May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
4CI0_AB
Genes: A B A+B
Length: 385 228 570
Sequences: 3525 312 312
Seq/Len: 9.16 1.37 0.55
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.01 0.43
2 0.06 0.01 0.49
5 0.07 0.03 0.51
10 0.08 0.03 0.51
20 0.08 0.03 0.51
100 0.10 0.04 0.51
∞ 0.17 0.16 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
102_V 153_D 1.90 0.84 0.10
262_A 56_V 1.70 0.73 0.07
160_D 79_K 1.64 0.70 0.06
57_M 93_F 1.56 0.64 0.04
325_A 15_D 1.41 0.52 0.03
86_P 55_L 1.38 0.50 0.03
205_N 141_L 1.34 0.47 0.02
54_A 18_S 1.32 0.45 0.02
71_L 86_S 1.29 0.43 0.02
103_N 21_E 1.28 0.42 0.02
8_P 40_Q 1.28 0.42 0.02
282_R 38_Y 1.27 0.41 0.02
348_V 41_T 1.26 0.40 0.02
166_A 35_D 1.24 0.39 0.02
49_K 123_L 1.24 0.39 0.02
160_D 4_I 1.23 0.38 0.02
383_A 10_S 1.23 0.38 0.02
133_R 44_D 1.20 0.36 0.01
20_M 149_Q 1.20 0.36 0.01
338_N 140_L 1.19 0.35 0.01
54_A 140_L 1.19 0.35 0.01
148_I 21_E 1.19 0.35 0.01
148_I 141_L 1.16 0.33 0.01
228_E 38_Y 1.15 0.32 0.01
165_L 115_D 1.15 0.32 0.01
282_R 132_I 1.15 0.32 0.01
8_P 133_I 1.14 0.32 0.01
348_V 8_H 1.14 0.32 0.01
168_K 121_L 1.13 0.31 0.01
315_T 95_R 1.13 0.31 0.01
83_I 112_P 1.13 0.31 0.01
137_Q 17_M 1.13 0.31 0.01
67_I 19_L 1.12 0.30 0.01
331_V 128_P 1.11 0.30 0.01
375_A 37_V 1.11 0.30 0.01
358_G 141_L 1.11 0.30 0.01
316_G 2_P 1.11 0.29 0.01
357_M 60_V 1.10 0.29 0.01
295_E 5_G 1.09 0.28 0.01
134_K 82_C 1.09 0.28 0.01
218_R 1_K 1.09 0.28 0.01
148_I 128_P 1.09 0.28 0.01
92_L 27_A 1.08 0.28 0.01
281_A 54_A 1.08 0.28 0.01
36_I 129_S 1.07 0.27 0.01
165_L 73_E 1.07 0.27 0.01
22_V 80_L 1.07 0.27 0.01
46_V 34_V 1.07 0.27 0.01
260_P 38_Y 1.07 0.27 0.01
218_R 129_S 1.07 0.27 0.01
82_D 137_V 1.07 0.27 0.01
265_V 98_R 1.07 0.27 0.01
222_D 4_I 1.05 0.26 0.01
64_V 26_L 1.05 0.26 0.01
356_T 18_S 1.05 0.26 0.01
74_V 155_A 1.05 0.26 0.01
1_S 118_D 1.05 0.26 0.01
226_F 171_N 1.05 0.26 0.01
111_L 29_L 1.04 0.25 0.01
74_V 36_I 1.04 0.25 0.01
28_V 66_H 1.04 0.25 0.01
160_D 78_A 1.03 0.25 0.01
28_V 179_G 1.03 0.25 0.01
363_G 1_K 1.03 0.25 0.01
234_W 137_V 1.03 0.25 0.01
258_V 44_D 1.03 0.24 0.01
204_H 136_T 1.03 0.24 0.01
335_K 135_K 1.02 0.24 0.01
112_I 21_E 1.02 0.24 0.01
96_T 124_P 1.02 0.24 0.01
26_G 143_N 1.02 0.24 0.01
56_V 94_T 1.02 0.24 0.01
376_Y 148_L 1.01 0.24 0.01
343_F 3_R 1.01 0.24 0.01
134_K 139_A 1.01 0.23 0.01
39_V 94_T 1.01 0.23 0.01
334_A 78_A 1.01 0.23 0.01
121_L 43_V 1.00 0.23 0.01
185_V 139_A 1.00 0.23 0.01
301_D 83_A 0.99 0.23 0.01
82_D 143_N 0.99 0.23 0.01
15_H 8_H 0.99 0.23 0.01
82_D 56_V 0.99 0.23 0.01
153_V 82_C 0.99 0.22 0.01
281_A 99_G 0.98 0.22 0.01
223_L 150_P 0.98 0.22 0.01
5_V 112_P 0.98 0.22 0.01
208_T 93_F 0.97 0.22 0.01
126_I 137_V 0.97 0.21 0.01
381_S 143_N 0.97 0.21 0.01
259_G 94_T 0.97 0.21 0.01
204_H 115_D 0.97 0.21 0.01
28_V 60_V 0.97 0.21 0.01
258_V 112_P 0.97 0.21 0.01
183_E 67_S 0.97 0.21 0.01
99_A 183_M 0.96 0.21 0.01
260_P 105_P 0.96 0.21 0.01
21_E 55_L 0.96 0.21 0.01
175_K 69_H 0.96 0.21 0.01
69_H 13_T 0.96 0.21 0.01
158_M 11_G 0.95 0.20 0.01
180_K 117_I 0.95 0.20 0.01
3_R 102_Q 0.95 0.20 0.01
10_S 44_D 0.95 0.20 0.01
69_H 94_T 0.95 0.20 0.01
182_N 133_I 0.95 0.20 0.01
220_K 106_S 0.95 0.20 0.01
85_V 60_V 0.95 0.20 0.01
355_P 18_S 0.95 0.20 0.01
146_E 186_Q 0.94 0.20 0.01
159_A 93_F 0.94 0.20 0.01
220_K 112_P 0.94 0.20 0.01
49_K 129_S 0.94 0.20 0.01
54_A 56_V 0.94 0.20 0.01
334_A 36_I 0.94 0.20 0.01
194_D 118_D 0.94 0.20 0.01
360_A 57_E 0.94 0.20 0.01
60_R 127_P 0.93 0.19 0.01
55_P 4_I 0.93 0.19 0.01
282_R 18_S 0.93 0.19 0.01
85_V 93_F 0.93 0.19 0.01
349_P 21_E 0.93 0.19 0.01
259_G 59_S 0.93 0.19 0.01
168_K 36_I 0.93 0.19 0.01
262_A 95_R 0.92 0.19 0.01
298_D 53_L 0.92 0.19 0.01
37_T 41_T 0.92 0.19 0.01
133_R 124_P 0.92 0.19 0.01
118_P 17_M 0.92 0.18 0.01
14_G 185_C 0.91 0.18 0.01
171_Y 32_N 0.91 0.18 0.01
45_M 44_D 0.91 0.18 0.01
291_S 60_V 0.91 0.18 0.01
95_L 27_A 0.91 0.18 0.01
159_A 158_T 0.91 0.18 0.01
186_E 54_A 0.91 0.18 0.01
166_A 176_I 0.91 0.18 0.01
174_L 25_I 0.91 0.18 0.01
352_W 41_T 0.91 0.18 0.01
83_I 45_L 0.91 0.18 0.01
100_H 94_T 0.90 0.18 0.01
144_A 186_Q 0.90 0.18 0.01
233_S 180_T 0.90 0.18 0.01
66_P 8_H 0.90 0.18 0.01
169_R 128_P 0.90 0.18 0.01
76_A 141_L 0.90 0.18 0.01
97_L 86_S 0.89 0.18 0.01
219_T 77_K 0.89 0.18 0.01
349_P 180_T 0.89 0.17 0.01
297_L 23_Y 0.89 0.17 0.01
73_S 131_E 0.89 0.17 0.01
77_I 1_K 0.89 0.17 0.01
69_H 8_H 0.89 0.17 0.01
110_F 93_F 0.89 0.17 0.01
229_I 44_D 0.89 0.17 0.01
175_K 113_I 0.88 0.17 0.01
67_I 59_S 0.88 0.17 0.01
73_S 1_K 0.88 0.17 0.01
46_V 5_G 0.88 0.17 0.01
66_P 21_E 0.88 0.17 0.01
37_T 57_E 0.88 0.17 0.00
180_K 112_P 0.88 0.17 0.00
58_V 9_L 0.88 0.17 0.00
171_Y 115_D 0.88 0.17 0.00
343_F 79_K 0.87 0.17 0.00
28_V 11_G 0.87 0.17 0.00
93_R 185_C 0.87 0.17 0.00
111_L 148_L 0.87 0.17 0.00
10_S 113_I 0.87 0.17 0.00
253_G 60_V 0.87 0.16 0.00
77_I 93_F 0.87 0.16 0.00
220_K 93_F 0.87 0.16 0.00
147_G 18_S 0.87 0.16 0.00
125_A 2_P 0.87 0.16 0.00
106_A 22_N 0.87 0.16 0.00
330_D 153_D 0.86 0.16 0.00
337_E 149_Q 0.86 0.16 0.00
153_V 36_I 0.86 0.16 0.00
289_A 74_L 0.86 0.16 0.00
33_Y 29_L 0.86 0.16 0.00
110_F 43_V 0.86 0.16 0.00
30_K 124_P 0.86 0.16 0.00
133_R 51_M 0.86 0.16 0.00
80_S 153_D 0.85 0.16 0.00
9_T 59_S 0.85 0.16 0.00
228_E 73_E 0.85 0.16 0.00
356_T 155_A 0.85 0.16 0.00
48_G 125_G 0.85 0.16 0.00
9_T 117_I 0.85 0.16 0.00
143_V 129_S 0.85 0.15 0.00
134_K 55_L 0.85 0.15 0.00
1_S 93_F 0.85 0.15 0.00
347_L 156_G 0.85 0.15 0.00
164_E 38_Y 0.85 0.15 0.00
144_A 15_D 0.84 0.15 0.00
279_H 158_T 0.84 0.15 0.00
22_V 73_E 0.84 0.15 0.00
363_G 138_V 0.84 0.15 0.00
53_T 56_V 0.84 0.15 0.00
282_R 96_Y 0.84 0.15 0.00
54_A 61_C 0.84 0.15 0.00
11_R 26_L 0.84 0.15 0.00
89_G 159_E 0.84 0.15 0.00
56_V 108_E 0.84 0.15 0.00
335_K 115_D 0.83 0.15 0.00
336_V 22_N 0.83 0.15 0.00
143_V 3_R 0.83 0.15 0.00
206_Q 1_K 0.83 0.15 0.00
25_E 35_D 0.83 0.15 0.00
186_E 32_N 0.83 0.15 0.00
91_L 30_L 0.83 0.15 0.00
38_P 8_H 0.83 0.15 0.00
274_G 86_S 0.83 0.15 0.00
225_R 18_S 0.83 0.15 0.00
185_V 73_E 0.83 0.15 0.00
336_V 69_H 0.83 0.15 0.00
53_T 22_N 0.82 0.15 0.00
348_V 94_T 0.82 0.15 0.00
73_S 156_G 0.82 0.15 0.00
318_L 140_L 0.82 0.15 0.00
78_D 15_D 0.82 0.15 0.00
63_G 129_S 0.82 0.15 0.00
354_I 89_A 0.82 0.15 0.00
239_E 79_K 0.82 0.14 0.00
295_E 78_A 0.82 0.14 0.00
192_I 112_P 0.82 0.14 0.00
41_G 110_F 0.82 0.14 0.00
309_D 4_I 0.82 0.14 0.00
23_D 38_Y 0.82 0.14 0.00
147_G 130_P 0.82 0.14 0.00
336_V 74_L 0.82 0.14 0.00
95_L 1_K 0.82 0.14 0.00
79_D 145_M 0.82 0.14 0.00
258_V 43_V 0.82 0.14 0.00
279_H 8_H 0.82 0.14 0.00
84_E 35_D 0.82 0.14 0.00
142_M 69_H 0.82 0.14 0.00
15_H 13_T 0.82 0.14 0.00
133_R 23_Y 0.82 0.14 0.00
44_K 130_P 0.82 0.14 0.00
47_T 37_V 0.82 0.14 0.00
214_I 191_D 0.82 0.14 0.00
384_T 18_S 0.81 0.14 0.00
320_I 28_E 0.81 0.14 0.00
323_I 124_P 0.81 0.14 0.00
282_R 152_L 0.81 0.14 0.00
209_L 32_N 0.81 0.14 0.00
104_S 52_D 0.81 0.14 0.00
363_G 150_P 0.81 0.14 0.00
329_L 18_S 0.81 0.14 0.00
121_L 4_I 0.81 0.14 0.00
213_Q 169_V 0.81 0.14 0.00
316_G 163_C 0.81 0.14 0.00
71_L 73_E 0.81 0.14 0.00
268_Q 113_I 0.81 0.14 0.00
16_A 42_L 0.81 0.14 0.00
145_G 185_C 0.81 0.14 0.00
29_T 82_C 0.81 0.14 0.00
102_V 121_L 0.81 0.14 0.00
47_T 51_M 0.81 0.14 0.00
71_L 67_S 0.81 0.14 0.00
134_K 28_E 0.81 0.14 0.00
337_E 131_E 0.81 0.14 0.00
282_R 184_A 0.80 0.14 0.00
69_H 124_P 0.80 0.14 0.00
100_H 59_S 0.80 0.14 0.00
322_A 155_A 0.80 0.14 0.00
352_W 111_V 0.80 0.14 0.00
38_P 10_S 0.80 0.14 0.00
183_E 188_R 0.80 0.14 0.00
301_D 32_N 0.80 0.14 0.00
282_R 182_A 0.80 0.14 0.00
384_T 71_L 0.80 0.14 0.00
16_A 64_D 0.80 0.14 0.00
63_G 165_L 0.80 0.14 0.00
96_T 93_F 0.80 0.14 0.00
253_G 155_A 0.80 0.14 0.00
104_S 11_G 0.80 0.14 0.00
152_D 30_L 0.80 0.14 0.00
166_A 152_L 0.80 0.14 0.00
364_F 136_T 0.79 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6239 0.55 4CI0_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-04, 4) msa: HHblits (2015_06) 0.10 Done - Shared
6236 0.55 4CI0_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.10 Done - Shared
Page generated in 0.0553 seconds.