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OPENSEQ.org
ParB SMC NCC
Genes: A B A+B
Length: 282 315 580
Sequences: 2845 136 55
Seq/Len: 10.09 0.43 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.11 0.00 0.00
5 0.12 0.00 0.00
10 0.12 0.00 0.00
20 0.13 0.00 0.00
100 0.13 0.00 0.01
∞ 0.13 0.00 0.09
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
137_T 50_L 1.63 0.23 0.00
94_A 14_K 1.63 0.23 0.00
97_R 162_F 1.60 0.22 0.00
268_E 204_H 1.59 0.22 0.00
195_V 133_K 1.55 0.20 0.00
67_K 144_R 1.53 0.20 0.00
67_K 123_V 1.49 0.19 0.00
104_M 14_K 1.48 0.18 0.00
126_A 31_E 1.46 0.18 0.00
55_L 156_E 1.45 0.18 0.00
148_S 7_R 1.44 0.17 0.00
264_F 215_L 1.43 0.17 0.00
182_L 27_D 1.42 0.17 0.00
268_E 256_K 1.39 0.16 0.00
264_F 290_R 1.38 0.16 0.00
31_L 47_K 1.36 0.15 0.00
271_D 121_Q 1.36 0.15 0.00
91_T 14_K 1.32 0.14 0.00
202_Q 215_L 1.32 0.14 0.00
72_Y 195_K 1.31 0.14 0.00
148_S 24_R 1.30 0.14 0.00
137_T 31_E 1.30 0.14 0.00
36_Y 104_E 1.30 0.14 0.00
37_Q 31_E 1.29 0.14 0.00
96_V 236_L 1.28 0.13 0.00
94_A 2_L 1.28 0.13 0.00
153_A 307_E 1.28 0.13 0.00
273_I 102_K 1.27 0.13 0.00
273_I 122_Q 1.26 0.13 0.00
160_T 158_A 1.25 0.13 0.00
135_D 25_V 1.25 0.13 0.00
94_A 54_K 1.22 0.12 0.00
195_V 57_E 1.21 0.12 0.00
95_I 229_I 1.20 0.12 0.00
60_L 176_Q 1.19 0.11 0.00
96_V 251_A 1.18 0.11 0.00
59_I 164_Q 1.18 0.11 0.00
275_E 11_A 1.18 0.11 0.00
148_S 27_D 1.18 0.11 0.00
132_K 149_V 1.18 0.11 0.00
66_R 22_L 1.17 0.11 0.00
134_L 36_V 1.17 0.11 0.00
163_E 287_G 1.17 0.11 0.00
13_F 11_A 1.16 0.11 0.00
132_K 31_E 1.15 0.11 0.00
96_V 284_S 1.15 0.11 0.00
26_I 11_A 1.15 0.11 0.00
182_L 249_R 1.15 0.11 0.00
3_K 253_N 1.15 0.10 0.00
129_S 148_A 1.14 0.10 0.00
144_R 144_R 1.14 0.10 0.00
121_L 247_L 1.14 0.10 0.00
43_D 287_G 1.13 0.10 0.00
155_H 7_R 1.13 0.10 0.00
262_I 276_A 1.12 0.10 0.00
247_T 31_E 1.12 0.10 0.00
104_M 231_N 1.12 0.10 0.00
236_E 121_Q 1.12 0.10 0.00
208_L 254_N 1.12 0.10 0.00
174_L 133_K 1.12 0.10 0.00
162_P 35_Q 1.12 0.10 0.00
105_R 300_K 1.11 0.10 0.00
268_E 279_E 1.11 0.10 0.00
94_A 93_S 1.11 0.10 0.00
28_I 279_E 1.11 0.10 0.00
119_S 42_Q 1.11 0.10 0.00
132_K 157_E 1.10 0.10 0.00
160_T 161_Q 1.10 0.10 0.00
183_L 257_H 1.09 0.10 0.00
101_E 57_E 1.09 0.10 0.00
120_P 74_K 1.09 0.10 0.00
35_P 11_A 1.09 0.10 0.00
258_G 22_L 1.08 0.09 0.00
159_L 1_V 1.08 0.09 0.00
37_Q 96_I 1.08 0.09 0.00
139_E 195_K 1.08 0.09 0.00
121_L 54_K 1.08 0.09 0.00
272_R 71_L 1.08 0.09 0.00
176_M 300_K 1.07 0.09 0.00
113_L 71_L 1.07 0.09 0.00
92_V 162_F 1.07 0.09 0.00
26_I 19_Q 1.06 0.09 0.00
169_I 2_L 1.06 0.09 0.00
28_I 33_E 1.06 0.09 0.00
22_T 252_D 1.06 0.09 0.00
259_K 146_K 1.06 0.09 0.00
138_Q 1_V 1.06 0.09 0.00
59_I 55_E 1.06 0.09 0.00
152_I 48_D 1.06 0.09 0.00
37_Q 132_E 1.05 0.09 0.00
207_Q 95_A 1.05 0.09 0.00
42_F 162_F 1.05 0.09 0.00
147_K 116_S 1.04 0.09 0.00
99_L 40_K 1.04 0.09 0.00
99_L 66_Y 1.04 0.09 0.00
121_L 302_Q 1.04 0.09 0.00
235_K 251_A 1.04 0.09 0.00
207_Q 52_K 1.04 0.09 0.00
40_K 228_S 1.04 0.09 0.00
186_K 194_V 1.04 0.09 0.00
74_I 102_K 1.04 0.09 0.00
102_A 276_A 1.04 0.09 0.00
130_L 46_A 1.03 0.09 0.00
146_G 46_A 1.03 0.09 0.00
31_L 251_A 1.03 0.09 0.00
148_S 1_V 1.03 0.09 0.00
150_P 10_K 1.03 0.09 0.00
266_S 143_E 1.03 0.09 0.00
48_A 236_L 1.03 0.09 0.00
35_P 120_L 1.03 0.09 0.00
23_V 33_E 1.03 0.09 0.00
52_E 123_V 1.03 0.09 0.00
64_I 158_A 1.03 0.09 0.00
196_Q 142_K 1.03 0.09 0.00
135_D 189_Q 1.03 0.09 0.00
134_L 264_I 1.02 0.09 0.00
198_V 134_L 1.02 0.09 0.00
60_L 23_N 1.02 0.09 0.00
183_L 202_S 1.02 0.08 0.00
44_D 304_E 1.02 0.08 0.00
259_K 301_R 1.02 0.08 0.00
92_V 6_T 1.01 0.08 0.00
148_S 4_Y 1.01 0.08 0.00
147_K 18_T 1.01 0.08 0.00
25_E 14_K 1.01 0.08 0.00
248_T 312_Q 1.01 0.08 0.00
95_I 127_T 1.01 0.08 0.00
26_I 129_E 1.01 0.08 0.00
81_F 122_Q 1.01 0.08 0.00
72_Y 216_K 1.00 0.08 0.00
76_A 10_K 1.00 0.08 0.00
260_I 56_L 1.00 0.08 0.00
169_I 86_K 1.00 0.08 0.00
181_T 271_C 1.00 0.08 0.00
119_S 7_R 1.00 0.08 0.00
107_I 69_E 0.99 0.08 0.00
114_Q 18_T 0.99 0.08 0.00
54_V 54_K 0.99 0.08 0.00
264_F 112_A 0.99 0.08 0.00
92_V 14_K 0.99 0.08 0.00
110_L 285_Q 0.99 0.08 0.00
109_L 246_T 0.99 0.08 0.00
31_L 206_E 0.99 0.08 0.00
135_D 197_K 0.99 0.08 0.00
46_A 184_Q 0.98 0.08 0.00
204_N 107_R 0.98 0.08 0.00
85_K 57_E 0.98 0.08 0.00
116_E 139_E 0.98 0.08 0.00
191_L 61_I 0.98 0.08 0.00
156_L 270_A 0.98 0.08 0.00
158_L 22_L 0.98 0.08 0.00
161_L 22_L 0.98 0.08 0.00
191_L 3_K 0.98 0.08 0.00
243_N 57_E 0.98 0.08 0.00
133_H 264_I 0.98 0.08 0.00
260_I 248_Q 0.97 0.08 0.00
195_V 27_D 0.97 0.08 0.00
133_H 253_N 0.97 0.08 0.00
126_A 96_I 0.97 0.08 0.00
28_I 121_Q 0.97 0.08 0.00
169_I 52_K 0.97 0.08 0.00
169_I 263_D 0.97 0.08 0.00
151_H 7_R 0.97 0.08 0.00
134_L 97_S 0.97 0.08 0.00
246_G 231_N 0.97 0.08 0.00
60_L 161_Q 0.97 0.08 0.00
155_H 1_V 0.97 0.08 0.00
73_D 14_K 0.97 0.08 0.00
188_K 269_A 0.96 0.08 0.00
194_L 67_D 0.96 0.08 0.00
226_K 263_D 0.96 0.08 0.00
176_M 231_N 0.96 0.08 0.00
31_L 112_A 0.96 0.07 0.00
183_L 20_D 0.96 0.07 0.00
237_R 152_Q 0.96 0.07 0.00
208_L 232_E 0.96 0.07 0.00
181_T 43_A 0.96 0.07 0.00
238_E 49_Y 0.95 0.07 0.00
126_A 14_K 0.95 0.07 0.00
247_T 131_L 0.95 0.07 0.00
74_I 208_V 0.95 0.07 0.00
92_V 287_G 0.95 0.07 0.00
150_P 14_K 0.95 0.07 0.00
156_L 274_E 0.95 0.07 0.00
86_L 30_H 0.95 0.07 0.00
237_R 270_A 0.95 0.07 0.00
86_L 213_E 0.95 0.07 0.00
244_Y 102_K 0.95 0.07 0.00
268_E 1_V 0.94 0.07 0.00
174_L 57_E 0.94 0.07 0.00
274_L 155_L 0.94 0.07 0.00
201_E 210_E 0.94 0.07 0.00
175_S 95_A 0.94 0.07 0.00
92_V 211_K 0.94 0.07 0.00
121_L 20_D 0.94 0.07 0.00
266_S 219_Y 0.94 0.07 0.00
186_K 59_V 0.94 0.07 0.00
92_V 33_E 0.94 0.07 0.00
264_F 18_T 0.94 0.07 0.00
172_G 155_L 0.94 0.07 0.00
177_G 43_A 0.94 0.07 0.00
276_L 142_K 0.94 0.07 0.00
38_P 15_L 0.93 0.07 0.00
39_R 15_L 0.93 0.07 0.00
50_L 15_L 0.93 0.07 0.00
53_S 15_L 0.93 0.07 0.00
58_G 15_L 0.93 0.07 0.00
61_Q 15_L 0.93 0.07 0.00
77_G 15_L 0.93 0.07 0.00
78_E 15_L 0.93 0.07 0.00
79_R 15_L 0.93 0.07 0.00
80_R 15_L 0.93 0.07 0.00
83_A 15_L 0.93 0.07 0.00
111_E 15_L 0.93 0.07 0.00
112_N 15_L 0.93 0.07 0.00
115_R 15_L 0.93 0.07 0.00
118_L 15_L 0.93 0.07 0.00
122_E 15_L 0.93 0.07 0.00
123_E 15_L 0.93 0.07 0.00
149_R 15_L 0.93 0.07 0.00
154_N 15_L 0.93 0.07 0.00
157_R 15_L 0.93 0.07 0.00
180_R 15_L 0.93 0.07 0.00
205_V 15_L 0.93 0.07 0.00
206_R 15_L 0.93 0.07 0.00
209_E 15_L 0.93 0.07 0.00
249_V 15_L 0.93 0.07 0.00
106_E 231_N 0.93 0.07 0.00
202_Q 48_D 0.93 0.07 0.00
74_I 191_R 0.93 0.07 0.00
181_T 222_L 0.93 0.07 0.00
106_E 40_K 0.93 0.07 0.00
182_L 21_N 0.93 0.07 0.00
107_I 179_V 0.93 0.07 0.00
188_K 290_R 0.93 0.07 0.00
238_E 10_K 0.93 0.07 0.00
260_I 16_F 0.93 0.07 0.00
84_A 92_E 0.93 0.07 0.00
15_Q 26_E 0.93 0.07 0.00
251_I 308_S 0.93 0.07 0.00
59_I 210_E 0.93 0.07 0.00
264_F 10_K 0.93 0.07 0.00
96_V 192_A 0.92 0.07 0.00
114_Q 40_K 0.92 0.07 0.00
201_E 52_K 0.92 0.07 0.00
101_E 216_K 0.92 0.07 0.00
260_I 302_Q 0.92 0.07 0.00
114_Q 12_E 0.92 0.07 0.00
31_L 49_Y 0.92 0.07 0.00
26_I 44_S 0.92 0.07 0.00
259_K 121_Q 0.92 0.07 0.00
96_V 181_E 0.92 0.07 0.00
165_I 64_T 0.92 0.07 0.00
277_L 155_L 0.92 0.07 0.00
28_I 12_E 0.91 0.07 0.00
57_H 143_E 0.91 0.07 0.00
139_E 250_L 0.91 0.07 0.00
265_F 72_H 0.91 0.07 0.00
109_L 303_Y 0.91 0.07 0.00
262_I 138_K 0.91 0.07 0.00
218_N 153_E 0.91 0.07 0.00
103_L 56_L 0.91 0.07 0.00
85_K 216_K 0.91 0.07 0.00
125_Q 88_E 0.91 0.07 0.00
273_I 268_K 0.91 0.07 0.00
19_S 206_E 0.91 0.07 0.00
268_E 33_E 0.90 0.07 0.00
272_R 275_F 0.90 0.07 0.00
74_I 89_E 0.90 0.07 0.00
120_P 92_E 0.90 0.07 0.00
3_K 85_A 0.90 0.07 0.00
116_E 16_F 0.90 0.07 0.00
75_V 180_F 0.90 0.07 0.00
207_Q 251_A 0.90 0.07 0.00
264_F 28_I 0.90 0.07 0.00
183_L 255_E 0.90 0.07 0.00
139_E 167_T 0.90 0.07 0.00
208_L 229_I 0.90 0.07 0.00
21_E 269_A 0.90 0.07 0.00
207_Q 222_L 0.90 0.07 0.00
110_L 41_I 0.90 0.07 0.00
214_Q 33_E 0.89 0.07 0.00
150_P 227_A 0.89 0.07 0.00
267_N 78_L 0.89 0.07 0.00
170_A 224_N 0.89 0.07 0.00
174_L 29_L 0.89 0.07 0.00
116_E 239_Q 0.89 0.07 0.00
76_A 18_T 0.89 0.07 0.00
230_K 120_L 0.89 0.07 0.00
63_L 301_R 0.89 0.07 0.00
60_L 261_R 0.89 0.07 0.00
131_L 102_K 0.89 0.07 0.00
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202_Q 41_I 0.89 0.07 0.00
204_N 49_Y 0.89 0.07 0.00
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102_A 283_H 0.89 0.07 0.00
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63_L 17_E 0.88 0.07 0.00
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169_I 209_E 0.88 0.07 0.00
137_T 264_I 0.88 0.07 0.00
108_A 27_D 0.88 0.07 0.00
43_D 282_I 0.88 0.07 0.00
4_G 286_V 0.88 0.07 0.00
11_A 143_E 0.88 0.07 0.00
105_R 231_N 0.88 0.07 0.00
110_L 58_H 0.88 0.07 0.00
92_V 53_K 0.88 0.07 0.00
95_I 162_F 0.88 0.07 0.00
236_E 50_L 0.88 0.07 0.00
72_Y 307_E 0.87 0.07 0.00
48_A 204_H 0.87 0.07 0.00
94_A 310_L 0.87 0.07 0.00
188_K 293_Q 0.87 0.07 0.00
81_F 25_V 0.87 0.07 0.00
113_L 3_K 0.87 0.06 0.00
152_I 290_R 0.87 0.06 0.00
132_K 84_M 0.87 0.06 0.00
81_F 56_L 0.87 0.06 0.00
156_L 142_K 0.87 0.06 0.00
51_K 52_K 0.87 0.06 0.00
183_L 223_L 0.87 0.06 0.00
31_L 58_H 0.87 0.06 0.00
75_V 44_S 0.87 0.06 0.00
181_T 113_L 0.87 0.06 0.00
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97_R 48_D 0.86 0.06 0.00
267_N 9_K 0.86 0.06 0.00
56_Q 115_E 0.86 0.06 0.00
234_L 61_I 0.86 0.06 0.00
271_D 78_L 0.86 0.06 0.00
185_L 312_Q 0.86 0.06 0.00
227_E 167_T 0.86 0.06 0.00
59_I 232_E 0.86 0.06 0.00
198_V 257_H 0.86 0.06 0.00
151_H 35_Q 0.86 0.06 0.00
28_I 40_K 0.85 0.06 0.00
215_L 30_H 0.85 0.06 0.00
54_V 94_S 0.85 0.06 0.00
251_I 277_R 0.85 0.06 0.00
277_L 231_N 0.85 0.06 0.00
153_A 78_L 0.85 0.06 0.00
207_Q 88_E 0.85 0.06 0.00
268_E 277_R 0.85 0.06 0.00
271_D 12_E 0.85 0.06 0.00
121_L 150_Q 0.85 0.06 0.00
183_L 277_R 0.85 0.06 0.00
82_R 39_L 0.85 0.06 0.00
189_N 257_H 0.85 0.06 0.00
90_D 207_N 0.85 0.06 0.00
136_L 101_A 0.85 0.06 0.00
237_R 215_L 0.85 0.06 0.00
121_L 178_A 0.85 0.06 0.00
271_D 160_V 0.85 0.06 0.00
47_L 52_K 0.85 0.06 0.00
29_A 281_E 0.85 0.06 0.00
167_Q 217_S 0.85 0.06 0.00
64_I 36_V 0.85 0.06 0.00
76_A 67_D 0.85 0.06 0.00
110_L 164_Q 0.84 0.06 0.00
44_D 16_F 0.84 0.06 0.00
64_I 256_K 0.84 0.06 0.00
273_I 273_T 0.84 0.06 0.00
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264_F 121_Q 0.84 0.06 0.00
44_D 42_Q 0.84 0.06 0.00
138_Q 19_Q 0.84 0.06 0.00
248_T 272_E 0.84 0.06 0.00
110_L 67_D 0.84 0.06 0.00
237_R 206_E 0.84 0.06 0.00
107_I 245_V 0.84 0.06 0.00
63_L 276_A 0.84 0.06 0.00
25_E 31_E 0.84 0.06 0.00
134_L 7_R 0.84 0.06 0.00
162_P 149_V 0.84 0.06 0.00
207_Q 138_K 0.84 0.06 0.00
87_A 12_E 0.84 0.06 0.00
27_K 44_S 0.84 0.06 0.00
142_A 179_V 0.84 0.06 0.00
31_L 150_Q 0.84 0.06 0.00
100_S 274_E 0.83 0.06 0.00
90_D 244_A 0.83 0.06 0.00
142_A 80_E 0.83 0.06 0.00
91_T 157_E 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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