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OPENSEQ.org
S2SLF1_S3RNase
Genes: A B A+B
Length: 389 222 571
Sequences: 5325 1948 50
Seq/Len: 13.69 8.77 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.35
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.20 0.01 0.05
2 0.24 0.01 0.06
5 0.26 0.01 0.07
10 0.28 0.01 0.07
20 0.29 0.01 0.08
100 0.31 0.01 0.14
∞ 0.34 0.01 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
29_F 152_P 1.51 0.19 0.00
346_D 24_F 1.49 0.19 0.00
17_I 116_G 1.45 0.17 0.00
300_V 157_T 1.37 0.15 0.00
171_V 53_T 1.36 0.15 0.00
118_L 36_S 1.34 0.15 0.00
373_L 44_I 1.33 0.14 0.00
373_L 54_I 1.30 0.14 0.00
203_W 91_W 1.28 0.13 0.00
203_W 115_H 1.28 0.13 0.00
203_W 178_C 1.28 0.13 0.00
203_W 194_C 1.28 0.13 0.00
310_W 91_W 1.28 0.13 0.00
310_W 115_H 1.28 0.13 0.00
310_W 178_C 1.28 0.13 0.00
310_W 194_C 1.28 0.13 0.00
346_D 176_L 1.27 0.13 0.00
117_G 112_Y 1.26 0.13 0.00
135_R 176_L 1.26 0.13 0.00
204_R 111_E 1.25 0.12 0.00
17_I 129_F 1.23 0.12 0.00
18_L 129_F 1.22 0.12 0.00
160_F 152_P 1.21 0.12 0.00
28_R 152_P 1.19 0.11 0.00
132_P 91_W 1.18 0.11 0.00
132_P 115_H 1.18 0.11 0.00
132_P 178_C 1.18 0.11 0.00
132_P 194_C 1.18 0.11 0.00
33_S 135_L 1.17 0.11 0.00
203_W 116_G 1.16 0.11 0.00
310_W 116_G 1.16 0.11 0.00
203_W 56_G 1.16 0.11 0.00
310_W 56_G 1.16 0.11 0.00
243_F 108_W 1.16 0.11 0.00
117_G 129_F 1.16 0.11 0.00
203_W 108_W 1.15 0.11 0.00
310_W 108_W 1.15 0.11 0.00
131_N 91_W 1.15 0.11 0.00
131_N 115_H 1.15 0.11 0.00
131_N 178_C 1.15 0.11 0.00
131_N 194_C 1.15 0.11 0.00
203_W 38_C 1.15 0.11 0.00
310_W 38_C 1.15 0.11 0.00
194_D 66_L 1.14 0.10 0.00
121_L 54_I 1.14 0.10 0.00
230_W 108_W 1.14 0.10 0.00
18_L 34_P 1.14 0.10 0.00
334_L 26_Y 1.13 0.10 0.00
203_W 55_H 1.13 0.10 0.00
203_W 58_W 1.13 0.10 0.00
310_W 55_H 1.13 0.10 0.00
310_W 58_W 1.13 0.10 0.00
170_K 112_Y 1.12 0.10 0.00
330_N 135_L 1.12 0.10 0.00
346_D 27_I 1.12 0.10 0.00
226_E 118_C 1.12 0.10 0.00
203_W 118_C 1.12 0.10 0.00
310_W 118_C 1.12 0.10 0.00
62_L 151_T 1.11 0.10 0.00
45_F 91_W 1.11 0.10 0.00
45_F 115_H 1.11 0.10 0.00
45_F 178_C 1.11 0.10 0.00
45_F 194_C 1.11 0.10 0.00
203_W 174_P 1.11 0.10 0.00
310_W 174_P 1.11 0.10 0.00
94_D 65_R 1.11 0.10 0.00
160_F 150_I 1.10 0.10 0.00
202_S 190_E 1.10 0.10 0.00
369_Y 87_L 1.10 0.10 0.00
117_G 91_W 1.10 0.10 0.00
117_G 115_H 1.10 0.10 0.00
117_G 178_C 1.10 0.10 0.00
117_G 194_C 1.10 0.10 0.00
203_W 188_L 1.09 0.10 0.00
310_W 188_L 1.09 0.10 0.00
26_L 144_T 1.09 0.10 0.00
299_W 128_Y 1.08 0.09 0.00
204_R 149_G 1.08 0.09 0.00
198_L 119_S 1.08 0.09 0.00
203_W 59_P 1.05 0.09 0.00
310_W 59_P 1.05 0.09 0.00
46_I 135_L 1.05 0.09 0.00
42_S 72_D 1.03 0.09 0.00
132_P 56_G 1.03 0.09 0.00
18_L 38_C 1.02 0.09 0.00
226_E 114_K 1.02 0.09 0.00
132_P 108_W 1.02 0.09 0.00
131_N 56_G 1.01 0.08 0.00
270_L 191_V 1.01 0.08 0.00
132_P 128_Y 1.01 0.08 0.00
132_P 116_G 1.01 0.08 0.00
131_N 116_G 1.01 0.08 0.00
170_K 129_F 1.01 0.08 0.00
26_L 116_G 1.01 0.08 0.00
132_P 38_C 1.01 0.08 0.00
242_C 191_V 1.01 0.08 0.00
131_N 108_W 1.01 0.08 0.00
301_M 215_D 1.00 0.08 0.00
131_N 38_C 1.00 0.08 0.00
98_S 114_K 1.00 0.08 0.00
241_L 191_V 0.99 0.08 0.00
241_L 169_T 0.99 0.08 0.00
313_K 87_L 0.99 0.08 0.00
243_F 188_L 0.99 0.08 0.00
254_K 156_H 0.99 0.08 0.00
132_P 55_H 0.99 0.08 0.00
132_P 58_W 0.99 0.08 0.00
132_P 118_C 0.99 0.08 0.00
170_K 91_W 0.98 0.08 0.00
170_K 115_H 0.98 0.08 0.00
170_K 178_C 0.98 0.08 0.00
170_K 194_C 0.98 0.08 0.00
46_I 60_E 0.98 0.08 0.00
131_N 55_H 0.98 0.08 0.00
131_N 58_W 0.98 0.08 0.00
9_L 111_E 0.98 0.08 0.00
98_S 32_T 0.98 0.08 0.00
204_R 24_F 0.98 0.08 0.00
331_H 163_K 0.98 0.08 0.00
203_W 205_C 0.98 0.08 0.00
310_W 205_C 0.98 0.08 0.00
132_P 174_P 0.98 0.08 0.00
117_G 145_L 0.98 0.08 0.00
129_V 221_F 0.98 0.08 0.00
163_D 174_P 0.98 0.08 0.00
303_E 87_L 0.97 0.08 0.00
203_W 57_L 0.97 0.08 0.00
310_W 57_L 0.97 0.08 0.00
244_D 108_W 0.97 0.08 0.00
240_I 132_A 0.97 0.08 0.00
45_F 56_G 0.97 0.08 0.00
131_N 118_C 0.97 0.08 0.00
203_W 112_Y 0.97 0.08 0.00
310_W 112_Y 0.97 0.08 0.00
111_L 140_D 0.97 0.08 0.00
348_N 219_I 0.97 0.08 0.00
39_L 57_L 0.97 0.08 0.00
24_K 188_L 0.97 0.08 0.00
45_F 108_W 0.96 0.08 0.00
131_N 174_P 0.96 0.08 0.00
203_W 33_W 0.96 0.08 0.00
310_W 33_W 0.96 0.08 0.00
132_P 188_L 0.96 0.08 0.00
45_F 116_G 0.96 0.07 0.00
36_W 128_Y 0.96 0.07 0.00
117_G 56_G 0.96 0.07 0.00
28_R 87_L 0.96 0.07 0.00
338_R 166_K 0.95 0.07 0.00
34_K 25_D 0.95 0.07 0.00
309_S 111_E 0.95 0.07 0.00
45_F 38_C 0.95 0.07 0.00
117_G 116_G 0.95 0.07 0.00
303_E 119_S 0.95 0.07 0.00
117_G 108_W 0.95 0.07 0.00
12_D 57_L 0.95 0.07 0.00
229_H 191_V 0.95 0.07 0.00
113_G 190_E 0.94 0.07 0.00
131_N 188_L 0.94 0.07 0.00
34_K 188_L 0.94 0.07 0.00
95_M 183_K 0.94 0.07 0.00
250_F 152_P 0.94 0.07 0.00
117_G 38_C 0.94 0.07 0.00
203_W 129_F 0.94 0.07 0.00
310_W 129_F 0.94 0.07 0.00
163_D 188_L 0.94 0.07 0.00
169_Y 205_C 0.94 0.07 0.00
115_C 163_K 0.94 0.07 0.00
196_C 87_L 0.94 0.07 0.00
280_I 119_S 0.93 0.07 0.00
45_F 55_H 0.93 0.07 0.00
45_F 58_W 0.93 0.07 0.00
45_F 128_Y 0.93 0.07 0.00
355_L 84_V 0.93 0.07 0.00
116_D 53_T 0.93 0.07 0.00
123_D 111_E 0.93 0.07 0.00
198_L 87_L 0.93 0.07 0.00
18_L 116_G 0.93 0.07 0.00
45_F 118_C 0.93 0.07 0.00
45_F 174_P 0.93 0.07 0.00
117_G 55_H 0.92 0.07 0.00
117_G 58_W 0.92 0.07 0.00
82_S 215_D 0.92 0.07 0.00
244_D 188_L 0.92 0.07 0.00
134_T 152_P 0.92 0.07 0.00
143_S 119_S 0.92 0.07 0.00
49_H 203_H 0.92 0.07 0.00
318_P 165_I 0.91 0.07 0.00
132_P 152_P 0.91 0.07 0.00
130_L 87_L 0.91 0.07 0.00
315_T 85_N 0.91 0.07 0.00
18_L 205_C 0.91 0.07 0.00
117_G 118_C 0.91 0.07 0.00
33_S 35_A 0.91 0.07 0.00
215_Y 63_H 0.91 0.07 0.00
120_A 107_L 0.91 0.07 0.00
373_L 129_F 0.91 0.07 0.00
369_Y 174_P 0.91 0.07 0.00
245_M 136_K 0.90 0.07 0.00
168_Y 35_A 0.90 0.07 0.00
117_G 174_P 0.90 0.07 0.00
45_F 188_L 0.90 0.07 0.00
112_I 147_T 0.90 0.07 0.00
132_P 59_P 0.90 0.07 0.00
21_F 174_P 0.90 0.07 0.00
43_T 130_L 0.90 0.07 0.00
17_I 91_W 0.90 0.07 0.00
17_I 115_H 0.90 0.07 0.00
17_I 178_C 0.90 0.07 0.00
17_I 194_C 0.90 0.07 0.00
177_V 72_D 0.90 0.07 0.00
203_W 128_Y 0.89 0.07 0.00
310_W 128_Y 0.89 0.07 0.00
131_N 59_P 0.89 0.07 0.00
140_L 132_A 0.89 0.07 0.00
203_W 52_F 0.89 0.07 0.00
310_W 52_F 0.89 0.07 0.00
160_F 174_P 0.89 0.07 0.00
141_P 91_W 0.89 0.07 0.00
141_P 115_H 0.89 0.07 0.00
141_P 178_C 0.89 0.07 0.00
141_P 194_C 0.89 0.07 0.00
272_I 47_R 0.89 0.07 0.00
195_V 61_K 0.89 0.07 0.00
32_I 128_Y 0.89 0.07 0.00
244_D 118_C 0.89 0.07 0.00
94_D 135_L 0.89 0.07 0.00
201_D 48_I 0.89 0.07 0.00
117_G 188_L 0.88 0.07 0.00
298_I 85_N 0.88 0.07 0.00
361_P 163_K 0.88 0.07 0.00
46_I 24_F 0.88 0.07 0.00
17_I 205_C 0.88 0.07 0.00
95_M 44_I 0.88 0.07 0.00
161_G 145_L 0.88 0.07 0.00
172_V 128_Y 0.88 0.07 0.00
23_V 148_H 0.88 0.07 0.00
78_L 187_E 0.87 0.07 0.00
171_V 132_A 0.87 0.07 0.00
373_L 34_P 0.87 0.07 0.00
196_C 112_Y 0.87 0.07 0.00
56_T 204_D 0.87 0.07 0.00
40_I 128_Y 0.87 0.06 0.00
270_L 31_L 0.87 0.06 0.00
32_I 133_M 0.87 0.06 0.00
299_W 116_G 0.87 0.06 0.00
299_W 38_C 0.86 0.06 0.00
85_V 135_L 0.86 0.06 0.00
118_L 191_V 0.86 0.06 0.00
138_R 124_D 0.86 0.06 0.00
36_W 190_E 0.86 0.06 0.00
312_M 56_G 0.86 0.06 0.00
119_I 128_Y 0.85 0.06 0.00
114_P 132_A 0.85 0.06 0.00
371_E 77_F 0.85 0.06 0.00
334_L 176_L 0.85 0.06 0.00
342_L 180_E 0.85 0.06 0.00
299_W 55_H 0.85 0.06 0.00
299_W 58_W 0.85 0.06 0.00
297_H 176_L 0.85 0.06 0.00
187_G 166_K 0.84 0.06 0.00
245_M 135_L 0.84 0.06 0.00
45_F 59_P 0.84 0.06 0.00
120_A 112_Y 0.84 0.06 0.00
170_K 56_G 0.84 0.06 0.00
371_E 73_K 0.84 0.06 0.00
85_V 195_F 0.84 0.06 0.00
120_A 92_V 0.84 0.06 0.00
203_W 111_E 0.84 0.06 0.00
310_W 111_E 0.84 0.06 0.00
161_G 188_L 0.84 0.06 0.00
31_C 190_E 0.84 0.06 0.00
372_C 112_Y 0.84 0.06 0.00
277_F 94_M 0.84 0.06 0.00
346_D 140_D 0.84 0.06 0.00
38_I 136_K 0.83 0.06 0.00
10_P 141_L 0.83 0.06 0.00
204_R 93_Q 0.83 0.06 0.00
170_K 116_G 0.83 0.06 0.00
255_M 42_K 0.83 0.06 0.00
170_K 108_W 0.83 0.06 0.00
129_V 53_T 0.83 0.06 0.00
160_F 188_L 0.83 0.06 0.00
173_R 176_L 0.83 0.06 0.00
132_P 112_Y 0.83 0.06 0.00
342_L 33_W 0.83 0.06 0.00
277_F 158_F 0.83 0.06 0.00
133_A 117_I 0.83 0.06 0.00
117_G 59_P 0.83 0.06 0.00
268_Y 156_H 0.83 0.06 0.00
299_W 91_W 0.83 0.06 0.00
299_W 115_H 0.83 0.06 0.00
299_W 178_C 0.83 0.06 0.00
299_W 194_C 0.83 0.06 0.00
144_P 176_L 0.83 0.06 0.00
131_N 205_C 0.83 0.06 0.00
132_P 205_C 0.83 0.06 0.00
170_K 38_C 0.83 0.06 0.00
26_L 188_L 0.83 0.06 0.00
20_T 65_R 0.82 0.06 0.00
275_E 107_L 0.82 0.06 0.00
313_K 150_I 0.82 0.06 0.00
132_P 114_K 0.82 0.06 0.00
170_K 145_L 0.82 0.06 0.00
120_A 203_H 0.82 0.06 0.00
230_W 164_A 0.82 0.06 0.00
131_N 112_Y 0.82 0.06 0.00
312_M 112_Y 0.82 0.06 0.00
159_G 53_T 0.82 0.06 0.00
38_I 94_M 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7848 0.26 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7847 0.09 S2SLF1_S3RNase_10JHfull Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7841 0.07 S2SLF1_S3RNase_4 Δgene:(1, 100) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
7838 0.07 S2SLF1_S3RNase_10 Δgene:(1, 100) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
7837 0.09 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7833 0.05 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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