May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3MML_A_B
Genes: A B A+B
Length: 318 228 485
Sequences: 2274 2185 1396
Seq/Len: 7.15 9.58 2.88
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 2.51
2 0.00 0.00 2.56
5 0.00 0.00 2.56
10 0.01 0.01 2.56
20 0.02 0.02 2.56
100 0.03 0.03 2.58
∞ 0.10 0.10 2.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
266_E 29_D 2.88 1.00 1.00
231_G 68_L 1.88 0.99 0.97
242_N 167_E 1.70 0.98 0.95
255_T 143_F 1.63 0.97 0.93
23_G 59_D 1.59 0.97 0.92
230_E 63_A 1.34 0.90 0.81
26_H 50_R 1.34 0.90 0.81
230_E 66_T 1.08 0.72 0.57
231_G 62_P 0.96 0.59 0.43
241_P 165_R 0.96 0.58 0.43
29_V 206_F 0.94 0.56 0.40
230_E 147_A 0.93 0.55 0.39
236_A 131_I 0.91 0.53 0.38
255_T 63_A 0.91 0.53 0.38
145_L 32_L 0.91 0.52 0.37
29_V 214_A 0.88 0.49 0.34
218_L 205_M 0.88 0.49 0.34
266_E 30_Q 0.87 0.47 0.32
27_M 214_A 0.86 0.47 0.32
207_D 156_G 0.83 0.43 0.29
63_F 143_F 0.82 0.42 0.27
227_L 63_A 0.81 0.41 0.26
237_I 57_V 0.81 0.41 0.26
233_T 27_Y 0.81 0.40 0.26
247_I 129_Q 0.80 0.39 0.25
27_M 207_D 0.80 0.39 0.24
230_E 33_L 0.79 0.38 0.24
207_D 171_S 0.79 0.38 0.24
233_T 31_A 0.77 0.36 0.22
229_S 164_R 0.77 0.36 0.22
233_T 68_L 0.75 0.34 0.20
229_S 143_F 0.75 0.34 0.20
212_R 170_T 0.74 0.32 0.19
228_P 65_R 0.74 0.32 0.19
133_S 60_I 0.73 0.32 0.19
25_A 70_K 0.72 0.30 0.18
123_I 211_D 0.71 0.30 0.17
246_V 168_P 0.71 0.30 0.17
249_G 85_G 0.71 0.30 0.17
42_L 116_L 0.71 0.30 0.17
230_E 152_Y 0.71 0.29 0.17
277_P 180_A 0.71 0.29 0.17
171_I 69_V 0.71 0.29 0.17
27_M 144_C 0.71 0.29 0.17
228_P 63_A 0.71 0.29 0.16
231_G 70_K 0.70 0.29 0.16
184_P 65_R 0.70 0.28 0.16
197_R 131_I 0.70 0.28 0.16
194_I 160_L 0.70 0.28 0.16
4_T 153_L 0.70 0.28 0.16
133_S 209_N 0.70 0.28 0.16
85_V 93_A 0.70 0.28 0.16
230_E 180_A 0.69 0.28 0.15
209_V 179_L 0.69 0.28 0.15
253_P 183_F 0.69 0.27 0.15
32_S 208_V 0.69 0.27 0.15
254_V 144_C 0.69 0.27 0.15
258_Y 194_G 0.69 0.27 0.15
129_L 214_A 0.68 0.27 0.15
266_E 71_L 0.68 0.27 0.14
226_Q 181_G 0.68 0.26 0.14
181_V 26_N 0.68 0.26 0.14
25_A 61_V 0.67 0.26 0.14
202_V 76_Y 0.67 0.26 0.14
211_M 105_V 0.67 0.25 0.13
29_V 213_P 0.66 0.25 0.13
30_T 147_A 0.66 0.25 0.13
35_A 79_P 0.66 0.25 0.13
178_L 217_T 0.66 0.25 0.13
230_E 25_H 0.66 0.24 0.13
178_L 38_S 0.66 0.24 0.13
106_L 71_L 0.66 0.24 0.13
248_L 144_C 0.65 0.24 0.13
116_Y 198_I 0.65 0.24 0.13
25_A 172_V 0.65 0.23 0.12
228_P 183_F 0.65 0.23 0.12
39_S 47_E 0.65 0.23 0.12
29_V 216_L 0.65 0.23 0.12
29_V 144_C 0.65 0.23 0.12
243_G 152_Y 0.64 0.23 0.12
260_V 27_Y 0.64 0.23 0.12
243_G 150_F 0.64 0.23 0.12
231_G 33_L 0.64 0.23 0.12
181_V 47_E 0.63 0.22 0.11
249_G 186_V 0.63 0.22 0.11
66_R 131_I 0.63 0.22 0.11
247_I 23_T 0.63 0.22 0.11
104_I 71_L 0.63 0.22 0.11
3_T 109_V 0.63 0.21 0.11
253_P 154_V 0.62 0.21 0.11
15_L 151_A 0.62 0.21 0.11
262_G 89_V 0.62 0.21 0.11
230_E 105_V 0.62 0.21 0.11
211_M 227_V 0.62 0.21 0.10
237_I 166_A 0.62 0.21 0.10
240_P 168_P 0.62 0.21 0.10
151_L 173_P 0.62 0.21 0.10
207_D 172_V 0.62 0.21 0.10
238_Q 152_Y 0.62 0.21 0.10
272_L 190_Q 0.62 0.21 0.10
15_L 189_R 0.61 0.21 0.10
24_L 209_N 0.61 0.21 0.10
241_P 188_P 0.61 0.20 0.10
228_P 64_A 0.61 0.20 0.10
266_E 28_G 0.61 0.20 0.10
194_I 210_R 0.61 0.20 0.10
181_V 153_L 0.61 0.20 0.10
181_V 48_T 0.61 0.20 0.10
202_V 121_S 0.61 0.20 0.10
129_L 64_A 0.60 0.20 0.10
237_I 73_G 0.60 0.20 0.10
92_T 226_A 0.60 0.20 0.09
227_L 142_G 0.60 0.20 0.09
212_R 222_V 0.60 0.20 0.09
185_R 64_A 0.60 0.19 0.09
229_S 195_W 0.60 0.19 0.09
247_I 21_L 0.60 0.19 0.09
237_I 127_P 0.60 0.19 0.09
243_G 164_R 0.60 0.19 0.09
30_T 34_L 0.60 0.19 0.09
138_S 216_L 0.59 0.19 0.09
243_G 195_W 0.59 0.19 0.09
201_L 69_V 0.59 0.19 0.09
209_V 146_F 0.59 0.19 0.09
184_P 143_F 0.59 0.19 0.09
51_G 200_H 0.59 0.19 0.09
135_D 143_F 0.59 0.19 0.09
14_A 184_S 0.59 0.19 0.09
136_V 107_I 0.59 0.19 0.09
181_V 96_H 0.59 0.19 0.09
226_Q 64_A 0.59 0.19 0.09
185_R 65_R 0.59 0.19 0.09
262_G 141_V 0.59 0.19 0.09
265_T 29_D 0.59 0.18 0.09
234_R 70_K 0.59 0.18 0.09
259_P 195_W 0.59 0.18 0.09
39_S 124_G 0.58 0.18 0.09
126_T 209_N 0.58 0.18 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1179 seconds.