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OPENSEQ.org
3rlf_F_B
Genes: A B A+B
Length: 514 381 811
Sequences: 251 10469 114
Seq/Len: 0.49 27.48 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.04 0.01
2 0.01 0.05 0.09
5 0.01 0.05 0.12
10 0.01 0.06 0.12
20 0.01 0.08 0.13
100 0.01 0.15 0.14
∞ 0.02 0.23 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
133_L 246_V 1.66 0.32 0.00
381_Y 200_L 1.61 0.30 0.00
224_S 340_G 1.57 0.28 0.00
401_E 47_R 1.47 0.24 0.00
394_A 200_L 1.40 0.21 0.00
99_Q 157_L 1.38 0.20 0.00
314_K 343_F 1.38 0.20 0.00
266_R 177_S 1.38 0.20 0.00
406_D 123_L 1.37 0.20 0.00
96_S 200_L 1.35 0.20 0.00
146_S 28_E 1.35 0.20 0.00
90_A 123_L 1.34 0.19 0.00
343_S 19_S 1.31 0.18 0.00
99_Q 90_L 1.31 0.18 0.00
373_I 2_A 1.30 0.18 0.00
372_L 246_V 1.29 0.17 0.00
414_F 70_T 1.28 0.17 0.00
120_Y 200_L 1.27 0.17 0.00
369_R 117_V 1.27 0.17 0.00
237_Y 174_I 1.25 0.17 0.00
459_T 48_M 1.25 0.16 0.00
315_A 281_M 1.24 0.16 0.00
506_L 32_V 1.24 0.16 0.00
255_Y 144_I 1.23 0.16 0.00
422_L 157_L 1.23 0.16 0.00
230_P 110_I 1.23 0.16 0.00
200_S 92_V 1.23 0.16 0.00
171_A 116_Q 1.22 0.15 0.00
365_P 50_A 1.22 0.15 0.00
261_W 128_D 1.21 0.15 0.00
502_A 343_F 1.20 0.15 0.00
60_R 182_R 1.20 0.15 0.00
335_I 20_K 1.19 0.15 0.00
305_L 195_V 1.19 0.14 0.00
200_S 23_N 1.18 0.14 0.00
179_N 9_V 1.18 0.14 0.00
169_E 91_S 1.17 0.14 0.00
488_A 100_L 1.17 0.14 0.00
459_T 94_E 1.16 0.14 0.00
44_I 279_A 1.16 0.14 0.00
343_S 244_V 1.16 0.14 0.00
406_D 113_R 1.15 0.14 0.00
499_G 302_G 1.14 0.13 0.00
237_Y 77_V 1.14 0.13 0.00
67_Y 100_L 1.14 0.13 0.00
488_A 345_I 1.14 0.13 0.00
506_L 68_N 1.13 0.13 0.00
393_K 73_A 1.13 0.13 0.00
176_I 285_I 1.13 0.13 0.00
207_T 74_E 1.13 0.13 0.00
196_V 71_P 1.13 0.13 0.00
454_R 90_L 1.12 0.13 0.00
69_Y 343_F 1.12 0.13 0.00
60_R 21_D 1.12 0.13 0.00
488_A 316_I 1.12 0.13 0.00
94_Y 354_L 1.12 0.13 0.00
28_G 97_S 1.11 0.13 0.00
347_I 285_I 1.11 0.13 0.00
312_R 303_E 1.11 0.12 0.00
367_T 130_K 1.10 0.12 0.00
309_E 107_K 1.10 0.12 0.00
403_S 68_N 1.10 0.12 0.00
421_L 100_L 1.10 0.12 0.00
67_Y 89_H 1.09 0.12 0.00
357_V 221_L 1.09 0.12 0.00
314_K 281_M 1.09 0.12 0.00
274_Q 150_A 1.09 0.12 0.00
364_D 341_A 1.09 0.12 0.00
363_S 188_I 1.08 0.12 0.00
343_S 157_L 1.08 0.12 0.00
301_V 242_L 1.08 0.12 0.00
431_I 207_L 1.07 0.12 0.00
393_K 74_E 1.07 0.12 0.00
419_L 27_H 1.07 0.12 0.00
148_A 226_A 1.07 0.12 0.00
316_V 300_L 1.07 0.12 0.00
336_F 157_L 1.06 0.12 0.00
305_L 48_M 1.06 0.12 0.00
196_V 200_L 1.06 0.11 0.00
403_S 32_V 1.06 0.11 0.00
488_A 212_V 1.06 0.11 0.00
69_Y 356_R 1.06 0.11 0.00
215_G 176_I 1.05 0.11 0.00
269_T 130_K 1.05 0.11 0.00
502_A 181_K 1.05 0.11 0.00
370_T 108_E 1.04 0.11 0.00
400_Y 24_L 1.04 0.11 0.00
417_I 207_L 1.04 0.11 0.00
171_A 150_A 1.04 0.11 0.00
230_P 26_I 1.03 0.11 0.00
511_M 90_L 1.03 0.11 0.00
444_I 292_P 1.03 0.11 0.00
200_S 48_M 1.03 0.11 0.00
408_A 168_L 1.02 0.11 0.00
282_V 343_F 1.02 0.11 0.00
454_R 20_K 1.02 0.11 0.00
112_R 209_A 1.02 0.10 0.00
237_Y 243_P 1.02 0.10 0.00
302_L 210_G 1.02 0.10 0.00
241_T 130_K 1.01 0.10 0.00
291_T 312_N 1.01 0.10 0.00
223_Q 110_I 1.01 0.10 0.00
349_M 22_I 1.01 0.10 0.00
21_G 92_V 1.01 0.10 0.00
470_Y 47_R 1.01 0.10 0.00
507_K 54_T 1.01 0.10 0.00
506_L 102_L 1.01 0.10 0.00
210_L 174_I 1.01 0.10 0.00
69_Y 106_K 1.00 0.10 0.00
491_A 313_E 1.00 0.10 0.00
52_A 92_V 1.00 0.10 0.00
352_S 209_A 1.00 0.10 0.00
111_D 243_P 1.00 0.10 0.00
146_S 217_K 1.00 0.10 0.00
166_P 339_E 1.00 0.10 0.00
277_F 120_V 1.00 0.10 0.00
478_G 157_L 1.00 0.10 0.00
430_M 245_K 1.00 0.10 0.00
213_L 128_D 0.99 0.10 0.00
373_I 195_V 0.99 0.10 0.00
162_T 25_D 0.99 0.10 0.00
275_K 356_R 0.99 0.10 0.00
360_A 12_A 0.99 0.10 0.00
20_L 94_E 0.99 0.10 0.00
222_N 110_I 0.99 0.10 0.00
337_K 110_I 0.99 0.10 0.00
369_R 151_E 0.99 0.10 0.00
79_V 151_E 0.98 0.10 0.00
278_L 27_H 0.98 0.10 0.00
205_S 118_A 0.98 0.10 0.00
101_T 258_L 0.98 0.10 0.00
196_V 246_V 0.98 0.10 0.00
414_F 67_M 0.98 0.10 0.00
514_D 117_V 0.98 0.10 0.00
472_Y 5_Q 0.98 0.10 0.00
469_N 49_I 0.98 0.10 0.00
401_E 310_L 0.98 0.10 0.00
181_Q 23_N 0.97 0.10 0.00
249_E 21_D 0.97 0.10 0.00
381_Y 180_H 0.97 0.10 0.00
211_Y 179_L 0.97 0.10 0.00
415_F 356_R 0.97 0.10 0.00
314_K 92_V 0.97 0.10 0.00
393_K 144_I 0.97 0.10 0.00
455_L 304_V 0.97 0.10 0.00
510_R 8_N 0.97 0.10 0.00
101_T 250_A 0.97 0.10 0.00
459_T 23_N 0.97 0.10 0.00
488_A 48_M 0.96 0.10 0.00
23_L 242_L 0.96 0.09 0.00
99_Q 356_R 0.96 0.09 0.00
491_A 221_L 0.96 0.09 0.00
109_L 212_V 0.96 0.09 0.00
67_Y 47_R 0.96 0.09 0.00
393_K 34_F 0.96 0.09 0.00
365_P 354_L 0.95 0.09 0.00
298_V 246_V 0.95 0.09 0.00
412_Q 68_N 0.95 0.09 0.00
504_V 18_V 0.95 0.09 0.00
491_A 123_L 0.95 0.09 0.00
72_M 74_E 0.95 0.09 0.00
139_E 343_F 0.95 0.09 0.00
381_Y 157_L 0.95 0.09 0.00
84_V 112_Q 0.94 0.09 0.00
269_T 27_H 0.94 0.09 0.00
220_T 22_I 0.94 0.09 0.00
258_T 128_D 0.94 0.09 0.00
399_L 6_L 0.94 0.09 0.00
496_L 56_T 0.94 0.09 0.00
365_P 134_L 0.94 0.09 0.00
67_Y 186_T 0.94 0.09 0.00
250_K 245_K 0.94 0.09 0.00
157_L 226_A 0.93 0.09 0.00
393_K 241_F 0.93 0.09 0.00
449_N 125_H 0.93 0.09 0.00
267_V 347_L 0.93 0.09 0.00
369_R 100_L 0.93 0.09 0.00
269_T 176_I 0.93 0.09 0.00
125_Y 24_L 0.93 0.09 0.00
372_L 200_L 0.93 0.09 0.00
411_F 56_T 0.93 0.09 0.00
234_I 220_E 0.93 0.09 0.00
339_L 287_P 0.93 0.09 0.00
22_L 276_Q 0.93 0.09 0.00
401_E 96_M 0.92 0.09 0.00
57_F 78_G 0.92 0.09 0.00
314_K 247_T 0.92 0.09 0.00
80_L 104_G 0.92 0.09 0.00
203_Q 248_A 0.92 0.09 0.00
401_E 89_H 0.92 0.09 0.00
124_L 312_N 0.92 0.09 0.00
483_D 70_T 0.92 0.09 0.00
28_G 157_L 0.92 0.09 0.00
54_L 292_P 0.92 0.09 0.00
343_S 124_A 0.92 0.09 0.00
211_Y 220_E 0.92 0.09 0.00
294_L 279_A 0.92 0.09 0.00
73_A 246_V 0.92 0.09 0.00
507_K 47_R 0.92 0.09 0.00
369_R 195_V 0.92 0.09 0.00
89_I 200_L 0.92 0.09 0.00
212_T 110_I 0.91 0.09 0.00
231_N 67_M 0.91 0.09 0.00
417_I 168_L 0.91 0.09 0.00
251_L 304_V 0.91 0.09 0.00
71_G 33_V 0.91 0.09 0.00
488_A 195_V 0.91 0.09 0.00
469_N 172_M 0.91 0.09 0.00
133_L 354_L 0.91 0.09 0.00
171_A 67_M 0.91 0.09 0.00
430_M 357_E 0.91 0.08 0.00
67_Y 202_D 0.91 0.08 0.00
209_P 50_A 0.91 0.08 0.00
135_L 293_S 0.91 0.08 0.00
301_V 116_Q 0.90 0.08 0.00
300_M 277_V 0.90 0.08 0.00
509_T 342_T 0.90 0.08 0.00
61_K 104_G 0.90 0.08 0.00
512_K 212_V 0.90 0.08 0.00
146_S 246_V 0.90 0.08 0.00
357_V 341_A 0.90 0.08 0.00
392_L 13_W 0.90 0.08 0.00
403_S 34_F 0.90 0.08 0.00
148_A 259_P 0.90 0.08 0.00
200_S 321_P 0.90 0.08 0.00
306_V 238_K 0.90 0.08 0.00
513_F 182_R 0.90 0.08 0.00
499_G 147_T 0.90 0.08 0.00
57_F 201_A 0.90 0.08 0.00
191_P 11_K 0.90 0.08 0.00
29_Y 285_I 0.89 0.08 0.00
309_E 227_D 0.89 0.08 0.00
275_K 321_P 0.89 0.08 0.00
336_F 201_A 0.89 0.08 0.00
133_L 74_E 0.89 0.08 0.00
242_A 28_E 0.89 0.08 0.00
261_W 150_A 0.89 0.08 0.00
371_M 180_H 0.89 0.08 0.00
61_K 27_H 0.89 0.08 0.00
231_N 337_V 0.89 0.08 0.00
307_Q 122_Q 0.89 0.08 0.00
458_T 316_I 0.89 0.08 0.00
250_K 247_T 0.89 0.08 0.00
186_I 341_A 0.89 0.08 0.00
158_Q 226_A 0.89 0.08 0.00
250_K 93_A 0.89 0.08 0.00
77_L 90_L 0.89 0.08 0.00
152_G 303_E 0.89 0.08 0.00
46_T 97_S 0.88 0.08 0.00
99_Q 97_S 0.88 0.08 0.00
509_T 246_V 0.88 0.08 0.00
360_A 339_E 0.88 0.08 0.00
393_K 167_A 0.88 0.08 0.00
369_R 120_V 0.88 0.08 0.00
502_A 117_V 0.88 0.08 0.00
399_L 216_G 0.88 0.08 0.00
44_I 124_A 0.88 0.08 0.00
255_Y 241_F 0.88 0.08 0.00
273_I 54_T 0.88 0.08 0.00
238_Q 123_L 0.88 0.08 0.00
398_D 60_L 0.88 0.08 0.00
460_P 49_I 0.88 0.08 0.00
99_Q 315_Q 0.88 0.08 0.00
19_V 27_H 0.87 0.08 0.00
181_Q 280_N 0.87 0.08 0.00
400_Y 144_I 0.87 0.08 0.00
410_P 132_K 0.87 0.08 0.00
146_S 104_G 0.87 0.08 0.00
89_I 48_M 0.87 0.08 0.00
472_Y 290_L 0.87 0.08 0.00
186_I 338_E 0.87 0.08 0.00
174_R 178_R 0.87 0.08 0.00
251_L 91_S 0.87 0.08 0.00
200_S 104_G 0.87 0.08 0.00
178_Q 243_P 0.87 0.08 0.00
484_F 353_H 0.87 0.08 0.00
164_A 67_M 0.87 0.08 0.00
430_M 280_N 0.87 0.08 0.00
110_L 22_I 0.87 0.08 0.00
509_T 14_G 0.87 0.08 0.00
284_T 221_L 0.87 0.08 0.00
96_S 178_R 0.87 0.08 0.00
504_V 275_V 0.87 0.08 0.00
455_L 21_D 0.87 0.08 0.00
211_Y 83_S 0.86 0.08 0.00
147_D 351_R 0.86 0.08 0.00
107_E 183_L 0.86 0.08 0.00
456_G 148_L 0.86 0.08 0.00
85_C 104_G 0.86 0.08 0.00
459_T 93_A 0.86 0.08 0.00
369_R 246_V 0.86 0.08 0.00
488_A 280_N 0.86 0.08 0.00
379_L 287_P 0.86 0.08 0.00
469_N 45_L 0.86 0.08 0.00
289_L 130_K 0.86 0.08 0.00
124_L 224_Y 0.85 0.08 0.00
205_S 347_L 0.85 0.08 0.00
75_M 50_A 0.85 0.08 0.00
65_W 117_V 0.85 0.08 0.00
329_S 20_K 0.85 0.08 0.00
92_T 229_F 0.85 0.08 0.00
454_R 157_L 0.85 0.08 0.00
314_K 134_L 0.85 0.08 0.00
78_F 345_I 0.85 0.08 0.00
39_E 290_L 0.85 0.08 0.00
48_I 20_K 0.85 0.08 0.00
95_S 99_G 0.85 0.08 0.00
506_L 66_R 0.85 0.08 0.00
500_A 119_E 0.85 0.08 0.00
37_Q 203_K 0.85 0.08 0.00
142_K 301_E 0.85 0.08 0.00
104_R 205_V 0.85 0.07 0.00
343_S 314_T 0.85 0.07 0.00
34_M 150_A 0.85 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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