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OPENSEQ.org
MTase P08956_P05719
Genes: A B A+B
Length: 1050 464 1422
Sequences: 176 1252 60
Seq/Len: 0.17 2.7 0.04
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.41
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.01 0.03
5 0.00 0.01 0.04
10 0.00 0.01 0.04
20 0.00 0.01 0.04
100 0.00 0.01 0.04
∞ 0.00 0.05 0.05
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
504_R 187_E 1.74 0.16 0.00
1018_S 169_A 1.58 0.13 0.00
731_C 169_A 1.50 0.12 0.00
1009_E 371_L 1.45 0.11 0.00
378_Y 407_N 1.40 0.10 0.00
320_V 406_V 1.40 0.10 0.00
66_L 334_I 1.39 0.10 0.00
378_Y 406_V 1.38 0.10 0.00
510_A 385_V 1.32 0.09 0.00
731_C 193_L 1.32 0.09 0.00
133_F 287_D 1.32 0.09 0.00
331_S 412_S 1.31 0.09 0.00
271_A 195_R 1.31 0.09 0.00
235_K 183_K 1.31 0.09 0.00
725_Q 205_V 1.30 0.09 0.00
588_E 374_P 1.29 0.09 0.00
731_C 176_L 1.28 0.09 0.00
183_A 197_R 1.27 0.08 0.00
740_V 203_G 1.26 0.08 0.00
1014_L 389_F 1.26 0.08 0.00
1033_R 186_F 1.25 0.08 0.00
958_F 76_E 1.21 0.08 0.00
747_A 203_G 1.20 0.08 0.00
758_D 121_F 1.19 0.08 0.00
608_D 351_V 1.18 0.07 0.00
379_S 194_K 1.16 0.07 0.00
517_T 173_D 1.15 0.07 0.00
898_Q 200_V 1.14 0.07 0.00
75_V 160_P 1.14 0.07 0.00
267_F 157_I 1.14 0.07 0.00
700_R 176_L 1.13 0.07 0.00
65_L 166_K 1.12 0.07 0.00
374_I 192_I 1.12 0.07 0.00
572_V 249_G 1.12 0.07 0.00
378_Y 176_L 1.11 0.07 0.00
307_P 169_A 1.11 0.07 0.00
784_E 193_L 1.10 0.07 0.00
644_D 365_I 1.10 0.07 0.00
682_V 412_S 1.09 0.07 0.00
378_Y 423_T 1.09 0.07 0.00
510_A 179_V 1.09 0.07 0.00
122_V 169_A 1.08 0.07 0.00
1008_L 398_Q 1.08 0.07 0.00
695_V 5_K 1.08 0.06 0.00
378_Y 167_I 1.07 0.06 0.00
320_V 186_F 1.06 0.06 0.00
50_L 16_S 1.06 0.06 0.00
482_I 173_D 1.06 0.06 0.00
422_M 212_K 1.06 0.06 0.00
309_A 169_A 1.05 0.06 0.00
671_E 386_E 1.05 0.06 0.00
820_Y 121_F 1.05 0.06 0.00
719_L 389_F 1.05 0.06 0.00
40_R 173_D 1.05 0.06 0.00
90_G 173_D 1.05 0.06 0.00
554_K 159_I 1.05 0.06 0.00
716_T 407_N 1.04 0.06 0.00
631_E 211_E 1.04 0.06 0.00
172_Q 357_Q 1.04 0.06 0.00
535_D 412_S 1.04 0.06 0.00
40_R 193_L 1.03 0.06 0.00
90_G 193_L 1.03 0.06 0.00
607_L 172_L 1.03 0.06 0.00
608_D 320_L 1.03 0.06 0.00
75_V 294_N 1.02 0.06 0.00
450_E 389_F 1.02 0.06 0.00
43_G 334_I 1.02 0.06 0.00
64_D 386_E 1.01 0.06 0.00
9_F 183_K 1.01 0.06 0.00
495_K 107_F 1.01 0.06 0.00
47_A 203_G 1.01 0.06 0.00
719_L 205_V 1.01 0.06 0.00
719_L 410_T 1.01 0.06 0.00
910_A 178_Q 1.01 0.06 0.00
695_V 407_N 1.01 0.06 0.00
1031_R 286_G 1.00 0.06 0.00
1028_V 380_E 1.00 0.06 0.00
567_R 411_Q 1.00 0.06 0.00
616_A 332_E 1.00 0.06 0.00
65_L 203_G 1.00 0.06 0.00
66_L 386_E 1.00 0.06 0.00
903_L 174_T 1.00 0.06 0.00
747_A 173_D 1.00 0.06 0.00
488_L 403_L 0.99 0.06 0.00
504_R 159_I 0.99 0.06 0.00
115_A 333_Y 0.99 0.06 0.00
588_E 184_A 0.99 0.06 0.00
432_Q 9_G 0.99 0.06 0.00
309_A 193_L 0.98 0.06 0.00
573_V 187_E 0.98 0.06 0.00
700_R 269_R 0.98 0.06 0.00
648_I 173_D 0.98 0.06 0.00
377_C 402_A 0.98 0.06 0.00
539_E 171_K 0.98 0.06 0.00
87_R 162_L 0.98 0.06 0.00
63_H 121_F 0.98 0.06 0.00
806_C 194_K 0.98 0.06 0.00
549_V 381_I 0.98 0.06 0.00
151_K 159_I 0.98 0.06 0.00
815_R 217_E 0.97 0.06 0.00
712_C 176_L 0.97 0.06 0.00
40_R 386_E 0.97 0.06 0.00
90_G 386_E 0.97 0.06 0.00
677_S 211_E 0.97 0.06 0.00
135_L 186_F 0.97 0.06 0.00
841_I 198_Q 0.96 0.05 0.00
564_P 336_I 0.96 0.05 0.00
913_N 199_A 0.96 0.05 0.00
307_P 176_L 0.95 0.05 0.00
438_P 231_I 0.95 0.05 0.00
6_N 287_D 0.95 0.05 0.00
715_L 193_L 0.95 0.05 0.00
482_I 121_F 0.95 0.05 0.00
852_E 385_V 0.95 0.05 0.00
614_K 419_R 0.95 0.05 0.00
901_A 388_L 0.95 0.05 0.00
902_K 421_E 0.95 0.05 0.00
269_K 39_D 0.95 0.05 0.00
572_V 199_A 0.95 0.05 0.00
930_L 178_Q 0.95 0.05 0.00
26_N 360_I 0.95 0.05 0.00
675_R 212_K 0.95 0.05 0.00
790_V 390_A 0.95 0.05 0.00
788_N 159_I 0.94 0.05 0.00
633_V 18_V 0.94 0.05 0.00
83_F 405_R 0.94 0.05 0.00
930_L 410_T 0.94 0.05 0.00
910_A 423_T 0.94 0.05 0.00
68_E 177_A 0.94 0.05 0.00
379_S 398_Q 0.94 0.05 0.00
31_D 161_P 0.94 0.05 0.00
187_G 187_E 0.94 0.05 0.00
713_N 79_V 0.94 0.05 0.00
833_E 121_F 0.94 0.05 0.00
858_R 162_L 0.93 0.05 0.00
377_C 407_N 0.93 0.05 0.00
657_I 211_E 0.92 0.05 0.00
627_Q 121_F 0.92 0.05 0.00
824_K 385_V 0.92 0.05 0.00
991_V 157_I 0.92 0.05 0.00
40_R 196_F 0.92 0.05 0.00
90_G 196_F 0.92 0.05 0.00
784_E 398_Q 0.92 0.05 0.00
789_I 388_L 0.92 0.05 0.00
21_A 360_I 0.92 0.05 0.00
781_F 150_A 0.91 0.05 0.00
570_C 356_G 0.91 0.05 0.00
832_P 375_V 0.91 0.05 0.00
970_K 334_I 0.91 0.05 0.00
363_W 160_P 0.91 0.05 0.00
852_E 15_V 0.91 0.05 0.00
716_T 424_A 0.91 0.05 0.00
1029_I 176_L 0.91 0.05 0.00
122_V 176_L 0.91 0.05 0.00
534_T 140_A 0.91 0.05 0.00
136_P 168_I 0.90 0.05 0.00
609_H 445_E 0.90 0.05 0.00
879_E 151_S 0.90 0.05 0.00
415_R 336_I 0.90 0.05 0.00
40_R 172_L 0.90 0.05 0.00
90_G 172_L 0.90 0.05 0.00
607_L 186_F 0.90 0.05 0.00
530_I 356_G 0.90 0.05 0.00
124_K 410_T 0.90 0.05 0.00
628_I 421_E 0.89 0.05 0.00
307_P 185_R 0.89 0.05 0.00
607_L 409_L 0.89 0.05 0.00
66_L 49_I 0.89 0.05 0.00
696_A 79_V 0.89 0.05 0.00
75_V 150_A 0.89 0.05 0.00
112_F 121_F 0.89 0.05 0.00
858_R 213_W 0.89 0.05 0.00
378_Y 186_F 0.89 0.05 0.00
544_I 361_S 0.89 0.05 0.00
847_I 192_I 0.89 0.05 0.00
423_L 175_L 0.89 0.05 0.00
104_A 172_L 0.89 0.05 0.00
784_E 385_V 0.89 0.05 0.00
309_A 176_L 0.89 0.05 0.00
731_C 197_R 0.89 0.05 0.00
62_Q 178_Q 0.89 0.05 0.00
784_E 388_L 0.89 0.05 0.00
1022_Q 179_V 0.89 0.05 0.00
459_A 13_A 0.89 0.05 0.00
607_L 9_G 0.88 0.05 0.00
136_P 417_A 0.88 0.05 0.00
377_C 406_V 0.88 0.05 0.00
510_A 176_L 0.88 0.05 0.00
492_Q 385_V 0.88 0.05 0.00
1028_V 383_R 0.88 0.05 0.00
675_R 153_D 0.88 0.05 0.00
513_A 197_R 0.88 0.05 0.00
23_A 370_V 0.88 0.05 0.00
385_Y 18_V 0.88 0.05 0.00
711_V 170_E 0.88 0.05 0.00
479_R 374_P 0.88 0.05 0.00
872_V 198_Q 0.87 0.05 0.00
307_P 406_V 0.87 0.05 0.00
391_T 158_P 0.87 0.05 0.00
328_Y 406_V 0.87 0.05 0.00
543_K 173_D 0.87 0.05 0.00
731_C 179_V 0.87 0.05 0.00
811_L 316_Y 0.87 0.05 0.00
84_H 416_K 0.87 0.05 0.00
983_I 439_S 0.87 0.05 0.00
150_L 425_Q 0.87 0.05 0.00
725_Q 193_L 0.87 0.05 0.00
712_C 193_L 0.87 0.05 0.00
414_H 176_L 0.87 0.05 0.00
740_V 425_Q 0.87 0.05 0.00
694_E 368_Q 0.86 0.05 0.00
320_V 415_A 0.86 0.05 0.00
633_V 251_P 0.86 0.05 0.00
329_R 176_L 0.86 0.05 0.00
615_I 256_S 0.86 0.05 0.00
147_V 203_G 0.86 0.05 0.00
570_C 265_Q 0.86 0.05 0.00
1008_L 221_S 0.86 0.05 0.00
866_V 320_L 0.86 0.05 0.00
725_Q 194_K 0.86 0.05 0.00
260_A 419_R 0.86 0.05 0.00
237_T 323_A 0.86 0.05 0.00
806_C 205_V 0.86 0.05 0.00
868_L 163_A 0.86 0.05 0.00
456_V 323_A 0.85 0.05 0.00
729_V 235_L 0.85 0.05 0.00
277_V 334_I 0.85 0.05 0.00
495_K 437_E 0.85 0.05 0.00
847_I 92_K 0.85 0.05 0.00
568_Y 330_L 0.85 0.05 0.00
374_I 424_A 0.85 0.05 0.00
523_T 24_G 0.85 0.05 0.00
671_E 385_V 0.85 0.05 0.00
40_R 384_R 0.85 0.05 0.00
90_G 384_R 0.85 0.05 0.00
533_L 168_I 0.85 0.05 0.00
317_N 423_T 0.85 0.05 0.00
300_V 176_L 0.85 0.05 0.00
40_R 411_Q 0.85 0.05 0.00
90_G 411_Q 0.85 0.05 0.00
21_A 287_D 0.85 0.05 0.00
267_F 390_A 0.85 0.05 0.00
768_D 402_A 0.85 0.05 0.00
824_K 174_T 0.85 0.04 0.00
932_Q 189_I 0.85 0.04 0.00
310_V 406_V 0.84 0.04 0.00
715_L 416_K 0.84 0.04 0.00
491_S 370_V 0.84 0.04 0.00
769_K 402_A 0.84 0.04 0.00
605_R 203_G 0.84 0.04 0.00
762_K 418_F 0.84 0.04 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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