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OPENSEQ.org
FliH_FliM_second_attempt
Genes: A B A+B
Length: 235 334 551
Sequences: 478 955 246
Seq/Len: 2.03 2.86 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.34
10 0.00 0.00 0.39
20 0.00 0.00 0.43
100 0.00 0.00 0.47
∞ 0.04 0.02 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
201_L 91_E 1.58 0.59 0.00
194_R 275_I 1.49 0.52 0.00
138_V 219_L 1.46 0.50 0.00
206_C 128_D 1.42 0.47 0.00
218_S 217_I 1.38 0.44 0.00
194_R 84_I 1.38 0.44 0.00
154_I 189_T 1.33 0.41 0.00
168_P 127_V 1.32 0.40 0.00
223_W 92_F 1.30 0.38 0.00
231_A 11_I 1.29 0.38 0.00
222_R 152_R 1.28 0.37 0.00
157_L 185_Q 1.28 0.37 0.00
134_A 126_A 1.26 0.36 0.00
157_L 52_Q 1.22 0.33 0.00
188_L 294_A 1.19 0.31 0.00
213_G 265_F 1.18 0.30 0.00
161_E 185_Q 1.18 0.30 0.00
79_Y 274_Q 1.18 0.30 0.00
172_V 86_I 1.18 0.30 0.00
223_W 181_R 1.17 0.30 0.00
132_L 57_I 1.17 0.30 0.00
74_G 187_K 1.17 0.29 0.00
179_R 199_V 1.17 0.29 0.00
134_A 79_I 1.16 0.29 0.00
66_G 74_R 1.16 0.29 0.00
50_E 279_K 1.16 0.29 0.00
71_R 113_T 1.16 0.29 0.00
134_A 93_A 1.15 0.28 0.00
143_P 199_V 1.15 0.28 0.00
217_A 188_F 1.14 0.28 0.00
138_V 127_V 1.14 0.28 0.00
9_V 284_L 1.13 0.27 0.00
57_Q 224_I 1.13 0.27 0.00
61_Q 284_L 1.12 0.27 0.00
162_P 285_P 1.12 0.27 0.00
158_L 89_Y 1.11 0.26 0.00
170_L 130_L 1.11 0.26 0.00
205_G 128_D 1.11 0.26 0.00
133_E 213_G 1.11 0.26 0.00
213_G 185_Q 1.11 0.26 0.00
54_L 198_I 1.10 0.25 0.00
128_M 69_L 1.09 0.25 0.00
46_Q 316_R 1.09 0.25 0.00
208_V 81_V 1.09 0.25 0.00
206_C 209_G 1.08 0.24 0.00
188_L 92_F 1.08 0.24 0.00
224_Q 324_I 1.08 0.24 0.00
128_M 51_L 1.07 0.24 0.00
65_A 266_A 1.07 0.24 0.00
55_K 163_E 1.07 0.24 0.00
225_E 11_I 1.07 0.24 0.00
148_S 197_D 1.07 0.24 0.00
18_P 155_N 1.07 0.24 0.00
206_C 56_I 1.05 0.23 0.00
208_V 31_S 1.05 0.23 0.00
223_W 165_Y 1.05 0.23 0.00
102_H 275_I 1.04 0.22 0.00
219_V 24_E 1.04 0.22 0.00
225_E 56_I 1.03 0.22 0.00
209_S 168_A 1.03 0.22 0.00
15_L 138_P 1.03 0.22 0.00
173_H 311_G 1.03 0.22 0.00
96_T 173_N 1.03 0.22 0.00
120_D 84_I 1.03 0.21 0.00
93_Q 283_V 1.03 0.21 0.00
145_V 116_V 1.02 0.21 0.00
152_K 312_Q 1.02 0.21 0.00
55_K 222_S 1.02 0.21 0.00
221_T 145_E 1.02 0.21 0.00
220_A 160_L 1.02 0.21 0.00
92_A 154_I 1.01 0.21 0.00
110_S 298_G 1.01 0.21 0.00
213_G 210_N 1.01 0.20 0.00
78_G 130_L 1.01 0.20 0.00
12_P 302_L 1.00 0.20 0.00
16_A 73_L 1.00 0.20 0.00
62_G 119_S 1.00 0.20 0.00
228_R 130_L 1.00 0.20 0.00
115_T 52_Q 1.00 0.20 0.00
26_E 287_E 0.99 0.20 0.00
217_A 209_G 0.99 0.20 0.00
185_G 179_Y 0.98 0.19 0.00
19_P 30_A 0.98 0.19 0.00
213_G 160_L 0.98 0.19 0.00
222_R 50_R 0.98 0.19 0.00
188_L 37_P 0.98 0.19 0.00
112_F 73_L 0.98 0.19 0.00
218_S 75_R 0.98 0.19 0.00
210_A 286_I 0.97 0.19 0.00
48_E 317_V 0.97 0.19 0.00
194_R 283_V 0.97 0.19 0.00
155_Q 126_A 0.97 0.19 0.00
222_R 300_P 0.96 0.18 0.00
222_R 66_R 0.96 0.18 0.00
47_L 316_R 0.96 0.18 0.00
110_S 272_L 0.96 0.18 0.00
109_V 298_G 0.96 0.18 0.00
223_W 40_P 0.96 0.18 0.00
175_D 224_I 0.96 0.18 0.00
216_D 123_V 0.96 0.18 0.00
31_T 278_L 0.95 0.18 0.00
222_R 131_F 0.95 0.18 0.00
102_H 84_I 0.95 0.18 0.00
223_W 306_Y 0.95 0.18 0.00
115_T 209_G 0.95 0.18 0.00
180_V 302_L 0.95 0.18 0.00
186_A 35_I 0.95 0.18 0.00
82_G 179_Y 0.95 0.18 0.00
147_N 221_F 0.94 0.18 0.00
205_G 199_V 0.94 0.18 0.00
130_M 128_D 0.94 0.17 0.00
176_D 99_P 0.94 0.17 0.00
62_G 105_I 0.94 0.17 0.00
213_G 296_V 0.94 0.17 0.00
97_Q 224_I 0.94 0.17 0.00
221_T 199_V 0.94 0.17 0.00
156_Q 157_M 0.94 0.17 0.00
215_L 36_R 0.94 0.17 0.00
161_E 78_D 0.93 0.17 0.00
109_V 323_P 0.93 0.17 0.00
223_W 128_D 0.93 0.17 0.00
49_Q 286_I 0.92 0.17 0.00
193_W 165_Y 0.92 0.17 0.00
35_D 161_A 0.92 0.17 0.00
4_E 21_T 0.92 0.17 0.00
151_I 281_G 0.92 0.17 0.00
158_L 252_R 0.92 0.17 0.00
139_I 253_Q 0.92 0.17 0.00
186_A 280_P 0.92 0.16 0.00
203_H 301_V 0.92 0.16 0.00
4_E 170_K 0.92 0.16 0.00
77_Q 38_Y 0.91 0.16 0.00
211_D 319_H 0.91 0.16 0.00
220_A 305_Q 0.91 0.16 0.00
220_A 292_I 0.91 0.16 0.00
150_L 293_I 0.91 0.16 0.00
170_L 79_I 0.91 0.16 0.00
216_D 89_Y 0.91 0.16 0.00
109_V 208_I 0.91 0.16 0.00
120_D 129_N 0.91 0.16 0.00
7_W 97_P 0.91 0.16 0.00
115_T 294_A 0.91 0.16 0.00
223_W 297_D 0.91 0.16 0.00
167_K 21_T 0.91 0.16 0.00
222_R 45_R 0.90 0.16 0.00
223_W 218_C 0.90 0.16 0.00
64_N 287_E 0.90 0.16 0.00
212_E 91_E 0.90 0.16 0.00
91_Q 265_F 0.90 0.16 0.00
150_L 206_V 0.90 0.16 0.00
149_A 86_I 0.90 0.16 0.00
125_S 9_A 0.90 0.16 0.00
100_P 179_Y 0.90 0.16 0.00
213_G 92_F 0.89 0.15 0.00
13_D 130_L 0.89 0.15 0.00
128_M 203_P 0.89 0.15 0.00
222_R 70_F 0.89 0.15 0.00
185_G 215_F 0.89 0.15 0.00
74_G 194_S 0.89 0.15 0.00
215_L 236_L 0.89 0.15 0.00
66_G 135_G 0.89 0.15 0.00
198_D 275_I 0.89 0.15 0.00
201_L 277_K 0.89 0.15 0.00
95_Q 286_I 0.89 0.15 0.00
127_L 200_V 0.89 0.15 0.00
143_P 119_S 0.89 0.15 0.00
187_T 153_V 0.89 0.15 0.00
138_V 278_L 0.89 0.15 0.00
157_L 97_P 0.88 0.15 0.00
102_H 215_F 0.88 0.15 0.00
45_Q 297_D 0.88 0.15 0.00
159_Q 250_L 0.88 0.15 0.00
223_W 94_R 0.88 0.15 0.00
137_Q 79_I 0.88 0.15 0.00
92_A 24_E 0.88 0.15 0.00
116_L 71_N 0.88 0.15 0.00
108_L 289_P 0.88 0.15 0.00
73_K 187_K 0.88 0.15 0.00
205_G 56_I 0.88 0.15 0.00
225_E 125_I 0.88 0.15 0.00
157_L 160_L 0.88 0.15 0.00
58_A 250_L 0.87 0.15 0.00
138_V 79_I 0.87 0.15 0.00
173_H 262_V 0.87 0.15 0.00
172_V 116_V 0.87 0.15 0.00
171_R 308_T 0.87 0.15 0.00
51_L 248_D 0.87 0.15 0.00
222_R 146_F 0.87 0.15 0.00
210_A 284_L 0.87 0.15 0.00
115_T 92_F 0.87 0.15 0.00
190_L 185_Q 0.87 0.14 0.00
168_P 274_Q 0.87 0.14 0.00
195_L 168_A 0.87 0.14 0.00
155_Q 77_P 0.86 0.14 0.00
198_D 120_P 0.86 0.14 0.00
128_M 257_S 0.86 0.14 0.00
142_T 186_V 0.86 0.14 0.00
230_A 186_V 0.86 0.14 0.00
151_I 31_S 0.86 0.14 0.00
224_Q 292_I 0.86 0.14 0.00
132_L 213_G 0.86 0.14 0.00
112_F 101_N 0.86 0.14 0.00
130_M 243_D 0.86 0.14 0.00
219_V 104_L 0.86 0.14 0.00
201_L 273_S 0.86 0.14 0.00
215_L 51_L 0.86 0.14 0.00
223_W 95_N 0.86 0.14 0.00
226_L 206_V 0.86 0.14 0.00
63_Y 168_A 0.86 0.14 0.00
52_A 235_P 0.86 0.14 0.00
122_V 76_S 0.85 0.14 0.00
181_E 200_V 0.85 0.14 0.00
85_Q 263_A 0.85 0.14 0.00
184_L 316_R 0.85 0.14 0.00
172_V 104_L 0.85 0.14 0.00
86_G 55_E 0.85 0.14 0.00
218_S 145_E 0.85 0.14 0.00
226_L 296_V 0.85 0.14 0.00
217_A 120_P 0.85 0.14 0.00
166_G 89_Y 0.85 0.14 0.00
210_A 177_V 0.85 0.14 0.00
175_D 172_I 0.85 0.14 0.00
82_G 169_W 0.84 0.14 0.00
215_L 107_L 0.84 0.14 0.00
132_L 74_R 0.84 0.14 0.00
130_M 124_F 0.84 0.14 0.00
8_Q 35_I 0.84 0.14 0.00
208_V 23_D 0.84 0.14 0.00
124_A 100_T 0.84 0.14 0.00
190_L 304_S 0.84 0.13 0.00
222_R 228_R 0.84 0.13 0.00
221_T 73_L 0.83 0.13 0.00
8_Q 224_I 0.83 0.13 0.00
62_G 157_M 0.83 0.13 0.00
65_A 286_I 0.83 0.13 0.00
8_Q 318_E 0.83 0.13 0.00
100_P 271_R 0.83 0.13 0.00
127_L 158_L 0.83 0.13 0.00
115_T 234_P 0.83 0.13 0.00
64_N 278_L 0.83 0.13 0.00
112_F 294_A 0.83 0.13 0.00
222_R 60_R 0.83 0.13 0.00
108_L 180_V 0.83 0.13 0.00
116_L 123_V 0.83 0.13 0.00
223_W 294_A 0.83 0.13 0.00
128_M 153_V 0.83 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6088 0.7 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
6005 0.62 FliH_FliM_fourth_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6003 0.55 FliH_FliM_third_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6001 0.45 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6000 0.62 FliH_FliM_first_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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