May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
F E
Genes: A B A+B
Length: 246 254 457
Sequences: 77 84 72
Seq/Len: 0.31 0.33 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.14
2 0.00 0.00 0.14
5 0.00 0.00 0.14
10 0.00 0.00 0.14
20 0.00 0.00 0.14
100 0.00 0.00 0.14
∞ 0.00 0.00 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
106_A 78_M 1.80 0.43 0.00
44_S 14_T 1.68 0.36 0.00
45_A 15_A 1.56 0.30 0.00
64_F 217_N 1.43 0.25 0.00
181_N 123_T 1.39 0.23 0.00
150_V 159_A 1.38 0.23 0.00
167_A 174_R 1.37 0.22 0.00
172_V 141_I 1.37 0.22 0.00
201_L 230_G 1.34 0.21 0.00
69_E 82_S 1.34 0.21 0.00
66_N 181_N 1.33 0.21 0.00
170_D 47_F 1.33 0.21 0.00
225_N 235_N 1.30 0.20 0.00
42_A 8_N 1.30 0.20 0.00
145_V 12_W 1.30 0.20 0.00
234_E 182_G 1.30 0.19 0.00
64_F 227_V 1.29 0.19 0.00
132_A 127_R 1.28 0.19 0.00
155_I 110_V 1.27 0.19 0.00
181_N 169_E 1.27 0.18 0.00
69_E 187_A 1.27 0.18 0.00
124_Y 44_R 1.27 0.18 0.00
63_R 58_I 1.26 0.18 0.00
136_K 204_G 1.24 0.17 0.00
67_L 95_G 1.23 0.17 0.00
200_V 219_V 1.20 0.16 0.00
69_E 176_S 1.20 0.16 0.00
237_D 138_N 1.19 0.16 0.00
99_I 113_G 1.19 0.16 0.00
235_L 115_G 1.19 0.16 0.00
63_R 15_A 1.18 0.15 0.00
132_A 217_N 1.18 0.15 0.00
106_A 182_G 1.17 0.15 0.00
205_Y 108_G 1.17 0.15 0.00
51_V 42_E 1.17 0.15 0.00
43_I 70_D 1.17 0.15 0.00
66_N 41_A 1.17 0.15 0.00
108_Q 16_L 1.16 0.15 0.00
140_D 180_N 1.16 0.15 0.00
151_V 205_N 1.16 0.15 0.00
85_L 195_G 1.16 0.15 0.00
237_D 102_N 1.15 0.15 0.00
167_A 25_Y 1.15 0.15 0.00
46_M 40_L 1.14 0.14 0.00
245_F 91_V 1.13 0.14 0.00
150_V 118_S 1.13 0.14 0.00
153_V 206_V 1.13 0.14 0.00
188_D 162_A 1.12 0.14 0.00
170_D 28_S 1.12 0.14 0.00
197_V 24_A 1.12 0.14 0.00
66_N 203_G 1.12 0.14 0.00
214_P 57_G 1.12 0.14 0.00
52_I 134_T 1.11 0.14 0.00
46_M 72_S 1.11 0.14 0.00
190_L 24_A 1.11 0.14 0.00
103_L 217_N 1.10 0.13 0.00
139_P 35_M 1.10 0.13 0.00
165_Q 127_R 1.10 0.13 0.00
138_G 15_A 1.10 0.13 0.00
237_D 78_M 1.09 0.13 0.00
221_K 184_V 1.09 0.13 0.00
42_A 16_L 1.09 0.13 0.00
67_L 141_I 1.09 0.13 0.00
98_V 216_S 1.09 0.13 0.00
244_D 91_V 1.09 0.13 0.00
36_S 58_I 1.08 0.13 0.00
105_N 65_T 1.08 0.13 0.00
188_D 224_Q 1.08 0.13 0.00
190_L 165_S 1.08 0.13 0.00
52_I 110_V 1.08 0.13 0.00
137_I 114_A 1.08 0.13 0.00
84_I 16_L 1.07 0.13 0.00
113_T 182_G 1.07 0.13 0.00
129_G 40_L 1.07 0.12 0.00
63_R 174_R 1.07 0.12 0.00
217_P 48_V 1.07 0.12 0.00
135_Y 57_G 1.07 0.12 0.00
167_A 147_G 1.07 0.12 0.00
216_T 76_A 1.06 0.12 0.00
156_R 217_N 1.06 0.12 0.00
90_W 12_W 1.06 0.12 0.00
126_E 195_G 1.06 0.12 0.00
46_M 206_V 1.05 0.12 0.00
118_M 113_G 1.05 0.12 0.00
63_R 209_G 1.05 0.12 0.00
97_H 10_S 1.05 0.12 0.00
143_L 35_M 1.04 0.12 0.00
78_A 56_F 1.04 0.12 0.00
174_I 202_G 1.04 0.12 0.00
170_D 231_N 1.04 0.12 0.00
188_D 89_F 1.04 0.12 0.00
213_D 176_S 1.03 0.12 0.00
108_Q 193_N 1.03 0.12 0.00
140_D 24_A 1.03 0.12 0.00
109_D 21_S 1.03 0.12 0.00
205_Y 50_P 1.03 0.12 0.00
59_I 86_T 1.03 0.12 0.00
71_K 119_G 1.03 0.12 0.00
36_S 147_G 1.02 0.12 0.00
46_M 155_Q 1.02 0.11 0.00
128_I 153_V 1.02 0.11 0.00
67_L 93_S 1.01 0.11 0.00
88_A 87_P 1.01 0.11 0.00
69_E 200_Q 1.01 0.11 0.00
52_I 83_S 1.01 0.11 0.00
128_I 167_T 1.01 0.11 0.00
61_E 115_G 1.00 0.11 0.00
86_R 216_S 1.00 0.11 0.00
132_A 50_P 1.00 0.11 0.00
201_L 23_P 1.00 0.11 0.00
54_K 51_G 1.00 0.11 0.00
181_N 16_L 1.00 0.11 0.00
72_T 57_G 1.00 0.11 0.00
238_F 56_F 0.99 0.11 0.00
204_G 48_V 0.99 0.11 0.00
200_V 211_V 0.99 0.11 0.00
188_D 156_S 0.99 0.11 0.00
45_A 198_L 0.99 0.11 0.00
78_A 44_R 0.98 0.11 0.00
138_G 231_N 0.98 0.11 0.00
146_K 206_V 0.98 0.11 0.00
74_F 153_V 0.98 0.11 0.00
132_A 227_V 0.98 0.11 0.00
54_K 153_V 0.98 0.10 0.00
39_G 92_Q 0.98 0.10 0.00
167_A 215_N 0.98 0.10 0.00
60_R 106_G 0.98 0.10 0.00
223_K 41_A 0.98 0.10 0.00
66_N 94_T 0.98 0.10 0.00
203_E 8_N 0.98 0.10 0.00
69_E 175_V 0.97 0.10 0.00
78_A 60_M 0.97 0.10 0.00
47_P 194_Q 0.97 0.10 0.00
199_A 113_G 0.97 0.10 0.00
203_E 95_G 0.96 0.10 0.00
228_R 184_V 0.96 0.10 0.00
36_S 15_A 0.96 0.10 0.00
172_V 177_V 0.96 0.10 0.00
86_R 168_T 0.96 0.10 0.00
218_L 74_V 0.96 0.10 0.00
84_I 251_T 0.96 0.10 0.00
203_E 16_L 0.96 0.10 0.00
74_F 110_V 0.96 0.10 0.00
81_L 199_Q 0.96 0.10 0.00
153_V 41_A 0.96 0.10 0.00
147_I 71_T 0.96 0.10 0.00
240_F 60_M 0.96 0.10 0.00
220_A 57_G 0.95 0.10 0.00
43_I 224_Q 0.95 0.10 0.00
209_N 127_R 0.95 0.10 0.00
125_L 65_T 0.95 0.10 0.00
223_K 40_L 0.95 0.10 0.00
140_D 136_Y 0.95 0.10 0.00
81_L 157_G 0.95 0.10 0.00
135_Y 44_R 0.94 0.10 0.00
46_M 58_I 0.94 0.10 0.00
186_R 169_E 0.94 0.10 0.00
54_K 110_V 0.94 0.10 0.00
223_K 65_T 0.94 0.10 0.00
127_S 163_G 0.94 0.10 0.00
45_A 212_L 0.94 0.10 0.00
240_F 115_G 0.94 0.10 0.00
107_D 39_E 0.94 0.10 0.00
66_N 16_L 0.94 0.10 0.00
201_L 22_M 0.94 0.10 0.00
107_D 57_G 0.94 0.10 0.00
174_I 206_V 0.93 0.10 0.00
46_M 14_T 0.93 0.10 0.00
153_V 65_T 0.93 0.10 0.00
52_I 92_Q 0.93 0.10 0.00
86_R 107_T 0.93 0.10 0.00
135_Y 143_V 0.93 0.10 0.00
86_R 84_T 0.93 0.09 0.00
125_L 14_T 0.93 0.09 0.00
124_Y 57_G 0.92 0.09 0.00
37_W 163_G 0.92 0.09 0.00
163_V 115_G 0.92 0.09 0.00
113_T 215_N 0.92 0.09 0.00
72_T 116_L 0.92 0.09 0.00
167_A 151_A 0.92 0.09 0.00
164_M 97_V 0.92 0.09 0.00
87_Q 90_Y 0.92 0.09 0.00
144_T 132_G 0.92 0.09 0.00
97_H 166_F 0.92 0.09 0.00
238_F 60_M 0.92 0.09 0.00
41_M 193_N 0.91 0.09 0.00
203_E 201_I 0.91 0.09 0.00
155_I 182_G 0.91 0.09 0.00
212_L 68_A 0.91 0.09 0.00
144_T 11_R 0.91 0.09 0.00
99_I 214_G 0.91 0.09 0.00
125_L 68_A 0.91 0.09 0.00
124_Y 39_E 0.90 0.09 0.00
130_M 67_A 0.90 0.09 0.00
84_I 193_N 0.90 0.09 0.00
145_V 215_N 0.90 0.09 0.00
99_I 129_A 0.90 0.09 0.00
209_N 197_A 0.90 0.09 0.00
187_D 117_G 0.90 0.09 0.00
106_A 179_A 0.90 0.09 0.00
94_D 164_G 0.90 0.09 0.00
146_K 24_A 0.89 0.09 0.00
167_A 22_M 0.89 0.09 0.00
240_F 57_G 0.89 0.09 0.00
78_A 90_Y 0.89 0.09 0.00
53_F 67_A 0.89 0.09 0.00
97_H 25_Y 0.89 0.09 0.00
108_Q 18_L 0.89 0.09 0.00
137_I 166_F 0.89 0.09 0.00
209_N 50_P 0.89 0.09 0.00
169_K 75_S 0.89 0.09 0.00
59_I 102_N 0.89 0.09 0.00
205_Y 127_R 0.89 0.09 0.00
168_E 189_A 0.89 0.09 0.00
87_Q 127_R 0.89 0.09 0.00
153_V 28_S 0.89 0.09 0.00
149_V 162_A 0.89 0.09 0.00
43_I 125_T 0.88 0.09 0.00
236_M 50_P 0.88 0.09 0.00
104_V 220_N 0.88 0.09 0.00
63_R 94_T 0.88 0.09 0.00
168_E 15_A 0.88 0.09 0.00
84_I 123_T 0.88 0.09 0.00
216_T 105_P 0.88 0.09 0.00
42_A 24_A 0.88 0.09 0.00
190_L 149_S 0.88 0.09 0.00
234_E 116_L 0.88 0.09 0.00
56_V 180_N 0.88 0.09 0.00
178_V 172_A 0.88 0.09 0.00
184_L 216_S 0.88 0.09 0.00
94_D 218_F 0.88 0.09 0.00
174_I 24_A 0.88 0.08 0.00
206_D 143_V 0.88 0.08 0.00
200_V 14_T 0.87 0.08 0.00
153_V 189_A 0.87 0.08 0.00
72_T 44_R 0.87 0.08 0.00
155_I 189_A 0.87 0.08 0.00
82_A 69_G 0.87 0.08 0.00
150_V 210_T 0.87 0.08 0.00
174_I 164_G 0.86 0.08 0.00
181_N 191_H 0.86 0.08 0.00
228_R 197_A 0.86 0.08 0.00
190_L 218_F 0.86 0.08 0.00
127_S 185_Q 0.86 0.08 0.00
197_V 206_V 0.86 0.08 0.00
199_A 214_G 0.86 0.08 0.00
245_F 18_L 0.86 0.08 0.00
197_V 156_S 0.86 0.08 0.00
181_N 18_L 0.86 0.08 0.00
45_A 61_S 0.86 0.08 0.00
227_F 205_N 0.86 0.08 0.00
164_M 95_G 0.86 0.08 0.00
167_A 11_R 0.86 0.08 0.00
144_T 65_T 0.86 0.08 0.00
149_V 142_N 0.86 0.08 0.00
86_R 220_N 0.86 0.08 0.00
146_K 234_L 0.85 0.08 0.00
174_I 11_R 0.85 0.08 0.00
199_A 225_L 0.85 0.08 0.00
140_D 144_S 0.85 0.08 0.00
37_W 24_A 0.85 0.08 0.00
82_A 57_G 0.85 0.08 0.00
197_V 96_S 0.85 0.08 0.00
106_A 35_M 0.85 0.08 0.00
121_M 91_V 0.85 0.08 0.00
186_R 11_R 0.85 0.08 0.00
72_T 143_V 0.85 0.08 0.00
220_A 115_G 0.85 0.08 0.00
127_S 143_V 0.84 0.08 0.00
154_E 230_G 0.84 0.08 0.00
87_Q 12_W 0.84 0.08 0.00
196_I 108_G 0.84 0.08 0.00
197_V 146_N 0.84 0.08 0.00
128_I 207_L 0.84 0.08 0.00
199_A 122_V 0.84 0.08 0.00
137_I 186_M 0.84 0.08 0.00
244_D 131_D 0.84 0.08 0.00
223_K 11_R 0.84 0.08 0.00
56_V 182_G 0.84 0.08 0.00
153_V 200_Q 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7910 0.45 D E jackhammer Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.01 Done - Shared
7907 0.16 F E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
Page generated in 0.0695 seconds.