May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1wdk_A_C
Genes: A B A+B
Length: 715 390 1091
Sequences: 1685 5393 359
Seq/Len: 2.36 13.83 0.33
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.57
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.04 0.23
2 0.03 0.05 0.25
5 0.03 0.06 0.27
10 0.03 0.07 0.29
20 0.03 0.09 0.32
100 0.04 0.12 0.41
∞ 0.14 0.21 0.71
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
690_Y 270_I 1.64 0.53 0.00
647_I 161_H 1.39 0.37 0.00
318_A 372_L 1.35 0.34 0.00
188_V 90_V 1.29 0.31 0.00
135_K 257_Q 1.28 0.30 0.00
427_S 270_I 1.22 0.27 0.00
178_D 372_L 1.20 0.26 0.00
422_D 189_K 1.19 0.25 0.00
38_N 224_A 1.19 0.25 0.00
666_L 316_A 1.16 0.24 0.00
99_F 241_S 1.15 0.23 0.00
440_A 33_M 1.15 0.23 0.00
484_K 310_L 1.15 0.23 0.00
87_A 252_I 1.15 0.23 0.00
396_L 270_I 1.13 0.22 0.00
258_T 85_S 1.12 0.22 0.00
421_E 208_D 1.10 0.21 0.00
282_A 325_L 1.09 0.20 0.00
384_P 305_I 1.08 0.20 0.00
319_V 279_D 1.08 0.20 0.00
383_R 224_A 1.07 0.20 0.00
129_V 49_D 1.07 0.19 0.00
314_V 221_S 1.07 0.19 0.00
398_V 164_S 1.06 0.19 0.00
665_P 80_Q 1.06 0.19 0.00
100_E 218_T 1.05 0.19 0.00
427_S 160_M 1.05 0.19 0.00
245_A 82_P 1.02 0.17 0.00
110_I 167_Q 1.02 0.17 0.00
284_T 9_I 1.02 0.17 0.00
40_L 306_D 1.02 0.17 0.00
589_F 34_S 1.01 0.17 0.00
587_K 373_S 1.01 0.17 0.00
369_R 43_E 1.01 0.17 0.00
511_F 288_V 1.01 0.17 0.00
167_W 260_K 1.00 0.17 0.00
426_A 359_L 1.00 0.17 0.00
527_V 353_A 1.00 0.17 0.00
5_G 53_V 1.00 0.17 0.00
23_D 249_S 1.00 0.16 0.00
23_D 305_I 0.99 0.16 0.00
647_I 87_A 0.98 0.16 0.00
690_Y 355_I 0.98 0.16 0.00
426_A 9_I 0.98 0.16 0.00
17_I 81_I 0.98 0.16 0.00
646_G 117_V 0.98 0.16 0.00
136_I 41_V 0.98 0.16 0.00
165_V 226_K 0.97 0.16 0.00
107_V 177_Q 0.97 0.15 0.00
20_L 378_G 0.97 0.15 0.00
427_S 61_V 0.96 0.15 0.00
252_P 303_A 0.96 0.15 0.00
424_I 238_A 0.96 0.15 0.00
380_N 220_E 0.96 0.15 0.00
507_Y 56_V 0.95 0.15 0.00
256_I 33_M 0.95 0.15 0.00
406_K 193_I 0.95 0.15 0.00
473_L 114_D 0.95 0.15 0.00
385_T 53_V 0.95 0.15 0.00
202_I 19_R 0.95 0.15 0.00
415_V 80_Q 0.95 0.15 0.00
423_A 209_Y 0.95 0.15 0.00
431_T 243_Q 0.95 0.15 0.00
131_A 73_R 0.95 0.15 0.00
507_Y 107_A 0.95 0.15 0.00
168_I 164_S 0.94 0.14 0.00
215_K 53_V 0.94 0.14 0.00
23_D 248_A 0.94 0.14 0.00
583_Q 292_Q 0.94 0.14 0.00
626_D 27_N 0.94 0.14 0.00
297_D 183_T 0.94 0.14 0.00
35_L 85_S 0.93 0.14 0.00
643_L 237_T 0.93 0.14 0.00
374_K 48_V 0.93 0.14 0.00
322_A 257_Q 0.93 0.14 0.00
341_L 252_I 0.93 0.14 0.00
209_E 377_I 0.92 0.14 0.00
345_I 154_A 0.92 0.14 0.00
7_A 219_L 0.92 0.14 0.00
56_V 253_V 0.92 0.14 0.00
302_K 362_V 0.92 0.14 0.00
713_F 288_V 0.92 0.14 0.00
690_Y 373_S 0.92 0.14 0.00
165_V 95_G 0.92 0.14 0.00
426_A 331_M 0.91 0.14 0.00
443_R 251_M 0.91 0.13 0.00
504_L 297_R 0.91 0.13 0.00
21_K 184_V 0.91 0.13 0.00
184_A 116_F 0.90 0.13 0.00
153_V 237_T 0.90 0.13 0.00
436_L 266_P 0.90 0.13 0.00
110_I 270_I 0.90 0.13 0.00
56_V 161_H 0.90 0.13 0.00
447_F 114_D 0.90 0.13 0.00
58_V 294_A 0.90 0.13 0.00
351_E 190_D 0.90 0.13 0.00
180_L 75_A 0.90 0.13 0.00
364_R 219_L 0.90 0.13 0.00
499_L 19_R 0.89 0.13 0.00
481_Y 318_A 0.89 0.13 0.00
98_D 279_D 0.89 0.13 0.00
647_I 360_L 0.89 0.13 0.00
563_R 250_C 0.89 0.13 0.00
314_V 172_A 0.89 0.13 0.00
28_S 355_I 0.89 0.13 0.00
184_A 115_V 0.88 0.13 0.00
356_E 76_S 0.88 0.13 0.00
58_V 48_V 0.88 0.13 0.00
200_D 114_D 0.88 0.13 0.00
256_I 266_P 0.88 0.13 0.00
424_I 170_A 0.88 0.12 0.00
467_G 267_L 0.88 0.12 0.00
158_L 220_E 0.87 0.12 0.00
434_I 179_A 0.87 0.12 0.00
189_V 230_N 0.87 0.12 0.00
406_K 218_T 0.87 0.12 0.00
424_I 181_K 0.87 0.12 0.00
284_T 164_S 0.87 0.12 0.00
106_T 43_E 0.87 0.12 0.00
342_M 300_L 0.87 0.12 0.00
646_G 79_T 0.87 0.12 0.00
168_I 167_Q 0.87 0.12 0.00
291_I 213_I 0.87 0.12 0.00
110_I 209_Y 0.87 0.12 0.00
643_L 206_I 0.87 0.12 0.00
58_V 251_M 0.87 0.12 0.00
690_Y 110_T 0.87 0.12 0.00
255_A 350_C 0.86 0.12 0.00
182_V 296_K 0.86 0.12 0.00
413_A 8_V 0.86 0.12 0.00
84_E 248_A 0.86 0.12 0.00
317_A 57_I 0.86 0.12 0.00
163_N 355_I 0.86 0.12 0.00
424_I 290_A 0.86 0.12 0.00
22_F 117_V 0.86 0.12 0.00
511_F 88_Q 0.86 0.12 0.00
202_I 9_I 0.86 0.12 0.00
84_E 54_E 0.86 0.12 0.00
462_V 71_I 0.85 0.12 0.00
244_Q 250_C 0.85 0.12 0.00
174_N 253_V 0.85 0.12 0.00
249_Y 73_R 0.85 0.12 0.00
176_A 164_S 0.85 0.12 0.00
478_T 97_S 0.85 0.12 0.00
639_T 268_A 0.85 0.12 0.00
626_D 54_E 0.85 0.12 0.00
176_A 386_V 0.85 0.12 0.00
107_V 48_V 0.85 0.12 0.00
681_A 208_D 0.85 0.12 0.00
464_V 164_S 0.85 0.12 0.00
340_I 249_S 0.85 0.12 0.00
443_R 114_D 0.84 0.12 0.00
524_I 295_L 0.84 0.12 0.00
685_A 218_T 0.84 0.11 0.00
681_A 297_R 0.84 0.11 0.00
123_L 274_A 0.84 0.11 0.00
474_A 319_L 0.84 0.11 0.00
651_A 79_T 0.84 0.11 0.00
137_G 171_F 0.84 0.11 0.00
275_A 80_Q 0.84 0.11 0.00
635_L 88_Q 0.84 0.11 0.00
20_L 13_G 0.84 0.11 0.00
501_N 70_N 0.84 0.11 0.00
145_I 117_V 0.84 0.11 0.00
407_V 335_V 0.84 0.11 0.00
527_V 116_F 0.84 0.11 0.00
298_Q 93_L 0.84 0.11 0.00
348_H 84_T 0.84 0.11 0.00
165_V 180_H 0.84 0.11 0.00
503_V 63_Q 0.83 0.11 0.00
287_S 304_D 0.83 0.11 0.00
187_A 108_I 0.83 0.11 0.00
601_K 265_E 0.83 0.11 0.00
57_I 171_F 0.83 0.11 0.00
129_V 321_V 0.83 0.11 0.00
18_V 25_H 0.83 0.11 0.00
660_Y 251_M 0.83 0.11 0.00
189_V 356_S 0.83 0.11 0.00
404_N 180_H 0.83 0.11 0.00
397_V 178_L 0.83 0.11 0.00
685_A 296_K 0.83 0.11 0.00
75_V 270_I 0.83 0.11 0.00
464_V 56_V 0.83 0.11 0.00
424_I 390_V 0.83 0.11 0.00
178_D 270_I 0.83 0.11 0.00
73_E 335_V 0.83 0.11 0.00
143_L 220_E 0.82 0.11 0.00
642_C 61_V 0.82 0.11 0.00
450_M 326_K 0.82 0.11 0.00
167_W 257_Q 0.82 0.11 0.00
115_L 326_K 0.82 0.11 0.00
360_L 223_A 0.82 0.11 0.00
61_G 217_T 0.82 0.11 0.00
290_L 268_A 0.82 0.11 0.00
25_K 372_L 0.82 0.11 0.00
316_Q 220_E 0.82 0.11 0.00
559_G 108_I 0.82 0.11 0.00
524_I 291_T 0.82 0.11 0.00
167_W 60_C 0.82 0.11 0.00
136_I 270_I 0.82 0.11 0.00
645_D 296_K 0.81 0.11 0.00
314_V 5_R 0.81 0.11 0.00
385_T 56_V 0.81 0.11 0.00
254_E 57_I 0.81 0.11 0.00
452_F 222_L 0.81 0.11 0.00
381_G 48_V 0.81 0.11 0.00
209_E 274_A 0.81 0.11 0.00
646_G 53_V 0.81 0.11 0.00
315_K 170_A 0.81 0.11 0.00
645_D 72_A 0.81 0.11 0.00
241_V 261_D 0.81 0.10 0.00
381_G 306_D 0.81 0.10 0.00
122_C 53_V 0.81 0.10 0.00
348_H 9_I 0.81 0.10 0.00
636_C 13_G 0.81 0.10 0.00
190_T 73_R 0.81 0.10 0.00
424_I 310_L 0.81 0.10 0.00
488_N 66_E 0.81 0.10 0.00
16_G 315_A 0.80 0.10 0.00
440_A 114_D 0.80 0.10 0.00
318_A 327_V 0.80 0.10 0.00
548_T 149_M 0.80 0.10 0.00
99_F 270_I 0.80 0.10 0.00
371_T 7_V 0.80 0.10 0.00
318_A 361_N 0.80 0.10 0.00
119_L 56_V 0.80 0.10 0.00
107_V 371_G 0.80 0.10 0.00
15_S 170_A 0.80 0.10 0.00
169_A 318_A 0.80 0.10 0.00
21_K 170_A 0.80 0.10 0.00
319_V 253_V 0.80 0.10 0.00
491_V 229_F 0.80 0.10 0.00
481_Y 308_I 0.80 0.10 0.00
145_I 361_N 0.80 0.10 0.00
369_R 272_S 0.80 0.10 0.00
391_F 228_A 0.80 0.10 0.00
6_K 57_I 0.79 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0809 seconds.