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OPENSEQ.org
coveq
Genes: A B A+B
Length: 250 519 744
Sequences: 14852 141 137
Seq/Len: 59.41 0.27 0.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.03
2 0.03 0.00 0.14
5 0.03 0.00 0.17
10 0.05 0.00 0.18
20 0.06 0.00 0.18
100 0.11 0.00 0.18
∞ 0.18 0.00 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
35_V 467_L 1.63 0.37 0.00
222_A 362_F 1.52 0.31 0.00
47_S 81_M 1.46 0.28 0.00
235_C 397_G 1.40 0.25 0.00
45_R 19_M 1.37 0.24 0.00
124_D 241_W 1.36 0.23 0.00
34_L 295_R 1.33 0.22 0.00
201_R 322_A 1.33 0.22 0.00
5_G 449_D 1.31 0.22 0.00
195_L 150_N 1.31 0.21 0.00
124_D 430_C 1.31 0.21 0.00
210_A 397_G 1.30 0.21 0.00
194_L 190_V 1.30 0.21 0.00
170_I 78_L 1.30 0.21 0.00
170_I 121_E 1.29 0.21 0.00
43_L 415_I 1.29 0.21 0.00
78_Q 450_I 1.29 0.21 0.00
210_A 429_F 1.28 0.20 0.00
146_I 317_V 1.27 0.20 0.00
124_D 308_L 1.26 0.20 0.00
170_I 416_M 1.26 0.20 0.00
18_I 259_A 1.24 0.19 0.00
147_V 121_E 1.24 0.19 0.00
203_E 356_P 1.24 0.19 0.00
239_Y 467_L 1.23 0.18 0.00
205_M 65_F 1.22 0.18 0.00
132_I 181_I 1.22 0.18 0.00
196_P 451_F 1.22 0.18 0.00
9_V 27_F 1.21 0.18 0.00
35_V 362_F 1.21 0.18 0.00
55_R 377_N 1.21 0.18 0.00
199_I 159_E 1.20 0.17 0.00
124_D 426_F 1.20 0.17 0.00
79_L 250_L 1.20 0.17 0.00
33_V 73_P 1.19 0.17 0.00
37_D 439_L 1.19 0.17 0.00
77_S 346_D 1.19 0.17 0.00
88_S 107_I 1.19 0.17 0.00
140_C 292_I 1.19 0.17 0.00
8_G 445_L 1.19 0.17 0.00
36_V 266_L 1.18 0.17 0.00
180_Q 73_P 1.18 0.17 0.00
171_N 301_L 1.17 0.17 0.00
149_V 128_D 1.17 0.16 0.00
44_L 335_Q 1.16 0.16 0.00
195_L 315_N 1.16 0.16 0.00
224_A 204_I 1.15 0.16 0.00
146_I 499_R 1.14 0.15 0.00
179_V 263_V 1.14 0.15 0.00
71_A 509_R 1.13 0.15 0.00
191_Q 81_M 1.13 0.15 0.00
136_L 366_D 1.13 0.15 0.00
36_V 463_I 1.13 0.15 0.00
168_I 140_S 1.13 0.15 0.00
79_L 395_V 1.13 0.15 0.00
126_P 398_I 1.13 0.15 0.00
208_C 279_I 1.13 0.15 0.00
124_D 260_A 1.13 0.15 0.00
23_A 395_V 1.12 0.15 0.00
141_D 336_G 1.12 0.15 0.00
222_A 250_L 1.11 0.15 0.00
51_D 22_G 1.11 0.15 0.00
42_N 434_D 1.11 0.15 0.00
151_A 153_Q 1.11 0.15 0.00
44_L 392_L 1.11 0.15 0.00
34_L 276_A 1.11 0.14 0.00
63_L 27_F 1.10 0.14 0.00
168_I 224_I 1.10 0.14 0.00
70_D 334_V 1.10 0.14 0.00
194_L 276_A 1.10 0.14 0.00
146_I 202_N 1.09 0.14 0.00
120_W 309_L 1.08 0.14 0.00
35_V 254_A 1.08 0.14 0.00
124_D 257_A 1.08 0.14 0.00
222_A 108_L 1.08 0.14 0.00
29_L 179_L 1.08 0.14 0.00
1_M 198_V 1.08 0.14 0.00
36_V 74_E 1.08 0.14 0.00
17_T 99_I 1.07 0.14 0.00
191_Q 417_T 1.07 0.14 0.00
114_A 487_S 1.07 0.13 0.00
199_I 239_E 1.07 0.13 0.00
70_D 509_R 1.07 0.13 0.00
146_I 27_F 1.07 0.13 0.00
120_W 305_D 1.06 0.13 0.00
149_V 357_L 1.06 0.13 0.00
170_I 314_A 1.06 0.13 0.00
181_D 410_N 1.06 0.13 0.00
229_L 450_I 1.05 0.13 0.00
222_A 190_V 1.05 0.13 0.00
81_L 513_D 1.05 0.13 0.00
36_V 360_R 1.05 0.13 0.00
101_R 48_E 1.05 0.13 0.00
41_D 53_A 1.04 0.13 0.00
235_C 190_V 1.04 0.13 0.00
1_M 351_L 1.04 0.13 0.00
81_L 412_T 1.04 0.13 0.00
95_P 273_E 1.04 0.13 0.00
121_I 134_S 1.04 0.13 0.00
167_H 465_A 1.03 0.12 0.00
75_Y 387_G 1.03 0.12 0.00
239_Y 363_Q 1.02 0.12 0.00
48_F 425_L 1.02 0.12 0.00
97_H 130_M 1.02 0.12 0.00
199_I 471_R 1.02 0.12 0.00
19_T 337_Q 1.02 0.12 0.00
58_W 189_G 1.02 0.12 0.00
46_L 487_S 1.01 0.12 0.00
187_W 238_S 1.01 0.12 0.00
91_E 133_W 1.01 0.12 0.00
97_H 136_L 1.01 0.12 0.00
144_L 78_L 1.01 0.12 0.00
220_S 492_I 1.01 0.12 0.00
151_A 41_Q 1.01 0.12 0.00
120_W 94_D 1.01 0.12 0.00
81_L 154_F 1.01 0.12 0.00
132_I 152_K 1.01 0.12 0.00
34_L 157_L 1.01 0.12 0.00
50_V 224_I 1.01 0.12 0.00
23_A 474_A 1.00 0.12 0.00
113_K 47_A 1.00 0.12 0.00
137_L 467_L 1.00 0.12 0.00
199_I 252_N 1.00 0.12 0.00
149_V 384_H 1.00 0.12 0.00
166_A 475_P 1.00 0.12 0.00
203_E 231_L 1.00 0.12 0.00
19_T 315_N 1.00 0.12 0.00
141_D 473_L 0.99 0.12 0.00
59_A 397_G 0.99 0.12 0.00
45_R 293_L 0.99 0.12 0.00
47_S 363_Q 0.99 0.11 0.00
146_I 204_I 0.99 0.11 0.00
153_C 134_S 0.99 0.11 0.00
86_Q 249_V 0.99 0.11 0.00
58_W 147_G 0.98 0.11 0.00
37_D 414_D 0.98 0.11 0.00
195_L 193_R 0.98 0.11 0.00
170_I 158_L 0.98 0.11 0.00
55_R 450_I 0.98 0.11 0.00
173_F 327_C 0.98 0.11 0.00
126_P 318_I 0.98 0.11 0.00
215_V 439_L 0.98 0.11 0.00
144_L 190_V 0.98 0.11 0.00
121_I 224_I 0.98 0.11 0.00
88_S 484_L 0.98 0.11 0.00
185_Q 391_A 0.98 0.11 0.00
36_V 122_R 0.97 0.11 0.00
234_W 170_L 0.97 0.11 0.00
43_L 250_L 0.97 0.11 0.00
168_I 472_L 0.97 0.11 0.00
19_T 247_N 0.97 0.11 0.00
225_A 190_V 0.97 0.11 0.00
45_R 113_N 0.97 0.11 0.00
37_D 427_L 0.97 0.11 0.00
213_Q 307_R 0.97 0.11 0.00
231_L 451_F 0.97 0.11 0.00
223_L 238_S 0.97 0.11 0.00
220_S 336_G 0.97 0.11 0.00
132_I 250_L 0.96 0.11 0.00
218_Y 309_L 0.96 0.11 0.00
174_R 227_N 0.96 0.11 0.00
180_Q 232_E 0.96 0.11 0.00
16_T 282_L 0.96 0.11 0.00
231_L 316_M 0.96 0.11 0.00
21_A 23_G 0.96 0.11 0.00
12_G 282_L 0.96 0.11 0.00
14_G 282_L 0.96 0.11 0.00
175_I 412_T 0.96 0.11 0.00
118_Y 162_R 0.96 0.11 0.00
82_L 334_V 0.96 0.11 0.00
155_I 377_N 0.96 0.11 0.00
176_G 265_S 0.96 0.11 0.00
149_V 113_N 0.96 0.11 0.00
189_Q 299_A 0.96 0.11 0.00
220_S 506_E 0.95 0.11 0.00
151_A 495_E 0.95 0.11 0.00
74_R 81_M 0.95 0.10 0.00
21_A 312_C 0.95 0.10 0.00
152_N 172_F 0.95 0.10 0.00
203_E 126_W 0.95 0.10 0.00
58_W 295_R 0.95 0.10 0.00
145_A 506_E 0.95 0.10 0.00
207_E 436_D 0.94 0.10 0.00
244_T 38_L 0.94 0.10 0.00
64_D 133_W 0.94 0.10 0.00
139_L 92_T 0.94 0.10 0.00
173_F 303_A 0.94 0.10 0.00
239_Y 447_T 0.94 0.10 0.00
122_L 346_D 0.94 0.10 0.00
182_D 166_G 0.94 0.10 0.00
244_T 517_R 0.94 0.10 0.00
186_L 65_F 0.94 0.10 0.00
85_G 184_W 0.94 0.10 0.00
85_G 283_R 0.94 0.10 0.00
85_G 313_G 0.94 0.10 0.00
85_G 361_G 0.94 0.10 0.00
85_G 368_F 0.94 0.10 0.00
56_Q 467_L 0.94 0.10 0.00
219_R 76_I 0.94 0.10 0.00
4_L 447_T 0.94 0.10 0.00
36_V 364_K 0.94 0.10 0.00
207_E 414_D 0.93 0.10 0.00
74_R 463_I 0.93 0.10 0.00
196_P 295_R 0.93 0.10 0.00
129_A 506_E 0.93 0.10 0.00
88_S 274_P 0.93 0.10 0.00
39_C 50_A 0.93 0.10 0.00
130_S 221_E 0.93 0.10 0.00
205_M 331_I 0.93 0.10 0.00
155_I 30_D 0.93 0.10 0.00
132_I 363_Q 0.93 0.10 0.00
149_V 143_V 0.93 0.10 0.00
187_W 231_L 0.93 0.10 0.00
230_T 327_C 0.93 0.10 0.00
182_D 287_G 0.93 0.10 0.00
222_A 29_V 0.93 0.10 0.00
121_I 360_R 0.93 0.10 0.00
79_L 278_S 0.93 0.10 0.00
125_L 469_Q 0.92 0.10 0.00
179_V 56_S 0.92 0.10 0.00
46_L 276_A 0.92 0.10 0.00
134_H 120_A 0.92 0.10 0.00
141_D 329_T 0.92 0.10 0.00
149_V 115_W 0.92 0.10 0.00
82_L 397_G 0.92 0.10 0.00
123_I 417_T 0.92 0.10 0.00
50_V 504_I 0.92 0.10 0.00
180_Q 427_L 0.92 0.10 0.00
130_S 55_I 0.92 0.10 0.00
220_S 487_S 0.92 0.10 0.00
35_V 72_G 0.92 0.10 0.00
36_V 65_F 0.92 0.10 0.00
10_R 350_L 0.92 0.10 0.00
32_N 45_S 0.92 0.10 0.00
81_L 375_M 0.92 0.10 0.00
7_Q 335_Q 0.91 0.10 0.00
139_L 292_I 0.91 0.10 0.00
215_V 389_L 0.91 0.10 0.00
58_W 305_D 0.91 0.10 0.00
77_S 224_I 0.91 0.10 0.00
212_K 126_W 0.91 0.10 0.00
131_Q 483_P 0.91 0.10 0.00
58_W 94_D 0.91 0.10 0.00
225_A 451_F 0.91 0.10 0.00
231_L 439_L 0.91 0.10 0.00
189_Q 194_Q 0.91 0.10 0.00
146_I 517_R 0.91 0.10 0.00
232_A 413_G 0.91 0.10 0.00
201_R 393_R 0.91 0.10 0.00
95_P 508_M 0.91 0.10 0.00
40_P 512_D 0.91 0.10 0.00
231_L 431_R 0.91 0.10 0.00
210_A 250_L 0.91 0.10 0.00
149_V 131_N 0.91 0.10 0.00
126_P 194_Q 0.90 0.10 0.00
203_E 360_R 0.90 0.10 0.00
203_E 430_C 0.90 0.10 0.00
36_V 181_I 0.90 0.10 0.00
23_A 197_S 0.90 0.10 0.00
17_T 232_E 0.90 0.10 0.00
200_H 431_R 0.90 0.09 0.00
36_V 82_L 0.90 0.09 0.00
36_V 274_P 0.90 0.09 0.00
208_C 468_V 0.90 0.09 0.00
91_E 164_L 0.90 0.09 0.00
122_L 159_E 0.90 0.09 0.00
206_A 342_Y 0.90 0.09 0.00
242_L 63_K 0.90 0.09 0.00
36_V 174_G 0.90 0.09 0.00
47_S 54_V 0.90 0.09 0.00
30_G 95_L 0.90 0.09 0.00
203_E 241_W 0.90 0.09 0.00
30_G 290_M 0.90 0.09 0.00
208_C 496_H 0.89 0.09 0.00
170_I 236_P 0.89 0.09 0.00
30_G 271_Q 0.89 0.09 0.00
86_Q 27_F 0.89 0.09 0.00
52_F 432_I 0.89 0.09 0.00
28_M 246_N 0.89 0.09 0.00
146_I 354_T 0.89 0.09 0.00
78_Q 267_Q 0.89 0.09 0.00
55_R 248_E 0.89 0.09 0.00
37_D 35_A 0.89 0.09 0.00
141_D 341_R 0.89 0.09 0.00
184_Y 383_A 0.89 0.09 0.00
50_V 316_M 0.89 0.09 0.00
210_A 277_R 0.89 0.09 0.00
118_Y 362_F 0.88 0.09 0.00
244_T 142_L 0.88 0.09 0.00
186_L 183_F 0.88 0.09 0.00
18_I 462_Q 0.88 0.09 0.00
142_H 517_R 0.88 0.09 0.00
81_L 114_A 0.88 0.09 0.00
119_Q 323_P 0.88 0.09 0.00
84_F 167_L 0.88 0.09 0.00
199_I 137_N 0.88 0.09 0.00
124_D 427_L 0.88 0.09 0.00
235_C 189_G 0.88 0.09 0.00
65_G 79_F 0.88 0.09 0.00
7_Q 61_P 0.88 0.09 0.00
112_L 91_L 0.88 0.09 0.00
37_D 302_R 0.88 0.09 0.00
209_L 229_A 0.88 0.09 0.00
145_A 109_V 0.88 0.09 0.00
134_H 485_T 0.88 0.09 0.00
20_A 392_L 0.88 0.09 0.00
9_V 513_D 0.88 0.09 0.00
141_D 323_P 0.87 0.09 0.00
34_L 269_N 0.87 0.09 0.00
197_M 43_I 0.87 0.09 0.00
37_D 411_R 0.87 0.09 0.00
5_G 25_W 0.87 0.09 0.00
6_L 91_L 0.87 0.09 0.00
18_I 240_H 0.87 0.09 0.00
28_M 181_I 0.87 0.09 0.00
154_H 126_W 0.87 0.09 0.00
18_I 265_S 0.87 0.09 0.00
74_R 369_C 0.87 0.09 0.00
208_C 285_Q 0.87 0.09 0.00
146_I 498_G 0.87 0.09 0.00
187_W 126_W 0.87 0.09 0.00
39_C 508_M 0.87 0.09 0.00
144_L 79_F 0.87 0.09 0.00
199_I 346_D 0.87 0.09 0.00
222_A 204_I 0.87 0.09 0.00
223_L 307_R 0.87 0.09 0.00
15_T 315_N 0.87 0.09 0.00
23_A 506_E 0.87 0.09 0.00
33_V 108_L 0.87 0.09 0.00
58_W 276_A 0.87 0.09 0.00
204_A 439_L 0.87 0.09 0.00
82_L 91_L 0.87 0.09 0.00
181_D 99_I 0.87 0.09 0.00
6_L 105_L 0.87 0.09 0.00
72_G 509_R 0.86 0.09 0.00
35_V 470_M 0.86 0.09 0.00
225_A 108_L 0.86 0.09 0.00
165_G 346_D 0.86 0.09 0.00
55_R 515_V 0.86 0.09 0.00
44_L 306_E 0.86 0.09 0.00
141_D 479_G 0.86 0.09 0.00
126_P 262_V 0.86 0.09 0.00
73_L 329_T 0.86 0.09 0.00
61_A 243_L 0.86 0.09 0.00
199_I 156_L 0.86 0.09 0.00
53_T 206_T 0.86 0.09 0.00
191_Q 20_P 0.86 0.09 0.00
114_A 38_L 0.86 0.09 0.00
49_N 238_S 0.86 0.09 0.00
207_E 430_C 0.86 0.09 0.00
36_V 106_F 0.86 0.09 0.00
123_I 279_I 0.86 0.09 0.00
83_P 184_W 0.86 0.09 0.00
83_P 283_R 0.86 0.09 0.00
83_P 313_G 0.86 0.09 0.00
83_P 361_G 0.86 0.09 0.00
83_P 368_F 0.86 0.09 0.00
186_L 226_S 0.86 0.09 0.00
144_L 515_V 0.85 0.09 0.00
1_M 413_G 0.85 0.09 0.00
112_L 68_D 0.85 0.09 0.00
230_T 405_T 0.85 0.09 0.00
52_F 106_F 0.85 0.09 0.00
112_L 189_G 0.85 0.09 0.00
153_C 435_L 0.85 0.09 0.00
124_D 356_P 0.85 0.09 0.00
75_Y 417_T 0.85 0.09 0.00
201_R 212_E 0.85 0.09 0.00
100_T 490_P 0.85 0.09 0.00
117_R 389_L 0.85 0.09 0.00
70_D 363_Q 0.85 0.09 0.00
208_C 226_S 0.85 0.09 0.00
236_L 425_L 0.85 0.09 0.00
78_Q 19_M 0.85 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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