May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3abq_A_D
Genes: A B A+B
Length: 453 306 707
Sequences: 473 527 437
Seq/Len: 1.04 1.72 0.62
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.04 0.55
2 0.00 0.04 0.57
5 0.00 0.04 0.58
10 0.01 0.04 0.58
20 0.01 0.04 0.58
100 0.01 0.04 0.58
∞ 0.02 0.06 0.58
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_E 265_A 2.73 0.99 0.97
136_Y 97_R 2.15 0.94 0.87
45_V 107_L 1.79 0.81 0.66
400_I 86_V 1.69 0.76 0.57
257_E 263_V 1.54 0.66 0.44
370_D 114_K 1.43 0.57 0.33
144_I 182_T 1.42 0.56 0.32
417_Q 96_P 1.39 0.54 0.30
48_K 107_L 1.38 0.54 0.29
436_I 89_V 1.38 0.53 0.29
144_I 90_C 1.35 0.51 0.26
423_P 300_S 1.27 0.44 0.20
158_S 224_I 1.26 0.44 0.20
36_V 182_T 1.25 0.43 0.19
42_Q 108_A 1.24 0.42 0.18
384_A 274_H 1.22 0.41 0.17
423_P 107_L 1.20 0.39 0.16
48_K 289_D 1.19 0.38 0.15
374_N 185_I 1.15 0.35 0.13
359_M 289_D 1.13 0.34 0.12
340_Q 90_C 1.13 0.34 0.12
378_N 103_L 1.12 0.33 0.12
128_I 107_L 1.11 0.32 0.11
212_V 276_G 1.10 0.32 0.11
25_N 221_E 1.10 0.31 0.11
135_I 224_I 1.09 0.31 0.11
18_K 185_I 1.09 0.31 0.11
359_M 107_L 1.09 0.31 0.11
392_M 265_A 1.08 0.30 0.10
391_I 227_I 1.06 0.29 0.09
12_Y 265_A 1.06 0.29 0.09
183_F 76_D 1.06 0.29 0.09
388_C 289_D 1.06 0.28 0.09
96_L 100_T 1.06 0.28 0.09
43_E 300_S 1.06 0.28 0.09
98_E 94_A 1.05 0.28 0.09
41_S 108_A 1.04 0.27 0.08
36_V 213_V 1.03 0.27 0.08
297_G 246_S 1.03 0.27 0.08
128_I 208_G 1.03 0.27 0.08
9_G 229_G 1.02 0.26 0.08
252_E 207_V 1.02 0.26 0.08
388_C 107_L 1.01 0.26 0.07
380_M 274_H 1.01 0.25 0.07
215_K 220_I 1.00 0.25 0.07
145_K 205_L 1.00 0.25 0.07
43_E 188_N 0.99 0.24 0.07
272_G 136_S 0.99 0.24 0.07
102_S 94_A 0.99 0.24 0.07
314_L 99_R 0.99 0.24 0.07
237_R 297_Q 0.99 0.24 0.07
407_T 245_Q 0.99 0.24 0.07
390_Y 215_Y 0.98 0.24 0.07
452_F 216_G 0.98 0.24 0.07
233_E 90_C 0.97 0.23 0.06
199_V 216_G 0.97 0.23 0.06
406_T 80_E 0.97 0.23 0.06
205_V 145_L 0.97 0.23 0.06
252_E 122_P 0.96 0.23 0.06
261_E 167_V 0.96 0.23 0.06
296_A 245_Q 0.95 0.22 0.06
131_N 103_L 0.95 0.22 0.06
434_M 182_T 0.95 0.22 0.06
48_K 220_I 0.95 0.22 0.06
98_E 293_R 0.95 0.22 0.06
391_I 208_G 0.94 0.21 0.06
253_K 234_I 0.94 0.21 0.05
307_M 126_V 0.94 0.21 0.05
195_V 290_L 0.94 0.21 0.05
256_K 266_D 0.94 0.21 0.05
136_Y 96_P 0.94 0.21 0.05
392_M 246_S 0.93 0.21 0.05
297_G 226_E 0.93 0.21 0.05
91_W 100_T 0.93 0.20 0.05
98_E 208_G 0.92 0.20 0.05
25_N 235_L 0.92 0.20 0.05
268_A 303_N 0.92 0.20 0.05
407_T 274_H 0.91 0.20 0.05
407_T 246_S 0.91 0.20 0.05
389_N 287_I 0.91 0.20 0.05
41_S 224_I 0.90 0.19 0.04
12_Y 232_V 0.90 0.19 0.04
393_G 246_S 0.90 0.19 0.04
442_L 107_L 0.90 0.19 0.04
110_I 126_V 0.89 0.19 0.04
114_R 137_E 0.89 0.19 0.04
128_I 185_I 0.89 0.19 0.04
292_S 275_Q 0.89 0.19 0.04
9_G 224_I 0.89 0.19 0.04
100_V 191_E 0.89 0.18 0.04
374_N 213_V 0.88 0.18 0.04
400_I 182_T 0.88 0.18 0.04
359_M 216_G 0.88 0.18 0.04
432_E 204_G 0.88 0.18 0.04
105_T 293_R 0.88 0.18 0.04
231_Q 155_C 0.88 0.18 0.04
129_C 115_D 0.88 0.18 0.04
217_N 153_R 0.88 0.18 0.04
211_G 118_L 0.87 0.18 0.04
1_M 235_L 0.87 0.18 0.04
73_T 305_T 0.87 0.18 0.04
412_T 274_H 0.87 0.18 0.04
389_N 223_Q 0.87 0.18 0.04
363_C 292_K 0.87 0.18 0.04
122_V 251_C 0.87 0.18 0.04
171_Q 255_Y 0.87 0.18 0.04
421_L 145_L 0.87 0.18 0.04
204_R 155_C 0.87 0.18 0.04
305_V 116_T 0.86 0.17 0.04
128_I 270_I 0.86 0.17 0.04
396_L 98_P 0.86 0.17 0.04
105_T 153_R 0.86 0.17 0.04
390_Y 77_V 0.86 0.17 0.04
238_G 233_V 0.86 0.17 0.04
89_K 231_K 0.86 0.17 0.04
142_P 229_G 0.86 0.17 0.04
396_L 254_V 0.86 0.17 0.04
103_D 96_P 0.86 0.17 0.04
374_N 188_N 0.85 0.17 0.04
7_L 108_A 0.85 0.17 0.04
318_Y 182_T 0.85 0.17 0.04
169_D 192_I 0.85 0.17 0.04
353_K 267_R 0.85 0.17 0.03
400_I 84_S 0.85 0.17 0.03
159_A 107_L 0.85 0.17 0.03
396_L 91_T 0.84 0.17 0.03
16_D 262_T 0.84 0.16 0.03
19_E 282_E 0.84 0.16 0.03
21_L 255_Y 0.84 0.16 0.03
228_V 229_G 0.84 0.16 0.03
198_D 112_R 0.83 0.16 0.03
185_V 274_H 0.83 0.16 0.03
98_E 100_T 0.83 0.16 0.03
389_N 131_L 0.83 0.16 0.03
433_S 292_K 0.83 0.16 0.03
429_R 193_L 0.83 0.16 0.03
261_E 160_E 0.83 0.16 0.03
89_K 220_I 0.83 0.16 0.03
104_E 143_L 0.82 0.16 0.03
443_T 282_E 0.82 0.16 0.03
408_A 89_V 0.82 0.16 0.03
452_F 213_V 0.82 0.16 0.03
370_D 284_A 0.82 0.15 0.03
88_I 204_G 0.82 0.15 0.03
149_T 195_P 0.82 0.15 0.03
237_R 168_A 0.82 0.15 0.03
159_A 146_T 0.82 0.15 0.03
128_I 251_C 0.82 0.15 0.03
46_A 211_F 0.82 0.15 0.03
394_M 237_V 0.82 0.15 0.03
206_L 188_N 0.82 0.15 0.03
27_L 76_D 0.81 0.15 0.03
269_R 150_M 0.81 0.15 0.03
50_V 139_S 0.81 0.15 0.03
419_L 274_H 0.81 0.15 0.03
319_D 193_L 0.81 0.15 0.03
128_I 196_L 0.81 0.15 0.03
16_D 90_C 0.81 0.15 0.03
198_D 282_E 0.81 0.15 0.03
318_Y 137_E 0.81 0.15 0.03
174_A 215_Y 0.81 0.15 0.03
340_Q 177_S 0.81 0.15 0.03
45_V 146_T 0.81 0.15 0.03
357_I 112_R 0.81 0.15 0.03
20_V 90_C 0.81 0.15 0.03
418_L 177_S 0.81 0.15 0.03
1_M 234_I 0.81 0.15 0.03
41_S 105_R 0.81 0.15 0.03
39_A 185_I 0.80 0.15 0.03
361_C 291_A 0.80 0.15 0.03
352_G 199_G 0.80 0.15 0.03
340_Q 184_A 0.80 0.15 0.03
158_S 131_L 0.80 0.15 0.03
357_I 142_N 0.80 0.15 0.03
231_Q 255_Y 0.80 0.15 0.03
393_G 146_T 0.80 0.15 0.03
11_V 227_I 0.80 0.15 0.03
452_F 107_L 0.80 0.14 0.03
9_G 158_A 0.80 0.14 0.03
158_S 101_Q 0.80 0.14 0.03
388_C 213_V 0.80 0.14 0.03
340_Q 249_L 0.79 0.14 0.03
415_V 280_P 0.79 0.14 0.03
283_C 305_T 0.79 0.14 0.03
25_N 153_R 0.79 0.14 0.03
392_M 146_T 0.79 0.14 0.03
212_V 233_V 0.79 0.14 0.03
114_R 90_C 0.79 0.14 0.03
95_E 76_D 0.79 0.14 0.03
202_L 107_L 0.79 0.14 0.03
96_L 150_M 0.79 0.14 0.03
438_A 285_A 0.79 0.14 0.03
317_H 170_P 0.78 0.14 0.03
105_T 128_A 0.78 0.14 0.03
423_P 285_A 0.78 0.14 0.02
40_S 253_A 0.78 0.14 0.02
349_H 267_R 0.78 0.14 0.02
391_I 265_A 0.78 0.14 0.02
196_T 86_V 0.78 0.14 0.02
296_A 153_R 0.78 0.14 0.02
42_Q 169_N 0.78 0.14 0.02
447_G 121_V 0.78 0.14 0.02
62_N 236_L 0.78 0.14 0.02
204_R 207_V 0.78 0.14 0.02
19_E 157_E 0.78 0.14 0.02
423_P 121_V 0.78 0.14 0.02
392_M 114_K 0.77 0.14 0.02
216_F 213_V 0.77 0.14 0.02
415_V 105_R 0.77 0.14 0.02
65_I 105_R 0.77 0.14 0.02
83_T 120_E 0.77 0.14 0.02
268_A 225_G 0.77 0.14 0.02
276_N 102_A 0.77 0.14 0.02
297_G 185_I 0.77 0.14 0.02
438_A 200_L 0.77 0.14 0.02
257_E 173_Q 0.77 0.14 0.02
126_A 159_V 0.77 0.13 0.02
113_T 234_I 0.77 0.13 0.02
257_E 146_T 0.77 0.13 0.02
106_S 197_M 0.77 0.13 0.02
224_V 115_D 0.77 0.13 0.02
32_V 94_A 0.77 0.13 0.02
423_P 216_G 0.77 0.13 0.02
12_Y 294_M 0.77 0.13 0.02
135_I 143_L 0.77 0.13 0.02
274_E 176_I 0.76 0.13 0.02
90_N 255_Y 0.76 0.13 0.02
417_Q 300_S 0.76 0.13 0.02
390_Y 295_L 0.76 0.13 0.02
230_T 234_I 0.76 0.13 0.02
442_L 285_A 0.76 0.13 0.02
96_L 205_L 0.76 0.13 0.02
374_N 282_E 0.76 0.13 0.02
239_A 174_V 0.75 0.13 0.02
156_T 303_N 0.75 0.13 0.02
238_G 109_D 0.75 0.13 0.02
20_V 81_L 0.75 0.13 0.02
231_Q 208_G 0.75 0.13 0.02
91_W 98_P 0.75 0.13 0.02
226_A 246_S 0.75 0.13 0.02
49_Q 117_V 0.75 0.13 0.02
257_E 262_T 0.75 0.13 0.02
338_D 306_R 0.75 0.13 0.02
108_D 237_V 0.75 0.13 0.02
4_K 79_T 0.75 0.13 0.02
209_I 140_D 0.74 0.12 0.02
252_E 254_V 0.74 0.12 0.02
148_N 264_E 0.74 0.12 0.02
44_R 255_Y 0.74 0.12 0.02
390_Y 174_V 0.74 0.12 0.02
364_C 148_P 0.74 0.12 0.02
230_T 112_R 0.74 0.12 0.02
44_R 107_L 0.74 0.12 0.02
235_I 216_G 0.74 0.12 0.02
44_R 300_S 0.74 0.12 0.02
419_L 89_V 0.74 0.12 0.02
199_V 196_L 0.74 0.12 0.02
64_V 191_E 0.74 0.12 0.02
437_M 266_D 0.74 0.12 0.02
392_M 289_D 0.74 0.12 0.02
359_M 234_I 0.74 0.12 0.02
188_A 271_S 0.73 0.12 0.02
188_A 272_N 0.73 0.12 0.02
114_R 198_A 0.73 0.12 0.02
86_N 193_L 0.73 0.12 0.02
385_T 285_A 0.73 0.12 0.02
21_L 188_N 0.73 0.12 0.02
342_I 196_L 0.73 0.12 0.02
410_H 89_V 0.73 0.12 0.02
53_E 197_M 0.73 0.12 0.02
337_N 155_C 0.73 0.12 0.02
238_G 249_L 0.73 0.12 0.02
414_T 97_R 0.73 0.12 0.02
407_T 97_R 0.73 0.12 0.02
394_M 114_K 0.73 0.12 0.02
211_G 153_R 0.73 0.12 0.02
270_A 253_A 0.73 0.12 0.02
102_S 293_R 0.73 0.12 0.02
72_V 204_G 0.73 0.12 0.02
67_Y 230_A 0.73 0.12 0.02
185_V 300_S 0.73 0.12 0.02
417_Q 265_A 0.72 0.12 0.02
420_N 140_D 0.72 0.12 0.02
88_I 139_S 0.72 0.12 0.02
252_E 96_P 0.72 0.12 0.02
429_R 266_D 0.72 0.12 0.02
16_D 208_G 0.72 0.12 0.02
88_I 298_K 0.72 0.12 0.02
439_N 101_Q 0.72 0.12 0.02
41_S 115_D 0.72 0.12 0.02
42_Q 112_R 0.72 0.12 0.02
95_E 276_G 0.72 0.12 0.02
352_G 251_C 0.72 0.12 0.02
429_R 258_R 0.72 0.12 0.02
318_Y 108_A 0.72 0.12 0.02
7_L 163_K 0.72 0.12 0.02
72_V 196_L 0.72 0.12 0.02
255_L 113_S 0.72 0.12 0.02
11_V 206_K 0.72 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1051 seconds.