May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FtsW-FtsI
Genes: A B A+B
Length: 414 588 913
Sequences: 2986 5960 1397
Seq/Len: 7.21 10.14 1.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.31
2 0.00 0.06 0.34
5 0.00 0.06 1.30
10 0.01 0.07 1.37
20 0.01 0.07 1.39
100 0.04 0.10 1.57
∞ 0.14 0.23 1.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
313_V 39_L 2.35 0.99 0.98
271_F 45_L 1.66 0.93 0.84
309_Y 47_V 1.64 0.92 0.83
360_V 38_L 1.59 0.90 0.80
312_V 42_V 1.48 0.86 0.73
309_Y 43_A 1.47 0.85 0.72
276_L 47_V 1.22 0.67 0.47
366_M 38_L 1.20 0.65 0.45
107_W 523_Q 1.18 0.63 0.43
88_Y 417_F 1.15 0.60 0.40
149_A 516_A 1.10 0.56 0.35
382_S 376_L 1.10 0.55 0.35
276_L 244_V 1.10 0.55 0.35
91_L 203_Q 1.08 0.53 0.32
316_L 39_L 1.07 0.52 0.32
369_T 219_E 1.07 0.52 0.32
300_F 42_V 1.06 0.51 0.30
56_A 545_V 1.02 0.47 0.27
365_G 399_G 1.01 0.46 0.26
382_S 319_Q 1.00 0.45 0.25
227_G 227_Q 1.00 0.45 0.25
352_F 312_M 1.00 0.44 0.24
146_I 192_V 0.99 0.44 0.24
357_L 38_L 0.99 0.43 0.24
253_P 279_P 0.99 0.43 0.23
93_F 236_I 0.98 0.42 0.23
263_Q 361_N 0.97 0.41 0.22
366_M 37_F 0.96 0.41 0.22
92_A 317_A 0.96 0.41 0.22
266_Q 60_R 0.94 0.38 0.20
116_L 266_D 0.94 0.38 0.20
273_R 419_Y 0.93 0.38 0.19
320_F 35_L 0.93 0.37 0.19
141_L 263_V 0.93 0.37 0.19
144_L 299_I 0.92 0.37 0.18
199_G 399_G 0.92 0.37 0.18
372_L 419_Y 0.92 0.36 0.18
117_G 192_V 0.92 0.36 0.18
357_L 272_V 0.92 0.36 0.18
382_S 435_I 0.91 0.36 0.18
292_P 237_D 0.91 0.36 0.18
107_W 449_V 0.91 0.36 0.18
186_L 45_L 0.90 0.35 0.17
364_A 41_R 0.90 0.35 0.17
149_A 348_S 0.90 0.35 0.17
300_F 33_L 0.90 0.35 0.17
276_L 521_A 0.90 0.35 0.17
111_S 319_Q 0.90 0.34 0.17
373_T 420_G 0.90 0.34 0.17
284_S 45_L 0.90 0.34 0.17
153_K 74_I 0.89 0.34 0.16
364_A 312_M 0.89 0.34 0.16
326_A 372_P 0.89 0.33 0.16
357_L 34_A 0.89 0.33 0.16
180_K 192_V 0.88 0.33 0.16
277_W 236_I 0.88 0.33 0.15
90_I 351_T 0.88 0.33 0.15
123_M 272_V 0.88 0.33 0.15
217_A 246_R 0.87 0.32 0.15
314_L 39_L 0.87 0.32 0.15
397_I 40_G 0.86 0.31 0.14
139_I 356_L 0.85 0.31 0.14
309_Y 50_P 0.85 0.30 0.14
266_Q 148_A 0.85 0.30 0.14
370_K 360_S 0.85 0.30 0.14
61_I 126_A 0.85 0.30 0.14
85_D 277_N 0.85 0.30 0.14
190_V 531_V 0.85 0.30 0.13
364_A 38_L 0.85 0.30 0.13
373_T 210_R 0.85 0.30 0.13
152_T 513_A 0.84 0.29 0.13
357_L 192_V 0.84 0.29 0.13
262_Y 258_E 0.83 0.29 0.12
393_M 247_E 0.83 0.28 0.12
190_V 199_W 0.82 0.28 0.12
139_I 201_T 0.82 0.28 0.12
348_I 266_D 0.82 0.28 0.12
97_I 36_A 0.82 0.27 0.12
338_H 419_Y 0.82 0.27 0.12
376_L 422_M 0.82 0.27 0.12
216_G 46_Q 0.82 0.27 0.12
57_A 36_A 0.82 0.27 0.12
316_L 38_L 0.82 0.27 0.12
98_I 137_I 0.81 0.27 0.11
265_T 231_N 0.81 0.27 0.11
155_S 465_R 0.81 0.27 0.11
211_M 446_I 0.81 0.27 0.11
59_G 488_G 0.81 0.26 0.11
80_F 268_N 0.81 0.26 0.11
146_I 408_S 0.80 0.26 0.11
398_D 412_R 0.80 0.26 0.11
187_V 228_A 0.80 0.26 0.10
355_Q 313_V 0.80 0.26 0.10
348_I 246_R 0.79 0.26 0.10
132_V 282_N 0.79 0.26 0.10
303_I 97_E 0.79 0.25 0.10
141_L 33_L 0.78 0.24 0.10
228_M 37_F 0.78 0.24 0.10
360_V 194_K 0.78 0.24 0.10
291_L 360_S 0.78 0.24 0.10
245_R 528_L 0.77 0.24 0.09
202_V 228_A 0.77 0.24 0.09
383_S 166_R 0.77 0.24 0.09
124_I 526_F 0.77 0.24 0.09
296_T 286_L 0.77 0.24 0.09
296_T 350_L 0.77 0.24 0.09
148_P 498_A 0.77 0.24 0.09
161_A 81_P 0.77 0.24 0.09
374_L 383_F 0.77 0.24 0.09
376_L 160_H 0.77 0.24 0.09
243_R 363_G 0.77 0.24 0.09
250_F 367_L 0.77 0.24 0.09
117_G 116_A 0.77 0.23 0.09
139_I 52_M 0.77 0.23 0.09
287_K 535_P 0.77 0.23 0.09
385_L 66_Q 0.77 0.23 0.09
87_V 465_R 0.77 0.23 0.09
121_L 473_S 0.77 0.23 0.09
288_L 331_T 0.76 0.23 0.09
343_F 371_M 0.76 0.23 0.09
367_L 45_L 0.76 0.23 0.09
212_L 198_K 0.76 0.23 0.09
338_H 495_T 0.76 0.23 0.09
120_I 438_Y 0.76 0.23 0.09
225_I 115_N 0.76 0.23 0.09
115_L 314_V 0.76 0.23 0.09
115_L 550_F 0.76 0.23 0.09
340_F 299_I 0.76 0.23 0.09
282_G 361_N 0.76 0.23 0.09
231_S 139_L 0.75 0.22 0.08
329_I 38_L 0.75 0.22 0.08
383_S 114_A 0.75 0.22 0.08
300_F 314_V 0.75 0.22 0.08
329_I 448_K 0.75 0.22 0.08
48_L 32_L 0.75 0.22 0.08
199_G 283_P 0.75 0.22 0.08
382_S 179_I 0.75 0.22 0.08
206_V 446_I 0.75 0.22 0.08
212_L 314_V 0.75 0.22 0.08
226_I 34_A 0.74 0.22 0.08
372_L 182_T 0.74 0.22 0.08
345_A 41_R 0.74 0.21 0.08
49_L 144_N 0.74 0.21 0.08
301_A 530_V 0.74 0.21 0.08
149_A 205_G 0.74 0.21 0.08
102_L 553_I 0.74 0.21 0.08
304_G 46_Q 0.74 0.21 0.08
294_A 369_L 0.74 0.21 0.08
391_I 555_G 0.74 0.21 0.08
303_I 81_P 0.74 0.21 0.08
232_A 192_V 0.74 0.21 0.08
276_L 351_T 0.74 0.21 0.08
146_I 449_V 0.73 0.21 0.08
282_G 535_P 0.73 0.21 0.08
317_L 32_L 0.73 0.21 0.08
385_L 415_F 0.73 0.21 0.08
211_M 175_T 0.73 0.21 0.08
163_Y 173_E 0.73 0.21 0.08
139_I 232_L 0.73 0.21 0.08
293_E 519_A 0.73 0.21 0.07
226_I 139_L 0.73 0.21 0.07
141_L 416_S 0.73 0.21 0.07
54_G 515_T 0.73 0.21 0.07
315_A 551_G 0.73 0.21 0.07
205_F 469_H 0.73 0.21 0.07
372_L 376_L 0.73 0.21 0.07
397_I 231_N 0.73 0.21 0.07
63_V 363_G 0.73 0.20 0.07
57_A 40_G 0.73 0.20 0.07
291_L 550_F 0.72 0.20 0.07
353_S 31_I 0.72 0.20 0.07
111_S 146_D 0.72 0.20 0.07
397_I 84_V 0.72 0.20 0.07
322_V 179_I 0.72 0.20 0.07
93_F 449_V 0.72 0.20 0.07
391_I 90_A 0.72 0.20 0.07
319_V 514_Y 0.72 0.20 0.07
178_F 52_M 0.72 0.20 0.07
286_Q 57_G 0.72 0.20 0.07
360_V 65_Q 0.72 0.20 0.07
85_D 419_Y 0.72 0.20 0.07
303_I 73_M 0.72 0.20 0.07
104_M 471_M 0.72 0.20 0.07
141_L 491_I 0.72 0.20 0.07
372_L 242_A 0.72 0.20 0.07
218_K 69_T 0.72 0.20 0.07
367_L 37_F 0.72 0.20 0.07
68_M 343_D 0.71 0.20 0.07
207_T 27_L 0.71 0.20 0.07
244_I 435_I 0.71 0.20 0.07
109_R 127_R 0.71 0.20 0.07
64_T 267_V 0.71 0.20 0.07
199_G 286_L 0.71 0.19 0.07
342_G 70_S 0.71 0.19 0.07
108_Q 385_L 0.71 0.19 0.07
199_G 386_G 0.71 0.19 0.07
361_G 51_D 0.71 0.19 0.07
252_N 159_I 0.71 0.19 0.07
116_L 448_K 0.71 0.19 0.07
145_R 120_P 0.70 0.19 0.07
309_Y 42_V 0.70 0.19 0.06
363_A 347_Y 0.70 0.19 0.06
198_L 114_A 0.70 0.19 0.06
48_L 83_A 0.70 0.19 0.06
213_F 473_S 0.70 0.19 0.06
316_L 569_T 0.70 0.19 0.06
361_G 38_L 0.70 0.19 0.06
218_K 299_I 0.70 0.19 0.06
349_G 372_P 0.70 0.19 0.06
84_R 236_I 0.70 0.18 0.06
341_S 390_N 0.69 0.18 0.06
369_T 61_S 0.69 0.18 0.06
179_L 198_K 0.69 0.18 0.06
231_S 232_L 0.69 0.18 0.06
360_V 530_V 0.69 0.18 0.06
352_F 321_G 0.69 0.18 0.06
136_S 234_L 0.69 0.18 0.06
355_Q 83_A 0.69 0.18 0.06
281_L 486_I 0.69 0.18 0.06
323_A 525_R 0.69 0.18 0.06
295_H 415_F 0.69 0.18 0.06
389_T 33_L 0.69 0.18 0.06
86_G 233_A 0.69 0.18 0.06
370_K 350_L 0.69 0.18 0.06
310_V 465_R 0.69 0.18 0.06
195_Q 506_R 0.69 0.18 0.06
344_L 376_L 0.69 0.18 0.06
393_M 408_S 0.69 0.18 0.06
337_D 342_K 0.69 0.18 0.06
340_F 58_D 0.69 0.18 0.06
342_G 380_Y 0.69 0.18 0.06
331_R 179_I 0.69 0.18 0.06
284_S 349_E 0.69 0.18 0.06
261_G 479_G 0.69 0.18 0.06
197_D 550_F 0.69 0.18 0.06
133_K 91_I 0.69 0.18 0.06
219_L 387_K 0.69 0.18 0.06
224_A 528_L 0.69 0.18 0.06
139_I 268_N 0.68 0.18 0.06
299_I 47_V 0.68 0.18 0.06
203_V 132_P 0.68 0.18 0.06
201_V 244_V 0.68 0.18 0.06
110_Y 272_V 0.68 0.18 0.06
212_L 530_V 0.68 0.18 0.06
304_G 216_R 0.68 0.18 0.06
211_M 376_L 0.68 0.18 0.06
159_Y 341_I 0.68 0.17 0.06
55_L 170_P 0.68 0.17 0.06
326_A 471_M 0.68 0.17 0.06
362_A 514_Y 0.68 0.17 0.06
379_Y 385_L 0.68 0.17 0.06
230_I 198_K 0.68 0.17 0.06
243_R 304_E 0.68 0.17 0.06
251_W 546_S 0.68 0.17 0.06
272_G 53_L 0.68 0.17 0.06
107_W 381_S 0.68 0.17 0.06
373_T 419_Y 0.68 0.17 0.06
321_F 314_V 0.68 0.17 0.06
364_A 526_F 0.68 0.17 0.06
363_A 499_K 0.68 0.17 0.06
206_V 36_A 0.67 0.17 0.06
151_L 532_I 0.67 0.17 0.06
396_R 182_T 0.67 0.17 0.06
215_A 175_T 0.67 0.17 0.06
200_T 530_V 0.67 0.17 0.06
138_W 234_L 0.67 0.17 0.06
358_V 124_L 0.67 0.17 0.06
104_M 296_N 0.67 0.17 0.06
360_V 42_V 0.67 0.17 0.06
315_A 134_G 0.67 0.17 0.06
102_L 114_A 0.67 0.17 0.06
266_Q 533_N 0.67 0.17 0.06
77_D 150_Y 0.67 0.17 0.05
243_R 399_G 0.67 0.17 0.05
325_R 87_P 0.67 0.17 0.05
166_R 300_T 0.67 0.17 0.05
212_L 269_T 0.67 0.17 0.05
84_R 499_K 0.67 0.17 0.05
156_L 356_L 0.67 0.17 0.05
106_F 192_V 0.67 0.17 0.05
136_S 250_N 0.67 0.17 0.05
103_P 88_V 0.67 0.17 0.05
279_Q 499_K 0.67 0.17 0.05
290_Y 188_G 0.67 0.17 0.05
314_L 151_I 0.67 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6268 1.53 FtsW-FtsI Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.98 Done - Shared
2407 3.07 ftsw-pbp3 d5 Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 1.00 Done
2387 1.09 ftsw-pbp3 Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.18 Done
2382 3.32 ftsw-pbp3 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.99 Done
Page generated in 0.1867 seconds.