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OPENSEQ.org
3rfz_A_B
Genes: A B A+B
Length: 279 843 1020
Sequences: 74 2297 55
Seq/Len: 0.27 2.72 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.01 0.04
10 0.01 0.03 0.05
20 0.01 0.05 0.05
100 0.01 0.11 0.05
∞ 0.06 0.20 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
79_G 218_L 1.59 0.15 0.00
232_I 317_Y 1.55 0.14 0.00
186_Y 382_I 1.53 0.14 0.00
120_I 488_V 1.51 0.14 0.00
235_N 686_V 1.50 0.13 0.00
28_V 277_N 1.48 0.13 0.00
252_L 676_V 1.47 0.13 0.00
198_S 784_N 1.45 0.12 0.00
20_V 268_I 1.43 0.12 0.00
228_N 392_L 1.43 0.12 0.00
232_I 369_T 1.42 0.12 0.00
237_T 716_D 1.40 0.12 0.00
16_G 800_V 1.40 0.12 0.00
126_I 329_T 1.39 0.11 0.00
128_V 382_I 1.36 0.11 0.00
149_Y 268_I 1.35 0.11 0.00
264_T 386_M 1.34 0.10 0.00
232_I 296_S 1.34 0.10 0.00
216_S 113_L 1.33 0.10 0.00
264_T 725_D 1.33 0.10 0.00
183_L 309_S 1.31 0.10 0.00
208_I 561_L 1.30 0.10 0.00
19_N 686_V 1.29 0.10 0.00
223_V 503_S 1.27 0.10 0.00
188_A 561_L 1.26 0.09 0.00
120_I 800_V 1.25 0.09 0.00
56_V 783_D 1.25 0.09 0.00
232_I 224_Q 1.25 0.09 0.00
86_T 94_T 1.23 0.09 0.00
213_A 195_K 1.23 0.09 0.00
52_I 488_V 1.22 0.09 0.00
264_T 101_T 1.22 0.09 0.00
261_G 119_F 1.21 0.09 0.00
217_P 334_T 1.21 0.09 0.00
28_V 208_D 1.21 0.09 0.00
85_P 260_A 1.20 0.09 0.00
85_P 264_A 1.20 0.09 0.00
133_Q 443_N 1.20 0.09 0.00
184_T 729_A 1.19 0.08 0.00
200_T 529_N 1.19 0.08 0.00
221_V 331_Y 1.18 0.08 0.00
232_I 380_F 1.18 0.08 0.00
276_F 290_I 1.18 0.08 0.00
200_T 131_E 1.16 0.08 0.00
183_L 317_Y 1.16 0.08 0.00
232_I 396_M 1.16 0.08 0.00
144_F 707_E 1.16 0.08 0.00
229_G 623_Y 1.15 0.08 0.00
225_L 309_S 1.15 0.08 0.00
57_T 333_I 1.15 0.08 0.00
225_L 112_N 1.15 0.08 0.00
18_A 65_T 1.14 0.08 0.00
214_S 231_I 1.14 0.08 0.00
228_N 113_L 1.14 0.08 0.00
198_S 792_M 1.14 0.08 0.00
183_L 753_L 1.13 0.08 0.00
139_S 429_I 1.13 0.08 0.00
223_V 360_P 1.13 0.08 0.00
129_L 740_I 1.13 0.08 0.00
160_G 830_A 1.12 0.08 0.00
213_A 509_G 1.12 0.08 0.00
74_T 716_D 1.12 0.07 0.00
20_V 64_L 1.12 0.07 0.00
199_G 596_L 1.11 0.07 0.00
131_L 396_M 1.11 0.07 0.00
212_T 593_Y 1.11 0.07 0.00
223_V 145_N 1.11 0.07 0.00
100_D 506_T 1.10 0.07 0.00
20_V 521_L 1.10 0.07 0.00
171_T 747_A 1.10 0.07 0.00
39_S 539_N 1.10 0.07 0.00
227_R 330_R 1.09 0.07 0.00
205_G 479_N 1.09 0.07 0.00
208_I 538_K 1.09 0.07 0.00
99_T 286_T 1.09 0.07 0.00
232_I 716_D 1.09 0.07 0.00
204_A 240_S 1.09 0.07 0.00
118_V 588_N 1.08 0.07 0.00
146_W 244_M 1.08 0.07 0.00
160_G 409_H 1.08 0.07 0.00
58_L 295_N 1.08 0.07 0.00
45_H 129_P 1.08 0.07 0.00
186_Y 74_L 1.08 0.07 0.00
128_V 284_P 1.07 0.07 0.00
24_L 168_S 1.07 0.07 0.00
246_S 267_T 1.07 0.07 0.00
153_D 716_D 1.07 0.07 0.00
246_S 725_D 1.07 0.07 0.00
15_G 174_A 1.07 0.07 0.00
104_P 108_Q 1.07 0.07 0.00
162_D 555_I 1.07 0.07 0.00
22_V 173_G 1.07 0.07 0.00
229_G 506_T 1.06 0.07 0.00
255_N 330_R 1.06 0.07 0.00
133_Q 78_S 1.06 0.07 0.00
232_I 807_N 1.06 0.07 0.00
4_K 58_Q 1.05 0.07 0.00
75_V 515_E 1.05 0.07 0.00
113_S 371_L 1.05 0.07 0.00
229_G 492_L 1.05 0.07 0.00
223_V 722_D 1.04 0.07 0.00
19_N 603_S 1.04 0.07 0.00
184_T 256_I 1.04 0.07 0.00
42_I 789_L 1.04 0.07 0.00
212_T 141_L 1.04 0.07 0.00
20_V 533_S 1.04 0.07 0.00
101_K 716_D 1.04 0.07 0.00
39_S 256_I 1.03 0.07 0.00
249_S 642_S 1.03 0.07 0.00
60_R 355_L 1.03 0.07 0.00
183_L 158_N 1.03 0.07 0.00
234_A 268_I 1.03 0.07 0.00
127_A 658_A 1.03 0.07 0.00
133_Q 448_T 1.03 0.07 0.00
206_N 502_G 1.03 0.07 0.00
230_T 768_A 1.02 0.07 0.00
245_T 554_N 1.02 0.07 0.00
229_G 353_S 1.02 0.07 0.00
232_I 310_T 1.02 0.07 0.00
131_L 792_M 1.02 0.07 0.00
67_V 800_V 1.02 0.07 0.00
215_F 331_Y 1.02 0.07 0.00
156_V 394_V 1.02 0.07 0.00
213_A 519_A 1.02 0.06 0.00
257_A 120_M 1.02 0.06 0.00
194_G 790_S 1.02 0.06 0.00
100_D 238_L 1.01 0.06 0.00
200_T 448_T 1.01 0.06 0.00
226_T 330_R 1.01 0.06 0.00
5_T 424_E 1.01 0.06 0.00
257_A 243_N 1.01 0.06 0.00
106_A 392_L 1.01 0.06 0.00
225_L 684_A 1.01 0.06 0.00
43_F 78_S 1.01 0.06 0.00
118_V 554_N 1.00 0.06 0.00
150_A 619_G 1.00 0.06 0.00
224_Q 740_I 1.00 0.06 0.00
85_P 266_V 1.00 0.06 0.00
273_G 320_V 1.00 0.06 0.00
193_L 355_L 1.00 0.06 0.00
121_K 98_Q 0.99 0.06 0.00
203_D 132_L 0.99 0.06 0.00
85_P 280_V 0.99 0.06 0.00
86_T 389_L 0.99 0.06 0.00
252_L 307_D 0.99 0.06 0.00
124_S 377_A 0.99 0.06 0.00
229_G 123_R 0.99 0.06 0.00
228_N 114_T 0.99 0.06 0.00
8_G 642_S 0.99 0.06 0.00
99_T 101_T 0.99 0.06 0.00
193_L 127_Y 0.98 0.06 0.00
121_K 290_I 0.98 0.06 0.00
153_D 114_T 0.98 0.06 0.00
84_F 606_V 0.98 0.06 0.00
183_L 486_L 0.98 0.06 0.00
122_A 809_H 0.98 0.06 0.00
92_R 147_S 0.97 0.06 0.00
126_I 620_S 0.97 0.06 0.00
111_P 724_V 0.97 0.06 0.00
199_G 703_P 0.97 0.06 0.00
146_W 745_F 0.97 0.06 0.00
122_A 641_H 0.97 0.06 0.00
16_G 722_D 0.97 0.06 0.00
144_F 486_L 0.97 0.06 0.00
47_D 504_H 0.97 0.06 0.00
140_D 113_L 0.96 0.06 0.00
188_A 533_S 0.96 0.06 0.00
144_F 414_V 0.96 0.06 0.00
171_T 112_N 0.96 0.06 0.00
228_N 153_N 0.96 0.06 0.00
35_V 151_V 0.96 0.06 0.00
242_A 208_D 0.96 0.06 0.00
131_L 683_D 0.96 0.06 0.00
79_G 174_A 0.96 0.06 0.00
165_A 496_S 0.96 0.06 0.00
105_V 551_L 0.95 0.06 0.00
189_K 790_S 0.95 0.06 0.00
198_S 577_S 0.95 0.06 0.00
99_T 89_A 0.95 0.06 0.00
144_F 94_T 0.95 0.06 0.00
183_L 561_L 0.95 0.06 0.00
257_A 242_D 0.95 0.06 0.00
204_A 267_T 0.95 0.06 0.00
167_D 533_S 0.95 0.06 0.00
230_T 551_L 0.95 0.06 0.00
6_A 365_I 0.95 0.06 0.00
5_T 135_P 0.95 0.06 0.00
144_F 328_H 0.95 0.06 0.00
160_G 782_A 0.95 0.06 0.00
227_R 554_N 0.94 0.06 0.00
223_V 317_Y 0.94 0.06 0.00
269_Q 441_Y 0.94 0.06 0.00
215_F 372_A 0.94 0.06 0.00
206_N 113_L 0.94 0.06 0.00
175_Y 694_T 0.94 0.06 0.00
148_I 268_I 0.94 0.06 0.00
184_T 648_L 0.94 0.06 0.00
181_I 744_E 0.94 0.06 0.00
208_I 218_L 0.94 0.06 0.00
227_R 707_E 0.94 0.06 0.00
109_L 563_S 0.94 0.06 0.00
100_D 761_N 0.94 0.06 0.00
105_V 525_F 0.94 0.06 0.00
36_V 409_H 0.94 0.06 0.00
134_T 729_A 0.94 0.06 0.00
231_I 784_N 0.94 0.06 0.00
4_K 113_L 0.94 0.06 0.00
127_A 198_W 0.94 0.06 0.00
33_N 745_F 0.94 0.06 0.00
181_I 112_N 0.94 0.06 0.00
126_I 370_Q 0.94 0.06 0.00
39_S 612_G 0.94 0.06 0.00
35_V 784_N 0.94 0.06 0.00
43_F 114_T 0.93 0.06 0.00
39_S 740_I 0.93 0.06 0.00
121_K 443_N 0.93 0.06 0.00
200_T 652_V 0.93 0.06 0.00
82_Y 245_L 0.93 0.06 0.00
164_S 749_V 0.93 0.06 0.00
253_T 95_T 0.93 0.06 0.00
46_N 244_M 0.93 0.06 0.00
144_F 159_S 0.93 0.06 0.00
139_S 716_D 0.93 0.06 0.00
232_I 250_R 0.93 0.06 0.00
76_K 404_P 0.93 0.06 0.00
200_T 674_V 0.92 0.06 0.00
154_V 275_I 0.92 0.06 0.00
39_S 486_L 0.92 0.06 0.00
162_D 68_Q 0.92 0.06 0.00
100_D 309_S 0.92 0.06 0.00
193_L 747_A 0.92 0.06 0.00
244_G 242_D 0.92 0.06 0.00
223_V 683_D 0.92 0.06 0.00
111_P 793_P 0.92 0.06 0.00
106_A 379_N 0.92 0.06 0.00
233_P 424_E 0.92 0.06 0.00
253_T 118_A 0.92 0.06 0.00
105_V 740_I 0.92 0.06 0.00
229_G 369_T 0.92 0.06 0.00
276_F 214_S 0.91 0.06 0.00
126_I 660_A 0.91 0.06 0.00
178_S 238_L 0.91 0.05 0.00
246_S 240_S 0.91 0.05 0.00
25_A 763_P 0.91 0.05 0.00
129_L 486_L 0.91 0.05 0.00
244_G 740_I 0.91 0.05 0.00
113_S 479_N 0.91 0.05 0.00
159_G 651_G 0.91 0.05 0.00
232_I 643_D 0.91 0.05 0.00
28_V 574_A 0.91 0.05 0.00
114_S 798_V 0.91 0.05 0.00
170_V 686_V 0.91 0.05 0.00
178_S 353_S 0.91 0.05 0.00
230_T 330_R 0.91 0.05 0.00
221_V 770_V 0.91 0.05 0.00
264_T 635_A 0.91 0.05 0.00
247_A 317_Y 0.91 0.05 0.00
73_G 164_L 0.91 0.05 0.00
232_I 322_L 0.91 0.05 0.00
185_V 286_T 0.91 0.05 0.00
124_S 548_M 0.91 0.05 0.00
156_V 533_S 0.91 0.05 0.00
45_H 113_L 0.90 0.05 0.00
191_Q 311_Q 0.90 0.05 0.00
20_V 398_Q 0.90 0.05 0.00
28_V 592_V 0.90 0.05 0.00
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153_D 424_E 0.88 0.05 0.00
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71_F 174_A 0.88 0.05 0.00
8_G 713_V 0.88 0.05 0.00
131_L 152_Q 0.88 0.05 0.00
5_T 242_D 0.88 0.05 0.00
144_F 498_L 0.88 0.05 0.00
171_T 68_Q 0.88 0.05 0.00
18_A 349_R 0.87 0.05 0.00
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230_T 152_Q 0.87 0.05 0.00
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45_H 761_N 0.87 0.05 0.00
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15_G 751_I 0.87 0.05 0.00
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124_S 656_V 0.87 0.05 0.00
193_L 428_N 0.87 0.05 0.00
160_G 546_D 0.87 0.05 0.00
9_T 778_S 0.87 0.05 0.00
192_N 448_T 0.87 0.05 0.00
194_G 227_I 0.87 0.05 0.00
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253_T 531_T 0.87 0.05 0.00
162_D 291_Y 0.86 0.05 0.00
165_A 65_T 0.86 0.05 0.00
225_L 124_A 0.86 0.05 0.00
129_L 394_V 0.86 0.05 0.00
107_L 546_D 0.86 0.05 0.00
150_A 174_A 0.86 0.05 0.00
133_Q 488_V 0.86 0.05 0.00
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225_L 807_N 0.86 0.05 0.00
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121_K 353_S 0.86 0.05 0.00
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233_P 268_I 0.86 0.05 0.00
223_V 800_V 0.86 0.05 0.00
165_A 627_N 0.86 0.05 0.00
30_V 365_I 0.86 0.05 0.00
165_A 152_Q 0.86 0.05 0.00
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104_P 278_S 0.86 0.05 0.00
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262_Q 422_L 0.86 0.05 0.00
167_D 221_G 0.85 0.05 0.00
222_G 285_F 0.85 0.05 0.00
222_G 397_T 0.85 0.05 0.00
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153_D 719_T 0.85 0.05 0.00
78_S 380_F 0.85 0.05 0.00
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202_A 453_N 0.85 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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