May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
EcoliTtd
Genes: A B A+B
Length: 303 201 487
Sequences: 1095 1091 640
Seq/Len: 3.61 5.43 1.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.24
2 0.00 0.00 1.26
5 0.00 0.00 1.27
10 0.00 0.00 1.27
20 0.00 0.00 1.27
100 0.01 0.01 1.29
∞ 0.06 0.06 1.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
168_S 85_S 2.09 0.98 0.93
55_T 124_P 1.83 0.95 0.84
66_L 133_T 1.83 0.95 0.84
68_R 132_A 1.49 0.83 0.61
183_S 179_K 1.26 0.66 0.38
246_Q 124_P 1.24 0.64 0.36
101_V 145_E 1.24 0.64 0.36
264_R 167_I 1.18 0.58 0.30
154_G 167_I 1.14 0.54 0.27
47_S 182_F 1.09 0.49 0.23
248_L 124_P 1.08 0.49 0.22
194_L 14_L 1.04 0.45 0.19
187_V 104_G 1.03 0.43 0.18
62_K 129_V 1.01 0.41 0.17
264_R 173_N 0.99 0.40 0.16
187_V 166_S 0.98 0.39 0.15
49_G 164_I 0.97 0.38 0.14
72_Q 76_G 0.97 0.37 0.14
122_N 150_E 0.95 0.36 0.14
276_G 59_A 0.93 0.34 0.12
219_G 138_I 0.93 0.34 0.12
256_G 25_L 0.93 0.34 0.12
76_E 167_I 0.92 0.33 0.12
194_L 91_I 0.92 0.33 0.12
131_V 73_V 0.88 0.30 0.10
248_L 87_E 0.87 0.29 0.10
153_G 33_R 0.86 0.28 0.09
189_A 124_P 0.86 0.28 0.09
177_F 59_A 0.86 0.28 0.09
236_E 180_K 0.86 0.28 0.09
191_P 83_M 0.85 0.28 0.09
147_I 154_V 0.85 0.27 0.09
124_G 174_L 0.85 0.27 0.09
276_G 135_V 0.85 0.27 0.09
229_E 117_K 0.84 0.27 0.08
58_D 134_Q 0.83 0.26 0.08
187_V 173_N 0.83 0.25 0.08
211_R 125_A 0.82 0.25 0.08
55_T 75_V 0.82 0.25 0.08
206_A 164_I 0.82 0.25 0.07
41_K 132_A 0.82 0.25 0.07
246_Q 59_A 0.81 0.24 0.07
49_G 183_A 0.81 0.24 0.07
260_E 74_S 0.81 0.24 0.07
279_A 125_A 0.81 0.24 0.07
261_S 14_L 0.80 0.24 0.07
279_A 131_A 0.80 0.24 0.07
162_S 62_I 0.80 0.23 0.07
49_G 170_H 0.80 0.23 0.07
188_N 81_M 0.79 0.23 0.06
193_V 62_I 0.79 0.22 0.06
232_L 18_R 0.78 0.22 0.06
38_K 16_D 0.78 0.22 0.06
189_A 85_S 0.78 0.22 0.06
268_T 167_I 0.78 0.22 0.06
251_N 184_E 0.78 0.22 0.06
137_D 46_P 0.77 0.22 0.06
43_A 107_P 0.77 0.21 0.06
152_A 120_H 0.77 0.21 0.06
168_S 86_F 0.77 0.21 0.06
225_P 15_Q 0.77 0.21 0.06
154_G 113_C 0.77 0.21 0.06
203_V 39_R 0.77 0.21 0.06
215_L 124_P 0.76 0.21 0.06
115_V 167_I 0.76 0.21 0.06
24_M 51_L 0.76 0.21 0.06
217_P 97_K 0.75 0.20 0.05
97_L 29_L 0.75 0.20 0.05
223_P 18_R 0.75 0.20 0.05
62_K 133_T 0.75 0.20 0.05
104_A 128_A 0.75 0.20 0.05
113_N 105_M 0.75 0.20 0.05
131_V 84_E 0.75 0.20 0.05
153_G 61_P 0.75 0.20 0.05
156_C 125_A 0.74 0.20 0.05
238_L 170_H 0.74 0.20 0.05
236_E 145_E 0.74 0.20 0.05
254_V 167_I 0.74 0.19 0.05
178_V 97_K 0.74 0.19 0.05
30_P 24_Y 0.74 0.19 0.05
34_V 3_K 0.74 0.19 0.05
95_S 51_L 0.74 0.19 0.05
248_L 122_I 0.73 0.19 0.05
52_I 164_I 0.73 0.19 0.05
204_E 99_V 0.73 0.19 0.05
68_R 70_W 0.73 0.19 0.05
41_K 3_K 0.73 0.19 0.05
269_I 32_C 0.73 0.19 0.05
258_H 173_N 0.73 0.19 0.05
122_N 83_M 0.73 0.19 0.05
60_M 59_A 0.72 0.18 0.05
218_I 65_K 0.72 0.18 0.05
248_L 183_A 0.72 0.18 0.04
128_G 58_H 0.72 0.18 0.04
81_V 14_L 0.72 0.18 0.04
267_S 75_V 0.72 0.18 0.04
167_P 146_L 0.72 0.18 0.04
24_M 50_D 0.72 0.18 0.04
180_E 5_L 0.71 0.18 0.04
255_M 85_S 0.71 0.18 0.04
272_A 98_L 0.71 0.18 0.04
20_N 111_E 0.70 0.17 0.04
97_L 133_T 0.70 0.17 0.04
72_Q 128_A 0.70 0.17 0.04
54_H 181_L 0.70 0.17 0.04
61_Q 107_P 0.70 0.17 0.04
234_L 40_L 0.70 0.17 0.04
264_R 169_T 0.70 0.17 0.04
248_L 85_S 0.70 0.17 0.04
228_A 107_P 0.70 0.17 0.04
256_G 141_V 0.70 0.17 0.04
187_V 75_V 0.70 0.17 0.04
16_E 52_N 0.70 0.17 0.04
276_G 131_A 0.70 0.17 0.04
53_Y 6_T 0.70 0.17 0.04
287_V 145_E 0.70 0.17 0.04
76_E 113_C 0.69 0.17 0.04
37_L 29_L 0.69 0.17 0.04
261_S 153_W 0.69 0.17 0.04
111_R 33_R 0.69 0.16 0.04
16_E 53_G 0.69 0.16 0.04
176_K 114_Q 0.69 0.16 0.04
80_F 157_V 0.68 0.16 0.04
45_T 184_E 0.68 0.16 0.04
72_Q 120_H 0.68 0.16 0.04
161_R 138_I 0.68 0.16 0.04
43_A 18_R 0.68 0.16 0.04
246_Q 22_V 0.68 0.16 0.04
169_E 91_I 0.68 0.16 0.04
203_V 1_M 0.68 0.16 0.04
189_A 65_K 0.68 0.16 0.04
229_E 55_A 0.68 0.16 0.04
96_I 129_V 0.68 0.16 0.04
95_S 52_N 0.68 0.16 0.04
203_V 145_E 0.67 0.16 0.04
267_S 96_V 0.67 0.16 0.04
218_I 11_A 0.67 0.16 0.04
68_R 25_L 0.67 0.16 0.04
258_H 167_I 0.67 0.15 0.04
70_A 128_A 0.67 0.15 0.04
232_L 154_V 0.67 0.15 0.04
184_T 92_E 0.67 0.15 0.04
47_S 21_D 0.67 0.15 0.04
134_V 14_L 0.67 0.15 0.03
82_K 108_L 0.67 0.15 0.03
113_N 84_E 0.67 0.15 0.03
72_Q 83_M 0.67 0.15 0.03
118_F 7_T 0.67 0.15 0.03
72_Q 61_P 0.67 0.15 0.03
145_A 137_E 0.67 0.15 0.03
203_V 88_R 0.66 0.15 0.03
257_V 160_F 0.66 0.15 0.03
55_T 130_L 0.66 0.15 0.03
95_S 40_L 0.66 0.15 0.03
29_M 25_L 0.66 0.15 0.03
282_R 155_C 0.66 0.15 0.03
189_A 104_G 0.66 0.15 0.03
229_E 18_R 0.66 0.15 0.03
20_N 166_S 0.66 0.15 0.03
72_Q 34_D 0.66 0.15 0.03
266_P 84_E 0.66 0.15 0.03
87_F 143_W 0.66 0.15 0.03
22_T 155_C 0.66 0.15 0.03
100_A 130_L 0.66 0.15 0.03
93_L 107_P 0.66 0.15 0.03
54_H 149_P 0.66 0.15 0.03
225_P 18_R 0.66 0.15 0.03
183_S 183_A 0.65 0.15 0.03
219_G 152_L 0.65 0.15 0.03
58_D 133_T 0.65 0.15 0.03
195_V 41_I 0.65 0.15 0.03
59_N 129_V 0.65 0.15 0.03
16_E 184_E 0.65 0.15 0.03
31_D 26_T 0.65 0.15 0.03
131_V 58_H 0.65 0.14 0.03
13_K 156_R 0.65 0.14 0.03
223_P 6_T 0.65 0.14 0.03
174_V 43_L 0.65 0.14 0.03
111_R 34_D 0.65 0.14 0.03
267_S 60_G 0.65 0.14 0.03
172_E 111_E 0.65 0.14 0.03
204_E 96_V 0.65 0.14 0.03
165_L 39_R 0.65 0.14 0.03
109_P 66_N 0.65 0.14 0.03
12_N 170_H 0.65 0.14 0.03
50_K 9_I 0.65 0.14 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7294 3.17 EcoliTtd-JAck Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.99 Done - Shared
7293 1.31 EcoliTtd Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.93 Done
0882 2.07 TTDA_TTDB Δgene:(0, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.94 Done
0881 1.17 TTDA_TTDB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.82 Done
Page generated in 0.1587 seconds.