May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PCC Me (B, 30-495)
Genes: A B A+B
Length: 667 466 1093
Sequences: 2719 3788 1459
Seq/Len: 4.08 8.13 1.33
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.62
2 0.01 0.01 0.93
5 0.01 0.01 1.12
10 0.01 0.02 1.25
20 0.02 0.02 1.29
100 0.04 0.04 1.33
∞ 0.13 0.13 1.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
659_V 340_A 1.57 0.87 0.20
445_F 185_A 1.42 0.79 0.14
479_N 288_R 1.27 0.67 0.09
502_V 24_M 1.18 0.58 0.07
100_I 201_N 1.13 0.54 0.06
618_Q 279_I 1.10 0.51 0.05
383_I 293_V 1.08 0.49 0.05
306_L 368_I 1.05 0.46 0.04
5_I 153_F 1.04 0.45 0.04
445_F 198_S 1.03 0.44 0.04
7_I 257_L 1.03 0.44 0.04
277_V 189_T 1.02 0.43 0.04
664_L 285_V 0.98 0.39 0.03
196_R 185_A 0.98 0.39 0.03
656_S 149_T 0.96 0.37 0.03
130_T 303_V 0.96 0.37 0.03
493_S 455_K 0.95 0.37 0.03
339_V 451_H 0.95 0.37 0.03
106_N 94_I 0.94 0.35 0.03
361_P 404_K 0.93 0.34 0.03
4_K 189_T 0.93 0.34 0.03
375_T 257_L 0.93 0.34 0.03
351_S 368_I 0.93 0.34 0.03
500_E 11_E 0.91 0.32 0.03
666_F 208_Q 0.91 0.32 0.03
170_I 46_V 0.91 0.32 0.03
313_I 153_F 0.89 0.30 0.02
108_G 367_I 0.88 0.30 0.02
287_L 164_T 0.88 0.30 0.02
378_E 243_L 0.87 0.29 0.02
609_V 329_F 0.87 0.29 0.02
419_G 177_V 0.86 0.29 0.02
20_T 351_A 0.86 0.29 0.02
131_V 8_E 0.86 0.29 0.02
445_F 273_A 0.86 0.28 0.02
72_Q 94_I 0.85 0.28 0.02
231_I 47_T 0.85 0.28 0.02
424_I 293_V 0.85 0.28 0.02
626_L 242_T 0.85 0.28 0.02
194_D 344_G 0.85 0.27 0.02
68_D 238_K 0.84 0.27 0.02
660_D 379_V 0.84 0.27 0.02
267_N 201_N 0.84 0.27 0.02
643_D 348_K 0.84 0.27 0.02
213_V 176_V 0.84 0.27 0.02
484_G 197_G 0.84 0.27 0.02
65_K 200_E 0.83 0.26 0.02
627_A 455_K 0.83 0.26 0.02
376_G 152_I 0.83 0.26 0.02
231_I 154_M 0.82 0.25 0.02
425_P 153_F 0.82 0.25 0.02
62_L 264_E 0.81 0.25 0.02
626_L 203_V 0.81 0.25 0.02
194_D 89_M 0.81 0.25 0.02
646_I 373_F 0.81 0.24 0.02
339_V 133_V 0.81 0.24 0.02
160_S 35_M 0.81 0.24 0.02
103_I 417_D 0.80 0.24 0.02
371_V 17_G 0.80 0.24 0.02
484_G 151_F 0.80 0.24 0.02
5_I 460_A 0.79 0.23 0.02
55_P 447_V 0.79 0.23 0.02
361_P 369_T 0.79 0.23 0.01
436_W 379_V 0.79 0.23 0.01
209_I 31_T 0.79 0.23 0.01
361_P 88_K 0.79 0.23 0.01
368_G 252_Y 0.79 0.23 0.01
315_V 131_I 0.79 0.23 0.01
150_E 59_L 0.79 0.23 0.01
182_A 16_H 0.79 0.23 0.01
15_C 244_I 0.79 0.23 0.01
221_V 55_R 0.79 0.23 0.01
166_K 308_A 0.78 0.23 0.01
267_N 203_V 0.78 0.22 0.01
446_I 335_F 0.78 0.22 0.01
65_K 272_A 0.78 0.22 0.01
254_K 186_K 0.78 0.22 0.01
606_P 169_V 0.77 0.22 0.01
78_V 4_L 0.77 0.22 0.01
340_Y 148_M 0.77 0.22 0.01
95_L 23_D 0.77 0.22 0.01
383_I 359_Q 0.77 0.22 0.01
449_E 361_T 0.77 0.22 0.01
424_I 177_V 0.77 0.22 0.01
635_E 162_F 0.77 0.21 0.01
250_E 201_N 0.77 0.21 0.01
611_Q 246_D 0.76 0.21 0.01
194_D 44_G 0.76 0.21 0.01
391_I 178_T 0.75 0.20 0.01
628_I 327_V 0.75 0.20 0.01
348_F 335_F 0.75 0.20 0.01
222_I 52_V 0.75 0.20 0.01
523_V 90_R 0.75 0.20 0.01
303_I 365_V 0.75 0.20 0.01
113_M 267_F 0.75 0.20 0.01
95_L 273_A 0.75 0.20 0.01
351_S 333_P 0.74 0.20 0.01
351_S 408_E 0.74 0.20 0.01
262_L 164_T 0.74 0.20 0.01
62_L 417_D 0.74 0.20 0.01
426_F 251_P 0.74 0.20 0.01
97_E 272_A 0.74 0.20 0.01
606_P 275_A 0.74 0.20 0.01
23_K 153_F 0.74 0.19 0.01
330_L 181_E 0.74 0.19 0.01
400_T 365_V 0.74 0.19 0.01
374_D 240_L 0.73 0.19 0.01
375_T 349_H 0.73 0.19 0.01
626_L 259_R 0.73 0.19 0.01
287_L 320_N 0.73 0.19 0.01
153_Y 2_G 0.73 0.19 0.01
121_K 94_I 0.73 0.19 0.01
343_D 39_K 0.73 0.19 0.01
289_M 349_H 0.73 0.19 0.01
144_A 292_F 0.73 0.19 0.01
410_T 208_Q 0.73 0.19 0.01
119_S 132_S 0.73 0.19 0.01
283_S 190_S 0.73 0.19 0.01
430_L 100_G 0.73 0.19 0.01
89_E 191_K 0.72 0.19 0.01
277_V 31_T 0.72 0.19 0.01
126_A 281_G 0.72 0.19 0.01
228_E 379_V 0.72 0.19 0.01
333_W 164_T 0.72 0.19 0.01
89_E 273_A 0.72 0.19 0.01
103_I 40_I 0.72 0.19 0.01
160_S 435_P 0.72 0.19 0.01
239_I 368_I 0.72 0.18 0.01
287_L 119_R 0.72 0.18 0.01
239_I 221_I 0.72 0.18 0.01
183_R 186_K 0.72 0.18 0.01
642_R 327_V 0.72 0.18 0.01
601_L 239_S 0.72 0.18 0.01
122_A 379_V 0.72 0.18 0.01
41_H 178_T 0.72 0.18 0.01
394_L 207_L 0.72 0.18 0.01
662_V 47_T 0.72 0.18 0.01
131_V 177_V 0.71 0.18 0.01
5_I 40_I 0.71 0.18 0.01
45_A 348_K 0.71 0.18 0.01
103_I 386_G 0.71 0.18 0.01
19_K 164_T 0.71 0.18 0.01
215_G 435_P 0.71 0.18 0.01
18_I 348_K 0.71 0.18 0.01
394_L 267_F 0.71 0.18 0.01
78_V 55_R 0.71 0.18 0.01
169_R 256_E 0.71 0.18 0.01
375_T 196_D 0.71 0.18 0.01
51_I 256_E 0.71 0.18 0.01
211_I 306_S 0.71 0.18 0.01
161_A 176_V 0.71 0.17 0.01
303_I 257_L 0.71 0.17 0.01
253_R 207_L 0.70 0.17 0.01
21_A 176_V 0.70 0.17 0.01
242_A 327_V 0.70 0.17 0.01
119_S 16_H 0.70 0.17 0.01
187_E 360_A 0.70 0.17 0.01
287_L 330_V 0.70 0.17 0.01
389_P 116_E 0.70 0.17 0.01
608_L 365_V 0.70 0.17 0.01
179_E 125_S 0.70 0.17 0.01
394_L 203_V 0.70 0.17 0.01
403_E 244_I 0.70 0.17 0.01
313_I 280_T 0.70 0.17 0.01
313_I 324_I 0.69 0.17 0.01
279_G 274_Y 0.69 0.17 0.01
161_A 88_K 0.69 0.17 0.01
78_V 381_A 0.69 0.17 0.01
221_V 213_L 0.69 0.17 0.01
653_E 52_V 0.69 0.17 0.01
1_M 414_E 0.69 0.17 0.01
161_A 137_P 0.69 0.17 0.01
179_E 335_F 0.69 0.17 0.01
603_C 193_S 0.69 0.17 0.01
412_L 291_G 0.69 0.17 0.01
624_E 279_I 0.69 0.17 0.01
115_D 288_R 0.69 0.17 0.01
101_V 243_L 0.69 0.17 0.01
166_K 147_A 0.69 0.17 0.01
383_I 200_E 0.69 0.17 0.01
648_K 8_E 0.69 0.17 0.01
647_S 94_I 0.69 0.17 0.01
235_N 174_N 0.69 0.16 0.01
219_G 348_K 0.69 0.16 0.01
255_M 202_D 0.69 0.16 0.01
24_M 463_M 0.68 0.16 0.01
211_I 280_T 0.68 0.16 0.01
446_I 242_T 0.68 0.16 0.01
266_V 31_T 0.68 0.16 0.01
156_M 169_V 0.68 0.16 0.01
261_A 203_V 0.68 0.16 0.01
223_Y 137_P 0.68 0.16 0.01
95_L 22_F 0.68 0.16 0.01
446_I 225_P 0.68 0.16 0.01
86_S 100_G 0.68 0.16 0.01
93_K 420_K 0.68 0.16 0.01
115_D 191_K 0.68 0.16 0.01
649_I 164_T 0.68 0.16 0.01
606_P 149_T 0.68 0.16 0.01
120_K 242_T 0.68 0.16 0.01
434_P 22_F 0.67 0.16 0.01
287_L 339_T 0.67 0.16 0.01
502_V 241_D 0.67 0.16 0.01
483_R 462_G 0.67 0.16 0.01
75_A 247_N 0.67 0.16 0.01
343_D 261_V 0.67 0.16 0.01
434_P 243_L 0.67 0.16 0.01
62_L 293_V 0.67 0.15 0.01
56_A 408_E 0.67 0.15 0.01
619_E 373_F 0.67 0.15 0.01
449_E 201_N 0.67 0.15 0.01
231_I 8_E 0.67 0.15 0.01
631_A 353_L 0.67 0.15 0.01
467_L 240_L 0.67 0.15 0.01
426_F 28_H 0.67 0.15 0.01
317_A 267_F 0.67 0.15 0.01
131_V 285_V 0.67 0.15 0.01
332_G 362_V 0.66 0.15 0.01
242_A 252_Y 0.66 0.15 0.01
249_E 452_S 0.66 0.15 0.01
433_H 109_A 0.66 0.15 0.01
159_A 379_V 0.66 0.15 0.01
250_E 303_V 0.66 0.15 0.01
445_F 349_H 0.66 0.15 0.01
593_E 261_V 0.66 0.15 0.01
389_P 355_F 0.66 0.15 0.01
66_I 243_L 0.66 0.15 0.01
663_I 272_A 0.66 0.15 0.01
228_E 24_M 0.66 0.15 0.01
631_A 410_I 0.66 0.15 0.01
610_K 25_F 0.65 0.15 0.01
419_G 291_G 0.65 0.15 0.01
115_D 10_I 0.65 0.15 0.01
411_A 373_F 0.65 0.15 0.01
371_V 181_E 0.65 0.15 0.01
29_V 257_L 0.65 0.15 0.01
289_M 245_P 0.65 0.15 0.01
409_A 323_S 0.65 0.15 0.01
64_E 293_V 0.65 0.15 0.01
427_L 281_G 0.65 0.15 0.01
110_I 285_V 0.65 0.14 0.01
335_V 16_H 0.65 0.14 0.01
194_D 55_R 0.65 0.14 0.01
479_N 222_E 0.65 0.14 0.01
54_A 274_Y 0.65 0.14 0.01
151_I 284_R 0.65 0.14 0.01
261_A 34_G 0.65 0.14 0.01
206_P 352_K 0.65 0.14 0.01
315_V 217_P 0.65 0.14 0.01
24_M 34_G 0.65 0.14 0.01
333_W 174_N 0.64 0.14 0.01
131_V 293_V 0.64 0.14 0.01
239_I 264_E 0.64 0.14 0.01
384_A 22_F 0.64 0.14 0.01
119_S 407_V 0.64 0.14 0.01
78_V 292_F 0.64 0.14 0.01
395_V 327_V 0.64 0.14 0.01
256_G 353_L 0.64 0.14 0.01
191_S 185_A 0.64 0.14 0.01
143_H 320_N 0.64 0.14 0.01
390_M 170_K 0.64 0.14 0.01
636_N 309_S 0.64 0.14 0.01
197_V 31_T 0.64 0.14 0.01
242_A 153_F 0.64 0.14 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0616 seconds.