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OPENSEQ.org
Exo70 and Arpc1b
Genes: A B A+B
Length: 735 372 984
Sequences: 350 17458 51
Seq/Len: 0.48 46.93 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.60
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.04 0.00
2 0.03 0.05 0.00
5 0.03 0.06 0.01
10 0.03 0.08 0.03
20 0.03 0.10 0.05
100 0.03 0.22 0.13
∞ 0.03 0.28 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
552_V 106_P 1.55 0.14 0.00
78_E 226_V 1.51 0.14 0.00
48_S 55_V 1.43 0.12 0.00
699_F 79_W 1.39 0.11 0.00
219_Y 261_A 1.37 0.11 0.00
361_T 358_D 1.34 0.11 0.00
665_E 84_R 1.33 0.10 0.00
503_T 25_I 1.30 0.10 0.00
79_K 112_A 1.30 0.10 0.00
506_A 34_I 1.28 0.10 0.00
663_L 332_I 1.24 0.09 0.00
545_L 205_V 1.22 0.09 0.00
157_L 231_A 1.21 0.09 0.00
231_I 50_E 1.21 0.09 0.00
591_S 148_L 1.21 0.09 0.00
681_R 351_D 1.21 0.09 0.00
663_L 334_V 1.21 0.09 0.00
36_D 205_V 1.21 0.09 0.00
545_L 160_G 1.20 0.09 0.00
50_E 333_S 1.18 0.08 0.00
650_Q 148_L 1.18 0.08 0.00
219_Y 347_T 1.16 0.08 0.00
119_I 170_S 1.16 0.08 0.00
681_R 58_I 1.14 0.08 0.00
447_D 101_C 1.14 0.08 0.00
219_Y 351_D 1.14 0.08 0.00
219_Y 264_D 1.13 0.08 0.00
579_N 351_D 1.13 0.08 0.00
497_G 272_Y 1.13 0.08 0.00
613_E 164_F 1.13 0.08 0.00
559_N 34_I 1.13 0.08 0.00
158_M 29_N 1.12 0.07 0.00
544_L 254_T 1.11 0.07 0.00
32_L 32_V 1.10 0.07 0.00
67_T 107_N 1.10 0.07 0.00
64_H 120_I 1.10 0.07 0.00
654_E 32_V 1.10 0.07 0.00
662_G 34_I 1.08 0.07 0.00
665_E 122_I 1.07 0.07 0.00
101_I 223_D 1.07 0.07 0.00
234_L 79_W 1.07 0.07 0.00
73_L 55_V 1.06 0.07 0.00
118_K 51_H 1.06 0.07 0.00
514_L 106_P 1.06 0.07 0.00
712_P 357_W 1.06 0.07 0.00
719_G 35_Y 1.05 0.07 0.00
60_I 347_T 1.05 0.07 0.00
154_F 231_A 1.04 0.07 0.00
575_I 252_F 1.04 0.07 0.00
432_V 160_G 1.04 0.07 0.00
420_A 32_V 1.04 0.07 0.00
122_A 34_I 1.04 0.07 0.00
503_T 160_G 1.04 0.07 0.00
199_V 348_T 1.03 0.07 0.00
150_L 357_W 1.03 0.07 0.00
231_I 79_W 1.03 0.07 0.00
729_R 347_T 1.03 0.07 0.00
142_L 250_L 1.02 0.07 0.00
576_F 351_D 1.02 0.07 0.00
655_R 218_A 1.02 0.06 0.00
563_K 14_H 1.01 0.06 0.00
381_L 79_W 1.01 0.06 0.00
730_L 252_F 1.01 0.06 0.00
727_I 345_F 1.01 0.06 0.00
12_R 180_P 1.01 0.06 0.00
584_I 259_V 1.01 0.06 0.00
571_A 108_E 1.00 0.06 0.00
404_D 99_A 1.00 0.06 0.00
402_A 247_L 1.00 0.06 0.00
122_A 126_E 1.00 0.06 0.00
98_E 95_I 1.00 0.06 0.00
503_T 198_S 1.00 0.06 0.00
596_L 170_S 0.99 0.06 0.00
87_V 220_V 0.99 0.06 0.00
219_Y 58_I 0.99 0.06 0.00
674_A 70_C 0.99 0.06 0.00
112_Y 67_I 0.99 0.06 0.00
53_L 325_H 0.98 0.06 0.00
663_L 220_V 0.98 0.06 0.00
692_V 11_I 0.98 0.06 0.00
399_I 226_V 0.97 0.06 0.00
218_V 160_G 0.97 0.06 0.00
10_R 278_M 0.97 0.06 0.00
613_E 70_C 0.97 0.06 0.00
721_E 332_I 0.97 0.06 0.00
100_I 348_T 0.97 0.06 0.00
696_Y 163_D 0.97 0.06 0.00
515_D 34_I 0.96 0.06 0.00
597_V 220_V 0.96 0.06 0.00
702_K 11_I 0.96 0.06 0.00
48_S 99_A 0.96 0.06 0.00
476_L 55_V 0.96 0.06 0.00
586_K 160_G 0.96 0.06 0.00
578_H 94_R 0.96 0.06 0.00
712_P 111_F 0.96 0.06 0.00
481_D 237_V 0.95 0.06 0.00
577_L 274_A 0.95 0.06 0.00
674_A 50_E 0.95 0.06 0.00
591_S 37_K 0.95 0.06 0.00
204_R 58_I 0.95 0.06 0.00
621_R 11_I 0.95 0.06 0.00
391_Q 220_V 0.95 0.06 0.00
684_I 25_I 0.95 0.06 0.00
187_T 243_E 0.94 0.06 0.00
24_T 354_M 0.94 0.06 0.00
687_A 34_I 0.94 0.06 0.00
139_V 27_P 0.94 0.06 0.00
735_A 180_P 0.93 0.06 0.00
494_P 217_V 0.93 0.06 0.00
579_N 264_D 0.93 0.06 0.00
659_F 357_W 0.93 0.06 0.00
42_M 106_P 0.93 0.06 0.00
73_L 67_I 0.93 0.06 0.00
664_E 51_H 0.93 0.06 0.00
177_D 177_E 0.93 0.06 0.00
576_F 73_D 0.93 0.06 0.00
57_E 49_K 0.92 0.06 0.00
641_G 348_T 0.92 0.06 0.00
531_S 259_V 0.92 0.06 0.00
613_E 160_G 0.92 0.06 0.00
478_D 92_I 0.92 0.06 0.00
502_L 325_H 0.92 0.06 0.00
544_L 230_D 0.91 0.05 0.00
681_R 62_P 0.91 0.05 0.00
44_S 126_E 0.91 0.05 0.00
395_F 259_V 0.91 0.05 0.00
692_V 152_P 0.91 0.05 0.00
60_I 96_N 0.91 0.05 0.00
562_S 102_V 0.91 0.05 0.00
395_F 84_R 0.91 0.05 0.00
515_D 125_F 0.91 0.05 0.00
684_I 106_P 0.91 0.05 0.00
65_K 111_F 0.90 0.05 0.00
103_E 348_T 0.90 0.05 0.00
618_T 271_T 0.90 0.05 0.00
506_A 332_I 0.90 0.05 0.00
429_V 26_C 0.90 0.05 0.00
548_Y 102_V 0.90 0.05 0.00
516_F 163_D 0.90 0.05 0.00
563_K 197_E 0.90 0.05 0.00
715_Y 35_Y 0.89 0.05 0.00
470_T 251_T 0.89 0.05 0.00
86_H 226_V 0.89 0.05 0.00
495_K 329_V 0.89 0.05 0.00
502_L 155_V 0.89 0.05 0.00
712_P 252_F 0.89 0.05 0.00
79_K 120_I 0.89 0.05 0.00
44_S 274_A 0.89 0.05 0.00
621_R 231_A 0.89 0.05 0.00
510_L 117_S 0.89 0.05 0.00
728_D 55_V 0.89 0.05 0.00
216_M 3_Y 0.88 0.05 0.00
699_F 51_H 0.88 0.05 0.00
78_E 120_I 0.88 0.05 0.00
154_F 212_A 0.88 0.05 0.00
535_S 240_L 0.88 0.05 0.00
35_S 149_D 0.88 0.05 0.00
577_L 126_E 0.88 0.05 0.00
439_L 10_P 0.88 0.05 0.00
583_Y 34_I 0.88 0.05 0.00
38_L 99_A 0.88 0.05 0.00
286_G 190_P 0.88 0.05 0.00
101_I 211_S 0.88 0.05 0.00
64_H 59_D 0.88 0.05 0.00
406_L 217_V 0.88 0.05 0.00
560_L 232_D 0.88 0.05 0.00
691_I 96_N 0.87 0.05 0.00
728_D 26_C 0.87 0.05 0.00
496_D 205_V 0.87 0.05 0.00
660_N 32_V 0.87 0.05 0.00
730_L 115_S 0.87 0.05 0.00
487_P 232_D 0.87 0.05 0.00
85_D 32_V 0.87 0.05 0.00
38_L 329_V 0.87 0.05 0.00
427_S 219_W 0.87 0.05 0.00
167_P 79_W 0.87 0.05 0.00
199_V 15_A 0.87 0.05 0.00
671_K 205_V 0.87 0.05 0.00
80_T 115_S 0.87 0.05 0.00
84_L 87_K 0.87 0.05 0.00
181_E 278_M 0.87 0.05 0.00
717_K 34_I 0.87 0.05 0.00
356_M 113_V 0.86 0.05 0.00
11_R 180_P 0.86 0.05 0.00
721_E 53_G 0.86 0.05 0.00
231_I 264_D 0.86 0.05 0.00
723_V 240_L 0.86 0.05 0.00
80_T 160_G 0.86 0.05 0.00
596_L 159_A 0.86 0.05 0.00
731_F 264_D 0.86 0.05 0.00
222_I 157_L 0.86 0.05 0.00
681_R 73_D 0.86 0.05 0.00
506_A 78_V 0.86 0.05 0.00
572_L 34_I 0.86 0.05 0.00
722_Q 71_G 0.86 0.05 0.00
699_F 69_T 0.86 0.05 0.00
655_R 345_F 0.86 0.05 0.00
423_R 111_F 0.86 0.05 0.00
730_L 59_D 0.85 0.05 0.00
597_V 67_I 0.85 0.05 0.00
734_S 323_S 0.85 0.05 0.00
220_Y 68_V 0.85 0.05 0.00
178_D 135_K 0.85 0.05 0.00
95_S 24_A 0.85 0.05 0.00
515_D 111_F 0.85 0.05 0.00
731_F 117_S 0.85 0.05 0.00
579_N 58_I 0.85 0.05 0.00
684_I 37_K 0.85 0.05 0.00
680_Q 29_N 0.85 0.05 0.00
619_Y 351_D 0.85 0.05 0.00
102_R 333_S 0.85 0.05 0.00
569_D 62_P 0.85 0.05 0.00
543_R 70_C 0.85 0.05 0.00
589_E 71_G 0.85 0.05 0.00
664_E 356_I 0.85 0.05 0.00
101_I 353_G 0.84 0.05 0.00
703_F 227_C 0.84 0.05 0.00
258_K 120_I 0.84 0.05 0.00
702_K 99_A 0.84 0.05 0.00
663_L 29_N 0.84 0.05 0.00
219_Y 55_V 0.84 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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