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OPENSEQ.org
FtsW-Pbp1
Genes: A B A+B
Length: 408 744 966
Sequences: 3314 880 251
Seq/Len: 8.12 1.18 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.20 0.00
2 0.01 0.20 0.01
5 0.01 0.20 0.20
10 0.01 0.20 0.22
20 0.01 0.21 0.22
100 0.04 0.21 0.31
∞ 0.12 0.22 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
242_D 161_I 1.63 0.46 0.00
61_F 178_S 1.62 0.46 0.00
359_V 582_L 1.51 0.39 0.00
380_L 454_N 1.45 0.35 0.00
140_I 239_D 1.39 0.32 0.00
291_A 553_A 1.38 0.31 0.00
35_V 277_T 1.37 0.30 0.00
314_Y 406_A 1.36 0.30 0.00
240_L 394_F 1.35 0.30 0.00
205_V 178_S 1.34 0.29 0.00
182_G 294_G 1.34 0.29 0.00
73_F 360_P 1.33 0.28 0.00
263_N 79_D 1.33 0.28 0.00
198_S 275_A 1.31 0.27 0.00
253_H 166_E 1.30 0.27 0.00
141_L 511_E 1.27 0.25 0.00
266_V 153_I 1.26 0.25 0.00
291_A 363_L 1.25 0.24 0.00
198_S 484_K 1.24 0.24 0.00
144_P 214_L 1.22 0.23 0.00
339_F 26_F 1.20 0.22 0.00
286_T 294_G 1.20 0.22 0.00
25_T 465_F 1.19 0.21 0.00
361_L 538_F 1.18 0.21 0.00
24_V 449_K 1.18 0.21 0.00
360_P 426_S 1.18 0.21 0.00
140_I 546_N 1.17 0.21 0.00
363_F 52_N 1.17 0.21 0.00
91_I 239_D 1.16 0.20 0.00
319_F 633_I 1.16 0.20 0.00
120_S 79_D 1.15 0.20 0.00
129_L 535_F 1.14 0.20 0.00
43_V 304_D 1.14 0.19 0.00
98_I 465_F 1.12 0.19 0.00
267_F 555_M 1.12 0.19 0.00
179_K 88_V 1.12 0.19 0.00
129_L 416_L 1.12 0.18 0.00
233_L 517_A 1.12 0.18 0.00
38_Y 310_Y 1.11 0.18 0.00
323_T 484_K 1.11 0.18 0.00
341_S 163_L 1.11 0.18 0.00
147_I 174_G 1.11 0.18 0.00
371_M 242_L 1.11 0.18 0.00
251_G 160_G 1.10 0.18 0.00
61_F 335_K 1.09 0.17 0.00
299_L 38_I 1.09 0.17 0.00
61_F 35_Y 1.09 0.17 0.00
234_T 569_G 1.08 0.17 0.00
179_K 222_G 1.08 0.17 0.00
120_S 216_Y 1.08 0.17 0.00
73_F 342_D 1.08 0.17 0.00
61_F 574_F 1.08 0.17 0.00
205_V 360_P 1.07 0.17 0.00
82_L 157_N 1.07 0.17 0.00
73_F 264_Q 1.06 0.17 0.00
343_T 535_F 1.06 0.16 0.00
58_G 449_K 1.06 0.16 0.00
306_I 557_L 1.06 0.16 0.00
350_I 355_G 1.05 0.16 0.00
67_A 236_R 1.05 0.16 0.00
176_F 577_I 1.05 0.16 0.00
38_Y 35_Y 1.05 0.16 0.00
120_S 142_G 1.05 0.16 0.00
279_G 183_R 1.05 0.16 0.00
348_G 29_L 1.05 0.16 0.00
162_L 134_F 1.05 0.16 0.00
344_F 283_Y 1.05 0.16 0.00
118_S 180_L 1.05 0.16 0.00
378_M 80_V 1.05 0.16 0.00
138_A 236_R 1.05 0.16 0.00
370_S 361_M 1.04 0.16 0.00
149_K 181_I 1.04 0.16 0.00
384_V 358_E 1.04 0.16 0.00
251_G 311_E 1.04 0.16 0.00
143_I 149_D 1.03 0.15 0.00
335_I 564_E 1.03 0.15 0.00
79_I 126_K 1.03 0.15 0.00
381_L 234_P 1.03 0.15 0.00
305_V 412_W 1.03 0.15 0.00
291_A 625_V 1.03 0.15 0.00
299_L 310_Y 1.03 0.15 0.00
22_L 359_I 1.02 0.15 0.00
261_I 59_N 1.02 0.15 0.00
254_I 263_Y 1.02 0.15 0.00
343_T 536_V 1.02 0.15 0.00
79_I 280_I 1.02 0.15 0.00
179_K 37_M 1.01 0.15 0.00
233_L 275_A 1.01 0.15 0.00
140_I 563_Q 1.01 0.15 0.00
192_V 109_T 1.01 0.15 0.00
360_P 421_S 1.01 0.15 0.00
259_L 535_F 1.01 0.15 0.00
129_L 47_L 1.01 0.15 0.00
194_I 158_L 1.01 0.15 0.00
291_A 574_F 1.00 0.14 0.00
309_E 279_E 1.00 0.14 0.00
375_S 293_T 1.00 0.14 0.00
347_I 32_R 1.00 0.14 0.00
153_R 36_I 1.00 0.14 0.00
140_I 178_S 1.00 0.14 0.00
66_L 44_G 1.00 0.14 0.00
194_I 551_V 0.99 0.14 0.00
300_I 26_F 0.99 0.14 0.00
254_I 427_T 0.99 0.14 0.00
90_N 127_R 0.99 0.14 0.00
120_S 552_Y 0.99 0.14 0.00
384_V 616_N 0.99 0.14 0.00
271_L 32_R 0.99 0.14 0.00
35_V 128_L 0.99 0.14 0.00
137_I 633_I 0.99 0.14 0.00
341_S 577_I 0.99 0.14 0.00
232_Y 432_V 0.99 0.14 0.00
71_M 452_F 0.98 0.14 0.00
292_I 235_K 0.98 0.14 0.00
354_I 452_F 0.98 0.14 0.00
333_V 120_K 0.98 0.14 0.00
64_R 466_Y 0.98 0.14 0.00
133_E 348_I 0.98 0.14 0.00
45_A 568_L 0.98 0.14 0.00
305_V 302_A 0.98 0.14 0.00
124_L 236_R 0.98 0.14 0.00
182_G 338_S 0.98 0.14 0.00
300_I 244_I 0.97 0.14 0.00
269_K 257_D 0.97 0.14 0.00
142_Y 414_N 0.97 0.14 0.00
254_I 290_N 0.97 0.14 0.00
307_T 480_D 0.97 0.13 0.00
111_I 82_R 0.97 0.13 0.00
314_Y 32_R 0.97 0.13 0.00
120_S 554_G 0.97 0.13 0.00
359_V 385_M 0.96 0.13 0.00
70_I 585_L 0.96 0.13 0.00
124_L 619_A 0.96 0.13 0.00
281_L 89_I 0.96 0.13 0.00
286_T 82_R 0.96 0.13 0.00
64_R 510_V 0.96 0.13 0.00
188_L 289_F 0.96 0.13 0.00
198_S 157_N 0.96 0.13 0.00
178_Q 379_L 0.96 0.13 0.00
85_V 403_D 0.96 0.13 0.00
299_L 444_D 0.96 0.13 0.00
352_A 408_G 0.95 0.13 0.00
141_L 52_N 0.95 0.13 0.00
30_S 241_H 0.95 0.13 0.00
315_R 77_A 0.95 0.13 0.00
252_Y 217_I 0.95 0.13 0.00
170_G 349_S 0.95 0.13 0.00
271_L 22_F 0.95 0.13 0.00
252_Y 268_L 0.95 0.13 0.00
34_L 633_I 0.95 0.13 0.00
40_A 607_G 0.94 0.13 0.00
380_L 306_Y 0.94 0.13 0.00
147_I 554_G 0.94 0.13 0.00
132_S 113_L 0.94 0.13 0.00
180_D 88_V 0.94 0.13 0.00
324_S 255_A 0.94 0.13 0.00
354_I 197_L 0.94 0.13 0.00
282_P 160_G 0.94 0.13 0.00
202_V 470_K 0.94 0.13 0.00
184_T 427_T 0.94 0.13 0.00
233_L 234_P 0.94 0.13 0.00
88_L 546_N 0.94 0.12 0.00
378_M 347_R 0.94 0.12 0.00
327_F 474_G 0.94 0.12 0.00
271_L 15_A 0.94 0.12 0.00
26_Y 84_K 0.94 0.12 0.00
324_S 338_S 0.94 0.12 0.00
83_M 268_L 0.94 0.12 0.00
194_I 465_F 0.93 0.12 0.00
311_F 581_T 0.93 0.12 0.00
181_V 517_A 0.93 0.12 0.00
252_Y 533_P 0.93 0.12 0.00
275_A 463_R 0.93 0.12 0.00
305_V 152_K 0.93 0.12 0.00
80_A 63_P 0.93 0.12 0.00
62_Y 289_F 0.93 0.12 0.00
274_S 36_I 0.93 0.12 0.00
177_L 75_V 0.93 0.12 0.00
312_I 181_I 0.93 0.12 0.00
208_F 471_Q 0.92 0.12 0.00
58_G 277_T 0.92 0.12 0.00
182_G 88_V 0.92 0.12 0.00
310_F 585_L 0.92 0.12 0.00
341_S 617_V 0.92 0.12 0.00
35_V 235_K 0.92 0.12 0.00
144_P 121_P 0.92 0.12 0.00
186_L 290_N 0.92 0.12 0.00
188_L 225_A 0.92 0.12 0.00
324_S 461_S 0.92 0.12 0.00
344_F 588_G 0.91 0.12 0.00
199_G 37_M 0.91 0.12 0.00
194_I 121_P 0.91 0.12 0.00
34_L 597_A 0.91 0.12 0.00
195_I 589_K 0.91 0.12 0.00
117_G 535_F 0.91 0.12 0.00
319_F 587_V 0.91 0.12 0.00
377_A 452_F 0.91 0.12 0.00
168_A 549_V 0.91 0.12 0.00
319_F 31_L 0.91 0.12 0.00
320_A 493_V 0.91 0.12 0.00
271_L 505_I 0.90 0.12 0.00
27_I 611_Q 0.90 0.12 0.00
354_I 463_R 0.90 0.12 0.00
182_G 54_K 0.90 0.12 0.00
71_M 111_K 0.90 0.12 0.00
32_I 199_V 0.90 0.12 0.00
307_T 184_A 0.90 0.11 0.00
313_V 406_A 0.90 0.11 0.00
231_S 318_S 0.90 0.11 0.00
27_I 319_Y 0.90 0.11 0.00
169_L 626_T 0.90 0.11 0.00
216_F 440_A 0.90 0.11 0.00
181_V 216_Y 0.89 0.11 0.00
312_I 542_A 0.89 0.11 0.00
179_K 57_V 0.89 0.11 0.00
78_F 577_I 0.89 0.11 0.00
61_F 75_V 0.89 0.11 0.00
64_R 582_L 0.89 0.11 0.00
34_L 634_K 0.89 0.11 0.00
79_I 206_Y 0.89 0.11 0.00
148_S 435_L 0.89 0.11 0.00
332_C 324_A 0.89 0.11 0.00
294_C 217_I 0.89 0.11 0.00
197_Y 422_S 0.89 0.11 0.00
152_P 459_P 0.89 0.11 0.00
134_L 250_V 0.89 0.11 0.00
142_Y 504_R 0.89 0.11 0.00
70_I 457_E 0.89 0.11 0.00
267_F 290_N 0.89 0.11 0.00
304_L 360_P 0.89 0.11 0.00
120_S 308_N 0.89 0.11 0.00
62_Y 422_S 0.89 0.11 0.00
266_V 22_F 0.89 0.11 0.00
262_G 376_L 0.88 0.11 0.00
90_N 199_V 0.88 0.11 0.00
326_Y 199_V 0.88 0.11 0.00
307_T 17_L 0.88 0.11 0.00
90_N 111_K 0.88 0.11 0.00
356_L 420_T 0.88 0.11 0.00
381_L 36_I 0.88 0.11 0.00
361_L 512_G 0.88 0.11 0.00
196_F 589_K 0.88 0.11 0.00
32_I 166_E 0.88 0.11 0.00
380_L 348_I 0.88 0.11 0.00
361_L 392_F 0.88 0.11 0.00
336_A 217_I 0.88 0.11 0.00
92_K 546_N 0.88 0.11 0.00
251_G 287_P 0.88 0.11 0.00
321_N 163_L 0.88 0.11 0.00
61_F 390_E 0.88 0.11 0.00
285_H 417_Q 0.88 0.11 0.00
271_L 531_P 0.88 0.11 0.00
46_T 637_S 0.88 0.11 0.00
198_S 471_Q 0.88 0.11 0.00
196_F 264_Q 0.88 0.11 0.00
169_L 29_L 0.88 0.11 0.00
245_Q 504_R 0.88 0.11 0.00
35_V 177_A 0.87 0.11 0.00
267_F 632_Q 0.87 0.11 0.00
90_N 409_Q 0.87 0.11 0.00
144_P 282_A 0.87 0.11 0.00
195_I 283_Y 0.87 0.11 0.00
302_G 586_N 0.87 0.11 0.00
175_V 287_P 0.87 0.11 0.00
294_C 482_A 0.87 0.11 0.00
111_I 365_F 0.87 0.11 0.00
208_F 284_S 0.87 0.11 0.00
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58_G 288_T 0.85 0.10 0.00
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167_L 479_K 0.85 0.10 0.00
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29_L 483_E 0.85 0.10 0.00
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27_I 323_A 0.83 0.10 0.00
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305_V 45_Q 0.83 0.10 0.00
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178_Q 478_T 0.83 0.10 0.00
27_I 452_F 0.83 0.10 0.00
85_V 402_F 0.83 0.10 0.00
23_L 449_K 0.83 0.10 0.00
319_F 178_S 0.83 0.10 0.00
197_Y 633_I 0.83 0.10 0.00
303_L 30_V 0.83 0.10 0.00
134_L 426_S 0.83 0.10 0.00
194_I 452_F 0.83 0.10 0.00
78_F 442_F 0.83 0.10 0.00
263_N 301_W 0.82 0.10 0.00
370_S 395_G 0.82 0.10 0.00
68_Y 142_G 0.82 0.10 0.00
92_K 113_L 0.82 0.10 0.00
30_S 633_I 0.82 0.10 0.00
178_Q 28_I 0.82 0.10 0.00
143_I 470_K 0.82 0.10 0.00
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80_A 639_K 0.82 0.10 0.00
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111_I 315_T 0.82 0.10 0.00
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164_P 622_L 0.82 0.10 0.00
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34_L 635_A 0.82 0.10 0.00
240_L 527_Y 0.82 0.10 0.00
77_F 180_L 0.82 0.10 0.00
363_F 235_K 0.82 0.10 0.00
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305_V 96_N 0.82 0.10 0.00
329_K 165_P 0.82 0.10 0.00
386_K 427_T 0.82 0.10 0.00
240_L 80_V 0.82 0.09 0.00
116_N 601_K 0.81 0.09 0.00
34_L 90_D 0.81 0.09 0.00
194_I 589_K 0.81 0.09 0.00
194_I 23_G 0.81 0.09 0.00
20_Y 248_I 0.81 0.09 0.00
30_S 485_V 0.81 0.09 0.00
258_L 244_I 0.81 0.09 0.00
35_V 25_L 0.81 0.09 0.00
140_I 75_V 0.81 0.09 0.00
359_V 280_I 0.81 0.09 0.00
175_V 148_Q 0.81 0.09 0.00
378_M 217_I 0.81 0.09 0.00
222_I 332_P 0.81 0.09 0.00
100_T 181_I 0.81 0.09 0.00
308_L 291_P 0.81 0.09 0.00
336_A 375_H 0.81 0.09 0.00
120_S 301_W 0.81 0.09 0.00
263_N 142_G 0.81 0.09 0.00
107_L 219_D 0.81 0.09 0.00
194_I 448_L 0.81 0.09 0.00
124_L 24_L 0.81 0.09 0.00
148_S 310_Y 0.81 0.09 0.00
194_I 570_V 0.81 0.09 0.00
97_M 379_L 0.81 0.09 0.00
340_G 153_I 0.81 0.09 0.00
197_Y 575_K 0.81 0.09 0.00
289_I 225_A 0.81 0.09 0.00
300_I 210_S 0.81 0.09 0.00
343_T 32_R 0.81 0.09 0.00
88_L 121_P 0.81 0.09 0.00
32_I 173_N 0.81 0.09 0.00
139_I 612_K 0.81 0.09 0.00
312_I 510_V 0.81 0.09 0.00
97_M 268_L 0.81 0.09 0.00
194_I 298_G 0.81 0.09 0.00
384_V 614_I 0.81 0.09 0.00
203_N 158_L 0.81 0.09 0.00
314_Y 85_L 0.81 0.09 0.00
339_F 178_S 0.81 0.09 0.00
117_G 503_Y 0.81 0.09 0.00
320_A 551_V 0.81 0.09 0.00
352_A 518_Q 0.81 0.09 0.00
198_S 491_L 0.81 0.09 0.00
30_S 127_R 0.81 0.09 0.00
306_I 174_G 0.81 0.09 0.00
384_V 454_N 0.81 0.09 0.00
313_V 363_L 0.81 0.09 0.00
377_A 176_F 0.81 0.09 0.00
99_I 585_L 0.81 0.09 0.00
302_G 176_F 0.81 0.09 0.00
160_L 545_K 0.80 0.09 0.00
97_M 571_S 0.80 0.09 0.00
386_K 347_R 0.80 0.09 0.00
172_T 374_M 0.80 0.09 0.00
35_V 30_V 0.80 0.09 0.00
263_N 563_Q 0.80 0.09 0.00
129_L 569_G 0.80 0.09 0.00
194_I 15_A 0.80 0.09 0.00
232_Y 430_T 0.80 0.09 0.00
233_L 550_I 0.80 0.09 0.00
350_I 356_W 0.80 0.09 0.00
60_Y 455_S 0.80 0.09 0.00
363_F 120_K 0.80 0.09 0.00
290_F 394_F 0.80 0.09 0.00
57_P 234_P 0.80 0.09 0.00
190_I 315_T 0.80 0.09 0.00
120_S 557_L 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8074 0.26 FtsW-Pbp1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8054 0 W-1B Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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