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OPENSEQ.org
satBC
Genes: A B A+B
Length: 317 651 910
Sequences: 6493 324 192
Seq/Len: 20.48 0.5 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.18
2 0.00 0.00 0.18
5 0.01 0.00 0.18
10 0.03 0.00 0.19
20 0.04 0.01 0.20
100 0.09 0.01 0.21
∞ 0.20 0.06 0.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
243_V 430_S 1.95 0.60 0.01
145_T 389_I 1.71 0.45 0.00
254_L 492_V 1.59 0.38 0.00
99_P 202_P 1.59 0.38 0.00
268_G 225_G 1.56 0.36 0.00
115_V 31_M 1.50 0.33 0.00
67_Q 403_I 1.48 0.32 0.00
265_D 127_A 1.37 0.26 0.00
67_Q 31_M 1.36 0.26 0.00
98_F 222_S 1.36 0.26 0.00
159_S 40_L 1.34 0.25 0.00
201_R 269_N 1.33 0.24 0.00
298_L 586_S 1.32 0.24 0.00
297_V 78_I 1.32 0.24 0.00
219_A 441_N 1.31 0.24 0.00
50_A 388_S 1.31 0.23 0.00
89_P 234_S 1.30 0.23 0.00
116_S 44_V 1.30 0.23 0.00
282_L 76_S 1.30 0.23 0.00
94_I 612_K 1.29 0.23 0.00
289_V 127_A 1.29 0.23 0.00
102_L 563_V 1.29 0.23 0.00
149_W 261_I 1.28 0.23 0.00
63_P 271_L 1.26 0.22 0.00
109_V 195_V 1.26 0.21 0.00
72_L 429_I 1.24 0.21 0.00
200_I 551_A 1.24 0.21 0.00
258_V 31_M 1.24 0.21 0.00
83_T 180_E 1.24 0.21 0.00
243_V 572_L 1.24 0.21 0.00
98_F 425_R 1.23 0.20 0.00
80_F 592_V 1.23 0.20 0.00
266_L 100_G 1.22 0.20 0.00
67_Q 255_T 1.22 0.20 0.00
260_I 219_A 1.21 0.20 0.00
80_F 463_E 1.21 0.20 0.00
306_L 403_I 1.20 0.19 0.00
284_L 52_T 1.20 0.19 0.00
233_N 452_Q 1.20 0.19 0.00
302_L 573_A 1.19 0.19 0.00
26_V 120_R 1.18 0.19 0.00
67_Q 203_V 1.18 0.18 0.00
135_I 446_I 1.17 0.18 0.00
80_F 375_V 1.17 0.18 0.00
221_G 196_V 1.17 0.18 0.00
303_V 205_V 1.16 0.18 0.00
149_W 258_G 1.16 0.18 0.00
263_I 223_F 1.16 0.18 0.00
63_P 359_V 1.16 0.18 0.00
311_N 131_I 1.16 0.18 0.00
55_R 375_V 1.16 0.18 0.00
301_I 571_L 1.16 0.18 0.00
47_S 82_A 1.16 0.17 0.00
242_P 366_I 1.15 0.17 0.00
200_I 44_V 1.13 0.17 0.00
281_D 394_P 1.13 0.17 0.00
189_L 446_I 1.12 0.17 0.00
316_S 260_M 1.12 0.16 0.00
276_G 445_K 1.12 0.16 0.00
196_C 155_V 1.12 0.16 0.00
237_N 235_W 1.12 0.16 0.00
229_V 478_N 1.12 0.16 0.00
305_I 95_F 1.11 0.16 0.00
281_D 180_E 1.11 0.16 0.00
272_L 82_A 1.11 0.16 0.00
61_N 364_F 1.10 0.16 0.00
284_L 349_F 1.10 0.16 0.00
67_Q 368_E 1.10 0.16 0.00
155_I 222_S 1.10 0.16 0.00
151_G 348_R 1.09 0.15 0.00
277_I 229_Q 1.09 0.15 0.00
285_V 231_P 1.09 0.15 0.00
94_I 161_A 1.08 0.15 0.00
165_L 52_T 1.08 0.15 0.00
253_L 566_A 1.08 0.15 0.00
116_S 108_A 1.08 0.15 0.00
188_S 75_F 1.08 0.15 0.00
115_V 636_T 1.08 0.15 0.00
230_I 91_G 1.07 0.15 0.00
61_N 60_S 1.07 0.15 0.00
260_I 430_S 1.07 0.15 0.00
277_I 140_T 1.07 0.15 0.00
259_V 45_A 1.07 0.15 0.00
73_A 403_I 1.07 0.15 0.00
144_A 238_I 1.06 0.15 0.00
52_E 33_F 1.06 0.14 0.00
70_R 28_L 1.06 0.14 0.00
49_V 405_F 1.06 0.14 0.00
302_L 285_K 1.06 0.14 0.00
116_S 340_L 1.06 0.14 0.00
220_I 447_K 1.06 0.14 0.00
276_G 571_L 1.06 0.14 0.00
225_P 176_Y 1.05 0.14 0.00
68_Y 117_V 1.05 0.14 0.00
217_R 220_S 1.05 0.14 0.00
277_I 416_L 1.05 0.14 0.00
308_L 127_A 1.05 0.14 0.00
165_L 394_P 1.05 0.14 0.00
133_Q 541_S 1.05 0.14 0.00
285_V 269_N 1.04 0.14 0.00
168_G 243_R 1.04 0.14 0.00
73_A 367_H 1.03 0.14 0.00
152_I 39_I 1.03 0.14 0.00
254_L 550_I 1.03 0.14 0.00
144_A 128_F 1.03 0.14 0.00
307_Y 544_L 1.03 0.14 0.00
213_K 505_L 1.03 0.13 0.00
67_Q 460_H 1.03 0.13 0.00
203_V 103_L 1.03 0.13 0.00
309_F 134_A 1.02 0.13 0.00
257_A 58_A 1.02 0.13 0.00
244_T 218_E 1.02 0.13 0.00
79_D 581_R 1.02 0.13 0.00
115_V 61_T 1.02 0.13 0.00
297_V 242_G 1.02 0.13 0.00
276_G 559_A 1.02 0.13 0.00
224_V 432_I 1.01 0.13 0.00
270_G 272_A 1.01 0.13 0.00
113_A 95_F 1.01 0.13 0.00
61_N 419_A 1.01 0.13 0.00
258_V 131_I 1.01 0.13 0.00
111_L 537_M 1.01 0.13 0.00
268_G 100_G 1.01 0.13 0.00
250_V 131_I 1.01 0.13 0.00
281_D 225_G 1.01 0.13 0.00
68_Y 340_L 1.01 0.13 0.00
298_L 432_I 1.00 0.13 0.00
69_V 154_V 1.00 0.13 0.00
272_L 75_F 1.00 0.13 0.00
234_V 446_I 1.00 0.13 0.00
259_V 466_L 0.99 0.13 0.00
134_I 64_L 0.99 0.12 0.00
276_G 552_H 0.99 0.12 0.00
151_G 440_L 0.99 0.12 0.00
134_I 344_N 0.98 0.12 0.00
270_G 258_G 0.98 0.12 0.00
158_F 538_V 0.98 0.12 0.00
290_L 458_G 0.98 0.12 0.00
253_L 148_I 0.98 0.12 0.00
115_V 483_E 0.98 0.12 0.00
260_I 258_G 0.98 0.12 0.00
201_R 198_N 0.98 0.12 0.00
237_N 441_N 0.98 0.12 0.00
121_I 566_A 0.98 0.12 0.00
94_I 51_Q 0.98 0.12 0.00
207_M 483_E 0.98 0.12 0.00
63_P 232_F 0.98 0.12 0.00
306_L 460_H 0.98 0.12 0.00
297_V 282_P 0.97 0.12 0.00
214_D 449_Q 0.97 0.12 0.00
185_I 291_K 0.97 0.12 0.00
286_Q 134_A 0.97 0.12 0.00
283_H 239_L 0.97 0.12 0.00
247_G 77_R 0.97 0.12 0.00
228_T 461_S 0.97 0.12 0.00
212_D 541_S 0.97 0.12 0.00
305_I 403_I 0.97 0.12 0.00
302_L 30_F 0.97 0.12 0.00
309_F 471_L 0.96 0.12 0.00
313_K 131_I 0.96 0.12 0.00
13_M 106_T 0.96 0.12 0.00
155_I 425_R 0.96 0.12 0.00
102_L 193_K 0.96 0.12 0.00
155_I 133_L 0.96 0.12 0.00
277_I 222_S 0.96 0.12 0.00
53_I 361_N 0.96 0.12 0.00
64_L 553_H 0.96 0.12 0.00
205_T 522_V 0.96 0.12 0.00
104_L 258_G 0.96 0.12 0.00
297_V 622_R 0.95 0.12 0.00
126_Y 584_L 0.95 0.12 0.00
236_R 277_D 0.95 0.12 0.00
185_I 538_V 0.95 0.12 0.00
157_Y 90_L 0.95 0.12 0.00
209_E 571_L 0.95 0.12 0.00
306_L 86_L 0.95 0.12 0.00
199_L 137_L 0.95 0.12 0.00
247_G 134_A 0.95 0.12 0.00
250_V 217_F 0.95 0.11 0.00
115_V 423_A 0.95 0.11 0.00
177_P 93_V 0.95 0.11 0.00
56_Q 419_A 0.95 0.11 0.00
113_A 475_K 0.95 0.11 0.00
185_I 429_I 0.95 0.11 0.00
52_E 44_V 0.95 0.11 0.00
152_I 78_I 0.95 0.11 0.00
276_G 75_F 0.95 0.11 0.00
19_I 436_A 0.95 0.11 0.00
272_L 505_L 0.95 0.11 0.00
80_F 338_V 0.95 0.11 0.00
165_L 450_M 0.94 0.11 0.00
68_Y 510_P 0.94 0.11 0.00
98_F 225_G 0.94 0.11 0.00
201_R 435_D 0.94 0.11 0.00
37_P 99_L 0.94 0.11 0.00
140_V 522_V 0.94 0.11 0.00
267_P 70_L 0.94 0.11 0.00
306_L 541_S 0.94 0.11 0.00
158_F 204_F 0.94 0.11 0.00
3_I 646_S 0.94 0.11 0.00
277_I 241_E 0.94 0.11 0.00
236_R 520_A 0.94 0.11 0.00
208_V 208_T 0.94 0.11 0.00
267_P 100_G 0.94 0.11 0.00
297_V 432_I 0.94 0.11 0.00
244_T 214_A 0.94 0.11 0.00
291_T 346_S 0.94 0.11 0.00
132_D 96_A 0.93 0.11 0.00
26_V 435_D 0.93 0.11 0.00
152_I 231_P 0.93 0.11 0.00
185_I 82_A 0.93 0.11 0.00
109_V 488_Q 0.93 0.11 0.00
115_V 343_E 0.93 0.11 0.00
259_V 46_P 0.93 0.11 0.00
80_F 354_N 0.93 0.11 0.00
68_Y 447_K 0.93 0.11 0.00
61_N 387_F 0.93 0.11 0.00
52_E 629_Q 0.93 0.11 0.00
156_Q 242_G 0.93 0.11 0.00
293_A 239_L 0.93 0.11 0.00
117_F 641_E 0.93 0.11 0.00
224_V 631_L 0.93 0.11 0.00
217_R 518_V 0.93 0.11 0.00
234_V 374_L 0.93 0.11 0.00
186_L 242_G 0.92 0.11 0.00
62_D 74_I 0.92 0.11 0.00
189_L 644_W 0.92 0.11 0.00
67_Q 280_V 0.92 0.11 0.00
207_M 259_L 0.92 0.11 0.00
124_A 391_G 0.92 0.11 0.00
305_I 287_S 0.92 0.11 0.00
119_L 23_S 0.92 0.11 0.00
302_L 432_I 0.92 0.11 0.00
246_L 501_E 0.92 0.11 0.00
301_I 343_E 0.92 0.11 0.00
236_R 512_T 0.92 0.11 0.00
33_T 140_T 0.92 0.11 0.00
234_V 562_V 0.92 0.11 0.00
147_S 67_T 0.92 0.11 0.00
229_V 60_S 0.92 0.11 0.00
158_F 100_G 0.92 0.11 0.00
158_F 641_E 0.92 0.11 0.00
284_L 204_F 0.92 0.11 0.00
115_V 26_I 0.91 0.10 0.00
193_L 504_L 0.91 0.10 0.00
224_V 257_A 0.91 0.10 0.00
118_S 285_K 0.91 0.10 0.00
203_V 242_G 0.91 0.10 0.00
254_L 520_A 0.91 0.10 0.00
121_I 547_V 0.91 0.10 0.00
159_S 78_I 0.91 0.10 0.00
67_Q 224_L 0.91 0.10 0.00
111_L 88_I 0.91 0.10 0.00
100_L 40_L 0.91 0.10 0.00
49_V 117_V 0.91 0.10 0.00
248_L 220_S 0.91 0.10 0.00
23_T 263_L 0.91 0.10 0.00
169_G 224_L 0.90 0.10 0.00
8_L 551_A 0.90 0.10 0.00
224_V 100_G 0.90 0.10 0.00
291_T 56_V 0.90 0.10 0.00
218_T 519_Q 0.90 0.10 0.00
281_D 59_P 0.90 0.10 0.00
260_I 126_M 0.90 0.10 0.00
132_D 89_G 0.90 0.10 0.00
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16_P 538_V 0.90 0.10 0.00
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Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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