May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
abtc
Genes: A B A+B
Length: 1000 493 1394
Sequences: 3133 12959 986
Seq/Len: 3.13 26.29 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.21
2 0.02 0.00 0.48
5 0.02 0.02 0.58
10 0.03 0.04 0.63
20 0.03 0.06 0.66
100 0.06 0.14 0.86
∞ 0.17 0.20 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
265_V 39_L 1.43 0.61 0.00
265_V 156_Y 1.34 0.54 0.00
61_V 277_G 1.25 0.47 0.00
251_L 348_T 1.18 0.40 0.00
12_A 48_A 1.15 0.38 0.00
732_D 131_T 1.14 0.38 0.00
436_G 50_F 1.13 0.36 0.00
61_V 337_Q 1.12 0.36 0.00
983_I 314_I 1.12 0.36 0.00
264_D 245_L 1.09 0.34 0.00
699_R 190_E 1.09 0.34 0.00
411_V 178_N 1.09 0.33 0.00
308_A 153_E 1.08 0.33 0.00
306_I 341_A 1.08 0.33 0.00
304_A 272_L 1.07 0.32 0.00
529_D 163_T 1.06 0.32 0.00
357_L 264_D 1.05 0.31 0.00
357_L 411_A 1.04 0.30 0.00
193_L 131_T 1.04 0.30 0.00
771_V 24_N 1.04 0.30 0.00
737_Q 143_D 1.03 0.29 0.00
651_A 334_A 1.03 0.29 0.00
289_L 54_N 1.02 0.29 0.00
207_I 213_P 1.02 0.28 0.00
857_Y 385_S 1.02 0.28 0.00
695_L 33_R 1.01 0.28 0.00
495_T 187_L 1.01 0.28 0.00
76_M 364_N 0.99 0.27 0.00
4_F 314_I 0.99 0.27 0.00
186_I 356_I 0.99 0.27 0.00
75_L 50_F 0.98 0.26 0.00
184_M 98_F 0.97 0.25 0.00
24_G 236_K 0.96 0.25 0.00
354_V 398_T 0.96 0.24 0.00
786_I 142_I 0.96 0.24 0.00
367_I 339_E 0.95 0.24 0.00
54_A 382_A 0.95 0.24 0.00
260_V 149_Q 0.95 0.24 0.00
45_I 169_G 0.94 0.23 0.00
483_L 239_E 0.94 0.23 0.00
291_I 196_N 0.94 0.23 0.00
45_I 168_V 0.93 0.23 0.00
804_F 30_Q 0.93 0.23 0.00
554_Y 333_G 0.93 0.23 0.00
263_R 65_G 0.92 0.22 0.00
65_I 237_E 0.91 0.22 0.00
362_F 314_I 0.91 0.22 0.00
203_V 352_S 0.91 0.22 0.00
984_L 209_G 0.91 0.21 0.00
192_E 306_V 0.91 0.21 0.00
531_V 373_A 0.91 0.21 0.00
242_S 390_T 0.91 0.21 0.00
92_L 166_F 0.90 0.21 0.00
362_F 239_E 0.90 0.21 0.00
946_V 393_D 0.90 0.21 0.00
701_Q 198_D 0.90 0.21 0.00
249_I 406_Q 0.90 0.21 0.00
731_I 84_S 0.90 0.21 0.00
459_F 165_R 0.90 0.21 0.00
260_V 217_A 0.89 0.20 0.00
308_A 194_R 0.89 0.20 0.00
354_V 327_A 0.89 0.20 0.00
323_I 252_Q 0.89 0.20 0.00
349_I 314_I 0.89 0.20 0.00
651_A 357_N 0.89 0.20 0.00
311_A 421_N 0.88 0.20 0.00
142_V 321_N 0.88 0.20 0.00
367_I 409_A 0.88 0.20 0.00
262_L 52_K 0.88 0.20 0.00
799_V 142_I 0.88 0.20 0.00
430_A 25_L 0.87 0.20 0.00
855_V 262_A 0.87 0.19 0.00
799_V 131_T 0.87 0.19 0.00
192_E 368_Q 0.86 0.19 0.00
739_L 352_S 0.86 0.19 0.00
263_R 324_V 0.86 0.19 0.00
543_V 175_D 0.86 0.19 0.00
265_V 187_L 0.86 0.19 0.00
531_V 326_Q 0.86 0.19 0.00
61_V 190_E 0.86 0.19 0.00
518_R 314_I 0.86 0.19 0.00
845_E 308_L 0.86 0.19 0.00
550_V 371_V 0.85 0.19 0.00
61_V 241_R 0.85 0.18 0.00
126_G 180_R 0.85 0.18 0.00
306_I 92_Q 0.85 0.18 0.00
175_V 315_Y 0.85 0.18 0.00
747_N 172_A 0.85 0.18 0.00
20_M 418_N 0.85 0.18 0.00
604_N 364_N 0.85 0.18 0.00
45_I 131_T 0.85 0.18 0.00
26_A 146_S 0.85 0.18 0.00
651_A 59_P 0.85 0.18 0.00
646_A 36_N 0.84 0.18 0.00
177_L 303_Q 0.84 0.18 0.00
209_A 367_K 0.84 0.18 0.00
134_S 349_V 0.84 0.18 0.00
807_S 114_G 0.84 0.18 0.00
192_E 256_R 0.84 0.18 0.00
251_L 177_Q 0.84 0.18 0.00
54_A 140_N 0.84 0.18 0.00
745_D 172_A 0.84 0.18 0.00
486_L 384_Y 0.84 0.18 0.00
593_E 194_R 0.84 0.18 0.00
381_A 249_R 0.84 0.18 0.00
497_L 361_S 0.84 0.18 0.00
45_I 203_Q 0.84 0.18 0.00
12_A 131_T 0.84 0.18 0.00
214_V 412_R 0.84 0.18 0.00
436_G 337_Q 0.84 0.18 0.00
370_I 389_R 0.84 0.18 0.00
17_I 172_A 0.84 0.18 0.00
207_I 339_E 0.84 0.18 0.00
921_L 266_H 0.83 0.17 0.00
858_D 272_L 0.83 0.17 0.00
209_A 123_D 0.83 0.17 0.00
203_V 149_Q 0.83 0.17 0.00
609_V 73_S 0.83 0.17 0.00
918_F 414_N 0.83 0.17 0.00
13_W 165_R 0.83 0.17 0.00
684_L 332_V 0.83 0.17 0.00
176_Q 245_L 0.83 0.17 0.00
741_V 403_N 0.83 0.17 0.00
741_V 276_T 0.83 0.17 0.00
1_M 215_L 0.82 0.17 0.00
45_I 316_Q 0.82 0.17 0.00
914_L 361_S 0.82 0.17 0.00
782_L 306_V 0.82 0.17 0.00
529_D 46_R 0.82 0.17 0.00
357_L 200_A 0.82 0.17 0.00
59_D 93_L 0.82 0.17 0.00
684_L 351_S 0.82 0.17 0.00
742_S 333_G 0.82 0.17 0.00
248_K 163_T 0.82 0.17 0.00
530_S 418_N 0.82 0.17 0.00
747_N 394_V 0.82 0.17 0.00
770_K 63_Q 0.82 0.17 0.00
434_S 159_L 0.81 0.17 0.00
710_P 364_N 0.81 0.17 0.00
196_F 404_A 0.81 0.17 0.00
20_M 27_Q 0.81 0.17 0.00
353_L 64_L 0.81 0.17 0.00
546_L 324_V 0.81 0.17 0.00
24_G 64_L 0.81 0.16 0.00
547_I 418_N 0.81 0.16 0.00
291_I 305_K 0.81 0.16 0.00
791_V 64_L 0.81 0.16 0.00
203_V 388_T 0.81 0.16 0.00
353_L 361_S 0.81 0.16 0.00
534_I 183_Y 0.81 0.16 0.00
45_I 149_Q 0.81 0.16 0.00
902_M 282_S 0.81 0.16 0.00
816_L 367_K 0.81 0.16 0.00
879_I 167_N 0.80 0.16 0.00
18_I 350_R 0.80 0.16 0.00
242_S 35_S 0.80 0.16 0.00
629_V 326_Q 0.80 0.16 0.00
882_I 43_A 0.80 0.16 0.00
19_I 29_Y 0.80 0.16 0.00
908_G 361_S 0.80 0.16 0.00
420_M 422_I 0.80 0.16 0.00
11_F 171_V 0.80 0.16 0.00
851_L 42_S 0.80 0.16 0.00
715_S 92_Q 0.80 0.16 0.00
287_S 218_L 0.80 0.16 0.00
691_G 156_Y 0.80 0.16 0.00
219_L 371_V 0.80 0.16 0.00
362_F 47_D 0.80 0.16 0.00
172_V 194_R 0.80 0.16 0.00
203_V 311_S 0.80 0.16 0.00
260_V 409_A 0.80 0.16 0.00
741_V 192_T 0.80 0.16 0.00
162_M 67_G 0.80 0.16 0.00
207_I 140_N 0.79 0.16 0.00
741_V 248_A 0.79 0.16 0.00
824_S 138_V 0.79 0.16 0.00
266_A 422_I 0.79 0.16 0.00
11_F 326_Q 0.79 0.16 0.00
967_A 340_S 0.79 0.15 0.00
65_I 352_S 0.79 0.15 0.00
175_V 91_L 0.79 0.15 0.00
61_V 372_S 0.79 0.15 0.00
547_I 145_L 0.79 0.15 0.00
713_L 143_D 0.79 0.15 0.00
169_T 337_Q 0.79 0.15 0.00
357_L 143_D 0.79 0.15 0.00
268_I 334_A 0.79 0.15 0.00
45_I 28_V 0.78 0.15 0.00
953_M 339_E 0.78 0.15 0.00
314_E 323_Q 0.78 0.15 0.00
69_M 214_E 0.78 0.15 0.00
886_L 252_Q 0.78 0.15 0.00
291_I 84_S 0.78 0.15 0.00
192_E 112_A 0.78 0.15 0.00
266_A 393_D 0.78 0.15 0.00
61_V 54_N 0.78 0.15 0.00
811_Y 175_D 0.78 0.15 0.00
357_L 150_A 0.78 0.15 0.00
411_V 201_V 0.78 0.15 0.00
613_N 128_I 0.78 0.15 0.00
198_L 160_D 0.78 0.15 0.00
381_A 276_T 0.78 0.15 0.00
333_V 176_V 0.78 0.15 0.00
285_P 341_A 0.78 0.15 0.00
549_V 413_Y 0.78 0.15 0.00
793_A 316_Q 0.78 0.15 0.00
647_I 123_D 0.78 0.15 0.00
349_I 219_N 0.78 0.15 0.00
730_D 160_D 0.78 0.15 0.00
244_E 138_V 0.78 0.15 0.00
198_L 428_T 0.78 0.15 0.00
395_M 423_K 0.78 0.15 0.00
967_A 97_I 0.78 0.15 0.00
251_L 52_K 0.78 0.15 0.00
782_L 47_D 0.78 0.15 0.00
57_V 390_T 0.78 0.15 0.00
551_G 146_S 0.78 0.15 0.00
547_I 308_L 0.78 0.15 0.00
53_D 272_L 0.78 0.15 0.00
61_V 361_S 0.77 0.15 0.00
438_I 179_A 0.77 0.15 0.00
262_L 164_Q 0.77 0.15 0.00
45_I 107_T 0.77 0.15 0.00
216_A 201_V 0.77 0.15 0.00
746_I 201_V 0.77 0.15 0.00
383_L 112_A 0.77 0.15 0.00
65_I 254_L 0.77 0.15 0.00
314_E 160_D 0.77 0.15 0.00
609_V 204_L 0.77 0.15 0.00
829_G 390_T 0.77 0.14 0.00
211_N 135_Y 0.77 0.14 0.00
556_F 392_V 0.77 0.14 0.00
189_N 91_L 0.77 0.14 0.00
265_V 350_R 0.77 0.14 0.00
248_K 146_S 0.76 0.14 0.00
620_R 58_S 0.76 0.14 0.00
544_L 410_N 0.76 0.14 0.00
773_V 163_T 0.76 0.14 0.00
308_A 273_T 0.76 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0317 seconds.