May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ftsi-ftsw
Genes: A B A+B
Length: 588 414 913
Sequences: 6067 3083 1395
Seq/Len: 10.32 7.45 1.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.00 0.31
2 0.06 0.00 0.34
5 0.06 0.00 1.30
10 0.07 0.01 1.37
20 0.07 0.01 1.39
100 0.10 0.04 1.57
∞ 0.24 0.14 1.94
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
39_L 313_V 2.19 0.99 0.97
45_L 271_F 1.66 0.93 0.82
47_V 309_Y 1.60 0.91 0.79
38_L 360_V 1.58 0.90 0.78
42_V 312_V 1.48 0.85 0.70
43_A 309_Y 1.45 0.84 0.67
47_V 276_L 1.21 0.66 0.44
417_F 88_Y 1.16 0.61 0.38
376_L 382_S 1.12 0.57 0.34
38_L 366_M 1.11 0.56 0.33
244_V 276_L 1.09 0.54 0.31
219_E 369_T 1.08 0.53 0.31
523_Q 107_W 1.08 0.53 0.31
203_Q 91_L 1.07 0.52 0.30
37_F 366_M 1.05 0.50 0.28
42_V 300_F 1.05 0.50 0.27
39_L 316_L 1.04 0.49 0.27
319_Q 382_S 1.02 0.47 0.25
399_G 365_G 1.01 0.46 0.24
272_V 357_L 1.01 0.46 0.24
545_V 56_A 1.01 0.46 0.24
516_A 149_A 1.00 0.45 0.23
38_L 357_L 1.00 0.45 0.23
279_P 253_P 1.00 0.44 0.23
237_D 292_P 0.99 0.44 0.22
74_I 153_K 0.99 0.43 0.22
361_N 263_Q 0.97 0.41 0.21
192_V 117_G 0.97 0.41 0.21
266_D 116_L 0.96 0.41 0.20
272_V 123_M 0.96 0.41 0.20
449_V 107_W 0.96 0.40 0.20
419_Y 372_L 0.95 0.40 0.19
312_M 352_F 0.95 0.40 0.19
317_A 92_A 0.95 0.39 0.19
435_I 382_S 0.94 0.39 0.19
299_I 144_L 0.94 0.39 0.18
419_Y 273_R 0.94 0.39 0.18
45_L 186_L 0.94 0.39 0.18
399_G 199_G 0.94 0.39 0.18
420_G 373_T 0.93 0.38 0.18
45_L 284_S 0.93 0.38 0.18
227_Q 227_G 0.92 0.37 0.17
41_R 364_A 0.92 0.37 0.17
34_A 357_L 0.92 0.36 0.17
60_R 266_Q 0.91 0.36 0.16
192_V 146_I 0.91 0.36 0.16
236_I 93_F 0.91 0.36 0.16
351_T 90_I 0.91 0.35 0.16
35_L 320_F 0.90 0.35 0.16
319_Q 111_S 0.90 0.35 0.16
348_S 149_A 0.89 0.34 0.15
360_S 370_K 0.88 0.33 0.14
192_V 357_L 0.88 0.33 0.14
148_A 266_Q 0.88 0.33 0.14
372_P 326_A 0.88 0.32 0.14
312_M 364_A 0.87 0.32 0.14
33_L 300_F 0.87 0.32 0.14
258_E 262_Y 0.85 0.31 0.13
277_N 85_D 0.85 0.30 0.12
36_A 97_I 0.85 0.30 0.12
38_L 364_A 0.84 0.30 0.12
246_R 217_A 0.84 0.29 0.12
531_V 190_V 0.84 0.29 0.12
247_E 393_M 0.83 0.29 0.12
356_L 139_I 0.83 0.29 0.12
266_D 348_I 0.83 0.28 0.11
46_Q 216_G 0.83 0.28 0.11
422_M 376_L 0.83 0.28 0.11
521_A 276_L 0.83 0.28 0.11
449_V 146_I 0.82 0.28 0.11
438_Y 120_I 0.82 0.28 0.11
246_R 348_I 0.82 0.28 0.11
192_V 180_K 0.82 0.28 0.11
488_G 59_G 0.82 0.28 0.11
210_R 373_T 0.82 0.27 0.11
408_S 146_I 0.82 0.27 0.11
50_P 309_Y 0.81 0.27 0.11
81_P 161_A 0.81 0.27 0.10
419_Y 338_H 0.81 0.27 0.10
313_V 355_Q 0.81 0.26 0.10
137_I 98_I 0.80 0.26 0.10
236_I 277_W 0.80 0.26 0.10
383_F 374_L 0.80 0.26 0.10
283_P 199_G 0.80 0.26 0.10
126_A 61_I 0.80 0.26 0.10
201_T 139_I 0.80 0.26 0.10
231_N 265_T 0.80 0.26 0.10
192_V 163_Y 0.79 0.26 0.10
331_T 288_L 0.79 0.25 0.10
268_N 80_F 0.79 0.25 0.10
363_G 243_R 0.79 0.25 0.10
360_S 291_L 0.79 0.25 0.09
160_H 376_L 0.79 0.25 0.09
367_L 250_F 0.79 0.25 0.09
530_V 360_V 0.79 0.25 0.09
36_A 57_A 0.79 0.25 0.09
465_R 87_V 0.78 0.25 0.09
286_L 296_T 0.78 0.25 0.09
513_A 152_T 0.78 0.24 0.09
66_Q 385_L 0.78 0.24 0.09
361_N 282_G 0.78 0.24 0.09
446_I 211_M 0.78 0.24 0.09
228_A 187_V 0.78 0.24 0.09
498_A 148_P 0.78 0.24 0.09
535_P 287_K 0.78 0.24 0.09
52_M 139_I 0.78 0.24 0.09
412_R 398_D 0.78 0.24 0.09
495_T 338_H 0.78 0.24 0.09
314_V 212_L 0.77 0.24 0.09
446_I 206_V 0.77 0.24 0.09
299_I 340_F 0.77 0.24 0.09
263_V 141_L 0.77 0.24 0.09
114_A 383_S 0.77 0.24 0.09
179_I 382_S 0.77 0.23 0.08
350_L 296_T 0.77 0.23 0.08
371_M 343_F 0.77 0.23 0.08
314_V 300_F 0.77 0.23 0.08
146_D 111_S 0.76 0.23 0.08
39_L 314_L 0.76 0.23 0.08
535_P 282_G 0.76 0.23 0.08
469_H 205_F 0.76 0.23 0.08
41_R 345_A 0.76 0.23 0.08
465_R 155_S 0.76 0.23 0.08
205_G 149_A 0.76 0.23 0.08
199_W 190_V 0.76 0.23 0.08
419_Y 85_D 0.76 0.23 0.08
299_I 218_K 0.75 0.22 0.08
166_R 383_S 0.75 0.22 0.08
514_Y 319_V 0.75 0.22 0.08
526_F 124_I 0.75 0.22 0.08
449_V 93_F 0.75 0.22 0.08
282_N 132_V 0.75 0.22 0.08
194_K 360_V 0.75 0.22 0.08
551_G 315_A 0.75 0.22 0.08
40_G 397_I 0.75 0.22 0.08
32_L 317_L 0.75 0.22 0.08
38_L 316_L 0.75 0.22 0.08
228_A 202_V 0.75 0.22 0.08
127_R 109_R 0.75 0.22 0.08
473_S 121_L 0.75 0.22 0.08
116_A 117_G 0.74 0.22 0.07
45_L 367_L 0.74 0.22 0.07
97_E 303_I 0.74 0.22 0.07
139_L 226_I 0.74 0.22 0.07
47_V 299_I 0.74 0.22 0.07
182_T 372_L 0.74 0.22 0.07
486_I 281_L 0.74 0.22 0.07
416_S 141_L 0.74 0.22 0.07
383_F 91_L 0.74 0.22 0.07
244_V 201_V 0.74 0.22 0.07
363_G 63_V 0.74 0.21 0.07
80_R 314_L 0.74 0.21 0.07
151_I 314_L 0.74 0.21 0.07
173_E 163_Y 0.74 0.21 0.07
33_L 141_L 0.74 0.21 0.07
198_K 212_L 0.74 0.21 0.07
34_A 226_I 0.74 0.21 0.07
286_L 199_G 0.74 0.21 0.07
550_F 115_L 0.74 0.21 0.07
51_D 361_G 0.74 0.21 0.07
561_M 223_I 0.74 0.21 0.07
386_G 199_G 0.74 0.21 0.07
58_D 340_F 0.73 0.21 0.07
159_I 58_I 0.73 0.21 0.07
519_A 293_E 0.73 0.21 0.07
31_I 353_S 0.73 0.21 0.07
369_L 294_A 0.73 0.21 0.07
81_P 303_I 0.73 0.21 0.07
376_L 372_L 0.73 0.20 0.07
37_F 367_L 0.73 0.20 0.07
46_Q 304_G 0.73 0.20 0.07
429_A 393_M 0.72 0.20 0.07
479_G 261_G 0.72 0.20 0.07
555_G 391_I 0.72 0.20 0.07
550_F 197_D 0.72 0.20 0.07
242_A 372_L 0.72 0.20 0.07
32_L 48_L 0.72 0.20 0.07
42_V 309_Y 0.72 0.20 0.07
65_Q 360_V 0.72 0.20 0.07
415_F 385_L 0.72 0.20 0.07
232_L 139_I 0.72 0.20 0.07
40_G 57_A 0.72 0.20 0.07
33_L 223_I 0.72 0.20 0.07
347_Y 363_A 0.72 0.20 0.07
61_S 369_T 0.72 0.20 0.07
269_T 212_L 0.71 0.20 0.06
499_K 84_R 0.71 0.20 0.06
550_F 291_L 0.71 0.20 0.06
350_L 370_K 0.71 0.20 0.06
381_S 107_W 0.71 0.20 0.06
73_M 303_I 0.71 0.20 0.06
355_V 336_I 0.71 0.20 0.06
550_F 301_A 0.71 0.19 0.06
343_D 68_M 0.71 0.19 0.06
530_V 212_L 0.71 0.19 0.06
283_P 197_D 0.71 0.19 0.06
90_A 391_I 0.71 0.19 0.06
27_L 207_T 0.71 0.19 0.06
159_I 252_N 0.71 0.19 0.06
446_I 109_R 0.70 0.19 0.06
532_I 79_F 0.70 0.19 0.06
57_G 286_Q 0.70 0.19 0.06
38_L 361_G 0.70 0.19 0.06
83_A 355_Q 0.70 0.19 0.06
114_A 198_L 0.70 0.19 0.06
385_L 379_Y 0.70 0.19 0.06
342_K 337_D 0.70 0.19 0.06
69_T 218_K 0.70 0.19 0.06
376_L 344_L 0.70 0.19 0.06
314_V 115_L 0.70 0.19 0.06
170_P 55_L 0.70 0.19 0.06
499_K 363_A 0.70 0.19 0.06
124_L 358_V 0.70 0.19 0.06
330_N 156_L 0.70 0.19 0.06
203_Q 186_L 0.69 0.18 0.06
435_I 244_I 0.69 0.18 0.06
42_V 360_V 0.69 0.18 0.06
199_W 227_G 0.69 0.18 0.06
137_I 361_G 0.69 0.18 0.06
120_P 145_R 0.69 0.18 0.06
415_F 295_H 0.69 0.18 0.06
234_L 138_W 0.69 0.18 0.06
387_K 219_L 0.69 0.18 0.06
419_Y 373_T 0.69 0.18 0.06
115_N 225_I 0.69 0.18 0.06
53_L 272_G 0.69 0.18 0.06
390_N 341_S 0.69 0.18 0.06
37_F 228_M 0.69 0.18 0.06
471_M 104_M 0.69 0.18 0.06
139_L 58_I 0.69 0.18 0.06
393_L 251_W 0.69 0.18 0.06
236_I 84_R 0.69 0.18 0.06
525_R 323_A 0.69 0.18 0.06
231_N 397_I 0.69 0.18 0.06
33_L 389_T 0.68 0.18 0.06
528_L 224_A 0.68 0.18 0.05
341_I 159_Y 0.68 0.18 0.05
83_A 48_L 0.68 0.18 0.05
530_V 200_T 0.68 0.18 0.05
52_M 178_F 0.68 0.18 0.05
533_N 266_Q 0.68 0.18 0.05
378_D 310_V 0.68 0.18 0.05
127_R 309_Y 0.68 0.18 0.05
343_D 291_L 0.68 0.18 0.05
372_P 349_G 0.68 0.17 0.05
267_V 64_T 0.68 0.17 0.05
304_E 243_R 0.68 0.17 0.05
84_V 397_I 0.68 0.17 0.05
532_I 151_L 0.68 0.17 0.05
198_K 179_L 0.68 0.17 0.05
531_V 277_W 0.68 0.17 0.05
150_Y 77_D 0.68 0.17 0.05
546_S 251_W 0.68 0.17 0.05
506_R 195_Q 0.68 0.17 0.05
76_D 337_D 0.68 0.17 0.05
461_E 187_V 0.68 0.17 0.05
491_I 141_L 0.68 0.17 0.05
526_F 364_A 0.68 0.17 0.05
399_G 243_R 0.68 0.17 0.05
45_L 58_I 0.68 0.17 0.05
331_T 369_T 0.67 0.17 0.05
528_L 245_R 0.67 0.17 0.05
268_N 139_I 0.67 0.17 0.05
499_K 373_T 0.67 0.17 0.05
93_A 199_G 0.67 0.17 0.05
553_I 102_L 0.67 0.17 0.05
514_Y 362_A 0.67 0.17 0.05
473_S 385_L 0.67 0.17 0.05
88_V 103_P 0.67 0.17 0.05
144_N 49_L 0.67 0.17 0.05
321_G 352_F 0.67 0.17 0.05
312_M 71_G 0.67 0.17 0.05
376_L 211_M 0.67 0.17 0.05
569_T 316_L 0.67 0.17 0.05
446_I 255_E 0.67 0.17 0.05
527_A 296_T 0.67 0.17 0.05
296_N 104_M 0.67 0.17 0.05
254_F 226_I 0.67 0.17 0.05
355_V 271_F 0.67 0.17 0.05
479_G 266_Q 0.67 0.17 0.05
139_L 231_S 0.67 0.17 0.05
272_V 54_G 0.67 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12988 1.53 FtsW PBP3 Complex Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done - Shared
10910 2.08 FTSW vs PBP3 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.71 Done
6907 1.53 ftsi-ftsw Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done
3872 3.53 FTSW_PBP3 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
Page generated in 0.1109 seconds.