May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1nvm_B_A
Genes: A B A+B
Length: 312 345 610
Sequences: 541 5390 500
Seq/Len: 1.73 15.62 0.82
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.03 0.75
2 0.08 0.03 0.76
5 0.08 0.04 0.76
10 0.09 0.05 0.76
20 0.09 0.05 0.76
100 0.10 0.07 0.75
∞ 0.15 0.18 0.76
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
193_K 59_S 2.29 0.98 0.91
170_A 123_K 1.91 0.91 0.75
270_K 60_F 1.51 0.72 0.43
176_T 124_Q 1.37 0.61 0.30
131_T 62_Y 1.36 0.60 0.29
176_T 125_H 1.26 0.52 0.22
60_V 161_Y 1.21 0.47 0.18
64_I 85_I 1.20 0.46 0.18
212_Y 60_F 1.20 0.46 0.17
145_S 223_V 1.19 0.45 0.17
167_G 124_Q 1.18 0.44 0.16
55_T 234_A 1.18 0.44 0.16
131_T 53_D 1.14 0.41 0.14
166_P 120_D 1.14 0.41 0.14
87_N 284_G 1.12 0.39 0.13
234_V 248_R 1.11 0.39 0.13
177_E 128_Y 1.11 0.38 0.12
250_D 304_K 1.07 0.35 0.11
130_V 112_V 1.07 0.35 0.11
122_L 322_V 1.06 0.35 0.10
281_A 149_E 1.06 0.34 0.10
98_I 46_S 1.05 0.34 0.10
196_I 53_D 1.05 0.34 0.10
177_E 97_H 1.05 0.33 0.10
302_A 316_L 1.04 0.33 0.10
172_I 53_D 1.03 0.33 0.09
159_I 214_V 1.03 0.32 0.09
182_A 23_I 1.03 0.32 0.09
158_S 278_V 1.03 0.32 0.09
187_G 57_G 1.02 0.32 0.09
129_M 75_A 1.02 0.32 0.09
140_M 104_Q 1.02 0.31 0.09
196_I 62_Y 1.01 0.30 0.08
108_I 213_I 1.01 0.30 0.08
294_M 167_Y 1.00 0.30 0.08
89_A 218_E 1.00 0.30 0.08
80_S 158_M 0.99 0.29 0.08
127_V 149_E 0.99 0.29 0.08
159_I 311_D 0.99 0.29 0.08
280_A 73_I 0.98 0.29 0.07
205_L 61_N 0.97 0.28 0.07
186_I 31_D 0.96 0.27 0.07
155_I 124_Q 0.96 0.27 0.07
70_A 131_N 0.96 0.27 0.07
129_M 112_V 0.96 0.27 0.07
227_V 132_L 0.96 0.27 0.07
251_V 23_I 0.96 0.27 0.07
89_A 112_V 0.95 0.27 0.07
208_R 226_S 0.95 0.27 0.07
75_V 183_R 0.95 0.26 0.07
227_V 314_V 0.95 0.26 0.07
62_G 195_T 0.95 0.26 0.06
295_T 167_Y 0.94 0.26 0.06
274_F 209_V 0.94 0.26 0.06
142_A 87_T 0.94 0.26 0.06
183_I 148_A 0.94 0.26 0.06
61_E 121_V 0.94 0.26 0.06
129_M 130_R 0.94 0.26 0.06
273_V 318_H 0.93 0.25 0.06
89_A 225_A 0.93 0.25 0.06
82_S 50_A 0.93 0.25 0.06
243_L 183_R 0.93 0.25 0.06
199_N 198_G 0.93 0.25 0.06
281_A 150_K 0.92 0.25 0.06
309_M 6_S 0.92 0.25 0.06
196_I 293_S 0.92 0.24 0.06
250_D 321_M 0.92 0.24 0.06
248_Q 305_Y 0.91 0.24 0.05
92_R 332_V 0.91 0.24 0.05
85_V 121_V 0.91 0.24 0.05
160_S 150_K 0.91 0.24 0.05
63_L 210_A 0.91 0.24 0.05
207_M 198_G 0.91 0.23 0.05
91_L 163_A 0.91 0.23 0.05
288_A 49_V 0.91 0.23 0.05
131_T 293_S 0.90 0.23 0.05
46_A 131_N 0.90 0.23 0.05
60_V 160_S 0.90 0.23 0.05
98_I 12_S 0.89 0.23 0.05
35_M 266_D 0.89 0.23 0.05
217_A 243_I 0.89 0.23 0.05
140_M 304_K 0.89 0.22 0.05
71_D 80_I 0.89 0.22 0.05
58_A 71_E 0.89 0.22 0.05
43_D 206_S 0.88 0.22 0.05
98_I 308_K 0.88 0.22 0.05
149_K 247_E 0.88 0.22 0.05
77_D 195_T 0.88 0.22 0.05
196_I 124_Q 0.88 0.22 0.05
195_I 322_V 0.87 0.21 0.04
77_D 163_A 0.87 0.21 0.04
53_V 74_E 0.87 0.21 0.04
221_A 107_A 0.87 0.21 0.04
247_V 271_L 0.87 0.21 0.04
261_P 64_F 0.87 0.21 0.04
160_S 337_L 0.87 0.21 0.04
294_M 191_L 0.87 0.21 0.04
158_S 281_E 0.86 0.21 0.04
227_V 82_H 0.86 0.21 0.04
99_R 226_S 0.86 0.21 0.04
211_V 42_A 0.86 0.21 0.04
91_L 195_T 0.86 0.21 0.04
53_V 246_A 0.86 0.21 0.04
182_A 115_H 0.86 0.20 0.04
101_I 254_G 0.86 0.20 0.04
206_I 151_L 0.86 0.20 0.04
187_G 291_Y 0.85 0.20 0.04
280_A 228_A 0.85 0.20 0.04
270_K 321_M 0.85 0.20 0.04
205_L 308_K 0.85 0.20 0.04
74_F 320_R 0.85 0.20 0.04
98_I 32_V 0.85 0.20 0.04
59_G 264_A 0.85 0.20 0.04
146_R 71_E 0.84 0.20 0.04
140_M 323_G 0.84 0.20 0.04
131_T 61_N 0.84 0.20 0.04
123_G 112_V 0.84 0.19 0.04
91_L 275_P 0.84 0.19 0.04
113_V 243_I 0.83 0.19 0.04
249_F 254_G 0.83 0.19 0.04
101_I 255_T 0.83 0.19 0.04
208_R 88_L 0.83 0.19 0.04
268_G 230_M 0.83 0.19 0.04
138_I 183_R 0.83 0.19 0.04
51_M 82_H 0.83 0.19 0.04
47_R 268_V 0.83 0.19 0.04
127_V 100_K 0.83 0.19 0.04
197_I 24_R 0.82 0.19 0.04
173_D 125_H 0.82 0.19 0.04
227_V 43_K 0.82 0.19 0.04
170_A 109_V 0.82 0.18 0.04
87_N 332_V 0.82 0.18 0.04
160_S 243_I 0.81 0.18 0.03
87_N 249_L 0.81 0.18 0.03
77_D 315_E 0.81 0.18 0.03
138_I 125_H 0.81 0.18 0.03
56_T 13_D 0.81 0.18 0.03
130_V 283_L 0.81 0.18 0.03
235_Q 156_K 0.81 0.18 0.03
160_S 34_A 0.81 0.18 0.03
301_T 228_A 0.81 0.18 0.03
70_A 336_L 0.81 0.18 0.03
262_G 220_C 0.81 0.18 0.03
287_Y 250_G 0.81 0.18 0.03
279_G 198_G 0.81 0.18 0.03
36_V 269_R 0.81 0.18 0.03
91_L 229_G 0.81 0.18 0.03
134_G 170_D 0.81 0.18 0.03
39_D 191_L 0.80 0.17 0.03
87_N 174_A 0.80 0.17 0.03
153_A 57_G 0.80 0.17 0.03
271_T 43_K 0.80 0.17 0.03
144_V 60_F 0.80 0.17 0.03
87_N 161_Y 0.80 0.17 0.03
172_I 125_H 0.80 0.17 0.03
164_A 297_H 0.80 0.17 0.03
172_I 62_Y 0.80 0.17 0.03
60_V 328_M 0.80 0.17 0.03
131_T 114_T 0.80 0.17 0.03
137_T 88_L 0.80 0.17 0.03
237_Y 88_L 0.79 0.17 0.03
77_D 126_I 0.79 0.17 0.03
226_S 71_E 0.79 0.17 0.03
153_A 132_L 0.79 0.17 0.03
227_V 67_H 0.79 0.17 0.03
234_V 174_A 0.79 0.17 0.03
288_A 158_M 0.79 0.17 0.03
145_S 212_S 0.79 0.17 0.03
157_A 175_M 0.78 0.17 0.03
221_A 196_Q 0.78 0.17 0.03
256_A 316_L 0.78 0.17 0.03
83_A 274_R 0.78 0.17 0.03
130_V 216_V 0.78 0.16 0.03
113_V 59_S 0.78 0.16 0.03
261_P 230_M 0.78 0.16 0.03
127_V 265_D 0.78 0.16 0.03
153_A 291_Y 0.78 0.16 0.03
100_L 27_Y 0.78 0.16 0.03
222_A 34_A 0.78 0.16 0.03
268_G 321_M 0.78 0.16 0.03
190_A 100_K 0.78 0.16 0.03
201_A 283_L 0.78 0.16 0.03
115_V 31_D 0.77 0.16 0.03
186_I 35_I 0.77 0.16 0.03
302_A 85_I 0.77 0.16 0.03
244_K 335_D 0.77 0.16 0.03
98_I 85_I 0.77 0.16 0.03
211_V 74_E 0.77 0.16 0.03
72_I 229_G 0.77 0.16 0.03
229_E 30_D 0.77 0.16 0.03
227_V 33_R 0.76 0.16 0.03
116_V 90_L 0.76 0.16 0.03
221_A 192_K 0.76 0.15 0.03
121_H 68_T 0.76 0.15 0.03
57_Y 41_K 0.76 0.15 0.03
295_T 280_R 0.76 0.15 0.03
70_A 169_A 0.76 0.15 0.03
74_F 184_M 0.76 0.15 0.03
140_M 265_D 0.76 0.15 0.03
300_A 12_S 0.75 0.15 0.03
85_V 196_Q 0.75 0.15 0.03
218_A 35_I 0.75 0.15 0.03
115_V 245_V 0.75 0.15 0.03
202_E 322_V 0.75 0.15 0.03
189_A 154_Q 0.75 0.15 0.03
56_T 14_V 0.75 0.15 0.03
116_V 284_G 0.75 0.15 0.03
205_L 174_A 0.75 0.15 0.03
186_I 336_L 0.75 0.15 0.03
74_F 306_N 0.75 0.15 0.03
175_F 291_Y 0.75 0.15 0.03
283_Y 297_H 0.75 0.15 0.02
107_A 57_G 0.75 0.15 0.02
45_L 227_L 0.75 0.15 0.02
227_V 194_E 0.75 0.15 0.02
159_I 96_V 0.75 0.15 0.02
77_D 145_M 0.75 0.15 0.02
232_Q 81_S 0.75 0.15 0.02
159_I 97_H 0.75 0.15 0.02
308_S 252_N 0.75 0.15 0.02
281_A 257_L 0.75 0.15 0.02
97_G 300_I 0.75 0.15 0.02
96_P 60_F 0.74 0.15 0.02
267_S 316_L 0.74 0.15 0.02
60_V 237_A 0.74 0.15 0.02
256_A 194_E 0.74 0.15 0.02
158_S 199_M 0.74 0.15 0.02
116_V 20_S 0.74 0.15 0.02
98_I 309_T 0.74 0.15 0.02
122_L 151_L 0.74 0.15 0.02
175_F 57_G 0.74 0.15 0.02
255_S 194_E 0.74 0.15 0.02
130_V 285_L 0.74 0.14 0.02
175_F 47_I 0.74 0.14 0.02
55_T 180_I 0.74 0.14 0.02
101_I 37_R 0.74 0.14 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0378 seconds.