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OPENSEQ.org
SMC vs ParB
Genes: A B A+B
Length: 1007 282 1194
Sequences: 98 2845 52
Seq/Len: 0.1 10.09 0.04
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.11 0.00
5 0.00 0.12 0.00
10 0.00 0.12 0.00
20 0.00 0.13 0.00
100 0.00 0.13 0.00
∞ 0.00 0.13 0.04
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
84_L 268_E 1.97 0.22 0.00
790_D 121_L 1.72 0.16 0.00
216_L 137_T 1.71 0.16 0.00
328_F 97_R 1.68 0.15 0.00
776_E 94_A 1.58 0.13 0.00
494_E 45_E 1.50 0.12 0.00
180_K 94_A 1.49 0.12 0.00
773_L 59_I 1.48 0.11 0.00
982_E 84_A 1.48 0.11 0.00
682_V 153_A 1.45 0.11 0.00
903_L 138_Q 1.41 0.10 0.00
633_A 120_P 1.41 0.10 0.00
310_R 67_K 1.40 0.10 0.00
64_I 165_I 1.40 0.10 0.00
289_V 67_K 1.40 0.10 0.00
145_K 57_H 1.40 0.10 0.00
197_E 126_A 1.39 0.10 0.00
652_D 31_L 1.39 0.10 0.00
370_H 268_E 1.39 0.10 0.00
486_A 171_E 1.37 0.10 0.00
133_L 113_L 1.35 0.10 0.00
1000_R 137_T 1.35 0.10 0.00
62_E 109_L 1.35 0.09 0.00
159_S 132_K 1.34 0.09 0.00
220_K 94_A 1.33 0.09 0.00
947_E 194_L 1.33 0.09 0.00
64_I 195_V 1.32 0.09 0.00
956_A 57_H 1.32 0.09 0.00
64_I 243_N 1.31 0.09 0.00
168_L 94_A 1.31 0.09 0.00
697_E 92_V 1.31 0.09 0.00
689_M 153_A 1.30 0.09 0.00
86_N 148_S 1.30 0.09 0.00
454_A 163_E 1.29 0.09 0.00
650_E 72_Y 1.28 0.09 0.00
775_E 96_V 1.28 0.09 0.00
193_D 182_L 1.28 0.09 0.00
98_V 210_Q 1.28 0.09 0.00
324_A 160_T 1.28 0.09 0.00
299_K 195_V 1.28 0.09 0.00
973_V 176_M 1.28 0.09 0.00
122_K 137_T 1.28 0.09 0.00
122_K 26_I 1.27 0.09 0.00
173_R 148_S 1.27 0.08 0.00
180_K 104_M 1.26 0.08 0.00
197_E 137_T 1.26 0.08 0.00
456_R 264_F 1.26 0.08 0.00
989_G 150_P 1.25 0.08 0.00
526_E 72_Y 1.25 0.08 0.00
270_E 36_Y 1.24 0.08 0.00
489_K 264_F 1.24 0.08 0.00
892_R 85_K 1.24 0.08 0.00
101_T 273_I 1.23 0.08 0.00
415_R 182_L 1.23 0.08 0.00
160_I 57_H 1.23 0.08 0.00
814_E 141_L 1.22 0.08 0.00
856_F 152_I 1.22 0.08 0.00
633_A 121_L 1.22 0.08 0.00
180_K 91_T 1.22 0.08 0.00
483_V 129_S 1.21 0.08 0.00
484_Q 74_I 1.21 0.08 0.00
150_L 109_L 1.21 0.08 0.00
67_A 169_I 1.21 0.08 0.00
190_R 148_S 1.20 0.08 0.00
117_Q 194_L 1.20 0.08 0.00
982_E 26_I 1.20 0.08 0.00
972_R 32_R 1.19 0.08 0.00
422_K 268_E 1.19 0.08 0.00
532_Q 121_L 1.19 0.07 0.00
85_D 148_S 1.18 0.07 0.00
124_I 60_L 1.18 0.07 0.00
933_R 63_L 1.17 0.07 0.00
838_K 57_H 1.17 0.07 0.00
961_Q 145_L 1.17 0.07 0.00
288_Q 273_I 1.17 0.07 0.00
197_E 37_Q 1.17 0.07 0.00
780_V 264_F 1.16 0.07 0.00
618_Q 175_S 1.15 0.07 0.00
413_L 121_L 1.15 0.07 0.00
626_I 181_T 1.15 0.07 0.00
799_Q 56_Q 1.15 0.07 0.00
177_A 26_I 1.14 0.07 0.00
368_S 72_Y 1.14 0.07 0.00
416_L 139_E 1.14 0.07 0.00
677_R 136_L 1.14 0.07 0.00
131_S 264_F 1.14 0.07 0.00
79_E 246_G 1.14 0.07 0.00
160_I 268_E 1.14 0.07 0.00
614_R 264_F 1.14 0.07 0.00
322_E 55_L 1.14 0.07 0.00
308_K 196_Q 1.13 0.07 0.00
773_L 97_R 1.13 0.07 0.00
381_L 264_F 1.13 0.07 0.00
987_N 158_L 1.13 0.07 0.00
987_N 161_L 1.13 0.07 0.00
430_I 137_T 1.13 0.07 0.00
633_A 239_S 1.13 0.07 0.00
163_E 141_L 1.12 0.07 0.00
104_V 202_Q 1.12 0.07 0.00
678_E 109_L 1.12 0.07 0.00
185_Q 26_I 1.12 0.07 0.00
240_K 120_P 1.12 0.07 0.00
524_V 11_A 1.12 0.07 0.00
420_N 208_L 1.12 0.07 0.00
197_E 132_K 1.12 0.07 0.00
64_I 2_A 1.12 0.07 0.00
186_D 183_L 1.11 0.07 0.00
160_I 171_E 1.11 0.07 0.00
381_L 202_Q 1.11 0.07 0.00
315_V 132_K 1.11 0.07 0.00
395_I 95_I 1.11 0.07 0.00
140_I 136_L 1.10 0.07 0.00
1005_S 264_F 1.10 0.07 0.00
620_L 113_L 1.10 0.07 0.00
349_L 60_L 1.10 0.07 0.00
166_G 258_G 1.10 0.07 0.00
536_T 96_V 1.09 0.07 0.00
145_K 51_K 1.09 0.07 0.00
676_S 140_Q 1.09 0.07 0.00
122_K 94_A 1.09 0.07 0.00
314_A 129_S 1.09 0.07 0.00
139_S 64_I 1.09 0.07 0.00
193_D 148_S 1.09 0.07 0.00
418_D 22_T 1.09 0.07 0.00
679_L 84_A 1.08 0.07 0.00
899_L 7_K 1.08 0.07 0.00
653_V 110_L 1.08 0.07 0.00
473_E 153_A 1.08 0.07 0.00
838_K 259_K 1.08 0.07 0.00
686_L 139_E 1.08 0.06 0.00
494_E 96_V 1.08 0.06 0.00
165_A 88_G 1.07 0.06 0.00
64_I 182_L 1.07 0.06 0.00
653_V 103_L 1.07 0.06 0.00
703_L 75_V 1.07 0.06 0.00
61_M 63_L 1.07 0.06 0.00
201_Q 162_P 1.07 0.06 0.00
167_V 268_E 1.07 0.06 0.00
708_Q 175_S 1.07 0.06 0.00
394_S 40_K 1.06 0.06 0.00
493_L 56_Q 1.06 0.06 0.00
918_K 95_I 1.06 0.06 0.00
145_K 134_L 1.06 0.06 0.00
782_E 175_S 1.06 0.06 0.00
202_V 134_L 1.06 0.06 0.00
856_F 126_A 1.06 0.06 0.00
536_T 3_K 1.06 0.06 0.00
991_I 147_K 1.06 0.06 0.00
697_E 26_I 1.06 0.06 0.00
88_D 194_L 1.06 0.06 0.00
158_R 148_S 1.05 0.06 0.00
327_Q 160_T 1.05 0.06 0.00
524_V 95_I 1.05 0.06 0.00
116_N 7_K 1.05 0.06 0.00
404_D 95_I 1.05 0.06 0.00
921_T 264_F 1.05 0.06 0.00
673_L 117_D 1.05 0.06 0.00
954_E 32_R 1.05 0.06 0.00
69_S 211_L 1.05 0.06 0.00
214_D 152_I 1.04 0.06 0.00
259_S 94_A 1.04 0.06 0.00
362_E 135_D 1.04 0.06 0.00
1007_Q 264_F 1.04 0.06 0.00
262_I 37_Q 1.04 0.06 0.00
324_A 64_I 1.04 0.06 0.00
553_D 120_P 1.04 0.06 0.00
168_L 169_I 1.04 0.06 0.00
528_I 72_Y 1.04 0.06 0.00
213_K 31_L 1.04 0.06 0.00
915_R 96_V 1.04 0.06 0.00
214_D 97_R 1.04 0.06 0.00
423_H 183_L 1.04 0.06 0.00
890_A 92_V 1.03 0.06 0.00
528_I 101_E 1.03 0.06 0.00
180_K 73_D 1.03 0.06 0.00
218_K 207_Q 1.03 0.06 0.00
634_N 120_P 1.03 0.06 0.00
75_L 269_D 1.03 0.06 0.00
539_E 109_L 1.03 0.06 0.00
557_A 247_T 1.03 0.06 0.00
648_T 67_K 1.03 0.06 0.00
466_K 105_R 1.03 0.06 0.00
551_T 247_T 1.03 0.06 0.00
328_F 92_V 1.03 0.06 0.00
137_A 151_H 1.03 0.06 0.00
202_V 64_I 1.03 0.06 0.00
220_K 121_L 1.02 0.06 0.00
679_L 153_A 1.02 0.06 0.00
530_T 108_A 1.02 0.06 0.00
402_L 96_V 1.02 0.06 0.00
1000_R 126_A 1.02 0.06 0.00
593_A 37_Q 1.02 0.06 0.00
136_E 126_A 1.02 0.06 0.00
268_K 273_I 1.02 0.06 0.00
661_T 201_E 1.02 0.06 0.00
454_A 92_V 1.02 0.06 0.00
1000_R 92_V 1.02 0.06 0.00
540_I 7_K 1.02 0.06 0.00
208_Q 119_S 1.02 0.06 0.00
72_R 182_L 1.02 0.06 0.00
780_V 96_V 1.02 0.06 0.00
929_V 183_L 1.02 0.06 0.00
368_S 139_E 1.02 0.06 0.00
539_E 104_M 1.02 0.06 0.00
989_G 101_E 1.01 0.06 0.00
149_I 59_I 1.01 0.06 0.00
101_T 276_L 1.01 0.06 0.00
192_E 15_Q 1.01 0.06 0.00
676_S 145_L 1.01 0.06 0.00
309_E 57_H 1.01 0.06 0.00
77_L 92_V 1.01 0.06 0.00
575_L 113_L 1.01 0.06 0.00
278_A 264_F 1.01 0.06 0.00
105_Y 126_A 1.01 0.06 0.00
889_I 135_D 1.01 0.06 0.00
743_K 86_L 1.01 0.06 0.00
397_N 104_M 1.01 0.06 0.00
402_L 48_A 1.01 0.06 0.00
820_A 183_L 1.01 0.06 0.00
442_A 102_A 1.00 0.06 0.00
668_K 140_Q 1.00 0.06 0.00
1007_Q 109_L 1.00 0.06 0.00
674_G 150_P 1.00 0.06 0.00
310_R 144_R 1.00 0.06 0.00
445_E 268_E 1.00 0.06 0.00
352_E 107_I 1.00 0.06 0.00
657_G 27_K 1.00 0.06 0.00
481_Q 208_L 1.00 0.06 0.00
655_N 113_L 1.00 0.06 0.00
689_M 29_A 1.00 0.06 0.00
112_F 148_S 1.00 0.06 0.00
376_E 59_I 1.00 0.06 0.00
972_R 121_L 1.00 0.06 0.00
133_L 116_E 1.00 0.06 0.00
281_E 56_Q 0.99 0.06 0.00
417_A 96_V 0.99 0.06 0.00
543_G 34_N 0.99 0.06 0.00
913_M 132_K 0.99 0.06 0.00
619_N 73_D 0.99 0.06 0.00
605_E 251_I 0.99 0.06 0.00
139_S 181_T 0.99 0.06 0.00
115_N 34_N 0.99 0.06 0.00
815_L 109_L 0.99 0.06 0.00
525_L 181_T 0.99 0.06 0.00
206_K 175_S 0.99 0.06 0.00
682_V 94_A 0.99 0.06 0.00
140_I 49_E 0.99 0.06 0.00
238_H 265_F 0.99 0.06 0.00
123_D 148_S 0.99 0.06 0.00
695_L 152_I 0.99 0.06 0.00
938_L 60_L 0.99 0.06 0.00
95_F 121_L 0.99 0.06 0.00
977_K 238_E 0.99 0.06 0.00
189_N 60_L 0.99 0.06 0.00
136_E 37_Q 0.98 0.06 0.00
122_K 166_Q 0.98 0.06 0.00
468_Q 121_L 0.98 0.06 0.00
633_A 110_L 0.98 0.06 0.00
415_R 85_K 0.98 0.06 0.00
799_Q 245_F 0.98 0.06 0.00
388_L 183_L 0.98 0.06 0.00
298_E 37_Q 0.98 0.06 0.00
188_L 66_R 0.98 0.06 0.00
367_L 186_K 0.98 0.06 0.00
177_A 35_P 0.98 0.06 0.00
706_S 174_L 0.98 0.06 0.00
423_H 198_V 0.98 0.06 0.00
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470_E 44_D 0.90 0.05 0.00
422_K 196_Q 0.90 0.05 0.00
951_L 26_I 0.90 0.05 0.00
936_V 183_L 0.90 0.05 0.00
648_T 110_L 0.90 0.05 0.00
481_Q 60_L 0.90 0.05 0.00
1001_Y 185_L 0.90 0.05 0.00
97_E 148_S 0.90 0.05 0.00
429_D 169_I 0.90 0.05 0.00
114_I 148_S 0.90 0.05 0.00
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419_N 3_K 0.89 0.05 0.00
913_M 128_D 0.89 0.05 0.00
978_L 136_L 0.89 0.05 0.00
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162_E 35_P 0.89 0.05 0.00
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139_S 67_K 0.89 0.05 0.00
540_I 237_R 0.89 0.05 0.00
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767_K 10_N 0.89 0.05 0.00
600_L 26_I 0.89 0.05 0.00
539_E 37_Q 0.89 0.05 0.00
398_E 208_L 0.89 0.05 0.00
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167_V 155_H 0.89 0.05 0.00
451_Q 96_V 0.89 0.05 0.00
490_K 72_Y 0.89 0.05 0.00
84_L 127_Y 0.89 0.05 0.00
195_L 174_L 0.89 0.05 0.00
199_E 23_V 0.89 0.05 0.00
957_K 92_V 0.89 0.05 0.00
85_D 34_N 0.89 0.05 0.00
299_K 174_L 0.89 0.05 0.00
965_D 129_S 0.88 0.05 0.00
439_T 207_Q 0.88 0.05 0.00
986_V 258_G 0.88 0.05 0.00
146_V 114_Q 0.88 0.05 0.00
968_E 109_L 0.88 0.05 0.00
919_Q 135_D 0.88 0.05 0.00
374_V 74_I 0.88 0.05 0.00
677_R 49_E 0.88 0.05 0.00
99_S 185_L 0.88 0.05 0.00
950_S 15_Q 0.88 0.05 0.00
789_E 141_L 0.88 0.05 0.00
673_L 8_G 0.88 0.05 0.00
526_E 147_K 0.88 0.05 0.00
546_A 153_A 0.88 0.05 0.00
142_S 134_L 0.88 0.05 0.00
140_I 37_Q 0.88 0.05 0.00
184_T 114_Q 0.88 0.05 0.00
223_E 85_K 0.88 0.05 0.00
780_V 203_L 0.88 0.05 0.00
695_L 31_L 0.88 0.05 0.00
947_E 165_I 0.88 0.05 0.00
714_L 75_V 0.88 0.05 0.00
599_F 63_L 0.88 0.05 0.00
323_E 132_K 0.88 0.05 0.00
176_K 150_P 0.88 0.05 0.00
163_E 60_L 0.88 0.05 0.00
677_R 139_E 0.88 0.05 0.00
100_V 107_I 0.88 0.05 0.00
352_E 142_A 0.88 0.05 0.00
968_E 251_I 0.88 0.05 0.00
622_G 198_V 0.88 0.05 0.00
478_Q 248_T 0.88 0.05 0.00
533_K 27_K 0.88 0.05 0.00
704_K 45_E 0.88 0.05 0.00
177_A 275_E 0.88 0.05 0.00
228_A 183_L 0.88 0.05 0.00
157_R 148_S 0.88 0.05 0.00
690_E 63_L 0.88 0.05 0.00
694_A 84_A 0.88 0.05 0.00
975_L 74_I 0.88 0.05 0.00
72_R 178_H 0.87 0.05 0.00
64_I 174_L 0.87 0.05 0.00
238_H 22_T 0.87 0.05 0.00
349_L 194_L 0.87 0.05 0.00
911_K 197_K 0.87 0.05 0.00
982_E 60_L 0.87 0.05 0.00
196_H 86_L 0.87 0.05 0.00
549_V 235_K 0.87 0.05 0.00
633_A 198_V 0.87 0.05 0.00
1004_L 182_L 0.87 0.05 0.00
989_G 109_L 0.87 0.05 0.00
388_L 207_Q 0.87 0.05 0.00
804_T 23_V 0.87 0.05 0.00
145_K 63_L 0.87 0.05 0.00
900_Q 45_E 0.87 0.05 0.00
263_S 134_L 0.87 0.05 0.00
882_K 132_K 0.87 0.05 0.00
103_R 42_F 0.87 0.05 0.00
681_D 92_V 0.87 0.05 0.00
182_F 44_D 0.87 0.05 0.00
528_I 94_A 0.87 0.05 0.00
626_I 251_I 0.87 0.05 0.00
484_Q 2_A 0.87 0.05 0.00
79_E 47_L 0.87 0.05 0.00
502_G 148_S 0.87 0.05 0.00
818_A 48_A 0.87 0.05 0.00
70_D 121_L 0.87 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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