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OPENSEQ.org
AfO2VWA AfM
Genes: A B A+B
Length: 199 459 629
Sequences: 728 764 69
Seq/Len: 3.66 1.66 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.71
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.04
5 0.00 0.09 0.09
10 0.00 0.09 0.09
20 0.01 0.10 0.10
100 0.01 0.10 0.12
∞ 0.05 0.12 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
85_G 83_I 1.54 0.23 0.00
47_I 246_F 1.43 0.19 0.00
142_A 29_K 1.35 0.17 0.00
142_A 133_I 1.25 0.14 0.00
182_H 419_A 1.24 0.14 0.00
108_Y 219_M 1.24 0.14 0.00
60_N 270_G 1.24 0.14 0.00
28_D 119_E 1.21 0.13 0.00
175_R 140_A 1.21 0.13 0.00
161_L 357_W 1.20 0.13 0.00
194_F 385_H 1.19 0.13 0.00
112_R 315_Q 1.17 0.12 0.00
20_E 41_A 1.16 0.12 0.00
121_V 79_E 1.15 0.12 0.00
62_N 390_N 1.14 0.12 0.00
197_L 83_I 1.13 0.11 0.00
163_P 121_G 1.13 0.11 0.00
195_I 140_A 1.12 0.11 0.00
194_F 364_T 1.11 0.11 0.00
44_A 102_V 1.11 0.11 0.00
7_A 213_D 1.10 0.11 0.00
194_F 388_V 1.09 0.11 0.00
18_L 207_T 1.09 0.10 0.00
62_N 242_A 1.08 0.10 0.00
78_P 246_F 1.08 0.10 0.00
50_L 262_V 1.08 0.10 0.00
6_I 16_D 1.08 0.10 0.00
119_M 219_M 1.07 0.10 0.00
154_I 15_E 1.07 0.10 0.00
60_N 271_M 1.07 0.10 0.00
176_Q 286_Y 1.07 0.10 0.00
83_V 342_M 1.06 0.10 0.00
107_H 419_A 1.06 0.10 0.00
70_Q 31_K 1.06 0.10 0.00
102_M 424_I 1.05 0.10 0.00
23_K 431_K 1.05 0.10 0.00
184_A 83_I 1.03 0.10 0.00
60_N 237_H 1.03 0.10 0.00
75_F 306_F 1.03 0.10 0.00
60_N 357_W 1.02 0.09 0.00
102_M 342_M 1.02 0.09 0.00
34_Q 292_G 1.02 0.09 0.00
7_A 201_F 1.02 0.09 0.00
194_F 37_G 1.02 0.09 0.00
189_K 131_R 1.02 0.09 0.00
149_L 424_I 1.01 0.09 0.00
82_V 83_I 1.01 0.09 0.00
121_V 33_K 1.01 0.09 0.00
130_V 428_R 1.01 0.09 0.00
42_L 180_A 1.01 0.09 0.00
119_M 438_E 1.01 0.09 0.00
154_I 83_I 1.01 0.09 0.00
90_L 140_A 1.01 0.09 0.00
32_V 355_Q 1.01 0.09 0.00
7_A 203_P 1.01 0.09 0.00
22_V 309_A 1.01 0.09 0.00
197_L 31_K 1.01 0.09 0.00
12_L 202_A 1.00 0.09 0.00
62_N 217_R 1.00 0.09 0.00
130_V 245_D 1.00 0.09 0.00
111_T 300_K 1.00 0.09 0.00
80_G 37_G 1.00 0.09 0.00
89_A 217_R 0.99 0.09 0.00
114_A 202_A 0.99 0.09 0.00
144_Q 133_I 0.99 0.09 0.00
112_R 33_K 0.98 0.09 0.00
135_D 357_W 0.98 0.09 0.00
123_T 402_S 0.98 0.09 0.00
123_T 416_C 0.98 0.09 0.00
163_P 213_D 0.98 0.09 0.00
142_A 78_T 0.98 0.09 0.00
122_L 277_R 0.98 0.09 0.00
117_K 428_R 0.98 0.09 0.00
189_K 132_A 0.98 0.09 0.00
176_Q 392_A 0.97 0.09 0.00
183_I 200_V 0.97 0.09 0.00
50_L 385_H 0.97 0.09 0.00
112_R 79_E 0.97 0.09 0.00
184_A 335_D 0.97 0.09 0.00
32_V 353_Y 0.97 0.08 0.00
80_G 16_D 0.96 0.08 0.00
107_H 433_F 0.95 0.08 0.00
178_T 203_P 0.95 0.08 0.00
114_A 213_D 0.95 0.08 0.00
112_R 41_A 0.95 0.08 0.00
72_I 211_V 0.95 0.08 0.00
74_G 103_S 0.95 0.08 0.00
37_Q 41_A 0.94 0.08 0.00
122_L 63_F 0.94 0.08 0.00
81_D 16_D 0.94 0.08 0.00
5_D 41_A 0.94 0.08 0.00
5_D 245_D 0.94 0.08 0.00
83_V 272_I 0.94 0.08 0.00
142_A 334_A 0.93 0.08 0.00
199_R 272_I 0.93 0.08 0.00
90_L 420_G 0.93 0.08 0.00
76_S 440_F 0.93 0.08 0.00
112_R 207_T 0.93 0.08 0.00
7_A 214_A 0.93 0.08 0.00
146_V 220_D 0.93 0.08 0.00
16_E 396_S 0.93 0.08 0.00
119_M 342_M 0.93 0.08 0.00
105_A 201_F 0.92 0.08 0.00
44_A 245_D 0.92 0.08 0.00
45_W 388_V 0.92 0.08 0.00
47_I 83_I 0.91 0.08 0.00
83_V 425_E 0.91 0.08 0.00
72_I 402_S 0.91 0.08 0.00
72_I 416_C 0.91 0.08 0.00
189_K 24_I 0.91 0.08 0.00
128_S 34_A 0.91 0.08 0.00
7_A 267_G 0.91 0.08 0.00
130_V 365_P 0.91 0.07 0.00
81_D 315_Q 0.91 0.07 0.00
135_D 118_I 0.90 0.07 0.00
37_Q 357_W 0.90 0.07 0.00
123_T 314_L 0.90 0.07 0.00
50_L 388_V 0.90 0.07 0.00
37_Q 136_F 0.90 0.07 0.00
152_D 247_A 0.90 0.07 0.00
6_I 424_I 0.90 0.07 0.00
87_L 253_P 0.90 0.07 0.00
102_M 130_P 0.90 0.07 0.00
132_V 120_H 0.90 0.07 0.00
126_R 212_Y 0.90 0.07 0.00
137_L 271_M 0.89 0.07 0.00
32_V 350_G 0.89 0.07 0.00
132_V 109_I 0.89 0.07 0.00
114_A 267_G 0.89 0.07 0.00
102_M 16_D 0.89 0.07 0.00
47_I 31_K 0.89 0.07 0.00
31_T 23_H 0.89 0.07 0.00
142_A 22_K 0.88 0.07 0.00
32_V 356_E 0.88 0.07 0.00
114_A 385_H 0.88 0.07 0.00
112_R 311_M 0.88 0.07 0.00
111_T 362_P 0.88 0.07 0.00
121_V 239_E 0.88 0.07 0.00
128_S 429_E 0.88 0.07 0.00
39_A 305_A 0.88 0.07 0.00
107_H 441_P 0.88 0.07 0.00
102_M 438_E 0.88 0.07 0.00
72_I 434_A 0.88 0.07 0.00
72_I 439_S 0.88 0.07 0.00
122_L 432_E 0.88 0.07 0.00
106_G 246_F 0.87 0.07 0.00
70_Q 88_E 0.87 0.07 0.00
35_L 357_W 0.87 0.07 0.00
75_F 29_K 0.87 0.07 0.00
23_K 34_A 0.87 0.07 0.00
21_S 275_A 0.87 0.07 0.00
179_V 108_V 0.87 0.07 0.00
143_R 41_A 0.87 0.07 0.00
42_L 22_K 0.86 0.07 0.00
48_E 438_E 0.86 0.07 0.00
75_F 36_H 0.86 0.07 0.00
137_L 419_A 0.86 0.07 0.00
72_I 160_I 0.86 0.07 0.00
78_P 247_A 0.86 0.07 0.00
156_T 206_K 0.86 0.07 0.00
75_F 161_A 0.86 0.07 0.00
32_V 134_Q 0.85 0.07 0.00
2_A 137_D 0.85 0.07 0.00
39_A 441_P 0.85 0.07 0.00
66_E 208_I 0.85 0.07 0.00
144_Q 419_A 0.85 0.07 0.00
5_D 207_T 0.85 0.07 0.00
112_R 120_H 0.85 0.07 0.00
105_A 214_A 0.85 0.07 0.00
14_L 253_P 0.85 0.07 0.00
19_N 83_I 0.84 0.07 0.00
157_Y 41_A 0.84 0.07 0.00
47_I 16_D 0.84 0.07 0.00
199_R 205_K 0.84 0.07 0.00
81_D 273_T 0.84 0.07 0.00
44_A 38_Y 0.84 0.07 0.00
143_R 431_K 0.84 0.07 0.00
142_A 141_K 0.84 0.07 0.00
77_E 217_R 0.84 0.07 0.00
189_K 101_I 0.84 0.07 0.00
9_T 227_L 0.83 0.07 0.00
74_G 409_S 0.83 0.07 0.00
182_H 11_S 0.83 0.07 0.00
47_I 250_T 0.83 0.07 0.00
110_A 144_S 0.83 0.07 0.00
39_A 40_E 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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