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OPENSEQ.org
A-B
Genes: A B A+B
Length: 264 288 535
Sequences: 105 936 88
Seq/Len: 0.4 3.25 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.16
2 0.00 0.00 0.16
5 0.00 0.01 0.16
10 0.00 0.01 0.16
20 0.00 0.01 0.16
100 0.00 0.01 0.16
∞ 0.00 0.06 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
75_L 252_I 1.99 0.54 0.01
169_I 95_I 1.93 0.50 0.01
180_S 182_I 1.73 0.39 0.00
114_Q 133_I 1.68 0.37 0.00
134_A 206_H 1.67 0.36 0.00
263_F 64_L 1.62 0.34 0.00
209_S 232_E 1.61 0.33 0.00
132_F 204_Y 1.58 0.32 0.00
78_L 211_L 1.54 0.30 0.00
6_D 204_Y 1.48 0.27 0.00
46_E 131_L 1.47 0.26 0.00
217_V 199_Y 1.46 0.26 0.00
16_R 73_E 1.44 0.25 0.00
47_K 57_R 1.42 0.24 0.00
150_L 28_G 1.41 0.24 0.00
130_L 191_L 1.37 0.22 0.00
254_F 36_L 1.36 0.22 0.00
122_F 69_T 1.36 0.22 0.00
169_I 117_L 1.36 0.22 0.00
134_A 128_V 1.35 0.21 0.00
62_N 235_V 1.34 0.21 0.00
76_K 17_L 1.32 0.20 0.00
154_A 118_F 1.31 0.20 0.00
88_A 57_R 1.30 0.20 0.00
259_Q 214_Y 1.30 0.20 0.00
261_I 27_T 1.30 0.20 0.00
18_Q 34_L 1.29 0.19 0.00
131_A 71_E 1.28 0.19 0.00
221_L 143_F 1.27 0.19 0.00
75_L 227_L 1.27 0.18 0.00
181_V 40_V 1.27 0.18 0.00
206_N 285_L 1.26 0.18 0.00
171_V 69_T 1.26 0.18 0.00
208_Y 64_L 1.24 0.18 0.00
166_G 89_A 1.24 0.17 0.00
168_G 204_Y 1.24 0.17 0.00
152_A 73_E 1.23 0.17 0.00
212_G 190_F 1.22 0.17 0.00
117_S 61_V 1.21 0.17 0.00
248_M 102_W 1.21 0.17 0.00
207_T 73_E 1.21 0.16 0.00
263_F 267_V 1.20 0.16 0.00
69_K 26_L 1.19 0.16 0.00
197_L 54_F 1.19 0.16 0.00
231_L 28_G 1.19 0.16 0.00
121_W 86_V 1.17 0.15 0.00
259_Q 250_I 1.17 0.15 0.00
255_I 83_E 1.16 0.15 0.00
252_D 89_A 1.16 0.15 0.00
223_D 31_K 1.15 0.15 0.00
217_V 24_G 1.15 0.15 0.00
252_D 184_A 1.15 0.15 0.00
201_V 37_L 1.15 0.14 0.00
248_M 17_L 1.14 0.14 0.00
242_G 64_L 1.14 0.14 0.00
64_K 8_I 1.13 0.14 0.00
234_I 32_A 1.13 0.14 0.00
240_N 42_I 1.13 0.14 0.00
123_E 65_P 1.12 0.14 0.00
122_F 199_Y 1.12 0.14 0.00
127_G 46_G 1.11 0.14 0.00
121_W 213_R 1.11 0.14 0.00
80_S 232_E 1.11 0.14 0.00
76_K 244_R 1.11 0.14 0.00
206_N 40_V 1.10 0.13 0.00
263_F 194_S 1.10 0.13 0.00
202_Q 210_L 1.10 0.13 0.00
169_I 206_H 1.10 0.13 0.00
181_V 251_I 1.10 0.13 0.00
206_N 283_E 1.10 0.13 0.00
169_I 142_L 1.09 0.13 0.00
231_L 239_M 1.09 0.13 0.00
118_A 79_P 1.09 0.13 0.00
123_E 39_I 1.09 0.13 0.00
155_S 73_E 1.09 0.13 0.00
208_Y 187_L 1.09 0.13 0.00
125_K 97_L 1.09 0.13 0.00
115_F 56_W 1.09 0.13 0.00
247_A 96_W 1.08 0.13 0.00
85_L 185_W 1.08 0.13 0.00
249_K 18_W 1.08 0.13 0.00
78_L 212_E 1.08 0.13 0.00
174_S 45_L 1.08 0.13 0.00
201_V 211_L 1.08 0.13 0.00
158_V 36_L 1.07 0.13 0.00
198_T 14_H 1.07 0.13 0.00
171_V 200_R 1.07 0.12 0.00
108_T 207_V 1.07 0.12 0.00
234_I 273_A 1.06 0.12 0.00
188_E 24_G 1.06 0.12 0.00
10_K 188_F 1.06 0.12 0.00
198_T 134_W 1.06 0.12 0.00
223_D 205_I 1.06 0.12 0.00
75_L 26_L 1.05 0.12 0.00
127_G 68_G 1.05 0.12 0.00
84_V 195_L 1.05 0.12 0.00
209_S 63_L 1.05 0.12 0.00
263_F 70_V 1.05 0.12 0.00
167_E 200_R 1.05 0.12 0.00
115_F 68_G 1.05 0.12 0.00
79_L 243_K 1.04 0.12 0.00
174_S 97_L 1.04 0.12 0.00
209_S 73_E 1.04 0.12 0.00
26_S 103_M 1.04 0.12 0.00
117_S 97_L 1.03 0.12 0.00
189_V 72_V 1.03 0.12 0.00
13_E 243_K 1.03 0.12 0.00
178_I 284_L 1.03 0.12 0.00
222_Y 126_L 1.03 0.12 0.00
259_Q 242_F 1.03 0.12 0.00
127_G 56_W 1.03 0.12 0.00
145_E 207_V 1.02 0.12 0.00
56_D 152_F 1.02 0.11 0.00
207_T 189_V 1.02 0.11 0.00
115_F 46_G 1.02 0.11 0.00
183_E 143_F 1.02 0.11 0.00
16_R 250_I 1.02 0.11 0.00
232_G 190_F 1.02 0.11 0.00
70_T 28_G 1.02 0.11 0.00
16_R 72_V 1.02 0.11 0.00
206_N 45_L 1.02 0.11 0.00
10_K 45_L 1.01 0.11 0.00
120_H 252_I 1.01 0.11 0.00
260_V 46_G 1.01 0.11 0.00
175_S 73_E 1.01 0.11 0.00
198_T 86_V 1.01 0.11 0.00
155_S 201_Q 1.01 0.11 0.00
264_E 63_L 1.01 0.11 0.00
225_V 102_W 1.01 0.11 0.00
82_C 7_L 1.00 0.11 0.00
108_T 95_I 1.00 0.11 0.00
132_F 61_V 1.00 0.11 0.00
187_V 22_A 1.00 0.11 0.00
161_D 235_V 1.00 0.11 0.00
44_D 12_H 1.00 0.11 0.00
240_N 95_I 1.00 0.11 0.00
244_Y 126_L 1.00 0.11 0.00
188_E 199_Y 0.99 0.11 0.00
190_S 199_Y 0.99 0.11 0.00
157_K 265_N 0.99 0.11 0.00
183_E 235_V 0.99 0.11 0.00
158_V 53_F 0.99 0.11 0.00
103_P 276_R 0.99 0.11 0.00
5_A 140_K 0.99 0.11 0.00
154_A 98_Q 0.99 0.11 0.00
98_V 278_N 0.99 0.11 0.00
7_E 55_S 0.98 0.11 0.00
134_A 58_I 0.98 0.11 0.00
159_Q 170_L 0.98 0.11 0.00
208_Y 77_N 0.98 0.11 0.00
195_T 181_Q 0.98 0.10 0.00
234_I 239_M 0.98 0.10 0.00
75_L 71_E 0.98 0.10 0.00
133_L 92_L 0.98 0.10 0.00
249_K 64_L 0.98 0.10 0.00
183_E 45_L 0.98 0.10 0.00
104_A 48_A 0.98 0.10 0.00
154_A 76_G 0.98 0.10 0.00
263_F 209_F 0.98 0.10 0.00
10_K 41_L 0.98 0.10 0.00
201_V 69_T 0.97 0.10 0.00
119_S 70_V 0.97 0.10 0.00
163_Q 12_H 0.97 0.10 0.00
263_F 185_W 0.97 0.10 0.00
120_H 89_A 0.96 0.10 0.00
189_V 24_G 0.96 0.10 0.00
132_F 182_I 0.96 0.10 0.00
114_Q 245_G 0.96 0.10 0.00
171_V 252_I 0.96 0.10 0.00
158_V 240_A 0.96 0.10 0.00
234_I 181_Q 0.95 0.10 0.00
114_Q 65_P 0.95 0.10 0.00
196_G 65_P 0.95 0.10 0.00
152_A 181_Q 0.95 0.10 0.00
163_Q 207_V 0.95 0.10 0.00
152_A 53_F 0.95 0.10 0.00
259_Q 281_M 0.95 0.10 0.00
233_S 117_L 0.95 0.10 0.00
260_V 56_W 0.95 0.10 0.00
199_V 141_L 0.95 0.10 0.00
251_G 27_T 0.95 0.10 0.00
152_A 104_L 0.95 0.10 0.00
172_E 18_W 0.94 0.10 0.00
105_V 245_G 0.94 0.10 0.00
121_W 57_R 0.94 0.10 0.00
9_R 134_W 0.94 0.10 0.00
198_T 15_P 0.94 0.10 0.00
89_I 212_E 0.94 0.10 0.00
207_T 109_V 0.94 0.10 0.00
13_E 276_R 0.94 0.10 0.00
91_Y 185_W 0.94 0.10 0.00
263_F 101_A 0.94 0.10 0.00
223_D 111_H 0.94 0.10 0.00
110_E 25_L 0.94 0.10 0.00
264_E 185_W 0.94 0.10 0.00
190_S 69_T 0.94 0.10 0.00
100_Q 102_W 0.94 0.10 0.00
205_D 125_I 0.93 0.10 0.00
88_A 95_I 0.93 0.10 0.00
183_E 85_A 0.93 0.10 0.00
100_Q 17_L 0.93 0.10 0.00
235_K 50_L 0.93 0.10 0.00
249_K 97_L 0.93 0.10 0.00
204_A 12_H 0.93 0.09 0.00
109_F 267_V 0.93 0.09 0.00
150_L 183_S 0.93 0.09 0.00
222_Y 94_H 0.93 0.09 0.00
81_A 232_E 0.93 0.09 0.00
131_A 213_R 0.93 0.09 0.00
223_D 64_L 0.93 0.09 0.00
226_D 85_A 0.92 0.09 0.00
150_L 184_A 0.92 0.09 0.00
232_G 163_S 0.92 0.09 0.00
13_E 104_L 0.92 0.09 0.00
251_G 54_F 0.92 0.09 0.00
85_L 226_P 0.92 0.09 0.00
58_M 88_I 0.92 0.09 0.00
119_S 64_L 0.92 0.09 0.00
115_F 210_L 0.92 0.09 0.00
244_Y 19_I 0.92 0.09 0.00
242_G 185_W 0.92 0.09 0.00
99_S 150_L 0.92 0.09 0.00
225_V 50_L 0.92 0.09 0.00
94_N 12_H 0.92 0.09 0.00
138_K 204_Y 0.92 0.09 0.00
183_E 233_D 0.92 0.09 0.00
98_V 102_W 0.92 0.09 0.00
260_V 68_G 0.91 0.09 0.00
102_K 213_R 0.91 0.09 0.00
158_V 232_E 0.91 0.09 0.00
209_S 99_F 0.91 0.09 0.00
77_C 42_I 0.91 0.09 0.00
17_K 152_F 0.91 0.09 0.00
171_V 212_E 0.91 0.09 0.00
91_Y 24_G 0.91 0.09 0.00
88_A 266_E 0.91 0.09 0.00
68_V 28_G 0.91 0.09 0.00
162_F 57_R 0.91 0.09 0.00
224_F 87_I 0.91 0.09 0.00
64_K 95_I 0.91 0.09 0.00
225_V 131_L 0.91 0.09 0.00
261_I 23_L 0.91 0.09 0.00
117_S 118_F 0.90 0.09 0.00
190_S 281_M 0.90 0.09 0.00
262_S 148_K 0.90 0.09 0.00
225_V 151_P 0.90 0.09 0.00
20_S 206_H 0.90 0.09 0.00
88_A 121_Y 0.90 0.09 0.00
247_A 15_P 0.90 0.09 0.00
68_V 153_Q 0.90 0.09 0.00
14_K 26_L 0.90 0.09 0.00
16_R 231_A 0.90 0.09 0.00
161_D 124_S 0.90 0.09 0.00
12_L 271_Y 0.90 0.09 0.00
121_W 68_G 0.90 0.09 0.00
138_K 109_V 0.90 0.09 0.00
65_H 216_G 0.89 0.09 0.00
132_F 124_S 0.89 0.09 0.00
243_V 283_E 0.89 0.09 0.00
254_F 74_E 0.89 0.09 0.00
225_V 211_L 0.89 0.09 0.00
181_V 249_P 0.89 0.09 0.00
67_L 195_L 0.89 0.09 0.00
122_F 90_G 0.89 0.09 0.00
239_H 151_P 0.89 0.09 0.00
243_V 21_A 0.89 0.09 0.00
214_L 46_G 0.89 0.09 0.00
104_A 267_V 0.89 0.09 0.00
241_K 89_A 0.89 0.09 0.00
223_D 11_I 0.89 0.09 0.00
158_V 181_Q 0.89 0.09 0.00
134_A 83_E 0.88 0.09 0.00
89_I 71_E 0.88 0.09 0.00
259_Q 55_S 0.88 0.09 0.00
188_E 86_V 0.88 0.09 0.00
98_V 22_A 0.88 0.09 0.00
88_A 252_I 0.88 0.09 0.00
112_E 283_E 0.88 0.09 0.00
201_V 168_L 0.88 0.09 0.00
154_A 35_C 0.88 0.09 0.00
154_A 64_L 0.88 0.09 0.00
189_V 159_N 0.88 0.09 0.00
241_K 224_L 0.88 0.09 0.00
182_K 204_Y 0.88 0.09 0.00
76_K 89_A 0.88 0.09 0.00
123_E 64_L 0.88 0.08 0.00
69_K 115_F 0.87 0.08 0.00
157_K 247_K 0.87 0.08 0.00
240_N 157_R 0.87 0.08 0.00
244_Y 115_F 0.87 0.08 0.00
254_F 14_H 0.87 0.08 0.00
11_R 194_S 0.87 0.08 0.00
89_I 144_L 0.87 0.08 0.00
158_V 144_L 0.87 0.08 0.00
225_V 20_I 0.87 0.08 0.00
225_V 219_R 0.87 0.08 0.00
8_I 223_K 0.87 0.08 0.00
216_D 278_N 0.87 0.08 0.00
123_E 110_I 0.87 0.08 0.00
76_K 214_Y 0.87 0.08 0.00
154_A 97_L 0.87 0.08 0.00
198_T 263_D 0.86 0.08 0.00
17_K 196_F 0.86 0.08 0.00
93_T 36_L 0.86 0.08 0.00
115_F 15_P 0.86 0.08 0.00
154_A 194_S 0.86 0.08 0.00
263_F 118_F 0.86 0.08 0.00
189_V 199_Y 0.86 0.08 0.00
232_G 40_V 0.86 0.08 0.00
87_S 113_H 0.86 0.08 0.00
152_A 36_L 0.86 0.08 0.00
246_F 163_S 0.86 0.08 0.00
91_Y 245_G 0.86 0.08 0.00
169_I 133_I 0.86 0.08 0.00
73_I 25_L 0.86 0.08 0.00
17_K 100_A 0.86 0.08 0.00
249_K 185_W 0.86 0.08 0.00
228_G 179_P 0.86 0.08 0.00
261_I 198_E 0.86 0.08 0.00
165_N 17_L 0.86 0.08 0.00
121_W 46_G 0.86 0.08 0.00
8_I 274_D 0.86 0.08 0.00
78_L 215_Y 0.85 0.08 0.00
126_F 126_L 0.85 0.08 0.00
263_F 77_N 0.85 0.08 0.00
185_Y 98_Q 0.85 0.08 0.00
206_N 150_L 0.85 0.08 0.00
249_K 65_P 0.85 0.08 0.00
127_G 210_L 0.85 0.08 0.00
96_G 84_F 0.85 0.08 0.00
165_N 213_R 0.85 0.08 0.00
112_E 203_H 0.85 0.08 0.00
125_K 25_L 0.85 0.08 0.00
176_D 284_L 0.85 0.08 0.00
217_V 41_L 0.85 0.08 0.00
263_F 65_P 0.85 0.08 0.00
245_Y 30_M 0.85 0.08 0.00
71_D 258_K 0.85 0.08 0.00
229_K 239_M 0.85 0.08 0.00
254_F 212_E 0.85 0.08 0.00
99_S 182_I 0.85 0.08 0.00
197_L 281_M 0.85 0.08 0.00
112_E 284_L 0.85 0.08 0.00
48_H 110_I 0.85 0.08 0.00
179_D 58_I 0.85 0.08 0.00
156_G 28_G 0.85 0.08 0.00
80_S 200_R 0.85 0.08 0.00
109_F 199_Y 0.85 0.08 0.00
127_G 66_F 0.85 0.08 0.00
237_D 106_E 0.85 0.08 0.00
97_P 211_L 0.85 0.08 0.00
66_P 216_G 0.85 0.08 0.00
222_Y 56_W 0.85 0.08 0.00
246_F 190_F 0.84 0.08 0.00
61_F 204_Y 0.84 0.08 0.00
70_T 258_K 0.84 0.08 0.00
16_R 239_M 0.84 0.08 0.00
50_T 134_W 0.84 0.08 0.00
198_T 75_H 0.84 0.08 0.00
199_V 152_F 0.84 0.08 0.00
20_S 146_F 0.84 0.08 0.00
81_A 41_L 0.84 0.08 0.00
111_T 267_V 0.84 0.08 0.00
152_A 17_L 0.84 0.08 0.00
110_E 70_V 0.84 0.08 0.00
188_E 134_W 0.84 0.08 0.00
101_I 64_L 0.84 0.08 0.00
259_Q 134_W 0.84 0.08 0.00
202_Q 56_W 0.84 0.08 0.00
188_E 258_K 0.84 0.08 0.00
228_G 65_P 0.84 0.08 0.00
202_Q 272_F 0.84 0.08 0.00
78_L 58_I 0.83 0.08 0.00
172_E 54_F 0.83 0.08 0.00
15_R 198_E 0.83 0.08 0.00
88_A 195_L 0.83 0.08 0.00
132_F 83_E 0.83 0.08 0.00
115_F 272_F 0.83 0.08 0.00
124_T 200_R 0.83 0.08 0.00
17_K 257_Q 0.83 0.08 0.00
244_Y 35_C 0.83 0.08 0.00
165_N 123_L 0.83 0.08 0.00
49_G 160_L 0.83 0.08 0.00
43_T 84_F 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8226 0.16 SpoIVFA-SpoIVFB Δgene:(1, 2) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
8053 0.16 A-B Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
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