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OPENSEQ.org
maca-b
Genes: A B A+B
Length: 371 648 969
Sequences: 15016 450 64
Seq/Len: 40.47 0.69 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.06
2 0.02 0.02 0.06
5 0.04 0.02 0.06
10 0.05 0.02 0.06
20 0.07 0.02 0.07
100 0.13 0.03 0.08
∞ 0.20 0.05 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
229_V 292_V 1.95 0.30 0.00
229_V 525_L 1.89 0.28 0.00
72_L 296_A 1.83 0.26 0.00
237_L 296_A 1.80 0.25 0.00
182_D 630_W 1.74 0.23 0.00
89_L 557_I 1.67 0.21 0.00
358_D 9_D 1.67 0.21 0.00
350_I 259_T 1.67 0.21 0.00
111_L 433_V 1.66 0.21 0.00
224_L 269_K 1.64 0.20 0.00
257_G 631_L 1.52 0.17 0.00
46_L 67_V 1.52 0.17 0.00
172_A 598_L 1.51 0.17 0.00
87_Q 33_A 1.46 0.15 0.00
201_Q 18_D 1.42 0.14 0.00
349_E 348_A 1.42 0.14 0.00
36_Y 221_I 1.41 0.14 0.00
291_D 109_V 1.40 0.14 0.00
264_P 506_N 1.40 0.14 0.00
218_A 163_G 1.39 0.14 0.00
215_L 511_L 1.37 0.13 0.00
270_N 296_A 1.37 0.13 0.00
274_F 525_L 1.36 0.13 0.00
191_A 433_V 1.36 0.13 0.00
96_Q 296_A 1.36 0.13 0.00
101_I 405_D 1.35 0.13 0.00
349_E 102_T 1.34 0.13 0.00
87_Q 197_V 1.33 0.12 0.00
89_L 511_L 1.33 0.12 0.00
328_L 216_I 1.33 0.12 0.00
180_N 570_Q 1.33 0.12 0.00
89_L 297_K 1.33 0.12 0.00
274_F 605_W 1.32 0.12 0.00
108_L 109_V 1.31 0.12 0.00
199_T 580_C 1.31 0.12 0.00
248_L 538_I 1.30 0.12 0.00
348_V 135_E 1.29 0.12 0.00
72_L 292_V 1.28 0.12 0.00
199_T 200_V 1.28 0.12 0.00
243_A 613_A 1.28 0.12 0.00
290_L 28_S 1.27 0.11 0.00
246_T 213_V 1.27 0.11 0.00
199_T 530_V 1.26 0.11 0.00
345_D 607_I 1.26 0.11 0.00
358_D 259_T 1.26 0.11 0.00
30_N 177_S 1.26 0.11 0.00
197_I 18_D 1.26 0.11 0.00
225_V 261_A 1.25 0.11 0.00
56_L 257_A 1.25 0.11 0.00
109_M 627_L 1.24 0.11 0.00
135_L 269_K 1.24 0.11 0.00
309_I 358_L 1.23 0.11 0.00
184_T 301_L 1.23 0.11 0.00
210_Q 297_K 1.23 0.11 0.00
363_G 646_A 1.23 0.11 0.00
298_I 283_I 1.23 0.10 0.00
188_A 208_A 1.22 0.10 0.00
205_V 580_C 1.22 0.10 0.00
217_L 443_M 1.22 0.10 0.00
215_L 646_A 1.21 0.10 0.00
279_F 296_A 1.21 0.10 0.00
46_L 5_L 1.20 0.10 0.00
225_V 553_R 1.20 0.10 0.00
160_I 197_V 1.20 0.10 0.00
210_Q 376_Y 1.20 0.10 0.00
101_I 591_S 1.20 0.10 0.00
264_P 285_S 1.20 0.10 0.00
229_V 605_W 1.19 0.10 0.00
272_A 322_D 1.19 0.10 0.00
243_A 112_V 1.19 0.10 0.00
172_A 290_V 1.18 0.10 0.00
272_A 405_D 1.18 0.10 0.00
298_I 405_D 1.18 0.10 0.00
294_A 108_E 1.17 0.10 0.00
261_D 18_D 1.17 0.10 0.00
188_A 206_V 1.17 0.10 0.00
350_I 222_V 1.16 0.10 0.00
173_S 602_L 1.16 0.10 0.00
274_F 289_I 1.16 0.10 0.00
205_V 441_Q 1.16 0.10 0.00
298_I 98_L 1.16 0.10 0.00
310_P 29_L 1.16 0.09 0.00
60_R 269_K 1.16 0.09 0.00
270_N 348_A 1.16 0.09 0.00
163_I 373_S 1.16 0.09 0.00
360_V 196_T 1.15 0.09 0.00
234_V 296_A 1.15 0.09 0.00
205_V 407_N 1.15 0.09 0.00
276_Y 11_R 1.14 0.09 0.00
99_N 283_I 1.14 0.09 0.00
137_Q 102_T 1.14 0.09 0.00
289_R 405_D 1.14 0.09 0.00
298_I 276_M 1.14 0.09 0.00
46_L 199_I 1.13 0.09 0.00
265_T 268_N 1.13 0.09 0.00
272_A 200_V 1.13 0.09 0.00
257_G 258_L 1.13 0.09 0.00
190_M 489_L 1.13 0.09 0.00
176_T 303_D 1.13 0.09 0.00
58_A 28_S 1.12 0.09 0.00
282_P 454_L 1.12 0.09 0.00
172_A 607_I 1.12 0.09 0.00
68_V 165_V 1.12 0.09 0.00
63_D 208_A 1.12 0.09 0.00
205_V 200_V 1.12 0.09 0.00
214_I 285_S 1.12 0.09 0.00
314_L 75_L 1.11 0.09 0.00
135_L 40_V 1.11 0.09 0.00
215_L 297_K 1.11 0.09 0.00
101_I 626_I 1.11 0.09 0.00
46_L 79_A 1.11 0.09 0.00
89_L 605_W 1.11 0.09 0.00
298_I 289_I 1.11 0.09 0.00
357_G 433_V 1.11 0.09 0.00
300_L 475_R 1.11 0.09 0.00
257_G 184_M 1.11 0.09 0.00
274_F 405_D 1.11 0.09 0.00
163_I 608_G 1.10 0.09 0.00
72_L 10_I 1.10 0.09 0.00
363_G 640_D 1.10 0.09 0.00
215_L 525_L 1.10 0.09 0.00
72_L 605_W 1.10 0.09 0.00
236_H 582_V 1.10 0.09 0.00
263_L 457_S 1.10 0.09 0.00
306_V 434_I 1.10 0.09 0.00
313_A 155_I 1.09 0.08 0.00
56_L 637_A 1.09 0.08 0.00
140_A 642_V 1.09 0.08 0.00
177_A 311_T 1.09 0.08 0.00
298_I 200_V 1.09 0.08 0.00
224_L 189_Q 1.08 0.08 0.00
234_V 469_L 1.08 0.08 0.00
314_L 272_T 1.08 0.08 0.00
43_P 414_P 1.08 0.08 0.00
248_L 291_V 1.08 0.08 0.00
350_I 112_V 1.08 0.08 0.00
276_Y 214_I 1.08 0.08 0.00
210_Q 340_Q 1.07 0.08 0.00
352_K 102_T 1.07 0.08 0.00
81_D 363_V 1.07 0.08 0.00
232_A 81_A 1.07 0.08 0.00
94_P 300_V 1.07 0.08 0.00
364_E 204_P 1.07 0.08 0.00
205_V 400_Q 1.07 0.08 0.00
58_A 586_L 1.07 0.08 0.00
307_L 134_L 1.07 0.08 0.00
178_K 15_P 1.07 0.08 0.00
173_S 302_A 1.07 0.08 0.00
272_A 276_M 1.07 0.08 0.00
57_D 40_V 1.06 0.08 0.00
263_L 426_V 1.06 0.08 0.00
46_L 578_L 1.06 0.08 0.00
307_L 27_I 1.05 0.08 0.00
286_G 357_R 1.05 0.08 0.00
99_N 200_V 1.05 0.08 0.00
237_L 292_V 1.05 0.08 0.00
279_F 466_Q 1.05 0.08 0.00
99_N 91_I 1.05 0.08 0.00
306_V 62_S 1.05 0.08 0.00
311_L 582_V 1.05 0.08 0.00
227_A 42_A 1.05 0.08 0.00
100_Q 165_V 1.05 0.08 0.00
211_A 593_L 1.05 0.08 0.00
97_A 605_W 1.05 0.08 0.00
215_L 605_W 1.05 0.08 0.00
101_I 339_I 1.05 0.08 0.00
270_N 466_Q 1.05 0.08 0.00
34_P 513_T 1.05 0.08 0.00
340_I 199_I 1.04 0.08 0.00
185_R 390_F 1.04 0.08 0.00
313_A 183_V 1.04 0.08 0.00
109_M 424_I 1.04 0.08 0.00
99_N 405_D 1.04 0.08 0.00
342_A 312_I 1.04 0.08 0.00
174_L 528_V 1.04 0.08 0.00
96_Q 348_A 1.04 0.08 0.00
356_A 105_Q 1.04 0.08 0.00
72_L 507_M 1.03 0.08 0.00
298_I 321_G 1.03 0.08 0.00
306_V 27_I 1.03 0.08 0.00
163_I 61_T 1.03 0.08 0.00
177_A 621_S 1.03 0.08 0.00
108_L 196_T 1.03 0.08 0.00
350_I 433_V 1.03 0.08 0.00
270_N 586_L 1.03 0.08 0.00
346_T 559_M 1.03 0.08 0.00
64_V 465_G 1.03 0.08 0.00
349_E 504_T 1.02 0.07 0.00
326_K 14_Y 1.02 0.07 0.00
219_D 292_V 1.02 0.07 0.00
229_V 480_F 1.02 0.07 0.00
173_S 586_L 1.02 0.07 0.00
47_Q 166_I 1.02 0.07 0.00
72_L 397_G 1.02 0.07 0.00
314_L 567_D 1.02 0.07 0.00
140_A 206_V 1.02 0.07 0.00
271_D 351_A 1.02 0.07 0.00
232_A 272_T 1.02 0.07 0.00
341_G 159_L 1.02 0.07 0.00
165_A 54_L 1.02 0.07 0.00
185_R 259_T 1.02 0.07 0.00
173_S 292_V 1.01 0.07 0.00
215_L 557_I 1.01 0.07 0.00
205_V 26_G 1.01 0.07 0.00
199_T 18_D 1.01 0.07 0.00
298_I 561_V 1.01 0.07 0.00
293_T 190_L 1.01 0.07 0.00
91_V 433_V 1.01 0.07 0.00
87_Q 221_I 1.01 0.07 0.00
196_Q 445_G 1.01 0.07 0.00
232_A 359_R 1.01 0.07 0.00
293_T 133_G 1.00 0.07 0.00
358_D 227_A 1.00 0.07 0.00
250_D 453_W 1.00 0.07 0.00
342_A 184_M 1.00 0.07 0.00
205_V 605_W 1.00 0.07 0.00
56_L 206_V 1.00 0.07 0.00
289_R 200_V 1.00 0.07 0.00
274_F 283_I 1.00 0.07 0.00
264_P 538_I 1.00 0.07 0.00
266_P 359_R 1.00 0.07 0.00
348_V 600_L 1.00 0.07 0.00
300_L 42_A 1.00 0.07 0.00
56_L 618_F 1.00 0.07 0.00
365_A 601_F 1.00 0.07 0.00
247_V 200_V 1.00 0.07 0.00
134_R 54_L 1.00 0.07 0.00
58_A 272_T 1.00 0.07 0.00
217_L 361_N 1.00 0.07 0.00
222_A 214_I 1.00 0.07 0.00
229_V 510_V 0.99 0.07 0.00
296_V 359_R 0.99 0.07 0.00
45_D 296_A 0.99 0.07 0.00
168_K 648_E 0.99 0.07 0.00
282_P 361_N 0.99 0.07 0.00
134_R 71_D 0.99 0.07 0.00
56_L 620_C 0.99 0.07 0.00
285_N 197_V 0.99 0.07 0.00
222_A 469_L 0.99 0.07 0.00
51_L 561_V 0.99 0.07 0.00
176_T 591_S 0.99 0.07 0.00
232_A 35_E 0.99 0.07 0.00
172_A 268_N 0.99 0.07 0.00
287_L 298_Q 0.99 0.07 0.00
274_F 268_N 0.98 0.07 0.00
84_K 334_D 0.98 0.07 0.00
309_I 138_T 0.98 0.07 0.00
358_D 222_V 0.98 0.07 0.00
282_P 312_I 0.98 0.07 0.00
39_L 410_R 0.98 0.07 0.00
323_Y 314_V 0.98 0.07 0.00
303_V 402_V 0.98 0.07 0.00
249_G 165_V 0.98 0.07 0.00
197_I 473_T 0.98 0.07 0.00
360_V 296_A 0.98 0.07 0.00
232_A 261_A 0.98 0.07 0.00
94_P 457_S 0.98 0.07 0.00
298_I 621_S 0.98 0.07 0.00
311_L 648_E 0.98 0.07 0.00
81_D 102_T 0.98 0.07 0.00
291_D 319_D 0.97 0.07 0.00
140_A 416_K 0.97 0.07 0.00
249_G 579_V 0.97 0.07 0.00
51_L 475_R 0.97 0.07 0.00
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161_G 165_V 0.85 0.06 0.00
245_F 286_V 0.85 0.06 0.00
276_Y 206_V 0.85 0.06 0.00
234_V 368_S 0.85 0.06 0.00
272_A 344_W 0.85 0.06 0.00
274_F 311_T 0.85 0.06 0.00
51_L 283_I 0.85 0.06 0.00
32_P 246_G 0.85 0.06 0.00
308_T 627_L 0.85 0.06 0.00
39_L 14_Y 0.85 0.06 0.00
34_P 566_S 0.85 0.06 0.00
297_H 449_V 0.85 0.06 0.00
365_A 648_E 0.85 0.06 0.00
43_P 135_E 0.85 0.06 0.00
245_F 537_G 0.85 0.06 0.00
53_T 570_Q 0.85 0.06 0.00
315_G 100_H 0.85 0.06 0.00
252_L 312_I 0.85 0.06 0.00
211_A 596_F 0.85 0.06 0.00
277_A 348_A 0.85 0.06 0.00
37_Q 225_P 0.85 0.06 0.00
182_D 565_A 0.85 0.06 0.00
223_M 95_Y 0.85 0.06 0.00
227_A 96_H 0.85 0.06 0.00
312_S 102_T 0.85 0.06 0.00
202_G 106_N 0.85 0.06 0.00
221_S 598_L 0.85 0.06 0.00
61_K 300_V 0.85 0.06 0.00
160_I 454_L 0.85 0.06 0.00
350_I 62_S 0.85 0.06 0.00
265_T 290_V 0.85 0.06 0.00
99_N 576_A 0.85 0.06 0.00
177_A 283_I 0.84 0.06 0.00
213_N 337_I 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7576 0.07 maca-b Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7574 0.07 maca-b Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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