May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
kdpA-kdpB
Genes: A B A+B
Length: 682 557 1209
Sequences: 14812 808 727
Seq/Len: 21.72 1.45 0.6
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.57
2 0.02 0.00 0.58
5 0.04 0.00 0.59
10 0.05 0.00 0.59
20 0.07 0.00 0.59
100 0.13 0.00 0.59
∞ 0.22 0.01 0.61
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
246_G 453_F 2.22 0.94 0.75
227_A 418_A 1.61 0.69 0.29
574_S 414_M 1.48 0.60 0.20
609_C 93_Q 1.33 0.48 0.13
238_T 433_A 1.23 0.41 0.09
568_M 398_I 1.20 0.38 0.08
670_K 120_G 1.16 0.35 0.07
423_V 393_I 1.11 0.32 0.06
242_F 453_F 1.10 0.31 0.06
288_I 306_N 1.10 0.30 0.05
67_A 520_L 1.08 0.30 0.05
235_A 542_T 1.08 0.29 0.05
95_N 127_F 1.07 0.29 0.05
656_I 177_V 1.07 0.29 0.05
206_M 365_L 1.05 0.28 0.05
637_K 511_K 1.04 0.27 0.04
580_I 393_I 1.03 0.26 0.04
242_F 546_A 1.02 0.25 0.04
516_T 540_A 1.01 0.25 0.04
647_S 521_P 1.01 0.25 0.04
61_N 52_V 1.00 0.24 0.04
591_I 548_A 0.99 0.24 0.04
68_I 537_L 0.99 0.24 0.04
288_I 70_N 0.98 0.23 0.03
543_K 418_A 0.97 0.23 0.03
91_K 497_I 0.97 0.23 0.03
169_S 404_Y 0.96 0.22 0.03
318_Q 520_L 0.96 0.22 0.03
98_K 278_R 0.95 0.22 0.03
619_S 141_A 0.95 0.21 0.03
175_S 70_N 0.95 0.21 0.03
637_K 195_L 0.94 0.21 0.03
259_L 195_L 0.94 0.21 0.03
637_K 179_V 0.93 0.20 0.03
276_V 398_I 0.93 0.20 0.03
543_K 540_A 0.92 0.20 0.03
303_V 291_F 0.92 0.20 0.03
237_A 486_A 0.92 0.20 0.03
618_L 357_L 0.92 0.20 0.03
584_V 537_L 0.92 0.20 0.03
282_M 137_N 0.91 0.19 0.02
607_I 126_Y 0.91 0.19 0.02
508_A 250_L 0.91 0.19 0.02
632_I 426_T 0.90 0.19 0.02
506_Y 365_L 0.90 0.19 0.02
606_N 132_G 0.90 0.19 0.02
425_R 319_N 0.90 0.19 0.02
563_H 481_W 0.90 0.19 0.02
285_A 195_L 0.89 0.18 0.02
543_K 176_W 0.89 0.18 0.02
444_A 448_P 0.89 0.18 0.02
314_L 486_A 0.89 0.18 0.02
520_T 474_L 0.89 0.18 0.02
245_W 56_E 0.88 0.18 0.02
76_V 93_Q 0.88 0.18 0.02
570_M 511_K 0.88 0.18 0.02
245_W 442_R 0.88 0.18 0.02
289_A 62_Y 0.87 0.17 0.02
495_T 337_V 0.87 0.17 0.02
123_A 119_S 0.87 0.17 0.02
173_F 398_I 0.87 0.17 0.02
85_L 5_G 0.86 0.17 0.02
401_I 281_R 0.86 0.17 0.02
449_V 542_T 0.86 0.17 0.02
261_C 540_A 0.86 0.17 0.02
340_A 495_G 0.86 0.17 0.02
303_V 288_S 0.86 0.17 0.02
532_A 365_L 0.86 0.17 0.02
560_E 457_L 0.85 0.17 0.02
559_I 66_I 0.85 0.17 0.02
399_D 204_V 0.85 0.17 0.02
446_K 235_F 0.85 0.16 0.02
229_T 130_M 0.84 0.16 0.02
558_L 343_S 0.84 0.16 0.02
250_V 291_F 0.84 0.16 0.02
282_M 222_Q 0.83 0.16 0.02
73_W 69_L 0.83 0.16 0.02
440_L 187_L 0.83 0.16 0.02
227_A 520_L 0.83 0.16 0.02
591_I 360_M 0.83 0.15 0.02
101_K 463_A 0.82 0.15 0.02
282_M 136_Q 0.82 0.15 0.02
194_N 197_N 0.82 0.15 0.02
187_L 267_C 0.82 0.15 0.02
375_V 314_T 0.82 0.15 0.02
559_I 533_G 0.82 0.15 0.02
81_F 91_P 0.82 0.15 0.02
74_I 130_M 0.82 0.15 0.02
637_K 103_L 0.82 0.15 0.02
423_V 537_L 0.82 0.15 0.02
95_N 398_I 0.81 0.15 0.02
134_V 358_G 0.81 0.15 0.02
378_T 483_C 0.81 0.15 0.01
154_D 542_T 0.81 0.15 0.01
537_S 448_P 0.81 0.15 0.01
269_G 499_P 0.81 0.15 0.01
593_A 413_E 0.81 0.15 0.01
146_V 337_V 0.81 0.15 0.01
269_G 423_V 0.81 0.15 0.01
643_P 325_S 0.81 0.15 0.01
241_P 263_P 0.81 0.15 0.01
561_V 119_S 0.80 0.14 0.01
66_A 342_A 0.80 0.14 0.01
645_T 456_V 0.80 0.14 0.01
449_V 174_T 0.80 0.14 0.01
134_V 544_I 0.80 0.14 0.01
269_G 306_N 0.80 0.14 0.01
659_L 454_S 0.80 0.14 0.01
123_A 435_A 0.79 0.14 0.01
173_F 70_N 0.79 0.14 0.01
186_W 267_C 0.79 0.14 0.01
303_V 484_L 0.79 0.14 0.01
448_I 386_F 0.79 0.14 0.01
350_R 167_W 0.79 0.14 0.01
235_A 445_M 0.79 0.14 0.01
140_I 497_I 0.79 0.14 0.01
148_E 546_A 0.79 0.14 0.01
303_V 5_G 0.79 0.14 0.01
641_Y 134_T 0.79 0.14 0.01
263_I 411_V 0.78 0.14 0.01
376_P 175_L 0.78 0.14 0.01
169_S 276_D 0.78 0.14 0.01
280_S 149_F 0.78 0.14 0.01
243_S 209_G 0.78 0.14 0.01
100_V 544_I 0.78 0.14 0.01
96_S 478_S 0.78 0.13 0.01
282_M 500_V 0.78 0.13 0.01
520_T 432_A 0.77 0.13 0.01
70_G 187_L 0.77 0.13 0.01
561_V 237_N 0.77 0.13 0.01
597_A 187_L 0.77 0.13 0.01
247_G 187_L 0.77 0.13 0.01
183_L 281_R 0.77 0.13 0.01
282_M 369_G 0.77 0.13 0.01
197_E 472_A 0.77 0.13 0.01
71_W 470_A 0.77 0.13 0.01
561_V 65_A 0.77 0.13 0.01
91_K 197_N 0.77 0.13 0.01
230_I 47_F 0.77 0.13 0.01
181_R 445_M 0.77 0.13 0.01
210_A 506_S 0.77 0.13 0.01
617_I 548_A 0.76 0.13 0.01
100_V 209_G 0.76 0.13 0.01
228_L 223_E 0.76 0.13 0.01
453_I 270_F 0.76 0.13 0.01
570_M 341_A 0.76 0.13 0.01
568_M 166_A 0.76 0.13 0.01
288_I 22_P 0.76 0.13 0.01
640_S 289_V 0.76 0.13 0.01
284_G 535_V 0.76 0.13 0.01
356_A 51_G 0.76 0.13 0.01
458_A 385_L 0.76 0.13 0.01
236_T 453_F 0.76 0.13 0.01
227_A 503_I 0.75 0.13 0.01
646_A 518_G 0.75 0.13 0.01
289_A 169_D 0.75 0.12 0.01
261_C 57_M 0.75 0.12 0.01
302_D 511_K 0.75 0.12 0.01
222_T 70_N 0.75 0.12 0.01
328_V 421_I 0.74 0.12 0.01
323_I 349_A 0.74 0.12 0.01
520_T 447_N 0.74 0.12 0.01
85_L 480_F 0.74 0.12 0.01
169_S 274_M 0.74 0.12 0.01
131_I 434_L 0.74 0.12 0.01
520_T 481_W 0.74 0.12 0.01
423_V 145_I 0.74 0.12 0.01
241_P 540_A 0.74 0.12 0.01
571_T 447_N 0.74 0.12 0.01
561_V 215_P 0.74 0.12 0.01
186_W 270_F 0.74 0.12 0.01
263_I 385_L 0.74 0.12 0.01
626_L 540_A 0.74 0.12 0.01
584_V 149_F 0.74 0.12 0.01
302_D 436_M 0.74 0.12 0.01
662_L 187_L 0.74 0.12 0.01
546_G 431_G 0.74 0.12 0.01
147_I 7_L 0.73 0.12 0.01
559_I 103_L 0.73 0.12 0.01
233_L 354_F 0.73 0.12 0.01
629_V 369_G 0.73 0.12 0.01
664_V 275_G 0.73 0.12 0.01
498_A 176_W 0.73 0.12 0.01
599_Y 270_F 0.73 0.12 0.01
560_E 439_D 0.73 0.12 0.01
656_I 363_M 0.73 0.12 0.01
263_I 463_A 0.73 0.12 0.01
193_V 398_I 0.73 0.12 0.01
181_R 514_A 0.73 0.12 0.01
219_I 52_V 0.73 0.12 0.01
269_G 495_G 0.73 0.12 0.01
617_I 99_W 0.72 0.12 0.01
670_K 482_N 0.72 0.12 0.01
627_I 526_L 0.72 0.12 0.01
81_F 307_P 0.72 0.12 0.01
646_A 519_T 0.72 0.12 0.01
276_V 544_I 0.72 0.12 0.01
302_D 258_A 0.72 0.12 0.01
280_S 294_C 0.72 0.12 0.01
236_T 511_K 0.72 0.12 0.01
446_K 196_Q 0.72 0.12 0.01
128_K 278_R 0.72 0.12 0.01
66_A 128_S 0.72 0.12 0.01
167_R 139_L 0.72 0.12 0.01
540_Q 542_T 0.72 0.12 0.01
293_R 77_L 0.72 0.11 0.01
101_K 534_T 0.72 0.11 0.01
532_A 450_P 0.72 0.11 0.01
98_K 97_L 0.72 0.11 0.01
537_S 89_L 0.72 0.11 0.01
640_S 184_L 0.72 0.11 0.01
361_N 497_I 0.72 0.11 0.01
532_A 414_M 0.72 0.11 0.01
564_I 398_I 0.72 0.11 0.01
197_E 197_N 0.72 0.11 0.01
138_D 236_F 0.71 0.11 0.01
269_G 388_L 0.71 0.11 0.01
623_F 59_W 0.71 0.11 0.01
76_V 297_V 0.71 0.11 0.01
632_I 477_N 0.71 0.11 0.01
219_I 411_V 0.71 0.11 0.01
289_A 153_R 0.71 0.11 0.01
73_W 137_N 0.71 0.11 0.01
611_H 215_P 0.71 0.11 0.01
520_T 427_L 0.71 0.11 0.01
272_S 121_E 0.71 0.11 0.01
73_W 133_L 0.71 0.11 0.01
192_S 103_L 0.71 0.11 0.01
394_R 352_D 0.71 0.11 0.01
88_G 358_G 0.71 0.11 0.01
621_V 494_F 0.71 0.11 0.01
491_L 280_G 0.70 0.11 0.01
656_I 171_L 0.70 0.11 0.01
500_L 175_L 0.70 0.11 0.01
663_L 71_M 0.70 0.11 0.01
416_V 283_L 0.70 0.11 0.01
421_D 155_F 0.70 0.11 0.01
73_W 222_Q 0.70 0.11 0.01
457_F 451_H 0.70 0.11 0.01
295_V 385_L 0.70 0.11 0.01
138_D 51_G 0.70 0.11 0.01
409_G 9_I 0.70 0.11 0.01
70_G 426_T 0.70 0.11 0.01
85_L 552_V 0.70 0.11 0.01
303_V 389_L 0.70 0.11 0.01
227_A 215_P 0.70 0.11 0.01
560_E 99_W 0.70 0.11 0.01
558_L 259_I 0.70 0.11 0.01
73_W 470_A 0.70 0.11 0.01
416_V 416_L 0.70 0.11 0.01
423_V 554_E 0.70 0.11 0.01
543_K 21_R 0.70 0.11 0.01
73_W 115_W 0.70 0.11 0.01
98_K 530_L 0.70 0.11 0.01
70_G 442_R 0.70 0.11 0.01
211_Q 526_L 0.70 0.11 0.01
340_A 131_A 0.70 0.11 0.01
214_K 410_D 0.69 0.11 0.01
189_I 184_L 0.69 0.11 0.01
549_V 520_L 0.69 0.11 0.01
261_C 427_L 0.69 0.11 0.01
350_R 546_A 0.69 0.11 0.01
425_R 275_G 0.69 0.11 0.01
591_I 40_T 0.69 0.11 0.01
234_L 426_T 0.69 0.11 0.01
73_W 459_A 0.69 0.11 0.01
288_I 448_P 0.69 0.10 0.01
145_E 128_S 0.69 0.10 0.01
466_K 100_D 0.69 0.10 0.01
574_S 503_I 0.69 0.10 0.01
667_I 511_K 0.69 0.10 0.01
213_R 59_W 0.69 0.10 0.01
303_V 516_S 0.68 0.10 0.01
596_A 542_T 0.68 0.10 0.01
193_V 51_G 0.68 0.10 0.01
236_T 460_V 0.68 0.10 0.01
88_G 368_I 0.68 0.10 0.01
175_S 222_Q 0.68 0.10 0.01
667_I 53_S 0.68 0.10 0.01
530_D 59_W 0.68 0.10 0.01
235_A 426_T 0.68 0.10 0.01
108_K 51_G 0.68 0.10 0.01
475_R 335_F 0.68 0.10 0.01
169_S 196_Q 0.68 0.10 0.01
533_V 455_E 0.68 0.10 0.01
560_E 82_L 0.68 0.10 0.01
288_I 214_L 0.68 0.10 0.01
596_A 163_L 0.68 0.10 0.01
321_E 532_I 0.68 0.10 0.01
632_I 514_A 0.68 0.10 0.01
668_G 82_L 0.68 0.10 0.01
233_L 17_M 0.68 0.10 0.01
305_L 179_V 0.68 0.10 0.01
303_V 491_V 0.68 0.10 0.01
468_V 540_A 0.68 0.10 0.01
546_G 214_L 0.68 0.10 0.01
543_K 431_G 0.68 0.10 0.01
655_W 292_V 0.68 0.10 0.01
453_I 143_S 0.68 0.10 0.01
674_L 539_G 0.68 0.10 0.01
191_C 472_A 0.68 0.10 0.01
662_L 537_L 0.68 0.10 0.01
226_I 418_A 0.67 0.10 0.01
398_V 9_I 0.67 0.10 0.01
607_I 349_A 0.67 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0743 0.6 kdpA-kdpB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.75 Done
0742 0.44 kdpA-kdpB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed
0741 0.44 kdpA-kdpB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.2764 seconds.