May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
flif_flip_camju
Genes: A B A+B
Length: 560 244 741
Sequences: 1384 1392 905
Seq/Len: 2.47 5.7 1.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.14
10 0.00 0.00 0.56
20 0.00 0.01 1.13
100 0.01 0.01 1.22
∞ 0.03 0.08 1.39
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
264_V 79_T 1.81 0.94 0.62
197_N 217_S 1.65 0.89 0.50
203_V 194_V 1.35 0.71 0.25
407_S 101_E 1.31 0.68 0.23
123_G 183_E 1.31 0.68 0.23
81_L 92_A 1.30 0.67 0.22
317_N 76_A 1.29 0.66 0.21
404_I 222_L 1.26 0.64 0.20
316_S 41_L 1.26 0.64 0.20
345_S 190_L 1.23 0.61 0.18
416_V 184_I 1.21 0.59 0.16
243_E 226_V 1.20 0.58 0.16
447_V 60_M 1.19 0.57 0.15
152_R 129_G 1.18 0.56 0.15
266_V 106_K 1.17 0.55 0.15
242_Q 68_V 1.17 0.55 0.14
85_N 214_T 1.13 0.51 0.13
455_L 44_V 1.11 0.50 0.12
174_T 200_S 1.11 0.49 0.12
32_V 188_I 1.10 0.49 0.12
262_D 127_I 1.09 0.48 0.11
57_V 166_L 1.09 0.48 0.11
23_I 194_V 1.09 0.47 0.11
533_L 80_Q 1.08 0.46 0.10
546_Q 103_V 1.07 0.45 0.10
456_L 121_G 1.07 0.45 0.10
136_A 52_L 1.07 0.45 0.10
90_P 77_M 1.06 0.45 0.10
39_L 216_I 1.06 0.45 0.10
194_G 190_L 1.06 0.45 0.10
151_I 166_L 1.06 0.44 0.10
250_I 91_L 1.05 0.44 0.10
151_I 123_E 1.05 0.43 0.09
63_S 216_I 1.05 0.43 0.09
69_V 103_V 1.04 0.42 0.09
258_A 92_A 1.04 0.42 0.09
205_K 239_V 1.03 0.42 0.09
125_T 58_F 1.02 0.41 0.09
101_I 71_S 1.02 0.40 0.08
157_H 183_E 1.02 0.40 0.08
544_L 134_K 1.00 0.39 0.08
123_G 180_T 1.00 0.38 0.08
50_N 57_V 0.99 0.38 0.08
67_A 139_K 0.99 0.38 0.07
56_L 194_V 0.99 0.38 0.07
256_P 78_G 0.99 0.38 0.07
28_S 166_L 0.98 0.37 0.07
132_K 214_T 0.98 0.37 0.07
539_E 211_L 0.98 0.37 0.07
262_D 166_L 0.98 0.37 0.07
330_I 139_K 0.97 0.36 0.07
356_A 242_F 0.97 0.36 0.07
331_D 194_V 0.97 0.36 0.07
335_K 119_K 0.97 0.36 0.07
455_L 104_A 0.97 0.36 0.07
10_I 124_E 0.97 0.36 0.07
452_A 99_I 0.97 0.36 0.07
419_L 81_S 0.96 0.35 0.07
126_N 72_F 0.96 0.35 0.07
164_S 180_T 0.96 0.35 0.07
243_E 66_L 0.96 0.35 0.07
174_T 173_F 0.95 0.35 0.07
443_F 143_E 0.95 0.34 0.06
462_K 236_Q 0.95 0.34 0.06
397_E 200_S 0.95 0.34 0.06
342_N 73_L 0.95 0.34 0.06
232_V 205_A 0.95 0.34 0.06
128_E 72_F 0.95 0.34 0.06
365_V 51_A 0.95 0.34 0.06
397_E 124_E 0.95 0.34 0.06
32_V 121_G 0.95 0.34 0.06
258_A 146_L 0.94 0.34 0.06
138_E 226_V 0.94 0.33 0.06
338_V 200_S 0.94 0.33 0.06
267_S 227_L 0.94 0.33 0.06
341_N 94_I 0.94 0.33 0.06
33_V 92_A 0.93 0.33 0.06
543_A 206_M 0.93 0.32 0.06
145_I 222_L 0.93 0.32 0.06
179_V 123_E 0.92 0.32 0.06
173_P 41_L 0.92 0.32 0.06
209_E 101_E 0.92 0.32 0.06
183_E 68_V 0.92 0.32 0.06
226_A 202_V 0.92 0.32 0.06
533_L 141_T 0.92 0.32 0.06
347_T 125_A 0.92 0.32 0.06
32_V 226_V 0.92 0.31 0.06
102_A 147_A 0.92 0.31 0.06
96_R 117_A 0.92 0.31 0.06
148_L 40_T 0.92 0.31 0.06
273_D 88_L 0.92 0.31 0.06
407_S 169_L 0.92 0.31 0.06
253_N 233_L 0.92 0.31 0.06
218_G 226_V 0.91 0.31 0.05
264_V 72_F 0.91 0.31 0.05
319_G 76_A 0.91 0.31 0.05
93_Q 168_V 0.91 0.30 0.05
49_A 153_R 0.91 0.30 0.05
219_V 87_I 0.90 0.30 0.05
158_I 76_A 0.90 0.30 0.05
274_F 190_L 0.90 0.30 0.05
420_P 190_L 0.90 0.30 0.05
261_M 216_I 0.90 0.30 0.05
51_N 142_R 0.90 0.30 0.05
248_D 227_L 0.90 0.30 0.05
368_D 108_Y 0.90 0.30 0.05
142_A 181_A 0.90 0.30 0.05
149_E 88_L 0.90 0.30 0.05
286_P 142_R 0.90 0.30 0.05
244_K 68_V 0.90 0.30 0.05
351_T 184_I 0.89 0.29 0.05
460_Y 47_L 0.89 0.29 0.05
10_I 62_S 0.89 0.29 0.05
277_Q 200_S 0.89 0.29 0.05
254_L 107_S 0.89 0.29 0.05
362_S 101_E 0.88 0.28 0.05
446_P 194_V 0.88 0.28 0.05
416_V 124_E 0.88 0.28 0.05
393_L 197_M 0.88 0.28 0.05
90_P 82_M 0.88 0.28 0.05
107_I 188_I 0.88 0.28 0.05
262_D 109_N 0.88 0.28 0.05
277_Q 202_V 0.88 0.28 0.05
217_S 151_R 0.88 0.28 0.05
179_V 107_S 0.87 0.28 0.04
294_Q 91_L 0.87 0.27 0.04
367_I 120_I 0.87 0.27 0.04
150_P 108_Y 0.87 0.27 0.04
353_K 205_A 0.87 0.27 0.04
89_V 108_Y 0.87 0.27 0.04
220_P 37_L 0.87 0.27 0.04
38_F 216_I 0.86 0.27 0.04
546_Q 170_V 0.86 0.27 0.04
350_N 223_L 0.86 0.27 0.04
274_F 198_V 0.86 0.27 0.04
272_F 178_L 0.86 0.27 0.04
64_S 148_L 0.86 0.27 0.04
123_G 141_T 0.86 0.27 0.04
549_I 59_V 0.86 0.27 0.04
61_S 77_M 0.86 0.27 0.04
360_R 145_D 0.86 0.27 0.04
60_V 149_F 0.85 0.26 0.04
243_E 188_I 0.85 0.26 0.04
248_D 197_M 0.85 0.26 0.04
269_N 149_F 0.85 0.26 0.04
414_V 131_K 0.85 0.26 0.04
75_N 38_V 0.85 0.26 0.04
343_E 175_I 0.85 0.26 0.04
359_L 174_M 0.85 0.26 0.04
401_K 88_L 0.85 0.26 0.04
57_V 115_Y 0.85 0.26 0.04
216_Q 38_V 0.85 0.26 0.04
212_K 57_V 0.84 0.26 0.04
141_L 172_A 0.84 0.26 0.04
125_T 47_L 0.84 0.26 0.04
195_I 153_R 0.84 0.25 0.04
223_E 117_A 0.84 0.25 0.04
88_L 218_L 0.84 0.25 0.04
400_V 205_A 0.84 0.25 0.04
458_I 198_V 0.84 0.25 0.04
172_P 51_A 0.84 0.25 0.04
66_A 70_F 0.84 0.25 0.04
74_Q 200_S 0.84 0.25 0.04
417_Q 71_S 0.84 0.25 0.04
60_V 148_L 0.84 0.25 0.04
367_I 200_S 0.83 0.25 0.04
394_A 119_K 0.83 0.25 0.04
114_F 91_L 0.83 0.25 0.04
87_I 48_T 0.83 0.25 0.04
437_N 92_A 0.83 0.25 0.04
74_Q 92_A 0.83 0.25 0.04
465_A 178_L 0.83 0.25 0.04
422_H 228_V 0.83 0.25 0.04
546_Q 212_P 0.83 0.25 0.04
397_E 45_I 0.83 0.25 0.04
68_I 147_A 0.83 0.24 0.04
77_I 120_I 0.83 0.24 0.04
531_R 53_A 0.83 0.24 0.04
79_Y 187_L 0.83 0.24 0.04
161_P 41_L 0.82 0.24 0.04
292_S 173_F 0.82 0.24 0.04
148_L 45_I 0.82 0.24 0.04
348_I 104_A 0.82 0.24 0.04
452_A 115_Y 0.82 0.24 0.04
256_P 166_L 0.82 0.24 0.04
19_R 84_P 0.82 0.24 0.04
409_T 110_E 0.82 0.24 0.04
167_T 141_T 0.82 0.24 0.04
66_A 97_F 0.82 0.24 0.04
237_K 126_F 0.82 0.24 0.04
239_K 237_R 0.82 0.24 0.04
475_V 87_I 0.82 0.24 0.04
167_T 180_T 0.82 0.24 0.04
546_Q 206_M 0.82 0.24 0.04
537_K 168_V 0.82 0.24 0.04
165_V 40_T 0.82 0.24 0.04
22_R 120_I 0.82 0.24 0.04
273_D 47_L 0.81 0.23 0.04
137_I 205_A 0.81 0.23 0.04
258_A 81_S 0.81 0.23 0.04
395_S 70_F 0.81 0.23 0.04
64_S 199_V 0.81 0.23 0.04
73_E 187_L 0.81 0.23 0.04
278_E 79_T 0.81 0.23 0.04
174_T 184_I 0.81 0.23 0.03
8_H 38_V 0.81 0.23 0.03
335_K 200_S 0.81 0.23 0.03
67_A 133_F 0.81 0.23 0.03
249_K 240_E 0.81 0.23 0.03
342_N 175_I 0.81 0.23 0.03
351_T 99_I 0.81 0.23 0.03
316_S 129_G 0.81 0.23 0.03
455_L 169_L 0.81 0.23 0.03
66_A 189_Y 0.81 0.23 0.03
17_L 202_V 0.81 0.23 0.03
373_D 87_I 0.81 0.23 0.03
264_V 212_P 0.81 0.23 0.03
31_V 156_P 0.81 0.23 0.03
341_N 220_F 0.81 0.23 0.03
50_N 222_L 0.81 0.23 0.03
61_S 87_I 0.81 0.23 0.03
125_T 72_F 0.80 0.23 0.03
163_D 147_A 0.80 0.23 0.03
24_V 115_Y 0.80 0.23 0.03
79_Y 55_S 0.80 0.23 0.03
202_A 181_A 0.80 0.22 0.03
32_V 138_L 0.80 0.22 0.03
308_I 56_I 0.80 0.22 0.03
350_N 206_M 0.80 0.22 0.03
249_K 143_E 0.80 0.22 0.03
221_L 204_M 0.80 0.22 0.03
75_N 57_V 0.80 0.22 0.03
188_T 199_V 0.80 0.22 0.03
64_S 171_P 0.80 0.22 0.03
52_G 97_F 0.80 0.22 0.03
397_E 154_N 0.80 0.22 0.03
158_I 58_F 0.80 0.22 0.03
366_T 139_K 0.80 0.22 0.03
94_V 198_V 0.80 0.22 0.03
76_N 109_N 0.79 0.22 0.03
213_I 104_A 0.79 0.22 0.03
345_S 38_V 0.79 0.22 0.03
202_A 57_V 0.79 0.22 0.03
183_E 96_T 0.79 0.22 0.03
246_L 87_I 0.79 0.22 0.03
264_V 205_A 0.79 0.22 0.03
10_I 92_A 0.79 0.22 0.03
165_V 183_E 0.79 0.22 0.03
216_Q 180_T 0.79 0.22 0.03
326_N 52_L 0.79 0.22 0.03
164_S 190_L 0.79 0.21 0.03
252_E 134_K 0.79 0.21 0.03
65_S 58_F 0.79 0.21 0.03
8_H 117_A 0.79 0.21 0.03
122_F 80_Q 0.78 0.21 0.03
389_T 97_F 0.78 0.21 0.03
210_N 239_V 0.78 0.21 0.03
81_L 184_I 0.78 0.21 0.03
190_K 117_A 0.78 0.21 0.03
401_K 89_V 0.78 0.21 0.03
172_P 151_R 0.78 0.21 0.03
132_K 180_T 0.78 0.21 0.03
58_E 87_I 0.78 0.21 0.03
250_I 202_V 0.78 0.21 0.03
84_E 107_S 0.78 0.21 0.03
524_E 87_I 0.78 0.21 0.03
301_T 202_V 0.78 0.21 0.03
148_L 156_P 0.78 0.21 0.03
321_V 112_I 0.78 0.21 0.03
67_A 87_I 0.78 0.21 0.03
361_T 125_A 0.78 0.21 0.03
542_A 52_L 0.78 0.21 0.03
460_Y 73_L 0.78 0.21 0.03
26_A 124_E 0.78 0.21 0.03
345_S 90_T 0.78 0.21 0.03
41_L 222_L 0.78 0.21 0.03
165_V 146_L 0.77 0.21 0.03
123_G 200_S 0.77 0.21 0.03
97_Q 71_S 0.77 0.20 0.03
126_N 209_M 0.77 0.20 0.03
81_L 58_F 0.77 0.20 0.03
297_N 119_K 0.77 0.20 0.03
64_S 52_L 0.77 0.20 0.03
350_N 103_V 0.77 0.20 0.03
121_A 184_I 0.77 0.20 0.03
351_T 243_V 0.77 0.20 0.03
530_L 212_P 0.77 0.20 0.03
194_G 214_T 0.77 0.20 0.03
76_N 154_N 0.77 0.20 0.03
345_S 68_V 0.77 0.20 0.03
313_G 178_L 0.77 0.20 0.03
369_G 223_L 0.77 0.20 0.03
81_L 187_L 0.77 0.20 0.03
338_V 95_L 0.77 0.20 0.03
270_I 99_I 0.77 0.20 0.03
117_F 37_L 0.76 0.20 0.03
204_P 209_M 0.76 0.20 0.03
148_L 209_M 0.76 0.20 0.03
264_V 215_M 0.76 0.20 0.03
540_E 72_F 0.76 0.20 0.03
439_F 129_G 0.76 0.20 0.03
475_V 200_S 0.76 0.20 0.03
418_N 68_V 0.76 0.20 0.03
109_D 212_P 0.76 0.20 0.03
31_V 95_L 0.76 0.20 0.03
317_N 202_V 0.76 0.20 0.03
139_G 205_A 0.76 0.20 0.03
164_S 147_A 0.76 0.20 0.03
435_F 92_A 0.76 0.20 0.03
294_Q 183_E 0.76 0.20 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6833 1.22 flif_flip_camju Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.62 Done
3573 1.39 FxP Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.27 Done - Shared
Page generated in 0.1818 seconds.