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OPENSEQ.org
cIp_5_4_cytb_4_human
Genes: A B A+B
Length: 264 379 584
Sequences: 529 4482 64
Seq/Len: 2 11.83 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
116_A 303_A 1.84 0.36 0.00
166_Y 231_L 1.61 0.26 0.00
62_G 352_G 1.47 0.20 0.00
115_T 303_A 1.44 0.20 0.00
207_Y 150_L 1.42 0.19 0.00
160_F 196_L 1.41 0.19 0.00
171_W 318_F 1.40 0.18 0.00
148_D 353_Q 1.39 0.18 0.00
230_F 93_I 1.36 0.17 0.00
69_L 193_L 1.32 0.16 0.00
69_L 230_A 1.31 0.16 0.00
112_V 346_Y 1.31 0.16 0.00
173_M 356_S 1.26 0.14 0.00
180_N 318_F 1.26 0.14 0.00
116_A 263_L 1.26 0.14 0.00
164_N 22_L 1.25 0.14 0.00
159_V 305_I 1.25 0.14 0.00
173_M 159_T 1.23 0.14 0.00
164_N 225_Y 1.23 0.14 0.00
223_P 180_F 1.22 0.14 0.00
108_F 171_V 1.22 0.13 0.00
159_V 204_T 1.21 0.13 0.00
143_V 11_L 1.20 0.13 0.00
73_V 303_A 1.19 0.13 0.00
121_T 169_Y 1.19 0.13 0.00
111_L 275_F 1.18 0.12 0.00
176_V 300_L 1.17 0.12 0.00
210_L 57_S 1.17 0.12 0.00
157_V 156_Y 1.17 0.12 0.00
78_V 50_L 1.17 0.12 0.00
187_I 375_N 1.17 0.12 0.00
69_L 116_I 1.16 0.12 0.00
160_F 149_N 1.15 0.12 0.00
187_I 298_S 1.15 0.12 0.00
86_V 189_I 1.14 0.12 0.00
73_V 321_L 1.14 0.12 0.00
207_Y 69_H 1.13 0.12 0.00
127_E 347_P 1.13 0.11 0.00
224_V 226_T 1.12 0.11 0.00
78_V 43_I 1.11 0.11 0.00
171_W 37_L 1.11 0.11 0.00
236_N 113_T 1.11 0.11 0.00
108_F 204_T 1.10 0.11 0.00
187_I 351_I 1.10 0.11 0.00
225_E 338_W 1.10 0.11 0.00
135_L 60_A 1.09 0.11 0.00
171_W 14_L 1.09 0.11 0.00
210_L 370_I 1.09 0.11 0.00
207_Y 41_C 1.08 0.10 0.00
90_P 254_P 1.08 0.10 0.00
173_M 243_L 1.07 0.10 0.00
181_H 171_V 1.07 0.10 0.00
82_N 330_A 1.07 0.10 0.00
127_E 254_P 1.07 0.10 0.00
213_D 171_V 1.07 0.10 0.00
241_A 296_L 1.06 0.10 0.00
204_L 162_V 1.06 0.10 0.00
196_H 352_G 1.06 0.10 0.00
157_V 305_I 1.06 0.10 0.00
121_T 128_A 1.06 0.10 0.00
216_V 321_L 1.05 0.10 0.00
98_T 372_L 1.05 0.10 0.00
62_G 90_M 1.05 0.10 0.00
111_L 121_L 1.05 0.10 0.00
243_P 354_V 1.05 0.10 0.00
180_N 51_F 1.05 0.10 0.00
207_Y 163_Q 1.05 0.10 0.00
111_L 6_R 1.04 0.10 0.00
225_E 264_N 1.04 0.10 0.00
213_D 166_W 1.04 0.10 0.00
174_F 53_A 1.04 0.10 0.00
223_P 364_L 1.03 0.10 0.00
220_V 190_I 1.03 0.10 0.00
164_N 150_L 1.03 0.10 0.00
98_T 227_I 1.03 0.10 0.00
180_N 29_S 1.03 0.10 0.00
149_E 143_G 1.03 0.10 0.00
207_Y 339_I 1.03 0.09 0.00
198_F 171_V 1.02 0.09 0.00
187_I 161_L 1.02 0.09 0.00
176_V 154_I 1.02 0.09 0.00
220_V 300_L 1.02 0.09 0.00
215_E 294_A 1.02 0.09 0.00
208_V 73_D 1.01 0.09 0.00
90_P 331_A 1.01 0.09 0.00
173_M 365_I 1.01 0.09 0.00
229_E 203_E 1.01 0.09 0.00
164_N 17_H 1.01 0.09 0.00
72_Y 332_D 1.01 0.09 0.00
204_L 201_L 1.01 0.09 0.00
214_D 121_L 1.00 0.09 0.00
157_V 161_L 0.99 0.09 0.00
112_V 293_L 0.99 0.09 0.00
143_V 301_I 0.99 0.09 0.00
229_E 216_S 0.99 0.09 0.00
227_A 301_I 0.98 0.09 0.00
176_V 47_T 0.98 0.09 0.00
160_F 113_T 0.98 0.09 0.00
210_L 184_F 0.98 0.09 0.00
145_T 231_L 0.98 0.09 0.00
242_F 371_S 0.98 0.09 0.00
176_V 48_T 0.97 0.09 0.00
227_A 58_P 0.97 0.09 0.00
93_V 213_T 0.97 0.09 0.00
117_V 258_T 0.97 0.09 0.00
224_V 151_L 0.97 0.09 0.00
131_N 18_S 0.97 0.09 0.00
243_P 334_L 0.97 0.08 0.00
116_A 31_W 0.97 0.08 0.00
106_A 83_L 0.96 0.08 0.00
221_A 151_L 0.96 0.08 0.00
221_A 309_H 0.96 0.08 0.00
58_L 174_P 0.96 0.08 0.00
174_F 116_I 0.96 0.08 0.00
166_Y 192_A 0.96 0.08 0.00
76_V 212_I 0.96 0.08 0.00
247_Q 318_F 0.96 0.08 0.00
176_V 331_A 0.96 0.08 0.00
194_E 356_S 0.96 0.08 0.00
229_E 20_I 0.95 0.08 0.00
63_E 128_A 0.95 0.08 0.00
198_F 246_F 0.95 0.08 0.00
229_E 290_G 0.95 0.08 0.00
213_D 145_T 0.95 0.08 0.00
210_L 165_I 0.95 0.08 0.00
110_S 246_F 0.94 0.08 0.00
171_W 47_T 0.94 0.08 0.00
96_V 331_A 0.94 0.08 0.00
75_Q 365_I 0.94 0.08 0.00
109_K 287_N 0.94 0.08 0.00
110_S 234_L 0.94 0.08 0.00
149_E 153_A 0.94 0.08 0.00
101_R 60_A 0.94 0.08 0.00
114_L 172_D 0.94 0.08 0.00
230_F 236_F 0.94 0.08 0.00
162_A 119_I 0.94 0.08 0.00
181_H 276_L 0.94 0.08 0.00
147_T 230_A 0.94 0.08 0.00
135_L 225_Y 0.93 0.08 0.00
256_A 58_P 0.93 0.08 0.00
213_D 276_L 0.93 0.08 0.00
160_F 276_L 0.93 0.08 0.00
162_A 246_F 0.93 0.08 0.00
196_H 259_L 0.93 0.08 0.00
111_L 157_I 0.93 0.08 0.00
211_R 86_N 0.93 0.08 0.00
106_A 334_L 0.93 0.08 0.00
111_L 335_I 0.92 0.08 0.00
159_V 174_P 0.92 0.08 0.00
176_V 371_S 0.92 0.08 0.00
127_E 97_L 0.92 0.08 0.00
164_N 227_I 0.92 0.08 0.00
227_A 53_A 0.92 0.08 0.00
244_V 352_G 0.92 0.08 0.00
88_I 83_L 0.92 0.08 0.00
236_N 356_S 0.92 0.08 0.00
159_V 324_S 0.91 0.08 0.00
229_E 370_I 0.91 0.08 0.00
112_V 50_L 0.91 0.07 0.00
221_A 307_I 0.91 0.07 0.00
66_A 322_S 0.91 0.07 0.00
230_F 34_F 0.90 0.07 0.00
111_L 329_L 0.90 0.07 0.00
159_V 342_Q 0.90 0.07 0.00
113_D 341_G 0.90 0.07 0.00
143_V 310_M 0.90 0.07 0.00
108_F 113_T 0.90 0.07 0.00
171_W 210_L 0.90 0.07 0.00
198_F 8_I 0.90 0.07 0.00
157_V 341_G 0.90 0.07 0.00
149_E 179_F 0.90 0.07 0.00
193_F 42_L 0.90 0.07 0.00
202_F 42_L 0.90 0.07 0.00
182_P 276_L 0.90 0.07 0.00
177_F 318_F 0.90 0.07 0.00
251_S 307_I 0.90 0.07 0.00
180_N 210_L 0.90 0.07 0.00
243_P 304_M 0.90 0.07 0.00
166_Y 99_I 0.89 0.07 0.00
101_R 73_D 0.89 0.07 0.00
135_L 285_V 0.89 0.07 0.00
247_Q 181_T 0.89 0.07 0.00
76_V 261_N 0.89 0.07 0.00
124_N 53_A 0.89 0.07 0.00
221_A 358_L 0.89 0.07 0.00
207_Y 222_H 0.89 0.07 0.00
214_D 239_S 0.89 0.07 0.00
86_V 372_L 0.89 0.07 0.00
246_R 352_G 0.89 0.07 0.00
131_N 199_L 0.89 0.07 0.00
131_N 121_L 0.89 0.07 0.00
214_D 57_S 0.89 0.07 0.00
119_V 231_L 0.89 0.07 0.00
221_A 109_L 0.89 0.07 0.00
241_A 29_S 0.89 0.07 0.00
243_P 321_L 0.89 0.07 0.00
221_A 296_L 0.89 0.07 0.00
69_L 316_M 0.89 0.07 0.00
251_S 199_L 0.88 0.07 0.00
58_L 113_T 0.88 0.07 0.00
187_I 2_M 0.88 0.07 0.00
216_V 76_Y 0.88 0.07 0.00
131_N 38_L 0.88 0.07 0.00
161_K 15_I 0.88 0.07 0.00
218_R 86_N 0.88 0.07 0.00
147_T 372_L 0.88 0.07 0.00
155_S 106_G 0.88 0.07 0.00
224_V 309_H 0.87 0.07 0.00
253_K 316_M 0.87 0.07 0.00
76_V 301_I 0.87 0.07 0.00
166_Y 171_V 0.87 0.07 0.00
162_A 196_L 0.86 0.07 0.00
162_A 304_M 0.86 0.07 0.00
210_L 203_E 0.86 0.07 0.00
214_D 346_Y 0.86 0.07 0.00
113_D 171_V 0.86 0.07 0.00
176_V 275_F 0.86 0.07 0.00
114_L 100_G 0.86 0.07 0.00
244_V 318_F 0.86 0.07 0.00
119_V 173_S 0.86 0.07 0.00
177_F 304_M 0.86 0.07 0.00
73_V 234_L 0.86 0.07 0.00
242_F 150_L 0.86 0.07 0.00
143_V 351_I 0.86 0.07 0.00
161_K 36_S 0.86 0.07 0.00
204_L 100_G 0.85 0.07 0.00
248_P 199_L 0.85 0.07 0.00
157_V 367_M 0.85 0.07 0.00
179_A 159_T 0.85 0.07 0.00
67_E 230_A 0.85 0.07 0.00
112_V 233_L 0.85 0.07 0.00
146_Y 254_P 0.85 0.07 0.00
164_N 206_S 0.85 0.07 0.00
81_F 341_G 0.85 0.07 0.00
170_I 33_N 0.85 0.07 0.00
63_E 369_T 0.85 0.07 0.00
171_W 284_S 0.85 0.07 0.00
187_I 346_Y 0.85 0.07 0.00
252_L 297_L 0.85 0.07 0.00
249_P 199_L 0.84 0.07 0.00
62_G 76_Y 0.84 0.07 0.00
113_D 312_K 0.84 0.07 0.00
86_V 234_L 0.84 0.07 0.00
176_V 115_N 0.84 0.07 0.00
210_L 59_D 0.84 0.07 0.00
247_Q 210_L 0.84 0.07 0.00
111_L 5_M 0.84 0.07 0.00
176_V 204_T 0.84 0.07 0.00
171_W 152_S 0.84 0.07 0.00
111_L 263_L 0.84 0.07 0.00
224_V 307_I 0.84 0.07 0.00
177_F 12_M 0.84 0.07 0.00
174_F 241_M 0.84 0.07 0.00
180_N 284_S 0.84 0.07 0.00
204_L 53_A 0.84 0.07 0.00
151_T 34_F 0.84 0.07 0.00
153_I 120_L 0.84 0.07 0.00
205_S 329_L 0.83 0.07 0.00
137_F 163_Q 0.83 0.07 0.00
187_I 16_N 0.83 0.07 0.00
103_H 325_L 0.83 0.07 0.00
64_Y 99_I 0.83 0.07 0.00
60_A 156_Y 0.83 0.07 0.00
155_S 207_N 0.83 0.07 0.00
235_L 295_L 0.83 0.07 0.00
164_N 219_I 0.83 0.07 0.00
112_V 121_L 0.83 0.07 0.00
97_L 99_I 0.83 0.07 0.00
75_Q 298_S 0.83 0.07 0.00
194_E 246_F 0.83 0.07 0.00
116_A 339_I 0.83 0.06 0.00
90_P 304_M 0.83 0.06 0.00
236_N 249_D 0.82 0.06 0.00
245_Y 213_T 0.82 0.06 0.00
232_K 233_L 0.82 0.06 0.00
156_A 225_Y 0.82 0.06 0.00
235_L 28_I 0.82 0.06 0.00
61_F 361_T 0.82 0.06 0.00
160_F 39_G 0.82 0.06 0.00
103_H 41_C 0.82 0.06 0.00
174_F 225_Y 0.82 0.06 0.00
232_K 15_I 0.82 0.06 0.00
253_K 36_S 0.82 0.06 0.00
176_V 230_A 0.82 0.06 0.00
98_T 174_P 0.82 0.06 0.00
156_A 156_Y 0.82 0.06 0.00
209_E 23_P 0.82 0.06 0.00
108_F 264_N 0.82 0.06 0.00
92_G 99_I 0.82 0.06 0.00
156_A 195_T 0.81 0.06 0.00
114_L 162_V 0.81 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5891 0.1 cIp_5_60_cytb_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5890 0.14 cIp_5_20_cytb_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5888 0.1 cIp_5_80_cytb_80_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5887 0.11 cIp_5_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5886 0.09 cIp_5_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
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