May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3tui_G_E
Genes: A B A+B
Length: 366 217 550
Sequences: 2058 13086 1826
Seq/Len: 5.62 60.3 3.32
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.12 3.07
2 0.03 0.20 3.11
5 0.03 0.21 3.11
10 0.03 0.22 3.13
20 0.04 0.23 3.13
100 0.06 0.27 3.17
∞ 0.12 0.32 3.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
131_E 136_K 3.35 1.00 1.00
128_L 128_A 2.38 1.00 0.99
108_G 125_A 1.69 0.99 0.95
132_L 128_A 1.55 0.97 0.92
97_E 124_R 1.50 0.96 0.91
117_L 128_A 1.37 0.93 0.85
132_L 132_Q 1.34 0.92 0.83
120_R 136_K 1.30 0.91 0.81
128_L 119_L 1.25 0.88 0.77
115_N 118_G 1.23 0.87 0.76
118_S 119_L 1.16 0.82 0.69
132_L 126_M 1.12 0.80 0.66
75_N 125_A 1.08 0.76 0.62
98_S 129_T 1.05 0.73 0.58
101_T 130_P 0.99 0.67 0.51
120_R 140_P 0.96 0.63 0.47
128_L 137_V 0.94 0.61 0.45
162_S 216_R 0.94 0.60 0.44
239_N 59_I 0.90 0.56 0.40
156_K 167_V 0.89 0.54 0.38
240_G 151_T 0.88 0.53 0.37
153_L 158_V 0.86 0.51 0.35
219_L 99_G 0.84 0.48 0.33
218_L 175_I 0.83 0.47 0.32
304_P 182_I 0.83 0.47 0.31
225_D 167_V 0.83 0.47 0.31
324_M 156_T 0.81 0.45 0.29
118_S 116_P 0.80 0.42 0.27
173_A 148_N 0.79 0.42 0.27
48_S 93_I 0.79 0.41 0.26
269_H 62_I 0.78 0.40 0.26
242_L 154_L 0.77 0.39 0.24
248_V 216_R 0.76 0.38 0.23
75_N 121_E 0.75 0.37 0.23
342_T 30_I 0.75 0.37 0.22
247_T 25_F 0.74 0.36 0.22
44_L 196_L 0.73 0.35 0.21
245_Q 56_V 0.73 0.35 0.21
119_S 158_V 0.73 0.35 0.21
312_R 195_L 0.73 0.34 0.20
145_T 32_L 0.72 0.34 0.20
237_I 25_F 0.72 0.34 0.20
60_I 174_Q 0.72 0.33 0.20
173_A 113_L 0.72 0.33 0.20
223_E 104_I 0.71 0.32 0.19
118_S 215_T 0.71 0.32 0.19
254_H 82_I 0.71 0.32 0.19
132_L 140_P 0.70 0.32 0.18
97_E 130_P 0.70 0.31 0.18
105_R 129_T 0.70 0.31 0.18
325_D 101_A 0.70 0.31 0.18
129_P 126_M 0.70 0.31 0.18
120_R 172_L 0.69 0.31 0.18
187_C 186_A 0.69 0.30 0.17
173_A 76_I 0.69 0.30 0.17
320_I 107_M 0.69 0.30 0.17
113_H 103_F 0.69 0.30 0.17
251_V 116_P 0.68 0.29 0.17
308_E 9_L 0.68 0.29 0.16
322_A 116_P 0.68 0.28 0.16
41_I 25_F 0.68 0.28 0.16
91_E 32_L 0.67 0.28 0.16
264_I 151_T 0.67 0.28 0.16
225_D 177_Y 0.67 0.28 0.16
47_V 184_Y 0.67 0.28 0.16
326_Y 107_M 0.67 0.28 0.16
60_I 89_L 0.67 0.28 0.15
217_I 56_V 0.67 0.28 0.15
293_R 48_A 0.67 0.27 0.15
219_L 107_M 0.66 0.27 0.15
227_V 12_G 0.66 0.27 0.15
36_Q 199_L 0.66 0.27 0.15
132_L 107_M 0.66 0.27 0.15
128_L 100_A 0.66 0.27 0.15
119_S 140_P 0.66 0.27 0.15
200_R 78_F 0.66 0.27 0.14
109_M 121_E 0.66 0.27 0.14
113_H 208_D 0.66 0.26 0.14
292_L 13_V 0.66 0.26 0.14
110_I 46_I 0.65 0.26 0.14
299_Q 82_I 0.65 0.26 0.14
306_L 157_L 0.65 0.26 0.14
30_I 167_V 0.65 0.26 0.14
124_G 36_V 0.65 0.26 0.14
78_E 109_E 0.65 0.26 0.14
159_S 56_V 0.65 0.26 0.14
248_V 194_V 0.64 0.25 0.14
55_Q 41_T 0.64 0.25 0.14
81_T 35_G 0.64 0.25 0.14
186_L 107_M 0.64 0.25 0.14
212_R 134_V 0.64 0.25 0.14
227_V 63_F 0.64 0.25 0.13
264_I 124_R 0.64 0.25 0.13
202_I 49_N 0.64 0.25 0.13
210_N 196_L 0.64 0.25 0.13
52_P 50_A 0.64 0.25 0.13
27_L 199_L 0.64 0.25 0.13
152_G 60_V 0.64 0.25 0.13
332_F 155_I 0.64 0.24 0.13
207_K 161_S 0.63 0.24 0.13
126_V 26_F 0.63 0.24 0.13
59_V 42_R 0.63 0.24 0.13
319_I 59_I 0.63 0.24 0.13
51_V 90_Q 0.63 0.24 0.12
43_A 126_M 0.63 0.24 0.12
157_H 95_P 0.63 0.24 0.12
327_A 46_I 0.63 0.24 0.12
212_R 9_L 0.62 0.23 0.12
56_I 202_L 0.62 0.23 0.12
48_S 184_Y 0.62 0.23 0.12
146_E 75_M 0.62 0.23 0.12
187_C 125_A 0.62 0.23 0.12
232_D 18_A 0.62 0.23 0.12
49_L 35_G 0.62 0.23 0.12
133_D 149_A 0.62 0.23 0.12
349_A 48_A 0.61 0.23 0.12
324_M 133_I 0.61 0.23 0.12
128_L 149_A 0.61 0.23 0.12
360_V 112_L 0.61 0.23 0.12
24_M 82_I 0.61 0.23 0.12
357_H 50_A 0.61 0.23 0.12
183_K 97_T 0.61 0.22 0.11
102_K 82_I 0.61 0.22 0.11
86_L 194_V 0.60 0.22 0.11
227_V 140_P 0.60 0.22 0.11
326_Y 73_V 0.60 0.21 0.11
184_V 57_S 0.60 0.21 0.11
62_A 119_L 0.60 0.21 0.11
25_I 26_F 0.60 0.21 0.11
107_I 143_L 0.60 0.21 0.11
237_I 72_L 0.60 0.21 0.11
114_F 125_A 0.60 0.21 0.10
150_L 159_G 0.60 0.21 0.10
314_N 209_R 0.60 0.21 0.10
349_A 87_I 0.59 0.21 0.10
88_D 60_V 0.59 0.21 0.10
206_L 164_G 0.59 0.21 0.10
220_I 33_P 0.59 0.21 0.10
110_I 29_V 0.59 0.21 0.10
73_C 152_I 0.59 0.21 0.10
47_V 75_M 0.59 0.21 0.10
301_V 73_V 0.59 0.21 0.10
173_A 175_I 0.59 0.21 0.10
173_A 152_I 0.59 0.20 0.10
173_A 140_P 0.59 0.20 0.10
231_C 98_V 0.59 0.20 0.10
242_L 210_I 0.59 0.20 0.10
342_T 59_I 0.59 0.20 0.10
256_K 213_A 0.59 0.20 0.10
138_D 55_T 0.59 0.20 0.10
353_L 120_I 0.59 0.20 0.10
234_V 119_L 0.59 0.20 0.10
231_C 27_G 0.59 0.20 0.10
74_V 36_V 0.59 0.20 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0569 seconds.