May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
mfd (1148) rnap (1342) ecoli
Genes: A B A+B
Length: 578 672 1192
Sequences: 2134 1008 641
Seq/Len: 3.69 1.5 0.54
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.01
100 0.00 0.09 0.05
∞ 0.01 0.09 0.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
413_V 64_I 1.52 0.60 0.00
158_V 26_D 1.41 0.52 0.00
216_V 226_T 1.40 0.51 0.00
339_Q 580_S 1.39 0.50 0.00
339_Q 449_M 1.37 0.49 0.00
199_G 618_Q 1.30 0.43 0.00
98_N 100_C 1.29 0.42 0.00
363_I 27_K 1.28 0.41 0.00
29_F 543_Y 1.26 0.40 0.00
113_I 123_E 1.25 0.40 0.00
62_F 608_L 1.25 0.39 0.00
296_V 406_I 1.24 0.38 0.00
432_T 3_H 1.23 0.38 0.00
259_L 34_M 1.21 0.36 0.00
310_A 371_D 1.17 0.34 0.00
37_Q 188_G 1.16 0.33 0.00
268_I 530_K 1.16 0.32 0.00
232_I 265_T 1.16 0.32 0.00
122_Q 439_I 1.15 0.32 0.00
172_I 246_S 1.14 0.31 0.00
434_V 142_F 1.14 0.31 0.00
394_S 259_I 1.14 0.31 0.00
124_Q 64_I 1.14 0.31 0.00
396_S 183_D 1.13 0.31 0.00
129_V 425_D 1.12 0.30 0.00
148_V 26_D 1.12 0.30 0.00
327_H 253_G 1.11 0.29 0.00
538_P 182_A 1.11 0.29 0.00
46_M 201_V 1.09 0.28 0.00
316_E 408_K 1.09 0.28 0.00
184_L 112_V 1.09 0.28 0.00
56_V 112_V 1.09 0.28 0.00
507_K 258_V 1.09 0.28 0.00
127_A 26_D 1.08 0.27 0.00
382_I 657_L 1.08 0.27 0.00
403_S 636_K 1.06 0.27 0.00
267_R 133_A 1.06 0.26 0.00
500_A 646_E 1.06 0.26 0.00
259_L 148_V 1.06 0.26 0.00
508_L 34_M 1.05 0.26 0.00
437_R 262_Q 1.05 0.26 0.00
262_L 142_F 1.04 0.25 0.00
442_L 190_A 1.04 0.25 0.00
380_L 543_Y 1.04 0.25 0.00
402_F 201_V 1.03 0.24 0.00
144_L 107_V 1.02 0.24 0.00
496_L 259_I 1.02 0.24 0.00
471_E 105_E 1.02 0.24 0.00
434_V 23_L 1.02 0.24 0.00
20_Y 145_S 1.02 0.24 0.00
293_N 113_L 1.02 0.24 0.00
197_M 188_G 1.02 0.24 0.00
307_I 406_I 1.01 0.23 0.00
108_V 417_Y 1.01 0.23 0.00
373_F 3_H 1.01 0.23 0.00
465_T 105_E 1.01 0.23 0.00
432_T 427_V 1.00 0.23 0.00
134_I 155_E 1.00 0.23 0.00
207_A 142_F 0.99 0.22 0.00
201_R 639_V 0.99 0.22 0.00
497_R 44_V 0.99 0.22 0.00
305_I 409_I 0.99 0.22 0.00
232_I 660_I 0.99 0.22 0.00
342_A 374_P 0.99 0.22 0.00
297_C 427_V 0.99 0.22 0.00
339_Q 418_D 0.99 0.22 0.00
56_V 119_T 0.98 0.22 0.00
508_L 132_V 0.98 0.22 0.00
381_E 533_D 0.98 0.22 0.00
118_S 107_V 0.98 0.21 0.00
327_H 573_M 0.97 0.21 0.00
113_I 59_A 0.97 0.21 0.00
202_D 168_C 0.97 0.21 0.00
454_L 240_A 0.97 0.21 0.00
196_A 68_E 0.97 0.21 0.00
62_F 238_E 0.97 0.21 0.00
203_L 646_E 0.97 0.21 0.00
121_E 107_V 0.96 0.21 0.00
435_E 657_L 0.96 0.21 0.00
9_E 59_A 0.96 0.21 0.00
476_L 148_V 0.96 0.21 0.00
90_L 217_V 0.96 0.21 0.00
339_Q 379_I 0.96 0.20 0.00
148_V 36_R 0.96 0.20 0.00
114_S 618_Q 0.96 0.20 0.00
180_D 225_L 0.96 0.20 0.00
196_A 202_Y 0.95 0.20 0.00
46_M 383_Y 0.95 0.20 0.00
274_Q 26_D 0.95 0.20 0.00
394_S 230_K 0.95 0.20 0.00
499_Q 106_P 0.95 0.20 0.00
148_V 54_V 0.95 0.20 0.00
51_A 425_D 0.95 0.20 0.00
130_A 647_P 0.95 0.20 0.00
283_V 265_T 0.94 0.20 0.00
380_L 174_K 0.94 0.20 0.00
242_V 59_A 0.94 0.20 0.00
440_S 113_L 0.94 0.20 0.00
321_F 103_L 0.94 0.20 0.00
327_H 130_M 0.94 0.20 0.00
23_F 165_E 0.94 0.20 0.00
448_P 647_P 0.94 0.20 0.00
435_E 105_E 0.94 0.19 0.00
483_L 98_M 0.94 0.19 0.00
196_A 390_I 0.94 0.19 0.00
41_A 149_S 0.93 0.19 0.00
294_V 59_A 0.93 0.19 0.00
28_P 406_I 0.93 0.19 0.00
465_T 334_D 0.93 0.19 0.00
363_I 546_R 0.93 0.19 0.00
480_F 410_N 0.93 0.19 0.00
242_V 660_I 0.93 0.19 0.00
433_E 560_M 0.93 0.19 0.00
158_V 554_P 0.92 0.19 0.00
184_L 54_V 0.92 0.19 0.00
237_L 580_S 0.92 0.19 0.00
317_R 206_E 0.92 0.19 0.00
229_R 119_T 0.92 0.18 0.00
31_T 263_V 0.92 0.18 0.00
62_F 425_D 0.92 0.18 0.00
194_N 96_N 0.92 0.18 0.00
109_R 406_I 0.92 0.18 0.00
409_L 583_L 0.91 0.18 0.00
110_I 24_R 0.91 0.18 0.00
315_I 59_A 0.91 0.18 0.00
459_R 88_R 0.91 0.18 0.00
228_V 197_E 0.91 0.18 0.00
299_T 177_P 0.91 0.18 0.00
453_R 61_R 0.91 0.18 0.00
368_D 161_I 0.90 0.18 0.00
396_S 406_I 0.90 0.18 0.00
396_S 117_P 0.90 0.18 0.00
361_E 407_S 0.90 0.18 0.00
33_P 3_H 0.90 0.18 0.00
408_L 123_E 0.90 0.17 0.00
110_I 26_D 0.90 0.17 0.00
531_I 67_N 0.90 0.17 0.00
487_A 118_S 0.90 0.17 0.00
297_C 233_R 0.90 0.17 0.00
508_L 358_K 0.89 0.17 0.00
1_I 371_D 0.89 0.17 0.00
309_T 151_R 0.89 0.17 0.00
442_L 308_V 0.89 0.17 0.00
490_L 245_D 0.89 0.17 0.00
336_S 24_R 0.89 0.17 0.00
36_A 86_Y 0.89 0.17 0.00
476_L 40_V 0.89 0.17 0.00
4_Q 439_I 0.88 0.17 0.00
276_R 412_I 0.88 0.17 0.00
454_L 378_K 0.88 0.17 0.00
377_T 640_D 0.88 0.17 0.00
503_L 34_M 0.88 0.17 0.00
400_I 352_K 0.88 0.17 0.00
375_L 616_T 0.88 0.17 0.00
321_F 158_F 0.88 0.17 0.00
222_E 142_F 0.88 0.17 0.00
382_I 571_D 0.88 0.17 0.00
336_S 439_I 0.88 0.17 0.00
491_L 633_K 0.88 0.17 0.00
57_C 556_T 0.88 0.17 0.00
198_S 158_F 0.88 0.17 0.00
292_F 550_Q 0.88 0.17 0.00
361_E 142_F 0.87 0.17 0.00
484_P 551_F 0.87 0.17 0.00
133_K 259_I 0.87 0.17 0.00
389_L 174_K 0.87 0.16 0.00
297_C 147_L 0.87 0.16 0.00
366_L 371_D 0.87 0.16 0.00
180_D 223_T 0.87 0.16 0.00
16_D 107_V 0.87 0.16 0.00
144_L 384_L 0.87 0.16 0.00
397_M 124_L 0.87 0.16 0.00
268_I 34_M 0.87 0.16 0.00
252_I 183_D 0.86 0.16 0.00
244_Y 65_K 0.86 0.16 0.00
57_C 94_C 0.86 0.16 0.00
121_E 314_V 0.86 0.16 0.00
108_V 334_D 0.86 0.16 0.00
381_E 65_K 0.86 0.16 0.00
538_P 168_C 0.86 0.16 0.00
308_P 13_A 0.86 0.16 0.00
268_I 409_I 0.86 0.16 0.00
371_A 648_G 0.86 0.16 0.00
263_V 410_N 0.86 0.16 0.00
62_F 3_H 0.86 0.16 0.00
453_R 233_R 0.86 0.16 0.00
487_A 200_I 0.85 0.16 0.00
442_L 355_F 0.85 0.16 0.00
338_H 660_I 0.85 0.16 0.00
217_K 128_Q 0.85 0.16 0.00
385_A 55_Q 0.85 0.16 0.00
475_E 568_L 0.85 0.15 0.00
363_I 363_R 0.85 0.15 0.00
175_M 148_V 0.85 0.15 0.00
345_L 112_V 0.85 0.15 0.00
303_T 151_R 0.85 0.15 0.00
371_A 54_V 0.85 0.15 0.00
364_A 600_F 0.85 0.15 0.00
355_D 634_M 0.85 0.15 0.00
50_L 118_S 0.85 0.15 0.00
290_Q 420_N 0.84 0.15 0.00
252_I 93_T 0.84 0.15 0.00
138_I 350_E 0.84 0.15 0.00
174_A 615_Y 0.84 0.15 0.00
413_V 201_V 0.84 0.15 0.00
236_I 53_V 0.84 0.15 0.00
316_E 379_I 0.84 0.15 0.00
344_L 230_K 0.84 0.15 0.00
508_L 562_M 0.84 0.15 0.00
74_L 202_Y 0.84 0.15 0.00
259_L 168_C 0.84 0.15 0.00
241_Q 605_V 0.84 0.15 0.00
447_I 200_I 0.84 0.15 0.00
327_H 167_A 0.84 0.15 0.00
385_A 594_Q 0.84 0.15 0.00
315_I 217_V 0.84 0.15 0.00
442_L 457_K 0.84 0.15 0.00
184_L 148_V 0.84 0.15 0.00
174_A 30_V 0.84 0.15 0.00
455_S 363_R 0.83 0.15 0.00
325_Q 246_S 0.83 0.15 0.00
319_D 206_E 0.83 0.15 0.00
262_L 132_V 0.83 0.15 0.00
394_S 425_D 0.83 0.15 0.00
181_I 164_Q 0.83 0.15 0.00
363_I 88_R 0.83 0.15 0.00
269_A 193_S 0.83 0.15 0.00
157_I 209_G 0.83 0.15 0.00
498_Q 263_V 0.83 0.15 0.00
447_I 417_Y 0.83 0.15 0.00
436_L 128_Q 0.83 0.15 0.00
358_K 260_D 0.83 0.14 0.00
120_K 534_L 0.83 0.14 0.00
364_A 373_A 0.83 0.14 0.00
442_L 647_P 0.83 0.14 0.00
69_M 113_L 0.83 0.14 0.00
516_V 54_V 0.83 0.14 0.00
507_K 26_D 0.82 0.14 0.00
163_R 89_S 0.82 0.14 0.00
414_D 49_K 0.82 0.14 0.00
327_H 584_V 0.82 0.14 0.00
407_E 58_D 0.82 0.14 0.00
385_A 174_K 0.82 0.14 0.00
194_N 391_Q 0.82 0.14 0.00
468_E 107_V 0.82 0.14 0.00
404_L 411_P 0.82 0.14 0.00
223_Y 580_S 0.82 0.14 0.00
294_V 133_A 0.82 0.14 0.00
342_A 253_G 0.82 0.14 0.00
202_D 100_C 0.82 0.14 0.00
327_H 259_I 0.82 0.14 0.00
460_I 86_Y 0.82 0.14 0.00
400_I 573_M 0.82 0.14 0.00
113_I 102_S 0.82 0.14 0.00
402_F 560_M 0.82 0.14 0.00
231_A 571_D 0.82 0.14 0.00
313_I 265_T 0.82 0.14 0.00
178_N 439_I 0.81 0.14 0.00
43_L 145_S 0.81 0.14 0.00
285_N 351_L 0.81 0.14 0.00
13_F 223_T 0.81 0.14 0.00
500_A 3_H 0.81 0.14 0.00
400_I 157_R 0.81 0.14 0.00
152_D 23_L 0.81 0.14 0.00
387_E 384_L 0.81 0.14 0.00
454_L 406_I 0.81 0.14 0.00
7_A 64_I 0.81 0.14 0.00
129_V 151_R 0.81 0.14 0.00
413_V 71_M 0.81 0.14 0.00
203_L 406_I 0.81 0.14 0.00
98_N 106_P 0.81 0.14 0.00
303_T 573_M 0.81 0.14 0.00
257_E 344_L 0.81 0.14 0.00
137_L 615_Y 0.80 0.14 0.00
168_H 370_D 0.80 0.14 0.00
454_L 427_V 0.80 0.14 0.00
433_E 224_Q 0.80 0.14 0.00
113_I 424_V 0.80 0.14 0.00
137_L 532_G 0.80 0.14 0.00
381_E 157_R 0.80 0.14 0.00
251_N 23_L 0.80 0.14 0.00
110_I 473_E 0.80 0.14 0.00
185_T 451_A 0.80 0.14 0.00
324_A 614_A 0.80 0.14 0.00
400_I 182_A 0.80 0.14 0.00
225_S 30_V 0.80 0.13 0.00
216_V 128_Q 0.80 0.13 0.00
485_D 203_I 0.80 0.13 0.00
185_T 657_L 0.80 0.13 0.00
216_V 578_T 0.80 0.13 0.00
326_L 637_N 0.80 0.13 0.00
19_Q 54_V 0.80 0.13 0.00
305_I 540_I 0.80 0.13 0.00
440_S 250_V 0.80 0.13 0.00
303_T 40_V 0.80 0.13 0.00
142_K 193_S 0.80 0.13 0.00
271_G 646_E 0.80 0.13 0.00
75_A 646_E 0.80 0.13 0.00
497_R 554_P 0.79 0.13 0.00
406_M 580_S 0.79 0.13 0.00
111_E 25_A 0.79 0.13 0.00
296_V 538_G 0.79 0.13 0.00
494_A 390_I 0.79 0.13 0.00
484_P 173_T 0.79 0.13 0.00
194_N 408_K 0.79 0.13 0.00
184_L 539_Q 0.79 0.13 0.00
297_C 525_I 0.79 0.13 0.00
496_L 226_T 0.79 0.13 0.00
129_V 217_V 0.79 0.13 0.00
381_E 6_A 0.79 0.13 0.00
243_Y 554_P 0.79 0.13 0.00
366_L 148_V 0.79 0.13 0.00
203_L 217_V 0.79 0.13 0.00
43_L 148_V 0.79 0.13 0.00
184_L 266_R 0.79 0.13 0.00
108_V 112_V 0.79 0.13 0.00
46_M 364_R 0.79 0.13 0.00
90_L 623_V 0.79 0.13 0.00
364_A 418_D 0.79 0.13 0.00
180_D 224_Q 0.79 0.13 0.00
96_Y 161_I 0.79 0.13 0.00
325_Q 662_S 0.79 0.13 0.00
247_N 225_L 0.79 0.13 0.00
487_A 36_R 0.79 0.13 0.00
233_L 555_V 0.78 0.13 0.00
205_I 3_H 0.78 0.13 0.00
175_M 59_A 0.78 0.13 0.00
296_V 442_I 0.78 0.13 0.00
343_W 330_L 0.78 0.13 0.00
416_L 160_T 0.78 0.13 0.00
308_P 25_A 0.78 0.13 0.00
366_L 386_V 0.78 0.13 0.00
496_L 54_V 0.78 0.13 0.00
308_P 615_Y 0.78 0.13 0.00
41_A 54_V 0.78 0.13 0.00
369_L 425_D 0.78 0.13 0.00
503_L 664_G 0.78 0.13 0.00
342_A 629_N 0.78 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1003 seconds.