May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2VPZ_A_B
Genes: A B A+B
Length: 765 195 889
Sequences: 4944 2284 1257
Seq/Len: 6.46 11.71 1.41
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.71
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.00 1.08
2 0.06 0.00 1.24
5 0.07 0.02 1.27
10 0.08 0.02 1.28
20 0.09 0.04 1.31
100 0.13 0.08 1.42
∞ 0.23 0.16 1.75
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
642_E 24_K 2.39 0.99 0.98
80_P 18_A 1.62 0.90 0.80
686_A 45_E 1.31 0.72 0.54
639_V 25_M 1.17 0.59 0.39
229_G 24_K 1.06 0.48 0.28
639_V 21_V 1.03 0.45 0.25
643_M 20_A 0.98 0.40 0.21
526_G 104_A 0.95 0.38 0.18
80_P 35_N 0.95 0.37 0.18
64_K 26_E 0.94 0.37 0.18
686_A 46_Y 0.93 0.36 0.17
686_A 47_P 0.92 0.35 0.16
227_K 12_L 0.89 0.32 0.14
128_M 9_D 0.88 0.31 0.14
651_I 46_Y 0.87 0.30 0.13
323_K 79_K 0.86 0.30 0.13
246_A 63_N 0.86 0.30 0.13
83_Q 134_T 0.84 0.28 0.12
431_P 62_E 0.84 0.28 0.11
661_L 145_L 0.83 0.27 0.11
41_Y 4_Y 0.82 0.26 0.10
475_W 168_E 0.80 0.24 0.09
458_N 27_N 0.79 0.24 0.09
235_V 50_V 0.79 0.24 0.09
309_A 18_A 0.78 0.23 0.09
277_E 107_L 0.78 0.23 0.09
667_V 54_R 0.78 0.23 0.08
358_G 129_P 0.77 0.22 0.08
113_R 88_K 0.76 0.22 0.08
115_A 4_Y 0.76 0.22 0.08
718_Y 12_L 0.76 0.22 0.08
657_K 2_P 0.75 0.21 0.07
65_V 103_D 0.75 0.21 0.07
516_K 72_T 0.74 0.20 0.07
111_K 12_L 0.74 0.20 0.07
317_R 124_E 0.74 0.20 0.07
286_F 74_A 0.74 0.20 0.07
737_N 18_A 0.73 0.20 0.07
662_K 1_M 0.73 0.20 0.07
462_Y 130_A 0.73 0.20 0.07
66_E 122_R 0.72 0.19 0.07
612_E 121_H 0.72 0.19 0.06
556_E 146_E 0.72 0.19 0.06
730_G 144_D 0.72 0.19 0.06
639_V 24_K 0.71 0.19 0.06
593_Y 24_K 0.71 0.19 0.06
574_D 85_V 0.71 0.18 0.06
297_T 91_I 0.71 0.18 0.06
80_P 37_W 0.71 0.18 0.06
616_E 139_C 0.71 0.18 0.06
662_K 151_P 0.70 0.18 0.06
728_I 82_L 0.70 0.18 0.06
589_K 22_A 0.70 0.18 0.06
305_T 62_E 0.69 0.17 0.05
508_A 69_V 0.69 0.17 0.05
217_T 113_V 0.69 0.17 0.05
234_V 63_N 0.69 0.17 0.05
303_K 79_K 0.68 0.17 0.05
463_V 118_F 0.68 0.17 0.05
128_M 91_I 0.68 0.17 0.05
186_G 14_V 0.68 0.17 0.05
608_F 125_K 0.68 0.17 0.05
621_L 130_A 0.68 0.17 0.05
741_L 2_P 0.68 0.17 0.05
653_K 88_K 0.68 0.17 0.05
297_T 85_V 0.68 0.17 0.05
308_P 110_A 0.67 0.16 0.05
235_V 67_V 0.67 0.16 0.05
734_L 5_A 0.66 0.16 0.05
564_L 117_T 0.66 0.16 0.05
743_K 50_V 0.66 0.16 0.04
615_P 27_N 0.66 0.16 0.04
82_G 35_N 0.66 0.15 0.04
46_G 57_Q 0.65 0.15 0.04
509_H 86_D 0.65 0.15 0.04
77_R 18_A 0.65 0.15 0.04
314_E 154_K 0.65 0.15 0.04
651_I 50_V 0.65 0.15 0.04
99_L 94_G 0.65 0.15 0.04
57_A 64_P 0.65 0.15 0.04
243_A 72_T 0.65 0.15 0.04
86_P 25_M 0.65 0.15 0.04
652_H 46_Y 0.64 0.15 0.04
84_G 21_V 0.64 0.15 0.04
448_N 64_P 0.64 0.15 0.04
276_K 79_K 0.64 0.15 0.04
512_L 69_V 0.64 0.15 0.04
525_L 53_F 0.64 0.15 0.04
694_Y 5_A 0.64 0.14 0.04
231_K 85_V 0.64 0.14 0.04
667_V 157_K 0.64 0.14 0.04
254_P 104_A 0.64 0.14 0.04
741_L 88_K 0.64 0.14 0.04
85_A 122_R 0.64 0.14 0.04
108_G 38_I 0.64 0.14 0.04
289_L 64_P 0.64 0.14 0.04
525_L 179_N 0.64 0.14 0.04
153_V 88_K 0.63 0.14 0.04
63_Y 67_V 0.63 0.14 0.04
156_L 57_Q 0.63 0.14 0.04
690_K 44_G 0.63 0.14 0.04
350_V 123_L 0.63 0.14 0.04
234_V 57_Q 0.63 0.14 0.04
247_H 62_E 0.63 0.14 0.04
340_D 166_R 0.63 0.14 0.04
126_K 62_E 0.63 0.14 0.04
719_L 121_H 0.63 0.14 0.04
652_H 157_K 0.63 0.14 0.04
623_Y 25_M 0.63 0.14 0.04
529_L 174_K 0.63 0.14 0.04
661_L 18_A 0.63 0.14 0.04
213_D 59_L 0.63 0.14 0.04
277_E 141_T 0.63 0.14 0.04
654_E 45_E 0.63 0.14 0.04
654_E 46_Y 0.63 0.14 0.04
615_P 154_K 0.62 0.14 0.04
133_E 134_T 0.62 0.14 0.04
245_K 14_V 0.62 0.14 0.04
743_K 178_L 0.62 0.14 0.04
277_E 62_E 0.62 0.14 0.04
99_L 146_E 0.62 0.14 0.04
508_A 15_G 0.62 0.14 0.04
122_D 80_D 0.62 0.14 0.04
520_W 54_R 0.62 0.14 0.04
56_H 6_M 0.62 0.14 0.04
303_K 157_K 0.62 0.13 0.04
80_P 112_Y 0.62 0.13 0.04
266_H 62_E 0.61 0.13 0.04
363_F 46_Y 0.61 0.13 0.04
669_L 130_A 0.61 0.13 0.04
242_A 156_L 0.61 0.13 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0417 seconds.