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OPENSEQ.org
ftsx-envc
Genes: A B A+B
Length: 352 419 680
Sequences: 1962 1840 463
Seq/Len: 5.57 4.39 0.68
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.51
2 0.00 0.01 0.55
5 0.01 0.01 0.58
10 0.01 0.01 0.59
20 0.01 0.01 0.60
100 0.01 0.01 0.68
∞ 0.01 0.01 1.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_P 125_F 1.88 0.87 0.21
227_M 306_T 1.74 0.81 0.15
148_A 125_F 1.74 0.81 0.15
114_Y 146_Q 1.62 0.74 0.11
142_Y 294_P 1.46 0.63 0.07
214_L 384_Q 1.35 0.53 0.05
127_V 335_A 1.33 0.52 0.05
227_M 412_N 1.33 0.52 0.04
327_L 210_K 1.31 0.50 0.04
167_E 118_A 1.27 0.47 0.04
344_Q 204_A 1.25 0.45 0.04
202_D 126_R 1.24 0.44 0.03
74_T 304_G 1.22 0.43 0.03
264_T 159_R 1.22 0.43 0.03
87_L 173_V 1.21 0.42 0.03
282_S 193_E 1.19 0.41 0.03
267_F 402_F 1.19 0.40 0.03
267_F 358_H 1.18 0.39 0.03
273_L 236_L 1.17 0.39 0.03
174_A 387_A 1.14 0.37 0.02
167_E 105_K 1.14 0.36 0.02
117_K 122_D 1.13 0.36 0.02
146_E 71_Q 1.13 0.35 0.02
257_V 324_V 1.12 0.35 0.02
143_L 125_F 1.12 0.35 0.02
98_V 205_L 1.12 0.35 0.02
258_Q 401_Y 1.10 0.34 0.02
267_F 341_V 1.10 0.34 0.02
235_A 123_A 1.10 0.33 0.02
298_L 310_Y 1.09 0.33 0.02
295_V 159_R 1.09 0.33 0.02
334_G 159_R 1.09 0.33 0.02
139_K 55_R 1.09 0.33 0.02
269_L 120_Q 1.08 0.32 0.02
201_I 93_N 1.08 0.32 0.02
258_Q 324_V 1.07 0.31 0.02
179_K 63_S 1.07 0.31 0.02
344_Q 248_K 1.07 0.31 0.02
165_L 118_A 1.07 0.31 0.02
64_L 220_Q 1.06 0.31 0.02
111_I 76_S 1.06 0.31 0.02
274_Y 352_L 1.06 0.30 0.02
219_G 95_Q 1.06 0.30 0.02
171_P 405_R 1.06 0.30 0.02
202_D 45_A 1.05 0.30 0.02
235_A 389_V 1.05 0.29 0.02
298_L 112_A 1.05 0.29 0.02
73_A 401_Y 1.04 0.29 0.02
135_Q 140_E 1.04 0.29 0.02
228_I 387_A 1.04 0.29 0.02
323_C 209_K 1.04 0.29 0.02
170_L 358_H 1.03 0.29 0.02
280_G 159_R 1.02 0.28 0.02
253_D 295_R 1.02 0.28 0.02
288_L 412_N 1.02 0.28 0.01
280_G 120_Q 1.02 0.28 0.01
221_V 155_L 1.02 0.28 0.01
83_I 374_V 1.02 0.27 0.01
146_E 54_V 1.01 0.27 0.01
275_G 397_R 1.01 0.27 0.01
259_K 416_W 1.00 0.27 0.01
134_E 217_S 1.00 0.26 0.01
171_P 126_R 1.00 0.26 0.01
332_M 192_Y 0.99 0.26 0.01
135_Q 46_D 0.99 0.26 0.01
78_V 128_G 0.99 0.26 0.01
224_V 251_A 0.98 0.25 0.01
64_L 323_M 0.98 0.25 0.01
226_A 140_E 0.98 0.25 0.01
289_I 189_T 0.97 0.25 0.01
142_Y 155_L 0.97 0.25 0.01
328_L 104_A 0.97 0.24 0.01
333_I 354_V 0.97 0.24 0.01
83_I 176_Q 0.97 0.24 0.01
97_N 159_R 0.97 0.24 0.01
334_G 120_Q 0.97 0.24 0.01
293_I 354_V 0.96 0.24 0.01
295_V 401_Y 0.96 0.24 0.01
252_R 53_A 0.96 0.24 0.01
231_L 338_D 0.95 0.23 0.01
232_M 121_L 0.95 0.23 0.01
64_L 186_E 0.94 0.23 0.01
339_W 231_A 0.94 0.23 0.01
259_K 181_E 0.94 0.23 0.01
113_V 294_P 0.94 0.23 0.01
277_A 169_T 0.94 0.23 0.01
193_D 94_K 0.94 0.22 0.01
268_I 109_Q 0.94 0.22 0.01
244_V 382_A 0.94 0.22 0.01
284_A 168_Q 0.93 0.22 0.01
73_A 324_V 0.93 0.22 0.01
345_H 204_A 0.93 0.22 0.01
327_L 46_D 0.93 0.22 0.01
258_Q 393_G 0.93 0.22 0.01
94_V 163_I 0.93 0.22 0.01
163_D 386_I 0.93 0.22 0.01
146_E 342_I 0.93 0.22 0.01
144_S 373_L 0.93 0.22 0.01
105_Y 385_P 0.93 0.22 0.01
272_F 368_Y 0.93 0.22 0.01
333_I 195_R 0.93 0.22 0.01
224_V 88_T 0.93 0.22 0.01
289_I 292_G 0.92 0.22 0.01
80_V 131_T 0.92 0.22 0.01
312_K 370_Q 0.92 0.22 0.01
264_T 117_L 0.92 0.22 0.01
212_A 63_S 0.92 0.22 0.01
268_I 313_Q 0.92 0.21 0.01
130_Q 389_V 0.92 0.21 0.01
142_Y 76_S 0.92 0.21 0.01
130_Q 355_V 0.92 0.21 0.01
137_V 171_E 0.92 0.21 0.01
258_Q 399_S 0.91 0.21 0.01
251_R 354_V 0.91 0.21 0.01
286_L 38_D 0.91 0.21 0.01
145_R 94_K 0.91 0.21 0.01
286_L 354_V 0.91 0.21 0.01
176_V 131_T 0.91 0.21 0.01
264_T 181_E 0.90 0.21 0.01
337_A 159_R 0.90 0.20 0.01
230_V 101_A 0.90 0.20 0.01
345_H 156_N 0.90 0.20 0.01
287_S 154_Y 0.90 0.20 0.01
273_L 170_R 0.90 0.20 0.01
278_L 120_Q 0.90 0.20 0.01
284_A 205_L 0.90 0.20 0.01
216_A 141_E 0.90 0.20 0.01
256_N 362_D 0.90 0.20 0.01
113_V 323_M 0.90 0.20 0.01
70_K 155_L 0.89 0.20 0.01
291_S 362_D 0.89 0.20 0.01
281_F 234_S 0.89 0.20 0.01
142_Y 212_L 0.89 0.20 0.01
281_F 206_N 0.89 0.20 0.01
104_Q 121_L 0.89 0.20 0.01
56_V 105_K 0.89 0.20 0.01
83_I 103_I 0.89 0.20 0.01
275_G 320_W 0.88 0.20 0.01
258_Q 368_Y 0.88 0.20 0.01
345_H 367_G 0.88 0.20 0.01
268_I 144_R 0.88 0.19 0.01
257_V 399_S 0.88 0.19 0.01
123_A 53_A 0.88 0.19 0.01
146_E 171_E 0.88 0.19 0.01
86_T 72_E 0.88 0.19 0.01
196_T 216_E 0.88 0.19 0.01
235_A 401_Y 0.88 0.19 0.01
192_R 100_N 0.88 0.19 0.01
105_Y 44_Q 0.87 0.19 0.01
170_L 159_R 0.87 0.19 0.01
176_V 91_Q 0.87 0.19 0.01
286_L 210_K 0.87 0.19 0.01
261_I 387_A 0.87 0.19 0.01
313_F 193_E 0.87 0.19 0.01
177_I 63_S 0.87 0.19 0.01
67_L 127_Q 0.87 0.19 0.01
203_E 323_M 0.87 0.19 0.01
342_T 311_G 0.87 0.19 0.01
142_Y 70_K 0.87 0.19 0.01
248_I 117_L 0.86 0.18 0.01
140_V 325_I 0.86 0.18 0.01
69_S 332_E 0.86 0.18 0.01
114_Y 164_A 0.86 0.18 0.01
285_L 340_R 0.86 0.18 0.01
329_V 155_L 0.86 0.18 0.01
176_V 296_G 0.86 0.18 0.01
284_A 192_Y 0.86 0.18 0.01
78_V 333_V 0.86 0.18 0.01
338_A 116_S 0.86 0.18 0.01
280_G 368_Y 0.86 0.18 0.01
195_I 203_Q 0.86 0.18 0.01
89_S 368_Y 0.86 0.18 0.01
111_I 163_I 0.85 0.18 0.01
191_L 47_I 0.85 0.18 0.01
257_V 401_Y 0.85 0.18 0.01
331_S 309_R 0.85 0.18 0.01
97_N 201_L 0.85 0.18 0.01
240_I 374_V 0.85 0.18 0.01
56_V 199_A 0.85 0.18 0.01
120_D 111_A 0.85 0.18 0.01
89_S 324_V 0.85 0.18 0.01
84_S 125_F 0.85 0.18 0.01
111_I 398_P 0.85 0.18 0.01
64_L 189_T 0.85 0.18 0.01
96_K 152_F 0.85 0.18 0.01
301_A 190_L 0.84 0.17 0.01
73_A 399_S 0.84 0.17 0.01
343_V 382_A 0.84 0.17 0.01
103_T 360_K 0.84 0.17 0.01
201_I 199_A 0.84 0.17 0.01
289_I 367_G 0.84 0.17 0.01
87_L 93_N 0.84 0.17 0.01
283_G 313_Q 0.84 0.17 0.01
337_A 365_L 0.84 0.17 0.01
281_F 223_Q 0.84 0.17 0.01
327_L 404_I 0.84 0.17 0.01
137_V 291_L 0.84 0.17 0.01
275_G 324_V 0.84 0.17 0.01
272_F 324_V 0.83 0.17 0.01
294_L 210_K 0.83 0.17 0.01
289_I 40_L 0.83 0.17 0.01
217_L 354_V 0.83 0.17 0.01
97_N 120_Q 0.83 0.17 0.01
75_F 333_V 0.83 0.17 0.01
318_L 258_A 0.83 0.17 0.01
130_Q 198_Q 0.83 0.17 0.01
73_A 392_S 0.82 0.17 0.01
330_C 120_Q 0.82 0.17 0.01
227_M 386_I 0.82 0.17 0.01
140_V 323_M 0.82 0.17 0.01
163_D 119_A 0.82 0.17 0.01
127_V 198_Q 0.82 0.17 0.01
157_G 224_Q 0.82 0.17 0.01
176_V 94_K 0.82 0.16 0.01
259_K 159_R 0.82 0.16 0.01
245_R 330_G 0.82 0.16 0.01
298_L 376_V 0.82 0.16 0.01
201_I 171_E 0.82 0.16 0.01
246_L 36_E 0.82 0.16 0.01
147_D 105_K 0.82 0.16 0.01
241_G 120_Q 0.81 0.16 0.01
295_V 399_S 0.81 0.16 0.01
340_L 360_K 0.81 0.16 0.01
242_N 96_I 0.81 0.16 0.01
131_L 268_A 0.81 0.16 0.01
147_D 199_A 0.81 0.16 0.01
84_S 370_Q 0.81 0.16 0.01
53_N 51_E 0.81 0.16 0.01
104_Q 354_V 0.81 0.16 0.01
102_A 201_L 0.81 0.16 0.01
241_G 389_V 0.81 0.16 0.01
122_D 81_K 0.81 0.16 0.01
111_I 49_A 0.81 0.16 0.01
179_K 379_Q 0.81 0.16 0.01
295_V 416_W 0.81 0.16 0.01
252_R 290_G 0.81 0.16 0.01
146_E 119_A 0.81 0.16 0.01
250_A 113_Q 0.81 0.16 0.01
291_S 391_S 0.80 0.16 0.01
324_L 241_A 0.80 0.16 0.01
117_K 184_Q 0.80 0.16 0.01
81_I 113_Q 0.80 0.16 0.01
146_E 230_R 0.80 0.16 0.01
231_L 344_A 0.80 0.16 0.01
245_R 66_A 0.80 0.16 0.01
66_D 71_Q 0.80 0.16 0.01
138_E 214_G 0.80 0.16 0.01
285_L 181_E 0.80 0.15 0.01
73_A 320_W 0.80 0.15 0.01
202_D 253_R 0.80 0.15 0.01
249_F 410_A 0.80 0.15 0.01
210_W 355_V 0.80 0.15 0.01
60_F 77_E 0.80 0.15 0.01
87_L 201_L 0.80 0.15 0.01
234_A 93_N 0.80 0.15 0.01
336_V 116_S 0.80 0.15 0.01
73_A 397_R 0.80 0.15 0.01
327_L 417_L 0.80 0.15 0.01
303_A 336_I 0.80 0.15 0.01
89_S 399_S 0.80 0.15 0.01
174_A 384_Q 0.79 0.15 0.01
105_Y 333_V 0.79 0.15 0.01
286_L 417_L 0.79 0.15 0.01
150_G 104_A 0.79 0.15 0.01
93_M 215_L 0.79 0.15 0.01
236_V 143_Q 0.79 0.15 0.01
56_V 100_N 0.79 0.15 0.01
239_V 313_Q 0.79 0.15 0.01
314_D 385_P 0.79 0.15 0.01
344_Q 174_A 0.79 0.15 0.01
194_R 49_A 0.79 0.15 0.01
273_L 43_I 0.79 0.15 0.01
212_A 55_R 0.79 0.15 0.01
148_A 151_Y 0.79 0.15 0.01
257_V 397_R 0.79 0.15 0.01
120_D 203_Q 0.79 0.15 0.01
290_L 404_I 0.79 0.15 0.01
194_R 196_A 0.79 0.15 0.01
203_E 51_E 0.79 0.15 0.01
147_D 93_N 0.79 0.15 0.01
100_Q 200_K 0.79 0.15 0.01
260_L 304_G 0.79 0.15 0.01
273_L 336_I 0.79 0.15 0.01
291_S 408_G 0.79 0.15 0.01
172_A 57_K 0.79 0.15 0.01
123_A 179_E 0.79 0.15 0.01
176_V 327_A 0.79 0.15 0.01
170_L 413_P 0.79 0.15 0.01
285_L 168_Q 0.79 0.15 0.01
245_R 398_P 0.79 0.15 0.01
176_V 323_M 0.79 0.15 0.01
214_L 165_Q 0.79 0.15 0.01
135_Q 76_S 0.78 0.15 0.01
111_I 317_E 0.78 0.15 0.01
61_H 79_T 0.78 0.15 0.01
241_G 394_G 0.78 0.15 0.01
290_L 74_A 0.78 0.15 0.01
115_L 166_L 0.78 0.15 0.01
237_F 370_Q 0.78 0.15 0.01
146_E 181_E 0.78 0.15 0.01
60_F 80_R 0.78 0.15 0.01
133_A 172_E 0.78 0.15 0.01
103_T 53_A 0.78 0.15 0.01
285_L 213_A 0.78 0.15 0.01
167_E 386_I 0.78 0.15 0.01
286_L 88_T 0.78 0.15 0.01
132_Q 168_Q 0.78 0.15 0.01
211_F 119_A 0.78 0.14 0.01
127_V 379_Q 0.78 0.14 0.01
233_V 229_L 0.78 0.14 0.01
275_G 390_G 0.78 0.14 0.01
170_L 364_S 0.78 0.14 0.01
211_F 68_L 0.78 0.14 0.01
140_V 42_S 0.77 0.14 0.01
281_F 306_T 0.77 0.14 0.01
285_L 60_Q 0.77 0.14 0.01
152_F 124_A 0.77 0.14 0.01
114_Y 355_V 0.77 0.14 0.01
228_I 396_G 0.77 0.14 0.01
149_L 215_L 0.77 0.14 0.01
212_A 332_E 0.77 0.14 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14334 FtsX_EnvC Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) Running - Shared
14301 1.29 FtsX_EnvC Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.94 Done - Shared
10152 0 FtsX-EnvCdelta100e-80 Δgene:(1, 100) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
6905 0.68 ftsx-envc Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.21 Done
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