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OPENSEQ.org
1kqf_B_A
Genes: A B A+B
Length: 294 1015 1223
Sequences: 436 515 163
Seq/Len: 1.48 0.51 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.12
2 0.00 0.00 0.12
5 0.00 0.03 0.12
10 0.00 0.03 0.12
20 0.01 0.03 0.12
100 0.01 0.04 0.13
∞ 0.09 0.14 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
147_I 681_N 1.56 0.27 0.00
184_I 248_K 1.46 0.23 0.00
6_Q 784_A 1.42 0.21 0.00
255_G 380_C 1.40 0.20 0.00
232_D 248_K 1.39 0.20 0.00
184_I 562_S 1.30 0.17 0.00
267_A 478_L 1.29 0.17 0.00
44_A 580_V 1.28 0.16 0.00
267_A 223_A 1.27 0.16 0.00
240_L 372_T 1.26 0.16 0.00
193_L 962_V 1.24 0.15 0.00
6_Q 285_S 1.23 0.15 0.00
274_F 1012_I 1.23 0.15 0.00
131_E 398_S 1.22 0.15 0.00
47_V 628_N 1.22 0.15 0.00
289_E 224_N 1.21 0.15 0.00
37_S 947_I 1.21 0.14 0.00
73_S 320_D 1.19 0.14 0.00
130_S 285_S 1.19 0.14 0.00
130_S 368_V 1.17 0.14 0.00
107_G 544_M 1.17 0.13 0.00
107_G 258_V 1.16 0.13 0.00
243_D 798_I 1.16 0.13 0.00
51_E 901_F 1.14 0.13 0.00
47_V 43_A 1.14 0.13 0.00
264_G 130_F 1.14 0.13 0.00
1_M 37_N 1.14 0.13 0.00
117_A 426_A 1.13 0.13 0.00
111_A 125_S 1.13 0.12 0.00
180_P 949_A 1.13 0.12 0.00
146_N 190_D 1.13 0.12 0.00
51_E 77_H 1.12 0.12 0.00
243_D 514_G 1.12 0.12 0.00
55_I 87_S 1.12 0.12 0.00
40_I 896_R 1.12 0.12 0.00
148_P 125_S 1.12 0.12 0.00
147_I 61_M 1.11 0.12 0.00
6_Q 224_N 1.11 0.12 0.00
147_I 857_L 1.11 0.12 0.00
50_S 913_I 1.11 0.12 0.00
147_I 571_S 1.11 0.12 0.00
146_N 198_G 1.11 0.12 0.00
268_T 130_F 1.11 0.12 0.00
54_D 39_K 1.10 0.12 0.00
184_I 738_I 1.10 0.12 0.00
43_K 445_L 1.10 0.12 0.00
201_A 384_K 1.10 0.12 0.00
12_S 307_N 1.10 0.12 0.00
191_E 564_P 1.09 0.12 0.00
198_Q 139_A 1.09 0.12 0.00
191_E 864_P 1.09 0.12 0.00
191_E 740_T 1.08 0.12 0.00
118_I 426_A 1.08 0.12 0.00
146_N 892_G 1.08 0.11 0.00
9_I 224_N 1.08 0.11 0.00
266_I 355_T 1.07 0.11 0.00
37_S 200_T 1.07 0.11 0.00
183_A 694_A 1.07 0.11 0.00
38_T 43_A 1.07 0.11 0.00
50_S 914_A 1.07 0.11 0.00
6_Q 368_V 1.07 0.11 0.00
277_I 525_Y 1.06 0.11 0.00
201_A 731_T 1.06 0.11 0.00
278_G 277_S 1.06 0.11 0.00
109_L 314_D 1.05 0.11 0.00
37_S 1012_I 1.05 0.11 0.00
130_S 251_N 1.05 0.11 0.00
98_D 915_Q 1.05 0.11 0.00
122_A 251_N 1.04 0.11 0.00
201_A 52_Y 1.04 0.11 0.00
76_S 869_N 1.04 0.11 0.00
180_P 896_R 1.04 0.11 0.00
277_I 894_T 1.04 0.11 0.00
140_I 290_Y 1.03 0.10 0.00
57_D 769_W 1.03 0.10 0.00
1_M 769_W 1.03 0.10 0.00
190_K 639_G 1.02 0.10 0.00
53_N 767_W 1.02 0.10 0.00
148_P 111_P 1.02 0.10 0.00
170_G 38_Y 1.02 0.10 0.00
184_I 523_W 1.01 0.10 0.00
264_G 871_V 1.01 0.10 0.00
47_V 910_L 1.01 0.10 0.00
37_S 368_V 1.01 0.10 0.00
185_H 43_A 1.01 0.10 0.00
178_T 936_D 1.00 0.10 0.00
2_A 1015_A 1.00 0.10 0.00
124_G 423_R 1.00 0.10 0.00
116_G 643_P 1.00 0.10 0.00
122_A 734_S 1.00 0.10 0.00
129_Q 403_T 0.99 0.10 0.00
47_V 97_G 0.99 0.10 0.00
13_A 416_T 0.99 0.10 0.00
137_G 62_Y 0.99 0.10 0.00
54_D 364_L 0.99 0.10 0.00
197_E 380_C 0.99 0.10 0.00
140_I 331_R 0.99 0.10 0.00
199_R 307_N 0.99 0.10 0.00
13_A 531_W 0.99 0.10 0.00
12_S 505_F 0.98 0.09 0.00
286_D 146_I 0.98 0.09 0.00
73_S 647_R 0.98 0.09 0.00
13_A 959_P 0.97 0.09 0.00
79_V 397_T 0.97 0.09 0.00
65_V 525_Y 0.97 0.09 0.00
53_N 893_T 0.97 0.09 0.00
9_I 798_I 0.97 0.09 0.00
156_R 725_H 0.97 0.09 0.00
156_R 124_I 0.97 0.09 0.00
74_A 656_I 0.97 0.09 0.00
4_E 37_N 0.96 0.09 0.00
157_V 752_N 0.96 0.09 0.00
190_K 262_F 0.96 0.09 0.00
129_Q 398_S 0.96 0.09 0.00
89_G 424_T 0.95 0.09 0.00
137_G 736_C 0.95 0.09 0.00
208_Y 724_A 0.95 0.09 0.00
129_Q 784_A 0.95 0.09 0.00
13_A 711_V 0.95 0.09 0.00
168_S 403_T 0.95 0.09 0.00
176_V 848_E 0.95 0.09 0.00
46_Q 626_I 0.95 0.09 0.00
113_P 977_G 0.94 0.09 0.00
222_T 246_E 0.94 0.09 0.00
217_E 56_G 0.94 0.09 0.00
12_S 616_S 0.94 0.09 0.00
170_G 983_R 0.94 0.09 0.00
155_N 87_S 0.94 0.09 0.00
184_I 43_A 0.94 0.09 0.00
231_A 777_V 0.94 0.09 0.00
6_Q 715_K 0.94 0.09 0.00
105_D 646_A 0.94 0.09 0.00
222_T 88_R 0.94 0.09 0.00
266_I 265_T 0.94 0.09 0.00
13_A 925_T 0.94 0.09 0.00
201_A 336_S 0.93 0.09 0.00
181_T 241_F 0.93 0.09 0.00
261_A 273_A 0.93 0.09 0.00
156_R 122_Q 0.93 0.09 0.00
267_A 962_V 0.93 0.09 0.00
212_G 461_S 0.93 0.09 0.00
178_T 103_N 0.93 0.09 0.00
170_G 514_G 0.93 0.09 0.00
3_M 166_A 0.93 0.09 0.00
106_P 795_R 0.93 0.09 0.00
282_N 78_I 0.93 0.09 0.00
55_I 914_A 0.93 0.08 0.00
182_G 645_E 0.93 0.08 0.00
115_A 718_Q 0.92 0.08 0.00
274_F 421_N 0.92 0.08 0.00
178_T 97_G 0.92 0.08 0.00
261_A 747_G 0.92 0.08 0.00
16_S 925_T 0.92 0.08 0.00
176_V 914_A 0.92 0.08 0.00
235_E 957_L 0.92 0.08 0.00
89_G 388_L 0.92 0.08 0.00
239_G 146_I 0.92 0.08 0.00
43_K 773_L 0.92 0.08 0.00
169_V 49_T 0.92 0.08 0.00
55_I 752_N 0.92 0.08 0.00
288_D 855_T 0.92 0.08 0.00
12_S 285_S 0.92 0.08 0.00
55_I 473_E 0.92 0.08 0.00
141_A 279_T 0.91 0.08 0.00
38_T 784_A 0.91 0.08 0.00
239_G 506_V 0.91 0.08 0.00
221_G 157_R 0.91 0.08 0.00
33_L 667_E 0.91 0.08 0.00
122_A 224_N 0.91 0.08 0.00
267_A 202_A 0.91 0.08 0.00
260_L 385_A 0.91 0.08 0.00
184_I 848_E 0.91 0.08 0.00
12_S 712_L 0.91 0.08 0.00
37_S 285_S 0.91 0.08 0.00
215_N 904_W 0.91 0.08 0.00
35_D 256_I 0.91 0.08 0.00
186_F 426_A 0.91 0.08 0.00
220_G 503_K 0.91 0.08 0.00
113_P 265_T 0.91 0.08 0.00
9_I 739_Y 0.91 0.08 0.00
43_K 901_F 0.91 0.08 0.00
40_I 51_T 0.91 0.08 0.00
290_E 369_S 0.90 0.08 0.00
58_E 520_E 0.90 0.08 0.00
57_D 687_E 0.90 0.08 0.00
191_E 282_T 0.90 0.08 0.00
41_G 372_T 0.90 0.08 0.00
7_D 354_L 0.90 0.08 0.00
146_N 266_A 0.90 0.08 0.00
13_A 716_K 0.90 0.08 0.00
222_T 358_R 0.90 0.08 0.00
161_T 203_S 0.90 0.08 0.00
267_A 44_K 0.90 0.08 0.00
46_Q 48_N 0.90 0.08 0.00
181_T 448_H 0.90 0.08 0.00
222_T 702_L 0.90 0.08 0.00
222_T 577_K 0.90 0.08 0.00
33_L 535_Y 0.89 0.08 0.00
48_A 855_T 0.89 0.08 0.00
235_E 777_V 0.89 0.08 0.00
9_I 97_G 0.89 0.08 0.00
161_T 767_W 0.89 0.08 0.00
266_I 962_V 0.89 0.08 0.00
155_N 239_V 0.89 0.08 0.00
268_T 336_S 0.89 0.08 0.00
43_K 448_H 0.89 0.08 0.00
43_K 174_G 0.89 0.08 0.00
184_I 398_S 0.89 0.08 0.00
151_N 752_N 0.89 0.08 0.00
197_E 1012_I 0.89 0.08 0.00
4_E 391_C 0.89 0.08 0.00
115_A 122_Q 0.89 0.08 0.00
38_T 245_M 0.89 0.08 0.00
38_T 345_N 0.89 0.08 0.00
44_A 255_L 0.89 0.08 0.00
74_A 189_V 0.89 0.08 0.00
114_S 382_T 0.88 0.08 0.00
6_Q 97_G 0.88 0.08 0.00
47_V 478_L 0.88 0.08 0.00
140_I 372_T 0.88 0.08 0.00
12_S 308_A 0.88 0.08 0.00
238_H 122_Q 0.88 0.08 0.00
178_T 96_A 0.88 0.08 0.00
239_G 151_Q 0.88 0.08 0.00
264_G 190_D 0.88 0.08 0.00
6_Q 713_I 0.88 0.08 0.00
53_N 305_Y 0.88 0.08 0.00
146_N 426_A 0.88 0.08 0.00
40_I 627_A 0.88 0.08 0.00
208_Y 356_H 0.88 0.08 0.00
264_G 742_S 0.88 0.08 0.00
58_E 798_I 0.88 0.08 0.00
238_H 37_N 0.88 0.08 0.00
249_S 577_K 0.88 0.08 0.00
184_I 289_R 0.88 0.08 0.00
9_I 285_S 0.88 0.08 0.00
235_E 813_F 0.88 0.08 0.00
267_A 525_Y 0.88 0.08 0.00
147_I 218_V 0.87 0.08 0.00
213_V 352_E 0.87 0.08 0.00
44_A 90_A 0.87 0.08 0.00
6_Q 24_L 0.87 0.08 0.00
192_M 410_L 0.87 0.08 0.00
153_E 524_G 0.87 0.08 0.00
265_F 148_K 0.87 0.08 0.00
105_D 390_V 0.87 0.08 0.00
40_I 248_K 0.87 0.08 0.00
55_I 175_M 0.87 0.08 0.00
104_E 207_T 0.87 0.08 0.00
196_A 426_A 0.87 0.07 0.00
204_K 181_A 0.87 0.07 0.00
37_S 970_V 0.87 0.07 0.00
16_S 928_A 0.87 0.07 0.00
141_A 980_G 0.87 0.07 0.00
37_S 290_Y 0.87 0.07 0.00
82_F 481_Y 0.87 0.07 0.00
239_G 777_V 0.86 0.07 0.00
50_S 904_W 0.86 0.07 0.00
73_S 442_V 0.86 0.07 0.00
220_G 142_D 0.86 0.07 0.00
174_A 294_N 0.86 0.07 0.00
106_P 340_Y 0.86 0.07 0.00
142_G 198_G 0.86 0.07 0.00
177_K 184_L 0.86 0.07 0.00
149_R 126_W 0.86 0.07 0.00
148_P 652_I 0.86 0.07 0.00
131_E 542_N 0.86 0.07 0.00
234_P 942_S 0.86 0.07 0.00
13_A 249_N 0.86 0.07 0.00
267_A 1000_S 0.86 0.07 0.00
30_V 940_V 0.86 0.07 0.00
8_I 743_W 0.86 0.07 0.00
106_P 199_P 0.86 0.07 0.00
130_S 656_I 0.86 0.07 0.00
43_K 797_L 0.85 0.07 0.00
57_D 380_C 0.85 0.07 0.00
148_P 126_W 0.85 0.07 0.00
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3_M 454_L 0.85 0.07 0.00
50_S 175_M 0.85 0.07 0.00
106_P 256_I 0.85 0.07 0.00
41_G 248_K 0.85 0.07 0.00
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33_L 672_V 0.85 0.07 0.00
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274_F 659_H 0.85 0.07 0.00
6_Q 689_Q 0.85 0.07 0.00
266_I 1007_A 0.85 0.07 0.00
81_R 891_V 0.84 0.07 0.00
146_N 675_L 0.84 0.07 0.00
124_G 219_D 0.84 0.07 0.00
239_G 798_I 0.84 0.07 0.00
280_G 199_P 0.84 0.07 0.00
77_W 448_H 0.84 0.07 0.00
190_K 988_A 0.84 0.07 0.00
53_N 453_G 0.84 0.07 0.00
55_I 541_F 0.84 0.07 0.00
274_F 379_I 0.84 0.07 0.00
145_F 682_Y 0.84 0.07 0.00
191_E 150_E 0.84 0.07 0.00
115_A 165_C 0.84 0.07 0.00
13_A 165_C 0.84 0.07 0.00
131_E 928_A 0.84 0.07 0.00
181_T 55_V 0.84 0.07 0.00
6_Q 710_G 0.84 0.07 0.00
239_G 267_S 0.84 0.07 0.00
260_L 1007_A 0.84 0.07 0.00
263_A 361_W 0.84 0.07 0.00
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74_A 560_V 0.83 0.07 0.00
38_T 127_E 0.83 0.07 0.00
77_W 897_L 0.83 0.07 0.00
157_V 928_A 0.83 0.07 0.00
54_D 104_S 0.83 0.07 0.00
6_Q 352_E 0.83 0.07 0.00
157_V 120_K 0.83 0.07 0.00
278_G 380_C 0.83 0.07 0.00
2_A 37_N 0.83 0.07 0.00
270_A 966_Q 0.83 0.07 0.00
238_H 38_Y 0.83 0.07 0.00
226_Y 406_F 0.83 0.07 0.00
31_A 298_N 0.83 0.07 0.00
13_A 288_L 0.83 0.07 0.00
226_Y 923_S 0.83 0.07 0.00
131_E 917_E 0.83 0.07 0.00
51_E 236_A 0.83 0.07 0.00
76_S 37_N 0.83 0.07 0.00
267_A 942_S 0.83 0.07 0.00
3_M 44_K 0.83 0.07 0.00
82_F 761_L 0.83 0.07 0.00
274_F 815_N 0.83 0.07 0.00
235_E 798_I 0.83 0.07 0.00
192_M 627_A 0.83 0.07 0.00
274_F 207_T 0.83 0.07 0.00
155_N 626_I 0.82 0.07 0.00
37_S 644_G 0.82 0.07 0.00
239_G 288_L 0.82 0.07 0.00
56_R 913_I 0.82 0.07 0.00
56_R 613_R 0.82 0.07 0.00
265_F 841_M 0.82 0.07 0.00
259_P 829_P 0.82 0.07 0.00
142_G 1002_T 0.82 0.07 0.00
277_I 403_T 0.82 0.07 0.00
208_Y 263_T 0.82 0.07 0.00
164_V 752_N 0.82 0.07 0.00
253_W 338_W 0.82 0.07 0.00
228_L 234_A 0.82 0.07 0.00
77_W 170_S 0.82 0.07 0.00
73_S 970_V 0.82 0.07 0.00
43_K 410_L 0.82 0.07 0.00
53_N 529_P 0.82 0.07 0.00
215_N 955_R 0.82 0.07 0.00
191_E 630_G 0.82 0.07 0.00
65_V 438_A 0.82 0.07 0.00
200_V 356_H 0.82 0.07 0.00
234_P 460_L 0.82 0.07 0.00
118_I 398_S 0.82 0.07 0.00
22_Q 380_C 0.82 0.07 0.00
182_G 60_L 0.82 0.07 0.00
33_L 669_G 0.82 0.07 0.00
109_L 901_F 0.82 0.07 0.00
261_A 704_D 0.82 0.07 0.00
245_K 970_V 0.82 0.07 0.00
44_A 896_R 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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