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OPENSEQ.org
A-O
Genes: A B A+B
Length: 199 303 480
Sequences: 60 107 50
Seq/Len: 0.3 0.35 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.02
20 0.01 0.01 0.10
100 0.01 0.01 0.10
∞ 0.02 0.03 0.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
187_A 263_A 1.79 0.32 0.00
139_G 281_L 1.69 0.27 0.00
188_Q 191_L 1.60 0.24 0.00
186_Y 292_I 1.56 0.22 0.00
95_R 269_I 1.48 0.20 0.00
21_I 156_I 1.46 0.19 0.00
27_Y 281_L 1.46 0.19 0.00
160_L 172_G 1.44 0.19 0.00
76_L 230_L 1.44 0.18 0.00
139_G 177_I 1.43 0.18 0.00
125_V 54_I 1.41 0.17 0.00
154_L 259_L 1.40 0.17 0.00
54_L 21_E 1.39 0.17 0.00
24_P 157_G 1.39 0.17 0.00
24_P 173_D 1.39 0.17 0.00
50_N 157_G 1.39 0.17 0.00
50_N 173_D 1.39 0.17 0.00
79_W 157_G 1.39 0.17 0.00
79_W 173_D 1.39 0.17 0.00
157_R 157_G 1.39 0.17 0.00
157_R 173_D 1.39 0.17 0.00
187_A 172_G 1.36 0.16 0.00
160_L 290_V 1.33 0.15 0.00
139_G 259_L 1.32 0.15 0.00
25_L 80_V 1.32 0.15 0.00
147_N 165_L 1.31 0.15 0.00
20_I 3_L 1.29 0.14 0.00
98_L 159_S 1.28 0.14 0.00
114_F 172_G 1.28 0.14 0.00
139_G 280_E 1.28 0.14 0.00
29_H 291_E 1.25 0.13 0.00
90_G 236_F 1.25 0.13 0.00
78_Q 165_L 1.24 0.13 0.00
98_L 238_L 1.24 0.13 0.00
90_G 177_I 1.23 0.13 0.00
59_L 157_G 1.23 0.13 0.00
59_L 173_D 1.23 0.13 0.00
29_H 53_W 1.22 0.13 0.00
187_A 290_V 1.21 0.13 0.00
86_A 238_L 1.21 0.12 0.00
179_I 286_D 1.20 0.12 0.00
69_N 266_N 1.20 0.12 0.00
32_R 149_R 1.19 0.12 0.00
185_Q 50_W 1.19 0.12 0.00
139_G 236_F 1.19 0.12 0.00
54_L 267_V 1.19 0.12 0.00
21_I 277_G 1.19 0.12 0.00
185_Q 192_G 1.18 0.12 0.00
54_L 232_V 1.18 0.12 0.00
93_K 52_A 1.17 0.12 0.00
186_Y 264_E 1.16 0.11 0.00
90_G 237_V 1.16 0.11 0.00
29_H 236_F 1.16 0.11 0.00
26_S 113_A 1.16 0.11 0.00
21_I 198_E 1.16 0.11 0.00
32_R 282_V 1.15 0.11 0.00
175_V 169_I 1.15 0.11 0.00
90_G 156_I 1.14 0.11 0.00
90_G 232_V 1.14 0.11 0.00
108_P 268_E 1.14 0.11 0.00
27_Y 280_E 1.14 0.11 0.00
162_F 54_I 1.12 0.11 0.00
89_L 166_L 1.11 0.10 0.00
151_P 230_L 1.11 0.10 0.00
105_L 115_P 1.11 0.10 0.00
139_G 157_G 1.11 0.10 0.00
139_G 173_D 1.11 0.10 0.00
27_Y 177_I 1.10 0.10 0.00
114_F 290_V 1.10 0.10 0.00
172_Q 176_L 1.08 0.10 0.00
90_G 281_L 1.08 0.10 0.00
57_W 197_V 1.08 0.10 0.00
24_P 279_G 1.07 0.10 0.00
50_N 279_G 1.07 0.10 0.00
79_W 279_G 1.07 0.10 0.00
157_R 279_G 1.07 0.10 0.00
114_F 117_G 1.07 0.10 0.00
22_F 290_V 1.07 0.10 0.00
186_Y 270_M 1.07 0.10 0.00
30_P 282_V 1.07 0.10 0.00
24_P 280_E 1.06 0.10 0.00
50_N 280_E 1.06 0.10 0.00
79_W 280_E 1.06 0.10 0.00
157_R 280_E 1.06 0.10 0.00
27_Y 157_G 1.06 0.10 0.00
27_Y 173_D 1.06 0.10 0.00
160_L 231_P 1.06 0.10 0.00
150_L 60_L 1.05 0.10 0.00
86_A 248_L 1.05 0.09 0.00
163_P 84_L 1.05 0.09 0.00
68_Q 20_T 1.04 0.09 0.00
105_L 15_L 1.04 0.09 0.00
67_I 94_P 1.04 0.09 0.00
180_L 123_M 1.04 0.09 0.00
107_L 83_W 1.04 0.09 0.00
32_R 232_V 1.04 0.09 0.00
62_G 107_N 1.03 0.09 0.00
27_Y 236_F 1.03 0.09 0.00
60_K 282_V 1.02 0.09 0.00
156_Q 243_V 1.02 0.09 0.00
27_Y 259_L 1.02 0.09 0.00
52_L 276_L 1.02 0.09 0.00
151_P 235_E 1.01 0.09 0.00
24_P 236_F 1.01 0.09 0.00
50_N 236_F 1.01 0.09 0.00
79_W 236_F 1.01 0.09 0.00
157_R 236_F 1.01 0.09 0.00
54_L 186_C 1.01 0.09 0.00
82_L 236_F 1.01 0.09 0.00
123_L 285_N 1.01 0.09 0.00
186_Y 203_V 1.01 0.09 0.00
30_P 141_G 1.01 0.09 0.00
98_L 194_F 1.01 0.09 0.00
162_F 238_L 1.01 0.09 0.00
91_C 130_W 1.00 0.09 0.00
108_P 80_V 1.00 0.09 0.00
187_A 282_V 1.00 0.09 0.00
160_L 280_E 1.00 0.09 0.00
138_V 178_R 1.00 0.09 0.00
178_S 268_E 1.00 0.09 0.00
53_I 291_E 1.00 0.09 0.00
103_A 115_P 1.00 0.09 0.00
186_Y 110_P 1.00 0.09 0.00
156_Q 204_E 0.99 0.09 0.00
133_R 15_L 0.99 0.08 0.00
92_H 251_M 0.99 0.08 0.00
184_L 241_K 0.99 0.08 0.00
187_A 231_P 0.99 0.08 0.00
179_I 263_A 0.99 0.08 0.00
183_A 149_R 0.98 0.08 0.00
71_L 240_R 0.98 0.08 0.00
184_L 260_P 0.98 0.08 0.00
192_N 24_R 0.97 0.08 0.00
123_L 207_D 0.97 0.08 0.00
29_H 157_G 0.97 0.08 0.00
29_H 173_D 0.97 0.08 0.00
107_L 273_G 0.96 0.08 0.00
22_F 187_Y 0.96 0.08 0.00
32_R 251_M 0.96 0.08 0.00
114_F 157_G 0.96 0.08 0.00
114_F 173_D 0.96 0.08 0.00
78_Q 34_P 0.96 0.08 0.00
29_H 273_G 0.96 0.08 0.00
124_S 285_N 0.95 0.08 0.00
162_F 157_G 0.95 0.08 0.00
162_F 173_D 0.95 0.08 0.00
178_S 270_M 0.95 0.08 0.00
35_I 34_P 0.95 0.08 0.00
21_I 288_L 0.95 0.08 0.00
24_P 172_G 0.94 0.08 0.00
50_N 172_G 0.94 0.08 0.00
79_W 172_G 0.94 0.08 0.00
119_Q 292_I 0.94 0.08 0.00
157_R 172_G 0.94 0.08 0.00
54_L 266_N 0.94 0.08 0.00
63_E 200_G 0.94 0.08 0.00
75_W 31_L 0.94 0.08 0.00
24_P 238_L 0.94 0.08 0.00
50_N 238_L 0.94 0.08 0.00
79_W 238_L 0.94 0.08 0.00
157_R 238_L 0.94 0.08 0.00
26_S 166_L 0.94 0.08 0.00
138_V 226_G 0.93 0.08 0.00
135_L 234_L 0.93 0.08 0.00
26_S 258_S 0.93 0.08 0.00
29_H 177_I 0.93 0.07 0.00
54_L 122_I 0.93 0.07 0.00
135_L 108_P 0.93 0.07 0.00
159_P 136_E 0.93 0.07 0.00
95_R 176_L 0.92 0.07 0.00
22_F 276_L 0.92 0.07 0.00
156_Q 119_L 0.92 0.07 0.00
92_H 286_D 0.92 0.07 0.00
161_L 26_G 0.92 0.07 0.00
99_A 45_D 0.92 0.07 0.00
119_Q 155_V 0.92 0.07 0.00
24_P 281_L 0.92 0.07 0.00
50_N 281_L 0.92 0.07 0.00
79_W 281_L 0.92 0.07 0.00
157_R 281_L 0.92 0.07 0.00
88_L 172_G 0.92 0.07 0.00
174_A 69_G 0.92 0.07 0.00
26_S 73_S 0.92 0.07 0.00
29_H 259_L 0.92 0.07 0.00
47_A 294_E 0.91 0.07 0.00
91_C 71_A 0.91 0.07 0.00
86_A 129_L 0.91 0.07 0.00
40_I 225_P 0.91 0.07 0.00
188_Q 264_E 0.91 0.07 0.00
141_A 267_V 0.91 0.07 0.00
46_R 130_W 0.91 0.07 0.00
179_I 41_V 0.91 0.07 0.00
78_Q 49_R 0.91 0.07 0.00
161_L 74_A 0.91 0.07 0.00
27_Y 253_Q 0.91 0.07 0.00
114_F 258_S 0.91 0.07 0.00
151_P 5_V 0.90 0.07 0.00
17_W 28_E 0.90 0.07 0.00
59_L 26_G 0.90 0.07 0.00
160_L 236_F 0.90 0.07 0.00
75_W 246_A 0.90 0.07 0.00
136_L 275_L 0.90 0.07 0.00
187_A 60_L 0.90 0.07 0.00
184_L 194_F 0.90 0.07 0.00
20_I 254_Q 0.90 0.07 0.00
91_C 103_L 0.90 0.07 0.00
91_C 98_L 0.90 0.07 0.00
116_A 220_T 0.90 0.07 0.00
156_Q 231_P 0.89 0.07 0.00
32_R 285_N 0.89 0.07 0.00
49_A 252_G 0.89 0.07 0.00
98_L 59_W 0.89 0.07 0.00
38_E 228_N 0.89 0.07 0.00
162_F 65_P 0.89 0.07 0.00
24_P 177_I 0.89 0.07 0.00
50_N 177_I 0.89 0.07 0.00
79_W 177_I 0.89 0.07 0.00
157_R 177_I 0.89 0.07 0.00
63_E 244_T 0.89 0.07 0.00
112_Q 2_S 0.89 0.07 0.00
86_A 272_N 0.89 0.07 0.00
53_I 15_L 0.89 0.07 0.00
105_L 60_L 0.89 0.07 0.00
132_H 93_L 0.89 0.07 0.00
90_G 238_L 0.88 0.07 0.00
145_A 258_S 0.88 0.07 0.00
59_L 279_G 0.88 0.07 0.00
20_I 156_I 0.88 0.07 0.00
70_S 33_Y 0.88 0.07 0.00
121_T 89_R 0.88 0.07 0.00
32_R 27_R 0.88 0.07 0.00
92_H 122_I 0.88 0.07 0.00
107_L 65_P 0.88 0.07 0.00
138_V 229_Q 0.88 0.07 0.00
90_G 120_L 0.88 0.07 0.00
107_L 52_A 0.88 0.07 0.00
67_I 267_V 0.88 0.07 0.00
150_L 116_E 0.88 0.07 0.00
54_L 159_S 0.88 0.07 0.00
95_R 172_G 0.87 0.07 0.00
135_L 289_G 0.87 0.07 0.00
179_I 175_L 0.87 0.07 0.00
59_L 280_E 0.87 0.07 0.00
156_Q 116_E 0.87 0.07 0.00
24_P 291_E 0.87 0.07 0.00
50_N 291_E 0.87 0.07 0.00
79_W 291_E 0.87 0.07 0.00
157_R 291_E 0.87 0.07 0.00
186_Y 247_E 0.87 0.07 0.00
183_A 262_N 0.87 0.07 0.00
24_P 288_L 0.87 0.07 0.00
50_N 288_L 0.87 0.07 0.00
79_W 288_L 0.87 0.07 0.00
157_R 288_L 0.87 0.07 0.00
26_S 133_H 0.87 0.07 0.00
187_A 274_V 0.87 0.07 0.00
90_G 115_P 0.86 0.07 0.00
143_L 238_L 0.86 0.07 0.00
27_Y 232_V 0.86 0.07 0.00
185_Q 98_L 0.86 0.07 0.00
53_I 250_A 0.86 0.07 0.00
36_A 188_A 0.86 0.07 0.00
21_I 196_R 0.86 0.07 0.00
147_N 101_R 0.86 0.07 0.00
114_F 254_Q 0.86 0.07 0.00
143_L 292_I 0.85 0.07 0.00
107_L 22_C 0.85 0.07 0.00
85_V 102_R 0.85 0.07 0.00
54_L 17_Q 0.85 0.07 0.00
180_L 231_P 0.85 0.07 0.00
143_L 90_P 0.85 0.07 0.00
191_P 270_M 0.85 0.07 0.00
31_Q 233_K 0.85 0.07 0.00
86_A 59_W 0.85 0.07 0.00
135_L 56_P 0.85 0.07 0.00
81_R 176_L 0.85 0.07 0.00
87_Y 2_S 0.85 0.07 0.00
116_A 132_E 0.85 0.07 0.00
43_P 63_V 0.85 0.07 0.00
167_E 142_G 0.85 0.07 0.00
140_Y 93_L 0.85 0.07 0.00
143_L 122_I 0.85 0.07 0.00
32_R 130_W 0.85 0.07 0.00
98_L 60_L 0.85 0.07 0.00
29_H 20_T 0.85 0.06 0.00
46_R 162_Q 0.85 0.06 0.00
180_L 235_E 0.84 0.06 0.00
17_W 256_L 0.84 0.06 0.00
17_W 96_P 0.84 0.06 0.00
85_V 179_T 0.84 0.06 0.00
88_L 230_L 0.84 0.06 0.00
99_A 130_W 0.84 0.06 0.00
90_G 157_G 0.84 0.06 0.00
90_G 173_D 0.84 0.06 0.00
160_L 90_P 0.84 0.06 0.00
24_P 159_S 0.84 0.06 0.00
50_N 159_S 0.84 0.06 0.00
79_W 159_S 0.84 0.06 0.00
157_R 159_S 0.84 0.06 0.00
71_L 181_R 0.84 0.06 0.00
144_N 67_L 0.83 0.06 0.00
162_F 288_L 0.83 0.06 0.00
181_L 260_P 0.83 0.06 0.00
46_R 294_E 0.83 0.06 0.00
24_P 277_G 0.83 0.06 0.00
50_N 277_G 0.83 0.06 0.00
79_W 277_G 0.83 0.06 0.00
157_R 277_G 0.83 0.06 0.00
131_N 179_T 0.83 0.06 0.00
22_F 269_I 0.83 0.06 0.00
93_K 184_V 0.83 0.06 0.00
143_L 174_V 0.83 0.06 0.00
138_V 139_A 0.83 0.06 0.00
178_S 273_G 0.83 0.06 0.00
94_L 148_L 0.83 0.06 0.00
118_H 5_V 0.83 0.06 0.00
125_V 30_T 0.83 0.06 0.00
180_L 245_L 0.83 0.06 0.00
56_A 138_P 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10388 0.22 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done
7477 0.1 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7476 0.08 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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