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OPENSEQ.org
Flipflha_cj
Genes: A B A+B
Length: 233 300 493
Sequences: 1397 1242 899
Seq/Len: 6 4.14 1.82
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.01
2 0.00 0.01 0.03
5 0.00 0.01 1.23
10 0.00 0.01 1.49
20 0.01 0.01 1.69
100 0.01 0.02 1.92
∞ 0.08 0.08 2.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
179_Q 16_I 1.64 0.94 0.66
57_V 54_S 1.28 0.77 0.34
228_V 21_V 1.27 0.76 0.34
124_D 169_D 1.25 0.75 0.32
33_V 239_I 1.23 0.73 0.30
161_A 169_D 1.21 0.71 0.29
194_A 29_V 1.21 0.71 0.28
204_M 73_I 1.21 0.71 0.28
201_P 170_E 1.21 0.71 0.28
198_M 135_K 1.20 0.70 0.27
198_M 180_V 1.19 0.69 0.27
68_T 109_F 1.18 0.68 0.26
76_I 20_L 1.16 0.66 0.24
204_M 257_A 1.13 0.63 0.22
85_T 171_Q 1.12 0.63 0.22
95_K 54_S 1.12 0.62 0.22
211_L 279_L 1.11 0.62 0.21
198_M 54_S 1.11 0.62 0.21
213_I 271_A 1.11 0.61 0.21
48_V 73_I 1.09 0.60 0.20
191_V 231_A 1.08 0.58 0.19
167_L 43_S 1.08 0.58 0.19
177_I 288_V 1.07 0.57 0.18
128_K 64_T 1.06 0.56 0.18
212_L 140_V 1.05 0.56 0.17
182_L 52_L 1.04 0.53 0.16
92_V 19_F 1.03 0.52 0.16
194_A 180_V 1.02 0.52 0.16
64_Q 129_N 1.02 0.52 0.16
159_V 289_G 1.02 0.52 0.15
56_I 210_I 1.01 0.51 0.15
212_L 238_T 1.01 0.50 0.15
95_K 79_S 1.01 0.50 0.15
203_T 205_I 1.00 0.50 0.14
57_V 76_F 1.00 0.50 0.14
118_G 286_L 1.00 0.50 0.14
168_K 117_I 1.00 0.49 0.14
116_I 38_F 0.98 0.47 0.13
86_F 235_T 0.98 0.47 0.13
225_Q 158_A 0.97 0.47 0.13
79_T 251_I 0.97 0.46 0.13
122_F 39_F 0.97 0.46 0.13
40_A 202_V 0.97 0.46 0.13
225_Q 129_N 0.97 0.46 0.13
207_L 242_G 0.96 0.45 0.12
178_Y 205_I 0.96 0.45 0.12
205_I 259_I 0.95 0.45 0.12
44_S 294_I 0.95 0.44 0.12
203_T 52_L 0.95 0.44 0.12
193_M 140_V 0.94 0.43 0.12
203_T 63_L 0.94 0.43 0.11
177_I 201_A 0.93 0.42 0.11
217_V 24_L 0.93 0.42 0.11
122_F 172_T 0.93 0.42 0.11
193_M 158_A 0.93 0.42 0.11
163_M 256_T 0.92 0.41 0.11
170_A 87_M 0.92 0.41 0.10
221_N 120_I 0.92 0.41 0.10
201_P 133_V 0.91 0.40 0.10
205_I 144_Q 0.91 0.40 0.10
108_K 14_L 0.91 0.40 0.10
195_M 110_V 0.91 0.40 0.10
157_V 127_L 0.90 0.39 0.10
77_L 205_I 0.90 0.39 0.10
201_P 263_A 0.90 0.39 0.10
123_K 213_I 0.90 0.39 0.10
216_L 92_G 0.90 0.39 0.10
45_I 27_I 0.89 0.38 0.09
195_M 205_I 0.89 0.38 0.09
157_V 205_I 0.89 0.38 0.09
57_V 49_L 0.89 0.38 0.09
70_S 262_R 0.89 0.37 0.09
209_F 84_T 0.89 0.37 0.09
123_K 12_K 0.88 0.37 0.09
205_I 54_S 0.88 0.37 0.09
33_V 44_I 0.88 0.37 0.09
156_T 220_S 0.88 0.36 0.09
198_M 129_N 0.88 0.36 0.09
161_A 39_F 0.88 0.36 0.09
36_L 257_A 0.88 0.36 0.09
190_S 141_S 0.87 0.36 0.09
182_L 172_T 0.87 0.36 0.09
115_F 253_S 0.87 0.36 0.09
167_L 197_I 0.87 0.36 0.09
89_M 66_F 0.87 0.36 0.09
27_V 11_A 0.87 0.36 0.09
37_T 186_F 0.87 0.35 0.08
120_K 226_A 0.86 0.35 0.08
177_I 41_A 0.86 0.35 0.08
95_K 234_Y 0.86 0.35 0.08
61_F 60_P 0.86 0.35 0.08
57_V 227_L 0.86 0.35 0.08
37_T 68_T 0.86 0.34 0.08
68_T 295_F 0.86 0.34 0.08
158_L 284_T 0.86 0.34 0.08
177_I 28_I 0.86 0.34 0.08
88_I 178_Q 0.86 0.34 0.08
63_R 63_L 0.85 0.34 0.08
103_P 186_F 0.85 0.34 0.08
223_L 271_A 0.84 0.33 0.08
61_F 170_E 0.84 0.33 0.08
191_V 112_G 0.84 0.33 0.07
62_L 113_G 0.84 0.33 0.07
189_S 84_T 0.84 0.32 0.07
152_D 15_T 0.83 0.32 0.07
204_M 263_A 0.83 0.32 0.07
71_M 298_V 0.83 0.32 0.07
120_K 49_L 0.83 0.32 0.07
107_E 125_L 0.83 0.32 0.07
48_V 70_I 0.83 0.32 0.07
187_V 171_Q 0.83 0.32 0.07
98_N 38_F 0.83 0.32 0.07
191_V 181_I 0.82 0.31 0.07
229_E 88_I 0.82 0.31 0.07
37_T 164_N 0.82 0.31 0.07
38_I 69_L 0.82 0.31 0.07
205_I 180_V 0.82 0.31 0.07
36_L 252_T 0.82 0.31 0.07
32_I 265_K 0.82 0.31 0.07
110_G 221_F 0.81 0.30 0.07
69_Q 198_K 0.81 0.30 0.07
73_P 227_L 0.81 0.30 0.07
62_L 93_Q 0.81 0.30 0.07
70_S 204_G 0.81 0.30 0.07
194_A 109_F 0.81 0.30 0.07
57_V 18_G 0.81 0.30 0.06
33_V 163_L 0.81 0.30 0.06
179_Q 152_M 0.81 0.30 0.06
124_D 226_A 0.81 0.30 0.06
126_M 186_F 0.80 0.29 0.06
36_L 111_V 0.80 0.29 0.06
180_P 134_T 0.80 0.29 0.06
167_L 190_M 0.80 0.29 0.06
187_V 52_L 0.80 0.29 0.06
198_M 20_L 0.79 0.29 0.06
104_Y 117_I 0.79 0.28 0.06
186_M 299_P 0.79 0.28 0.06
105_L 68_T 0.79 0.28 0.06
200_L 158_A 0.79 0.28 0.06
106_S 272_E 0.79 0.28 0.06
56_I 294_I 0.79 0.28 0.06
117_K 232_S 0.79 0.28 0.06
157_V 292_L 0.79 0.28 0.06
193_M 16_I 0.78 0.28 0.06
81_A 59_K 0.78 0.28 0.06
54_R 114_N 0.78 0.27 0.06
103_P 164_N 0.78 0.27 0.06
48_V 38_F 0.78 0.27 0.06
62_L 99_V 0.78 0.27 0.06
69_Q 73_I 0.78 0.27 0.06
106_S 171_Q 0.78 0.27 0.06
34_I 210_I 0.78 0.27 0.06
117_K 255_A 0.77 0.27 0.06
64_Q 82_I 0.77 0.27 0.06
47_F 16_I 0.77 0.27 0.06
183_V 119_V 0.77 0.27 0.06
29_T 277_Q 0.77 0.27 0.06
159_V 137_S 0.77 0.27 0.06
59_F 121_V 0.77 0.26 0.05
80_L 111_V 0.77 0.26 0.05
151_D 62_D 0.77 0.26 0.05
215_V 78_L 0.77 0.26 0.05
178_Y 287_I 0.76 0.26 0.05
44_S 256_T 0.76 0.26 0.05
115_F 103_I 0.76 0.26 0.05
162_F 284_T 0.76 0.26 0.05
187_V 239_I 0.76 0.26 0.05
73_P 116_V 0.76 0.26 0.05
151_D 34_P 0.76 0.26 0.05
175_F 201_A 0.76 0.26 0.05
157_V 14_L 0.76 0.26 0.05
211_L 169_D 0.76 0.26 0.05
161_A 298_V 0.76 0.26 0.05
151_D 38_F 0.76 0.25 0.05
189_S 247_I 0.76 0.25 0.05
42_A 263_A 0.76 0.25 0.05
212_L 148_T 0.75 0.25 0.05
36_L 25_A 0.75 0.25 0.05
162_F 119_V 0.75 0.25 0.05
128_K 251_I 0.75 0.25 0.05
138_F 227_L 0.75 0.25 0.05
69_Q 41_A 0.75 0.25 0.05
79_T 277_Q 0.75 0.25 0.05
180_P 86_R 0.75 0.25 0.05
168_K 41_A 0.75 0.25 0.05
201_P 25_A 0.74 0.24 0.05
54_R 126_V 0.74 0.24 0.05
30_L 73_I 0.74 0.24 0.05
187_V 22_C 0.74 0.24 0.05
65_A 51_I 0.74 0.24 0.05
173_I 209_I 0.74 0.24 0.05
216_L 135_K 0.74 0.24 0.05
123_K 300_G 0.74 0.24 0.05
142_R 51_I 0.74 0.24 0.05
206_S 261_T 0.74 0.24 0.05
178_Y 127_L 0.74 0.24 0.05
200_L 135_K 0.74 0.24 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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