
369_A 229_D 0.79 0.15 0.01
362_F 422_Q 0.79 0.15 0.01
170_I 589_I 0.79 0.15 0.01
253_G 602_G 0.79 0.14 0.01
158_K 22_I 0.79 0.14 0.01
349_T 435_G 0.79 0.14 0.01
171_L 672_V 0.78 0.14 0.01
363_I 353_V 0.78 0.14 0.01
298_F 37_V 0.78 0.14 0.01
91_I 409_K 0.78 0.14 0.01
54_I 224_T 0.78 0.14 0.01
201_A 649_F 0.78 0.14 0.01
89_L 595_M 0.78 0.14 0.01
153_L 647_L 0.78 0.14 0.01
265_S 659_P 0.78 0.14 0.01
60_G 114_K 0.78 0.14 0.01
304_L 380_D 0.78 0.14 0.01
359_P 400_L 0.78 0.14 0.01
77_H 616_A 0.78 0.14 0.01
370_L 482_L 0.78 0.14 0.01
374_M 394_V 0.78 0.14 0.01
367_G 233_P 0.78 0.14 0.01
311_L 30_V 0.78 0.14 0.01
127_I 80_L 0.78 0.14 0.01
296_L 654_T 0.78 0.14 0.01
383_I 538_S 0.78 0.14 0.01
338_L 242_F 0.78 0.14 0.01
130_I 315_D 0.78 0.14 0.01
290_S 568_K 0.77 0.14 0.01
291_V 371_N 0.77 0.14 0.01
49_F 245_V 0.77 0.14 0.01
380_V 247_T 0.77 0.14 0.01
130_I 64_N 0.77 0.14 0.01
356_T 447_H 0.77 0.14 0.01
290_S 633_N 0.77 0.14 0.01
368_S 238_L 0.77 0.14 0.01
55_F 47_Q 0.77 0.14 0.01
158_K 356_N 0.77 0.14 0.01
311_L 53_Q 0.77 0.14 0.01
120_Q 277_E 0.77 0.14 0.01
292_I 212_V 0.77 0.14 0.01
318_L 178_D 0.77 0.14 0.01
70_I 579_V 0.77 0.14 0.01
66_I 104_D 0.77 0.14 0.01
125_M 409_K 0.77 0.14 0.01
284_H 206_E 0.77 0.14 0.01
122_S 362_I 0.77 0.14 0.01
256_L 393_S 0.77 0.14 0.01
181_V 427_K 0.77 0.14 0.01
182_L 396_G 0.76 0.14 0.01
259_S 539_T 0.76 0.14 0.01
40_M 673_I 0.76 0.14 0.01
169_L 89_I 0.76 0.14 0.01
71_S 86_K 0.76 0.14 0.01
347_G 338_K 0.76 0.14 0.01
369_A 424_G 0.76 0.14 0.01
368_S 210_A 0.76 0.14 0.01
212_M 127_D 0.76 0.14 0.01
355_I 654_T 0.76 0.14 0.01
37_N 357_P 0.76 0.14 0.01
201_A 354_V 0.76 0.14 0.01
242_W 518_L 0.76 0.14 0.01
259_S 315_D 0.76 0.14 0.01
331_I 402_G 0.76 0.14 0.01
359_P 634_S 0.76 0.14 0.01
312_I 36_L 0.76 0.14 0.01
349_T 90_T 0.76 0.14 0.01
176_L 570_K 0.76 0.14 0.01
138_S 573_G 0.76 0.14 0.01
334_F 213_S 0.76 0.14 0.01
107_G 633_N 0.76 0.13 0.01
137_V 652_V 0.76 0.13 0.01
241_S 115_M 0.76 0.13 0.01
347_G 44_Q 0.76 0.13 0.01
200_L 595_M 0.76 0.13 0.01
70_I 353_V 0.76 0.13 0.01
271_K 633_N 0.76 0.13 0.01
355_I 373_S 0.76 0.13 0.01
298_F 406_K 0.76 0.13 0.01
287_F 620_G 0.76 0.13 0.01
321_K 606_V 0.76 0.13 0.01
303_I 212_V 0.76 0.13 0.01
267_Q 329_E 0.76 0.13 0.01
304_L 521_S 0.75 0.13 0.01
234_Y 616_A 0.75 0.13 0.01
108_A 568_K 0.75 0.13 0.01
265_S 376_M 0.75 0.13 0.01
334_F 660_P 0.75 0.13 0.01
131_L 500_P 0.75 0.13 0.01
309_L 26_F 0.75 0.13 0.01
382_S 245_V 0.75 0.13 0.01
59_L 409_K 0.75 0.13 0.01
54_I 317_K 0.75 0.13 0.01
191_L 283_V 0.75 0.13 0.01
244_D 371_N 0.75 0.13 0.01
339_V 245_V 0.75 0.13 0.01
202_P 649_F 0.75 0.13 0.01
174_N 525_Y 0.75 0.13 0.01
199_I 604_G 0.75 0.13 0.01
254_Y 357_P 0.75 0.13 0.01
284_H 520_L 0.75 0.13 0.01
368_S 379_Y 0.75 0.13 0.01
90_L 21_R 0.75 0.13 0.01
153_L 30_V 0.75 0.13 0.01
278_V 43_L 0.75 0.13 0.01
86_I 242_F 0.75 0.13 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0743 seconds.