May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1kf6_C_B
Genes: A B A+B
Length: 130 243 350
Sequences: 156 2044 105
Seq/Len: 1.2 8.41 0.3
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.01 0.28
2 0.07 0.01 0.28
5 0.07 0.01 0.28
10 0.07 0.01 0.28
20 0.07 0.01 0.28
100 0.07 0.01 0.28
∞ 0.07 0.08 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
93_A 225_Q 2.99 0.97 0.97
86_W 225_Q 1.70 0.55 0.39
28_R 202_W 1.54 0.44 0.26
22_Y 224_I 1.50 0.42 0.23
89_L 225_Q 1.48 0.40 0.22
9_R 91_E 1.45 0.38 0.20
77_A 173_I 1.44 0.38 0.19
16_W 61_I 1.43 0.37 0.18
22_Y 95_N 1.42 0.36 0.18
4_R 99_E 1.42 0.36 0.18
63_L 201_V 1.41 0.36 0.17
6_P 99_E 1.40 0.35 0.17
113_W 161_F 1.39 0.35 0.16
9_R 146_S 1.37 0.33 0.15
9_R 11_V 1.37 0.33 0.15
90_A 225_Q 1.36 0.33 0.14
80_L 121_I 1.34 0.32 0.14
26_M 144_Q 1.33 0.31 0.13
27_L 168_I 1.31 0.30 0.12
11_M 162_G 1.31 0.30 0.12
55_A 195_L 1.26 0.27 0.10
99_K 123_N 1.23 0.26 0.09
32_A 156_A 1.20 0.24 0.08
73_L 188_K 1.19 0.23 0.08
90_A 100_R 1.18 0.23 0.07
125_F 98_I 1.18 0.23 0.07
72_N 38_D 1.17 0.23 0.07
56_W 76_A 1.16 0.22 0.07
127_A 88_M 1.15 0.22 0.07
98_V 129_Q 1.15 0.22 0.06
16_W 152_G 1.14 0.21 0.06
53_P 26_Y 1.12 0.20 0.06
99_K 90_V 1.11 0.20 0.06
94_A 229_V 1.10 0.20 0.05
92_K 225_Q 1.10 0.20 0.05
120_T 11_V 1.10 0.19 0.05
80_L 74_K 1.09 0.19 0.05
17_K 76_A 1.09 0.19 0.05
55_A 34_T 1.09 0.19 0.05
70_I 25_F 1.08 0.19 0.05
45_G 160_Q 1.08 0.19 0.05
86_W 219_D 1.07 0.18 0.05
113_W 108_H 1.06 0.18 0.04
32_A 145_F 1.06 0.18 0.04
8_V 119_Y 1.06 0.18 0.04
100_D 88_M 1.06 0.18 0.04
49_L 98_I 1.06 0.18 0.04
30_G 53_Y 1.05 0.18 0.04
54_E 103_V 1.05 0.18 0.04
54_E 53_Y 1.04 0.17 0.04
74_I 71_N 1.04 0.17 0.04
92_K 219_D 1.04 0.17 0.04
10_P 193_A 1.03 0.17 0.04
114_A 52_S 1.03 0.17 0.04
45_G 82_R 1.03 0.17 0.04
71_I 193_A 1.03 0.17 0.04
52_G 36_L 1.03 0.17 0.04
15_W 84_Y 1.03 0.17 0.04
89_L 106_M 1.03 0.17 0.04
6_P 130_G 1.02 0.17 0.04
55_A 48_A 1.02 0.16 0.04
71_I 89_K 1.02 0.16 0.04
72_N 195_L 1.01 0.16 0.04
98_V 172_A 1.01 0.16 0.04
126_V 189_K 1.01 0.16 0.04
68_I 8_I 1.01 0.16 0.04
59_F 89_K 1.01 0.16 0.04
59_F 76_A 1.01 0.16 0.04
33_V 224_I 1.00 0.16 0.03
100_D 183_S 1.00 0.16 0.03
60_V 34_T 1.00 0.16 0.03
25_Y 160_Q 1.00 0.16 0.03
53_P 53_Y 0.99 0.15 0.03
85_T 205_T 0.99 0.15 0.03
81_L 105_D 0.99 0.15 0.03
116_T 33_T 0.99 0.15 0.03
14_T 39_A 0.99 0.15 0.03
36_V 174_T 0.98 0.15 0.03
95_N 225_Q 0.98 0.15 0.03
41_E 146_S 0.98 0.15 0.03
100_D 130_G 0.97 0.15 0.03
31_T 217_H 0.97 0.15 0.03
9_R 116_I 0.97 0.15 0.03
30_G 139_M 0.96 0.14 0.03
36_V 152_G 0.96 0.14 0.03
20_P 212_E 0.96 0.14 0.03
5_K 156_A 0.96 0.14 0.03
34_P 161_F 0.96 0.14 0.03
93_A 206_F 0.96 0.14 0.03
72_N 90_V 0.95 0.14 0.03
111_S 4_K 0.95 0.14 0.03
126_V 129_Q 0.95 0.14 0.03
66_P 29_P 0.95 0.14 0.03
104_G 70_N 0.95 0.14 0.03
67_V 72_V 0.94 0.14 0.03
124_L 99_E 0.94 0.14 0.03
129_Y 137_A 0.94 0.14 0.03
82_H 183_S 0.94 0.14 0.03
114_A 190_E 0.94 0.14 0.03
4_R 206_F 0.94 0.14 0.03
41_E 100_R 0.93 0.13 0.03
90_A 106_M 0.93 0.13 0.03
50_K 139_M 0.93 0.13 0.02
21_F 209_Y 0.93 0.13 0.02
43_I 26_Y 0.93 0.13 0.02
93_A 224_I 0.93 0.13 0.02
127_A 26_Y 0.92 0.13 0.02
44_F 110_I 0.92 0.13 0.02
109_I 222_A 0.91 0.13 0.02
104_G 107_T 0.91 0.13 0.02
11_M 45_D 0.91 0.13 0.02
3_K 100_R 0.91 0.13 0.02
33_V 92_A 0.91 0.13 0.02
59_F 100_R 0.90 0.12 0.02
93_A 39_A 0.90 0.12 0.02
68_I 187_G 0.90 0.12 0.02
90_A 50_D 0.90 0.12 0.02
23_R 230_E 0.89 0.12 0.02
9_R 193_A 0.89 0.12 0.02
118_V 23_S 0.89 0.12 0.02
95_N 30_Y 0.89 0.12 0.02
89_L 152_G 0.89 0.12 0.02
56_W 38_D 0.89 0.12 0.02
104_G 139_M 0.89 0.12 0.02
45_G 60_A 0.89 0.12 0.02
40_I 196_N 0.88 0.12 0.02
43_I 98_I 0.88 0.12 0.02
51_N 76_A 0.88 0.12 0.02
72_N 115_A 0.87 0.12 0.02
21_F 35_S 0.87 0.12 0.02
73_L 91_E 0.87 0.12 0.02
109_I 106_M 0.87 0.12 0.02
115_V 24_A 0.87 0.12 0.02
91_P 21_P 0.87 0.12 0.02
91_P 216_K 0.87 0.12 0.02
113_W 226_Q 0.86 0.11 0.02
113_W 34_T 0.86 0.11 0.02
45_G 213_V 0.86 0.11 0.02
126_V 187_G 0.86 0.11 0.02
109_I 225_Q 0.86 0.11 0.02
38_F 38_D 0.86 0.11 0.02
36_V 230_E 0.86 0.11 0.02
116_T 224_I 0.85 0.11 0.02
70_I 119_Y 0.85 0.11 0.02
97_I 137_A 0.85 0.11 0.02
19_L 14_N 0.85 0.11 0.02
93_A 227_G 0.85 0.11 0.02
5_K 231_S 0.85 0.11 0.02
32_A 224_I 0.85 0.11 0.02
3_K 116_I 0.85 0.11 0.02
113_W 31_D 0.84 0.11 0.02
14_T 49_P 0.84 0.11 0.02
48_A 183_S 0.84 0.11 0.02
31_T 147_G 0.84 0.11 0.01
80_L 10_V 0.84 0.11 0.01
16_W 29_P 0.84 0.11 0.01
60_V 52_S 0.84 0.11 0.01
5_K 95_N 0.83 0.11 0.01
25_Y 60_A 0.83 0.11 0.01
66_P 21_P 0.83 0.11 0.01
66_P 216_K 0.83 0.11 0.01
93_A 222_A 0.83 0.10 0.01
94_A 225_Q 0.83 0.10 0.01
80_L 92_A 0.83 0.10 0.01
107_P 48_A 0.83 0.10 0.01
39_S 224_I 0.83 0.10 0.01
25_Y 82_R 0.83 0.10 0.01
43_I 156_A 0.83 0.10 0.01
5_K 90_V 0.83 0.10 0.01
86_W 224_I 0.82 0.10 0.01
79_A 30_Y 0.82 0.10 0.01
38_F 174_T 0.82 0.10 0.01
72_N 199_N 0.82 0.10 0.01
55_A 130_G 0.82 0.10 0.01
83_T 225_Q 0.82 0.10 0.01
111_S 129_Q 0.82 0.10 0.01
8_V 190_E 0.82 0.10 0.01
38_F 112_S 0.82 0.10 0.01
33_V 142_Y 0.82 0.10 0.01
59_F 9_E 0.82 0.10 0.01
27_L 174_T 0.82 0.10 0.01
101_E 140_A 0.81 0.10 0.01
75_T 84_Y 0.81 0.10 0.01
35_A 133_I 0.81 0.10 0.01
12_T 203_S 0.81 0.10 0.01
41_E 145_F 0.81 0.10 0.01
14_T 174_T 0.81 0.10 0.01
37_W 112_S 0.81 0.10 0.01
62_F 217_H 0.81 0.10 0.01
38_F 33_T 0.81 0.10 0.01
3_K 36_L 0.81 0.10 0.01
61_D 131_T 0.81 0.10 0.01
16_W 69_V 0.81 0.10 0.01
25_Y 213_V 0.81 0.10 0.01
117_V 171_A 0.81 0.10 0.01
10_P 119_Y 0.81 0.10 0.01
73_L 232_S 0.81 0.10 0.01
45_G 93_L 0.81 0.10 0.01
21_F 196_N 0.81 0.10 0.01
19_L 209_Y 0.80 0.10 0.01
42_L 94_A 0.80 0.10 0.01
120_T 129_Q 0.80 0.10 0.01
95_N 95_N 0.80 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0209 seconds.