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OPENSEQ.org
lipo
Genes: A B A+B
Length: 399 182 570
Sequences: 17331 1526 142
Seq/Len: 43.44 8.38 0.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.11 0.04 0.01
2 0.19 0.04 0.09
5 0.19 0.04 0.13
10 0.20 0.04 0.16
20 0.21 0.04 0.24
100 0.25 0.05 0.69
∞ 0.31 0.06 1.88
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
328_L 171_P 1.77 0.54 0.00
38_V 44_P 1.65 0.46 0.00
246_W 154_L 1.65 0.46 0.00
396_L 22_Q 1.53 0.39 0.00
186_V 164_A 1.46 0.34 0.00
12_R 44_P 1.43 0.33 0.00
395_A 44_P 1.41 0.32 0.00
10_G 154_L 1.41 0.32 0.00
304_G 37_G 1.33 0.28 0.00
101_V 147_D 1.33 0.28 0.00
144_V 21_T 1.32 0.27 0.00
101_V 69_Y 1.32 0.27 0.00
181_Q 76_A 1.32 0.27 0.00
374_A 15_S 1.31 0.27 0.00
186_V 66_L 1.28 0.25 0.00
81_P 138_H 1.27 0.25 0.00
34_I 52_T 1.27 0.24 0.00
300_L 169_F 1.25 0.24 0.00
9_I 39_L 1.25 0.23 0.00
12_R 69_Y 1.24 0.23 0.00
396_L 49_W 1.24 0.23 0.00
265_N 59_L 1.24 0.23 0.00
352_D 69_Y 1.23 0.23 0.00
114_M 23_K 1.21 0.22 0.00
144_V 93_I 1.20 0.21 0.00
35_T 53_Q 1.19 0.21 0.00
210_R 154_L 1.17 0.20 0.00
178_I 69_Y 1.16 0.20 0.00
365_V 16_F 1.14 0.19 0.00
386_R 177_V 1.14 0.19 0.00
129_L 154_L 1.14 0.19 0.00
38_V 61_S 1.13 0.18 0.00
159_G 147_D 1.12 0.18 0.00
34_I 164_A 1.11 0.18 0.00
151_A 46_L 1.11 0.18 0.00
381_L 104_Y 1.09 0.17 0.00
261_R 135_G 1.09 0.17 0.00
36_L 104_Y 1.09 0.17 0.00
304_G 167_F 1.08 0.17 0.00
7_L 154_L 1.08 0.17 0.00
35_T 31_A 1.08 0.17 0.00
43_T 137_I 1.08 0.17 0.00
81_P 23_K 1.07 0.16 0.00
106_A 71_P 1.07 0.16 0.00
270_L 104_Y 1.07 0.16 0.00
159_G 143_V 1.07 0.16 0.00
262_M 137_I 1.07 0.16 0.00
270_L 127_F 1.06 0.16 0.00
279_A 146_D 1.05 0.16 0.00
148_E 159_N 1.05 0.16 0.00
154_L 43_R 1.05 0.16 0.00
5_V 167_F 1.05 0.16 0.00
304_G 20_F 1.05 0.16 0.00
12_R 77_T 1.04 0.15 0.00
358_V 47_F 1.04 0.15 0.00
296_E 75_Q 1.04 0.15 0.00
159_G 63_G 1.04 0.15 0.00
293_K 165_A 1.04 0.15 0.00
131_N 34_E 1.04 0.15 0.00
78_Q 179_D 1.03 0.15 0.00
154_L 62_D 1.03 0.15 0.00
272_S 70_N 1.03 0.15 0.00
187_I 104_Y 1.03 0.15 0.00
7_L 110_G 1.03 0.15 0.00
333_G 69_Y 1.02 0.15 0.00
191_A 154_L 1.02 0.15 0.00
131_N 143_V 1.02 0.15 0.00
66_A 44_P 1.02 0.15 0.00
372_A 10_L 1.01 0.14 0.00
201_M 72_F 1.00 0.14 0.00
395_A 18_A 1.00 0.14 0.00
47_V 44_P 1.00 0.14 0.00
145_I 161_A 1.00 0.14 0.00
387_A 172_P 1.00 0.14 0.00
394_E 167_F 1.00 0.14 0.00
331_A 177_V 1.00 0.14 0.00
396_L 54_P 1.00 0.14 0.00
374_A 177_V 1.00 0.14 0.00
101_V 68_F 0.99 0.14 0.00
323_I 15_S 0.99 0.14 0.00
151_A 89_P 0.99 0.14 0.00
270_L 57_S 0.98 0.14 0.00
150_L 145_Q 0.98 0.14 0.00
381_L 165_A 0.98 0.14 0.00
83_T 174_G 0.98 0.14 0.00
159_G 45_N 0.98 0.14 0.00
374_A 158_Q 0.98 0.14 0.00
184_F 56_E 0.98 0.13 0.00
36_L 153_Q 0.98 0.13 0.00
114_M 95_R 0.98 0.13 0.00
170_S 44_P 0.98 0.13 0.00
162_I 103_Q 0.98 0.13 0.00
224_L 102_Q 0.98 0.13 0.00
303_Q 24_V 0.97 0.13 0.00
42_V 76_A 0.97 0.13 0.00
34_I 113_F 0.97 0.13 0.00
277_V 175_V 0.97 0.13 0.00
276_A 144_E 0.97 0.13 0.00
378_L 167_F 0.97 0.13 0.00
365_V 76_A 0.96 0.13 0.00
333_G 171_P 0.96 0.13 0.00
366_I 161_A 0.96 0.13 0.00
191_A 174_G 0.96 0.13 0.00
123_D 159_N 0.96 0.13 0.00
52_E 169_F 0.95 0.13 0.00
146_L 137_I 0.95 0.13 0.00
152_S 159_N 0.95 0.13 0.00
154_L 134_D 0.95 0.13 0.00
209_S 132_G 0.95 0.13 0.00
94_A 177_V 0.95 0.12 0.00
205_I 154_L 0.95 0.12 0.00
388_A 110_G 0.94 0.12 0.00
114_M 58_I 0.94 0.12 0.00
279_A 6_L 0.94 0.12 0.00
376_A 66_L 0.94 0.12 0.00
339_Q 89_P 0.94 0.12 0.00
162_I 101_W 0.94 0.12 0.00
154_L 167_F 0.94 0.12 0.00
315_M 138_H 0.94 0.12 0.00
170_S 61_S 0.94 0.12 0.00
164_V 149_R 0.94 0.12 0.00
237_Q 177_V 0.94 0.12 0.00
327_I 109_N 0.94 0.12 0.00
312_M 177_V 0.94 0.12 0.00
36_L 10_L 0.93 0.12 0.00
187_I 145_Q 0.93 0.12 0.00
244_S 93_I 0.93 0.12 0.00
204_N 25_T 0.93 0.12 0.00
251_D 21_T 0.93 0.12 0.00
10_G 63_G 0.93 0.12 0.00
277_V 27_G 0.93 0.12 0.00
145_I 12_K 0.93 0.12 0.00
12_R 167_F 0.93 0.12 0.00
8_F 134_D 0.92 0.12 0.00
145_I 45_N 0.92 0.12 0.00
153_Q 134_D 0.92 0.12 0.00
155_G 177_V 0.92 0.12 0.00
359_A 76_A 0.92 0.12 0.00
301_Q 70_N 0.92 0.12 0.00
145_I 163_D 0.92 0.12 0.00
12_R 169_F 0.92 0.12 0.00
59_I 51_M 0.92 0.12 0.00
5_V 42_K 0.92 0.12 0.00
188_G 167_F 0.92 0.12 0.00
26_V 98_S 0.92 0.12 0.00
339_Q 44_P 0.91 0.12 0.00
114_M 65_T 0.91 0.12 0.00
12_R 175_V 0.91 0.12 0.00
36_L 26_D 0.91 0.12 0.00
308_R 129_I 0.91 0.12 0.00
292_E 47_F 0.91 0.12 0.00
238_Q 131_V 0.91 0.11 0.00
260_V 39_L 0.90 0.11 0.00
244_S 173_Q 0.90 0.11 0.00
89_G 147_D 0.90 0.11 0.00
378_L 108_Q 0.90 0.11 0.00
186_V 162_V 0.90 0.11 0.00
365_V 131_V 0.90 0.11 0.00
9_I 41_V 0.90 0.11 0.00
227_D 64_K 0.89 0.11 0.00
307_P 134_D 0.89 0.11 0.00
11_L 16_F 0.89 0.11 0.00
299_I 140_F 0.89 0.11 0.00
73_G 167_F 0.89 0.11 0.00
123_D 174_G 0.89 0.11 0.00
151_A 93_I 0.89 0.11 0.00
122_K 67_W 0.89 0.11 0.00
168_S 14_S 0.88 0.11 0.00
5_V 137_I 0.88 0.11 0.00
145_I 79_T 0.88 0.11 0.00
336_L 60_V 0.88 0.11 0.00
126_T 136_T 0.88 0.11 0.00
188_G 135_G 0.88 0.11 0.00
199_Y 175_V 0.88 0.11 0.00
57_N 149_R 0.88 0.11 0.00
366_I 11_D 0.88 0.11 0.00
380_T 164_A 0.88 0.11 0.00
205_I 166_K 0.88 0.11 0.00
160_D 76_A 0.88 0.11 0.00
51_F 129_I 0.87 0.11 0.00
339_Q 174_G 0.87 0.10 0.00
106_A 180_Q 0.87 0.10 0.00
187_I 147_D 0.87 0.10 0.00
298_A 22_Q 0.87 0.10 0.00
394_E 111_D 0.87 0.10 0.00
319_A 25_T 0.87 0.10 0.00
28_W 64_K 0.87 0.10 0.00
146_L 21_T 0.87 0.10 0.00
396_L 81_L 0.86 0.10 0.00
147_G 140_F 0.86 0.10 0.00
162_I 38_D 0.86 0.10 0.00
105_S 63_G 0.86 0.10 0.00
389_A 50_H 0.86 0.10 0.00
123_D 170_T 0.86 0.10 0.00
189_T 104_Y 0.86 0.10 0.00
70_S 44_P 0.86 0.10 0.00
233_D 177_V 0.86 0.10 0.00
306_T 154_L 0.86 0.10 0.00
335_L 132_G 0.86 0.10 0.00
68_L 99_S 0.86 0.10 0.00
129_L 11_D 0.85 0.10 0.00
114_M 171_P 0.85 0.10 0.00
168_S 145_Q 0.85 0.10 0.00
144_V 158_Q 0.85 0.10 0.00
178_I 175_V 0.85 0.10 0.00
233_D 173_Q 0.85 0.10 0.00
246_W 46_L 0.85 0.10 0.00
218_N 16_F 0.85 0.10 0.00
227_D 23_K 0.85 0.10 0.00
366_I 93_I 0.85 0.10 0.00
204_N 143_V 0.85 0.10 0.00
377_L 28_S 0.85 0.10 0.00
299_I 117_P 0.85 0.10 0.00
372_A 171_P 0.85 0.10 0.00
228_E 102_Q 0.85 0.10 0.00
234_S 135_G 0.85 0.10 0.00
310_I 128_T 0.85 0.10 0.00
323_I 175_V 0.85 0.10 0.00
374_A 80_W 0.84 0.10 0.00
247_Q 18_A 0.84 0.10 0.00
396_L 75_Q 0.84 0.10 0.00
234_S 145_Q 0.84 0.10 0.00
34_I 149_R 0.84 0.10 0.00
334_A 6_L 0.84 0.10 0.00
252_R 73_V 0.84 0.10 0.00
280_F 26_D 0.84 0.10 0.00
210_R 109_N 0.84 0.10 0.00
66_A 154_L 0.84 0.10 0.00
116_G 20_F 0.84 0.10 0.00
38_V 13_V 0.84 0.10 0.00
74_S 127_F 0.84 0.10 0.00
247_Q 162_V 0.83 0.10 0.00
42_V 145_Q 0.83 0.10 0.00
331_A 62_D 0.83 0.10 0.00
101_V 169_F 0.83 0.10 0.00
237_Q 46_L 0.83 0.10 0.00
337_A 178_D 0.83 0.10 0.00
38_V 154_L 0.83 0.10 0.00
252_R 27_G 0.83 0.10 0.00
47_V 105_N 0.83 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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