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OPENSEQ.org
FliH_FliM_fourth_attempt
Genes: A B A+B
Length: 235 334 549
Sequences: 617 955 342
Seq/Len: 2.63 2.86 0.62
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.45
10 0.00 0.00 0.56
20 0.00 0.00 0.60
100 0.00 0.00 0.63
∞ 0.04 0.02 0.68
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
219_V 24_E 1.43 0.57 0.00
180_V 302_L 1.35 0.51 0.00
132_L 57_I 1.34 0.50 0.00
228_R 130_L 1.29 0.46 0.00
231_A 11_I 1.27 0.45 0.00
93_Q 283_V 1.26 0.44 0.00
74_G 194_S 1.25 0.42 0.00
201_L 91_E 1.24 0.42 0.00
54_L 198_I 1.23 0.41 0.00
194_R 275_I 1.22 0.40 0.00
61_Q 284_L 1.21 0.40 0.00
138_V 127_V 1.21 0.40 0.00
203_H 154_I 1.20 0.39 0.00
223_W 165_Y 1.19 0.38 0.00
143_P 199_V 1.17 0.36 0.00
127_L 200_V 1.15 0.35 0.00
26_E 287_E 1.14 0.34 0.00
194_R 84_I 1.14 0.34 0.00
208_V 31_S 1.13 0.34 0.00
134_A 93_A 1.13 0.33 0.00
85_Q 217_I 1.12 0.33 0.00
170_L 130_L 1.11 0.33 0.00
118_A 302_L 1.11 0.32 0.00
204_G 133_G 1.11 0.32 0.00
132_L 84_I 1.11 0.32 0.00
222_R 152_R 1.11 0.32 0.00
120_D 296_V 1.11 0.32 0.00
66_G 74_R 1.10 0.32 0.00
218_S 75_R 1.10 0.31 0.00
218_S 123_V 1.09 0.31 0.00
157_L 52_Q 1.09 0.31 0.00
193_W 177_V 1.08 0.30 0.00
223_W 92_F 1.08 0.30 0.00
173_H 230_L 1.07 0.29 0.00
128_M 257_S 1.07 0.29 0.00
155_Q 126_A 1.07 0.29 0.00
138_V 280_P 1.06 0.29 0.00
15_L 138_P 1.06 0.29 0.00
226_L 258_E 1.06 0.29 0.00
198_D 275_I 1.05 0.28 0.00
136_R 175_L 1.05 0.28 0.00
100_P 34_D 1.05 0.28 0.00
123_I 294_A 1.05 0.28 0.00
127_L 158_L 1.05 0.28 0.00
171_R 308_T 1.04 0.28 0.00
15_L 292_I 1.04 0.28 0.00
79_Y 9_A 1.04 0.28 0.00
96_T 173_N 1.04 0.27 0.00
199_P 78_D 1.03 0.27 0.00
220_A 160_L 1.02 0.26 0.00
45_Q 297_D 1.02 0.26 0.00
49_Q 286_I 1.02 0.26 0.00
118_A 65_F 1.02 0.26 0.00
155_Q 137_F 1.01 0.26 0.00
206_C 128_D 1.01 0.26 0.00
158_L 308_T 1.01 0.25 0.00
195_L 215_F 1.00 0.25 0.00
205_G 208_I 1.00 0.25 0.00
9_V 284_L 1.00 0.25 0.00
179_R 199_V 1.00 0.25 0.00
193_W 134_D 1.00 0.25 0.00
201_L 277_K 0.99 0.24 0.00
161_E 191_I 0.99 0.24 0.00
112_F 156_R 0.99 0.24 0.00
161_E 185_Q 0.99 0.24 0.00
15_L 38_Y 0.99 0.24 0.00
215_L 278_L 0.99 0.24 0.00
142_T 186_V 0.99 0.24 0.00
36_T 37_P 0.99 0.24 0.00
128_M 51_L 0.99 0.24 0.00
176_D 99_P 0.98 0.24 0.00
142_T 141_V 0.98 0.24 0.00
117_D 269_P 0.98 0.24 0.00
203_H 301_V 0.98 0.24 0.00
82_G 131_F 0.98 0.24 0.00
169_Q 206_V 0.97 0.23 0.00
149_A 69_L 0.97 0.23 0.00
102_H 215_F 0.97 0.23 0.00
224_Q 292_I 0.97 0.23 0.00
127_L 136_R 0.97 0.23 0.00
224_Q 324_I 0.96 0.23 0.00
133_E 200_V 0.96 0.23 0.00
81_E 317_V 0.96 0.23 0.00
86_G 55_E 0.96 0.23 0.00
172_V 261_L 0.96 0.22 0.00
201_L 273_S 0.96 0.22 0.00
150_L 206_V 0.95 0.22 0.00
193_W 315_L 0.95 0.22 0.00
176_D 124_F 0.95 0.22 0.00
138_V 278_L 0.95 0.22 0.00
166_G 89_Y 0.95 0.22 0.00
82_G 179_Y 0.95 0.22 0.00
157_L 185_Q 0.95 0.22 0.00
172_V 86_I 0.95 0.22 0.00
225_E 258_E 0.95 0.22 0.00
7_W 153_V 0.95 0.22 0.00
222_R 60_R 0.95 0.22 0.00
126_R 3_D 0.95 0.22 0.00
178_Q 116_V 0.94 0.22 0.00
222_R 50_R 0.94 0.21 0.00
44_E 315_L 0.94 0.21 0.00
81_E 276_L 0.94 0.21 0.00
154_I 189_T 0.94 0.21 0.00
173_H 262_V 0.94 0.21 0.00
47_L 162_L 0.94 0.21 0.00
177_L 172_I 0.94 0.21 0.00
188_L 297_D 0.94 0.21 0.00
158_L 252_R 0.94 0.21 0.00
199_P 163_E 0.94 0.21 0.00
134_A 275_I 0.93 0.21 0.00
57_Q 224_I 0.93 0.21 0.00
71_R 113_T 0.93 0.21 0.00
95_Q 159_K 0.93 0.21 0.00
157_L 97_P 0.93 0.20 0.00
122_V 76_S 0.92 0.20 0.00
183_M 316_R 0.92 0.20 0.00
222_R 66_R 0.92 0.20 0.00
157_L 57_I 0.92 0.20 0.00
36_T 279_K 0.92 0.20 0.00
162_P 285_P 0.92 0.20 0.00
55_K 163_E 0.92 0.20 0.00
225_E 56_I 0.91 0.20 0.00
222_R 228_R 0.91 0.20 0.00
215_L 236_L 0.91 0.20 0.00
59_H 117_V 0.91 0.20 0.00
44_E 219_L 0.91 0.20 0.00
215_L 306_Y 0.91 0.20 0.00
197_G 275_I 0.91 0.20 0.00
110_S 272_L 0.91 0.20 0.00
192_G 93_A 0.91 0.20 0.00
52_A 235_P 0.91 0.20 0.00
69_E 280_P 0.90 0.19 0.00
50_E 279_K 0.90 0.19 0.00
49_Q 224_I 0.90 0.19 0.00
205_G 69_L 0.90 0.19 0.00
108_L 180_V 0.90 0.19 0.00
186_A 286_I 0.90 0.19 0.00
191_H 264_N 0.90 0.19 0.00
184_L 160_L 0.90 0.19 0.00
223_W 188_F 0.90 0.19 0.00
145_V 35_I 0.90 0.19 0.00
188_L 294_A 0.90 0.19 0.00
131_A 316_R 0.90 0.19 0.00
206_C 209_G 0.90 0.19 0.00
138_V 38_Y 0.90 0.19 0.00
220_A 283_V 0.90 0.19 0.00
120_D 84_I 0.89 0.19 0.00
170_L 317_V 0.89 0.19 0.00
224_Q 275_I 0.89 0.19 0.00
54_L 162_L 0.89 0.19 0.00
185_G 179_Y 0.89 0.19 0.00
115_T 52_Q 0.89 0.19 0.00
130_M 264_N 0.89 0.19 0.00
172_V 104_L 0.89 0.19 0.00
96_T 180_V 0.89 0.19 0.00
203_H 296_V 0.89 0.19 0.00
213_G 320_L 0.89 0.19 0.00
62_G 119_S 0.89 0.18 0.00
49_Q 174_P 0.89 0.18 0.00
223_W 120_P 0.89 0.18 0.00
161_E 284_L 0.89 0.18 0.00
231_A 192_T 0.89 0.18 0.00
193_W 158_L 0.88 0.18 0.00
135_A 213_G 0.88 0.18 0.00
46_Q 316_R 0.88 0.18 0.00
61_Q 163_E 0.88 0.18 0.00
27_A 295_H 0.88 0.18 0.00
164_F 261_L 0.88 0.18 0.00
125_S 104_L 0.88 0.18 0.00
208_V 40_P 0.88 0.18 0.00
105_M 270_L 0.88 0.18 0.00
230_A 266_A 0.88 0.18 0.00
13_D 92_F 0.88 0.18 0.00
133_E 213_G 0.88 0.18 0.00
117_D 69_L 0.88 0.18 0.00
175_D 308_T 0.87 0.18 0.00
161_E 187_K 0.87 0.18 0.00
181_E 40_P 0.87 0.18 0.00
69_E 56_I 0.87 0.18 0.00
223_W 181_R 0.87 0.18 0.00
41_L 247_R 0.87 0.18 0.00
103_A 274_Q 0.87 0.18 0.00
65_A 274_Q 0.87 0.18 0.00
204_G 135_G 0.87 0.18 0.00
201_L 305_Q 0.87 0.18 0.00
217_A 188_F 0.87 0.18 0.00
169_Q 84_I 0.87 0.18 0.00
170_L 153_V 0.87 0.18 0.00
161_E 78_D 0.87 0.18 0.00
172_V 294_A 0.86 0.17 0.00
92_A 302_L 0.86 0.17 0.00
217_A 196_N 0.86 0.17 0.00
221_T 73_L 0.86 0.17 0.00
201_L 323_P 0.86 0.17 0.00
39_P 277_K 0.86 0.17 0.00
18_P 155_N 0.86 0.17 0.00
92_A 321_I 0.86 0.17 0.00
105_M 292_I 0.86 0.17 0.00
13_D 201_N 0.86 0.17 0.00
11_T 161_A 0.86 0.17 0.00
177_L 302_L 0.86 0.17 0.00
77_Q 38_Y 0.86 0.17 0.00
123_I 137_F 0.86 0.17 0.00
213_G 185_Q 0.85 0.17 0.00
206_C 56_I 0.85 0.17 0.00
205_G 199_V 0.85 0.17 0.00
210_A 177_V 0.85 0.17 0.00
149_A 296_V 0.85 0.17 0.00
186_A 280_P 0.85 0.17 0.00
90_G 159_K 0.85 0.17 0.00
130_M 263_A 0.85 0.17 0.00
117_D 275_I 0.85 0.17 0.00
62_G 138_P 0.85 0.17 0.00
205_G 128_D 0.85 0.17 0.00
112_F 286_I 0.85 0.17 0.00
229_L 259_L 0.85 0.17 0.00
223_W 218_C 0.85 0.17 0.00
159_Q 76_S 0.85 0.17 0.00
188_L 92_F 0.85 0.17 0.00
13_D 184_M 0.85 0.17 0.00
162_P 266_A 0.85 0.17 0.00
198_D 36_R 0.85 0.17 0.00
58_A 250_L 0.84 0.17 0.00
212_E 91_E 0.84 0.17 0.00
203_H 140_K 0.84 0.17 0.00
115_T 92_F 0.84 0.17 0.00
154_I 187_K 0.84 0.17 0.00
154_I 5_I 0.84 0.17 0.00
197_G 278_L 0.84 0.17 0.00
100_P 272_L 0.84 0.17 0.00
198_D 84_I 0.84 0.16 0.00
60_E 294_A 0.84 0.16 0.00
123_I 199_V 0.84 0.16 0.00
52_A 321_I 0.84 0.16 0.00
38_E 265_F 0.84 0.16 0.00
170_L 79_I 0.84 0.16 0.00
213_G 210_N 0.84 0.16 0.00
65_A 286_I 0.83 0.16 0.00
112_F 119_S 0.83 0.16 0.00
69_E 316_R 0.83 0.16 0.00
138_V 313_Y 0.83 0.16 0.00
105_M 206_V 0.83 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6088 0.7 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
6005 0.62 FliH_FliM_fourth_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6003 0.55 FliH_FliM_third_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6001 0.45 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6000 0.62 FliH_FliM_first_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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